A diferença entre os comprimentos de onda absorvidos e emitidos é chamada de deslocamento de Stokes, que ocorre pelas diferentes formas de dissipação

de energia. Quando uma molécula retorna do estado excitado, ela libera energia, basicamente, na forma de luz e calor. Cada molécula fluorescente possui um comprimento de onda de excitação e um comprimento de onda de emissão característico, sendo a distância entre eles conhecido como: