Os marcadores moleculares do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) não devem ser usados em estudos de paternidade porque eles não são altamente específicos e confiáveis o suficiente para determinar a relação de parentesco com precisão. Os marcadores RAPD são baseados em sequências de DNA aleatórias e amplificadas, o que pode levar a resultados inconsistentes e ambíguos. Além disso, eles não fornecem informações suficientes para distinguir entre indivíduos geneticamente relacionados, como pais e filhos. Portanto, para estudos de paternidade, é recomendado o uso de técnicas mais precisas e confiáveis, como os marcadores de microssatélites ou SNP (Single Nucleotide Polymorphism).
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