Na geração F2, a proporção fenotípica mendeliana 3:1 ocorre devido à segregação dos alelos durante a formação dos gametas. Os genótipos presentes na geração F2 serão 1/4 AA, 1/2 Aa e 1/4 aa. Isso ocorre porque os indivíduos da geração F1 são heterozigotos (Aa) e, ao se cruzarem, podem produzir gametas com os alelos A ou a. Portanto, a proporção fenotípica esperada na geração F2 é de 3 indivíduos com fenótipo dominante (AA ou Aa) para cada 1 indivíduo com fenótipo recessivo (aa).
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