Na técnica de FISH (Hibridização in situ por fluorescência), são utilizadas lâminas simples onde as células são adicionadas para marcação dos cromossomos. As células marcadas são visualizadas no microscópio e na tela do notebook. Essa técnica permite identificar a presença ou ausência de sequências específicas de DNA em um cromossomo. Já na técnica de CGH array (Array de Hibridização Genômica Comparativa), são utilizadas lâminas específicas que possuem um painel de genes específicos. Nessa técnica, é utilizada uma amostra de DNA pura do paciente, que é marcada e hibridizada com o painel de genes na lâmina. A visualização dos resultados é feita em um scanner array, um equipamento específico que detecta a marcação nos genes do painel. Os resultados são então analisados e interpretados no notebook. Portanto, a principal diferença entre as amostras e lâminas utilizadas nas técnicas de FISH e CGH array está na forma como são preparadas e visualizadas. Enquanto o FISH utiliza lâminas simples e marcação direta dos cromossomos, o CGH array utiliza lâminas específicas com um painel de genes e requer a hibridização com uma amostra de DNA pura do paciente. A visualização dos resultados também difere, sendo feita no microscópio e na tela do notebook no FISH, e no scanner array e no notebook no CGH array.
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