A acumulação de folhas de plantas, esterco, sobra de ração e fezes no fundo do viveiro deve ser evitada porque é uma fonte de amônia no cultivo de peixes, proveniente da decomposição dos restos de rações não consumidos, acumulação de folhas de plantas, excreção de urina dos peixes. O nível de amônia aumenta proporcionalmente ao aumento da quantidade de alimento fornecido aos peixes e em situação de temperatura e pH elevados, promovendo a formação de amônia não ionizada (NH3), tóxica para os organismos aquáticos. Além disso, nos viveiros em piscicultura, o principal local de ocorrência da desnitrificação é no sedimento, pois, além das baixas condições de oxigenação, há disponibilidade de grande quantidade de substratos orgânicos.
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