A principal diferença entre a sinapse química e a sinapse elétrica é o modo como a informação é transmitida entre as células. Na sinapse química, a informação é transmitida por meio de neurotransmissores, que são liberados pela célula pré-sináptica e se ligam aos receptores da célula pós-sináptica. Já na sinapse elétrica, a informação é transmitida diretamente por meio de íons e correntes elétricas que passam pelas junções comunicantes entre as células. Outra diferença importante é que as sinapses químicas são mais lentas, unidirecionais e permitem a amplificação do sinal, enquanto as sinapses elétricas são bidirecionais e muito mais rápidas, mas não permitem a amplificação do sinal.
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