O produto de interesse pode estar localizado em diferentes etapas do processo biotecnológico, dependendo do tipo de produto e do processo utilizado. Por exemplo, em um processo de produção de proteínas recombinantes, o produto pode estar presente no meio de cultura, nas células bacterianas ou no sobrenadante após a lise celular. A localização do produto de interesse pode influenciar no processo de separação e purificação, pois cada etapa de separação é projetada para remover impurezas específicas e concentrar o produto de interesse. Por exemplo, se o produto estiver presente no meio de cultura, pode ser necessário realizar uma etapa de clarificação para remover células e detritos celulares antes de prosseguir para a etapa de purificação. Se o produto estiver presente nas células bacterianas, pode ser necessário realizar uma etapa de lise celular para liberar o produto antes de prosseguir para a etapa de purificação. Portanto, a localização do produto de interesse é um fator importante a ser considerado no processo de separação e purificação em biotecnologia.
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