Os principais marcadores moleculares utilizados especificamente para análise genética são: Isoenzimas, Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição - RFLP, Marcadores Baseados em Reação da Polimerase em Cadeia - PCR, Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso - RAPD, Marcadores Baseados na Amplificação de Microssatélites e Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos Amplificados - AFLP.
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