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Durante a replicação do DNA, a ligação fosfodiéster é formada pela ligação covalente entre o grupo fosfato de um nucleotídeo e o carbono 3' do açúcar de outro nucleotídeo. Essa ligação ocorre por meio de uma reação de condensação, que libera uma molécula de água. Já as pontes de hidrogênio são formadas entre as bases nitrogenadas complementares, ou seja, a adenina (A) se liga à timina (T) por duas pontes de hidrogênio, enquanto a guanina (G) se liga à citosina (C) por três pontes de hidrogênio. Essas pontes de hidrogênio são importantes para manter a estabilidade da dupla hélice do DNA e garantir a fidelidade da replicação, já que as bases nitrogenadas complementares se unem sempre da mesma forma.
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