As micobactérias, como o Mycobacterium tuberculosis, possuem uma parede celular rica em lipídios, como ácidos micólicos, que dificultam a penetração do corante cristal violeta durante a coloração de Gram. Por isso, essas bactérias não são coradas pelo método de Gram e são consideradas ácido-álcool resistentes. Já as bactérias gram-positivas possuem uma parede celular espessa de peptidoglicano, que retém o corante cristal violeta, enquanto as bactérias gram-negativas possuem uma parede celular mais fina de peptidoglicano e uma camada externa de lipopolissacarídeos, que são coradas pelo corante vermelho safranina.
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