Vamos analisar cada uma das alternativas em relação à presença portuguesa na América no período pré-colonial e o papel da população de náufragos, desertados e degredados: (A) se opôs à instauração do sistema de capitanias hereditárias. - Não há evidências de que essa população tenha se oposto a esse sistema, que foi uma estratégia da Coroa. (B) se aliou aos indígenas para impedir a instalação de engenhos. - Embora houvesse interações, a população de náufragos e desertores não tinha um papel significativo na resistência à instalação de engenhos. (C) desejava a emancipação da colônia para criar um reino protestante. - Essa afirmação não é correta, pois a maioria dos portugueses na colônia era católica e não havia um movimento significativo para criar um reino protestante. (D) contribuiu para efetivar o domínio da Coroa sobre as terras brasileiras. - Essa opção é a mais correta, pois muitos desses indivíduos ajudaram a consolidar a presença portuguesa e a estabelecer o domínio da Coroa. (E) foi a responsável pelo início do tráfico de pessoas escravizadas africanas. - O tráfico de escravizados começou posteriormente e não pode ser atribuído a essa população. Portanto, a alternativa correta é: (D) contribuiu para efetivar o domínio da Coroa sobre as terras brasileiras.