Para classificar as plantas em táxons na taxonomia vegetal, o principal critério utilizado é a relação genética e a história evolutiva das espécies. Isso se deve ao fato de que a taxonomia moderna se baseia em características genéticas e filogenéticas para entender as relações entre os organismos. Analisando as alternativas: a) Estrutura do caule e morfologia das raízes - Embora importantes, não são o principal critério. b) Habitat em que crescem - O habitat pode variar muito e não é um critério taxonômico fundamental. c) Morfologia das folhas e sementes - Também relevante, mas não é o principal critério. d) Relações genéticas e história evolutiva - Esta é a alternativa correta, pois reflete a abordagem moderna da taxonomia. Portanto, a resposta correta é: d) Relações genéticas e história evolutiva.