Vamos analisar cada uma das alternativas sobre o sequestro de bens no Código de Processo Penal: A) O processamento e o julgamento da medida de sequestro são realizados nos autos principais. - Esta afirmação não é correta, pois o sequestro é uma medida cautelar que possui um procedimento próprio, separado dos autos principais. B) Os bens sequestrados poderão, por decisão judicial e demonstrado o interesse público, ser destinados à Guarda Municipal. - Essa alternativa não é correta, pois a destinação dos bens sequestrados não é feita para a Guarda Municipal, mas sim para a administração pública ou para a venda e destinação dos valores. C) Os valores apurados com a venda dos bens serão destinados, em regra, ao Poder Judiciário. - Esta afirmação também não é correta, pois os valores obtidos com a venda dos bens sequestrados são destinados, em regra, à reparação de danos às vítimas e ao fundo de que trata a Lei de Lavagem de Dinheiro, e não ao Poder Judiciário. D) Os embargos contra o sequestro deverão ser julgados antes do trânsito em julgado da sentença condenatória. O terceiro que adquiriu o bem gratuitamente pode opor embargos de terceiro. - Esta alternativa é correta, pois os embargos de terceiro podem ser opostos por quem não é parte no processo e que tenha interesse na manutenção do bem, e devem ser julgados antes do trânsito em julgado da sentença. Portanto, a alternativa correta é: D.