Para responder à questão sobre a aplicação da lei processual penal no tempo, precisamos analisar as alternativas apresentadas. A aplicação da lei processual penal no tempo é regida por alguns princípios, sendo um deles o princípio da ultratividade da norma, que permite que a norma processual anterior continue a ser aplicada a processos em andamento, salvo disposições em contrário. Vamos analisar as alternativas: A) Sistema das fases processuais - Refere-se à estrutura do processo, mas não é um princípio que rege a aplicação da lei no tempo. B) Sistema do isolamento dos atos processuais - Também não é um princípio relacionado à aplicação da lei no tempo. C) Princípio do tempus delicti - Este princípio se refere ao momento do crime, não à aplicação da lei processual penal no tempo. D) Princípio da ultratividade da norma, em regra - Este é o princípio correto, pois trata da continuidade da aplicação da norma anterior aos processos em andamento. E) Sistema da unidade processual - Refere-se à unidade do processo, mas não é um princípio que rege a aplicação da lei no tempo. Portanto, a alternativa correta é: D) princípio da ultratividade da norma, em regra.