Para responder a essa questão, precisamos entender como funciona o registro de alterações contratuais de acordo com o Código Civil e a Lei nº 8.934/1994. Quando uma alteração contratual é registrada fora do prazo, a regra geral é que os efeitos dessa alteração se dão a partir da data em que o registro é efetivado, ou seja, a partir da data do protocolo na Junta Comercial. Vamos analisar as alternativas: A) a partir da publicação no Diário Oficial - Isso não é correto, pois a publicação é uma formalidade, mas não é o momento em que os efeitos começam a contar. B) desde o início das atividades empresariais - Essa opção não se aplica, pois a alteração contratual não retroage para o início das atividades. C) a partir da assinatura do documento - Não é correto, pois a assinatura não garante os efeitos legais até que o registro seja feito. D) a partir da data do protocolo na Junta Comercial - Esta é a alternativa correta, pois o registro fora do prazo produz efeitos a partir da data em que foi protocolado. E) a partir da data da concessão do registro - Isso também não é correto, pois a concessão do registro é o momento em que a Junta Comercial aceita o registro, mas não é o mesmo que o protocolo. Portanto, a resposta correta é: D) a partir da data do protocolo na Junta Comercial.