De que forma o sistema imune inato percebe a presença de um patogeno?

O sistema imune inato tem uma percepção inespecífica a um patógeno, ou seja, independente da natureza do antígeno a resposta sempre será a mesma e sem memória celular, só mudando a intensidade e duração. A primeira forma que esse sistema percebe esses agentes são pelas células efetoras, a primeira dela são os neutrófilos, quando um patógeno rompe as barreiras imunológicas fisicas (epiderme), químicas (ácidos estomacais, vaginais, etc) e biológicas (micro-organismos comensais - a flora intestinal), são os neutrófilos os primeiros a agir, são celulas fagocíticas que "captam" esses agentes e os destroem em seus fagolissomos tendo muitas proteases, enzimas, etc. Outra célula efetora importante é a célula natural Killer (NK), ela é citotóxica e destroe células infectadas e alguns tipos de tumores, os mastócitos, eosinofilos e basófilos também atuam na resposta imune inata; Ex: Mastócitos secretam histamina que é um tipo de substância vasoativa que vai facilitar o acesso de outras moléculas importantes para a destruição do agente nocivo como os linfócitos presentes na corrente sanguinea, eles vão passar por maturação no processo de diapedese e se tornar de fato ativos. Voltando aos neutrófilos, eles sintetizam também citocinas como o fator de necrose tumoral alfa, interleucinas, etc... as citocinas são importantes mensageiras celulares e "avisam" outras células a presença de patógenos e as preparam para reagir, é importante lembrar que o processo inflamatório é muito importante na imunidade inata e que essa imunidade acabará ativando a imunidade adquirida tanto a celular (ativação dos linfócitos B e linfócitos T), quando a humoral (relacionada com fluídos circulantes, opsonização de antígenos, etc). Em sintese os tipos celulares da imunidade inata são: monócitos (na corrente sanguínea, se torna macrófago livres ou fixos nos tecidos), macrófagos, neutrófilos (polinucleada, vida curta, é a mais abundante no sangue, 1° defesa, tem muitas enzimas lisossômicas), células NK (não madura no Timo, não tem receptor especifico p/ Ag), mastócitos, basófilos, células dendríticas, células apresentadoras de antígenos (APC) captam os Ag e os apresentam aos linfócitos T (que atuam na imunidade adquirida). Espero ter ajudado um pouco, é um tema bem complexo mesmo :) 

A imunidade inata é a primeira linha de defesa do organismo, com a qual ele já nasce. É uma resposta rápida, não específica e limitada aos estímulos estranhos ao corpo. É representada por barreiras físicas, químicas e biológicas, células e moléculas, presentes em todos os indivíduos.

As células apresentadoras de antígeno (APC) são parte do sistema imune inato capazes de realizar fagocitose de microorganismos patógenos presentes no hospedeiro, digeri-los em peptídeos e de apresentar esses peptídeos na superfície externa de sua membrana, através de um complexo proteico denominado Complexo principal de histocompatibilidade (MHC). Todas células nucleadas possuem MHC tipo I e podem apresentar antígenos, mas apenas algumas poucas células possuem o MHC tipo II, essas sao consideradas apresentadores de antígenos profissionais.

As células apresentadoras de antígenos profissionais, que possuem MHC tipo II para ativar linfócitos T auxiliares, são :

1.     Células dendríticas (células de Langerhans);
2.     Fagócitos mononucleares: Monócitos e Macrófagos;
3.     Alguns linfócitos B;
4.     Células epiteliais do timo.

fonte:https://www.infoescola.com/biologia/sistema-imunologico/