A utilidade do DNA do cloroplasto (cpDNA) em Eucalyptus, seja como marcador molecular para estudos genéticos ou como veículo potencial para manipulação genética, baseia-se no conhecimento de seu modo de herança. A herança de cloroplasto nas angiospermas pode variar entre e dentro das espécies, e herança anômala foi relatada em algumas combinações híbridas interespecíficas. No eucalipto, anormalidades no crescimento do tubo de pólen ocorrem em várias combinações interespecíficas-híbridas, e isso pode aumentar a probabilidade de transmissão de cloroplasto anômalo.
A diferença entre o cpDNA de réplicas foi frequentemente maior que as diferenças entre espécies de diferentes séries. O baixo nível de variação do cpDNA e extensa inter-relação morfológica entre os endêmicos sugerem especiação. No entanto, a transferência de cpDNA através de hibridação entre linhagens é a explicação mais provável para os compartilhamentos de cpDNA entre as séries de plantas.
Portanto, a herança do eucalipto será paterna.
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