Serve para o recrutamento de proteínas que causam a compactação da cromatina, impedindo que a enzima RNA-polimerase se ligue à molécula. Dessa forma não ocorre a expressão gênica, uma vez que a RNA-polimerase é a enzima responsável pela transcrição, ou seja, pela síntese de RNA a partir da informação contida na fita do DNA.
A metilação em DNA, que pode ocorrer em Citosina ou Guanina, é a adição de um grupamento Metil naquela molécula o que a torna maior, diferenciando-a da sua estrutura normal e dificultando que esta seja reconhecida pela RNA polimerase como algo que não deve ser expresso. Sendo assim, a metilação do DNA é responsável pela diminuição ou inibicação da expressão gênica
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