alem da diferença de permeabilidade, As bactérias Gram-positivas retém o cristal violeta devido à presença de uma espessa camada de peptidoglicano (polímero constituído por açúcares e aminoácidos que originam uma espécie de malha na região exterior à membrana celular das bactérias) em suas paredes celulares, apresentando-se na cor roxa.Já as bactérias Gram-negativas possuem uma parede de peptidoglicano mais fina que não retém o cristal violeta durante o processo de descoloração e recebem a cor vermelha no processo de coloração final.
As bactérias gram-positivas têm uma camada de peptideoglicano espessa que contém ácido teicoico e ácidos lipoteicoicos. As gram-negativas têm uma camada fina de peptideoglicano e uma membrana externa que contém lipopolissacarídeo, fosfolipídeos e proteínas. Elas apresentam o espaço periplasmático entre as membranas citoplasmática e externa, o qual contém proteínas de transporte, degradativas e de síntese de parede celular.
Portanto, concluímos que a diferença entre elas é que as gram-positivas apresentam espessa camada de peptideoglicano e as gram-negativas apresentam fina camada de peptideoglicano, além de apresentarem espaço periplasmático e membrana externa.
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