O ciclo do nitrogênio começa com a nitrificação do nitrogênio pelas bactérias fixadoras, produzindo amônia e, posteriormente, nitrato. As plantas se beneficiam desse nitrato para sintetizar ATP, DNA, RNA e proteínas, servindo de alimento para os animais. Quando esses animais morrem, a sua decomposição gera amônia que retorna à atmosfera sob a forma de nitrogênio. Essa devolução de nitrogênio à atmosfera é realizada por outras bactérias, chamadas de desnitrificantes.
Portanto, as bactérias fixadoras não conseguem devolver o nitrogênio para a atmosfera.
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