Auxilam na redução da energia de ativação, pela adaptação conformativas com o substrato, mesmo que possua alta espicificidade. Essa última, tem importância na atuação direcionada de substratos. "O sítio ativo das enzimas é estruturado de modo tal que algumas dessas ligações fracas ocorrem preferencialmente no estado de transição, estabilizando esse estado."
Referências: "Princípios de Bioquímica, Lenhinger - 6ª Edição"
A estrutura tridimensional disso é o que determina a especificidade das enzimas. Apenas um substrato específico pode entrar no sítio ativo.
Dentro do sítio ativo existem certos aminoácidos que intervêm na ligação do substrato à enzima e são chamados de resíduos de ligação, enquanto aqueles que participam ativamente da transformação química do substrato são conhecidos como resíduos catalíticos.
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