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Bioquímica Aminoácidos, peptídeos e proteínas Profª Ma. Camila Hossotani Proteínas • Ocorrem em grande variedade; • Milhares de diferentes tipos podem ser encontrados em uma única célula • Desempenham diversas funções Proteínas • Subunidades monoméricas • Todas proteínas são formadas a partir dos 20 aminoácidos existentes. • Os aminoácidos se ligam de modo covalente em uma sequência linear característica Proteínas • Células produzem proteínas com propriedades e atividades completamente diferentes • Ligando os mesmos 20 aminoácidos • Combinações e sequências muito diferentes Aminoácidos • Os aminoácidos um grupo amino (-NH2) e um grupo carboxila (-COOH); • Exceção: prolina, que contém um grupo imino (-NH-) Carbono alfa/ centro quiral Na glicina, o grupo R é outro átomo de hidrogênio e por isso não se trata de um carbono quiral • Os aminoácidos têm dois estereoisômeros possíveis As proteínas são feitas por L-aminoácidos • Todas as proteínas encontradas nos seres vivos são formadas por L-aminoácidos. • Os D-aminoácidos aparecem somente em certos antibióticos e em peptídeos componentes da parede de algumas bactérias Ou em etapas da síntese proteica ou produtos intermediarios Propriedades das cadeias laterais dos aminoácidos • São importantes para a conformação das proteínas e portanto sua função • De acordo com seu grupo R podem ser classificados em: 1. Aminoácidos apolares (Grupo R hidrofóbico) 2. Aminoácidos polares (grupo R hidrofílico). Considerando pH neutro Grupos R apolares, alifáticos Grupos R apolares, alifáticos • A glicina tem a estrutura mais simples por isso contribui pouco para interações hidrofóbicas • A metionina, um dos dois aminoácidos que contém enxofre, tem um grupo tioéter ligeiramente apolar em sua cadeia lateral. Grupo Alquila Grupos R aromáticos São relativamente apolares Grupos R polares, não carregados • São mais solúveis em água, porque eles contêm grupos funcionais que formam ligações de hidrogênio com a água Grupos R polares, não carregados • Os grupos hidroxila da serina e treonina e os grupos amida da asparagina e glutamina contribuem para suas polaridades Grupos R carregados negativamente (ácidos) • Asparagina e a glutamina são as amidas de dois outros aminoácidos também encontrados em proteínas – aspartato e glutamato OH - NH3 Pode ser hidrolisadas por ácido ou base Grupos R carregados negativamente (ácidos) • Asparagina e a glutamina são as amidas de dois outros aminoácidos também encontrados em proteínas – aspartato e glutamato OH - NH3 Pode ser hidrolisadas por ácido ou base Grupos R polares, não carregados • A cisteína é um caso isolado: sua polaridade, devida ao seu grupo sulfidrila, é bastante modesta. Cisteína é um ácido fraco e pode fazer fracas ligações de hidrogênio com o oxigênio ou nitrogênio aminoácido dimérico de cisteína • A cisteína é prontamente oxidada para formar um aminoácido dimérico por ligação dissulfeto. Levemente polar Apolar Grupos R carregados positivamente (básicos) • Os aminoácidos nos quais os grupos R têm uma carga positiva significativa em pH 7,0 segundo grupo amino Grupo guanidíno grupo imidazol aromático Grupos R carregados positivamente • A histidina pode ser positivamente carregada (forma protonada) • E não carregada em pH 7,0 • Seus resíduos facilitam muitas reações catalisadas por enzimas, funcionando como doadores/aceptores de prótons. Ionização dos aminoácidos • A carga elétrica dos aminoácidos pode variar conforme o pH Meio muito ácido Meio muito alcalinoMeio neutro Dipolar Aminoácidos têm curvas de titulação características • Pode-se se realizar titulação com aminoácidos também • Os aminoácidos também possui curva de titulação • Entretanto são duas ou mais curvas de titulação, uma para NH3 e outra para COOH Relembrando: A titulação ácido-base envolve a adição ou remoção gradual de prótons Peptídeos e proteínas Polímeros de aminoácidos Ligações entre aminoácidos formam os peptídeos Vários peptídeos formam os polipeptídios Peptídeos são cadeias de aminoácidos • Ligação peptídica – perda de H2O Dipeptídeo Os aminoácidos passam a ser chamados de resíduos Peptídeos são cadeias de aminoácidos • Oligopeptídeo – ligação entre alguns aminoácidos • Polipeptídeo: -ligação entre vários aminoácidos Leu Glu GlySer Ala aminoácido Peptídeos são cadeias de aminoácidos • Aminoterminal ou N-terminal Carboxiterminal ou C-terminal Peptídeos são cadeias de aminoácidos Ser, Gly, Ala, Leu N-terminal sempre na esquerda C-terminal sempre na direita Cadeias de polipeptídeos • Algumas proteínas podem ter uma cadeia ou duas ou mais cadeias polipeptidicas associadas Proteínas multissubunidade Neste tipo de proteína as cadeias podem ser idênticas ou diferentes Cadeias polipeptídicas Ex: Hemoglobina Pelo menos duas cadeias são idênticas: oligomérica Protômeros: unidades polipeptídicas idênticas Algumas proteínas contêm outros grupos químicos além dos aminoácidos • Proteínas conjugadas - contêm componentes químicos permanentemente associados Essas proteínas estão associadas a lipídios, carboidratos, metais e funcionam somente nessas condições O químico a qual ela está associada é conhecido como grupo prostético A estrutura de proteínas • A função de uma proteína está intimamente relacionada a sua estrutura. A função de uma proteína depende de sua sequência de aminoácidos • Algumas observações: 1. Proteínas com funções diferentes sempre possuem sequências de aminoácidos diferentes. 2. Proteínas podem ser polimórficas: pequenas diferenças nas sequencias de aminoácidos, porém mesma função ou função semelhante A estrutura de proteínas • A sequencia dos aminoácidos que são importantes para esse tipo de organização A estrutura de proteínas • Proteínas nativas: • Proteínas dobradas, em qualquer uma de suas conformações funcionais Quimiotripsina (enzima digestiva) EX: A estrutura de proteínas • As interações químicas que estabilizam a conformação nativa: 1. Ligações dissulfeto (covalentes) 2. Ligações de hidrogênio 3. Interações hidrofóbicas e iônicas Quimiotripsina A estrutura das proteínas • Secundárias – α hélice (alfa-hélice) Ligações de Hidrogênio A estrutura das proteínas • Secundárias – α hélice (alfa-hélice) Ligações de Hidrogênio As ligações de hidrogênio: 1. Entre o oxigênio da carbonila 2. ao grupo NH- do quarto resíduo (aminoácido) a frente 1 2 2 A estrutura das proteínas • Existe aminoácidos que quebram a α-hélice: 1. Prolina seu grupo amino secundário não é compatível • Insere uma dobra • Não fica na forma de hélice A estrutura das proteínas • Existe aminoácidos que quebram a α-hélice: 2. Aminoácidos carregados: formam ligações iônicas ou repulsão eletrostática. • Insere uma dobra • Não fica na forma de hélice **principalmente se estiverem em sequencias Estrutura das proteínas • Secundária -Folha β Pontes de Hidrogênio perpendiculares Estrutura das proteínas • Secundária Folha β Pontes de Hidrogênio perpendiculares Estrutura das proteínas • As pontes de hidrogênio podem ser: • Intercadeias- cadeias peptídicas separadas • Intracadeias- mesma cadeia peptídica que se dobra sobre si mesma. Estrutura das proteínas • Curvaturas β a) Revertem a direção de uma cadeia polipeptídica b) Auxilia na formação compacta globular c) Normalmente formadas por prolinas, glicinas ou resíduos carregados d) São estabilizadas por pontes de hidrogênio e ligações iônicas Estrutura das proteínas • Estruturas supersecundárias/motivos • É um padrão de enovelamento Identificável • Com dois ou mais elementos da estrutura secundária e a conexão (ou conexões) entre eles A estrutura das proteínas • Terciária 1. São compactas 2. Alta densidade 3. Porção hidrofóbica no interior 4. Porção hidrofílica na superfície A estrutura das proteínas• Terciária – Domínios • Unidades funcionais com estrutura tridimensional • Feito por motivos/supersecundarias Domínio da piruvato-cinase (enzima glicolítica) A estrutura das proteínas • Terciária – Interações que estabilizam 1. Pontes de dissulfeto A estrutura das proteínas • Terciária – Interações que estabilizam 2. Interação hidrofóbica A estrutura das proteínas • Terciária – Interações que estabilizam 3. Pontes de hidrogênio A estrutura das proteínas • Terciária – Interações que estabilizam 4. Ligações iônicas R negativamente carregado + R positivamente carregado Hidrofóbica Ponte de hidrogênio Iônica Estrutura das proteínas • Terciária - Dobramento proteico Estrutura das proteínas • Terciária - Dobramento proteico Estrutura das proteínas • Desnaturação proteica • Desorganização/desdobratamento • Perde conformação nativa- irreversível na maioria dos casos ➢Ácidos e bases fortes ➢Detergente ➢Íons de Metais pesados (chumbo e mercúrio) ➢Calor Estruturas proteicas • Quaternárias a. Várias subunidades de Estruturas terciarias b. As subunidades podem trabalhar conjuntas ou separadas Dobramento inadequado • Estão associados a algumas doenças • Amiloidose - Alzheimer Dobramento inadequado • Estão associados a algumas doenças • Doença do Príon Até a próxima Aula Enzimas
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