A importância de estudos relacionados a esses organismos, têm despertado o interesse pelo desenvolvimento de técnicas avançadas de microscopia, tais como: detecção imunológica, para reconhecer algum antígeno ou anticorpo, imunofluorescência, usada para estudar bactérias diazotróficas.
A microscopia de contraste de fase auxilia na visualização dos microrganismos ainda vivos, sem o uso da técnica de coloração, utilizando somente o contraste, visto que existe a diferença de fase em relação aos raios luminosos, que atravessam os microrganismos.
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