Trato intestinal do homem e de animais: o conteúdo intestinal é rico em quantidade e diversidade de micro-organismos, sendo a principal fonte de contaminação dos alimentos por espécies enteropatogênicas, tais como Escherichia coli, Salmonella, Campylobacter, Shigella, entre outras.
Pele e couro dos animais: importante fonte de contaminação para o leite quando este é obtido sem os cuidados higiênicos necessários. O leite é frequentemente contaminado pela microbiota do úbere, pele e cauda das fêmeas.
Utensílios: bandejas, recipientes, facas, equipamentos, placas de corte, superfícies de contato desempenham importante papel na contaminação dos alimentos. Limpezas precárias acompanhadas de desinfecções inadequadas resultam na transmissão de micro-organismos de um alimento a outro (contaminação cruzada) e ainda levam à formação dos biofilmes microbianos.
Manipuladores de alimentos: sem dúvidas é um dos mais importantes, senão o mais importante disseminador de doenças transmitidas por alimentos. A microbiota presente nas mãos, pele e roupas dos manipuladores pode ter origem no solo, água, poeira e outros ambientes. A microbiota da boca, fossas nasais, pele e do trato gastrintestinal podem contaminar os alimentos quando os manipuladores não observam e cumprem regras básicas de higiene para manipulação dos alimentos.
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