A água de lastro pode causar problemas ambientais e de saúde pública, uma vez que pode conter esgoto e materiais tóxicos, além de espécies animais e vegetais endêmicos.
Estudos realizados no Brasil demonstram que várias espécies de bactérias, plantas e animais podem sobreviver na água de lastro e nos sedimentos transportados pelos navios. A emissão de água de lastro com organismos patogênicos e exóticos geram danos à flora e a fauna das regiões costeiras permitindo o estabelecimento de organismos aquáticos nocivos e agentes patogênicos, podendo representar uma ameaça à vida humana, aos animais e gerando impactos econômicos e sociais
A água de lastro é utilizada pelos navios para balancear o peso da embarcação. Isso se torna um problema ambiental global quando grandes navios que transitam por todo o mundo precisam encher e esvaziar o lastro. Quando um navio enche o lastro em determinada região do mundo, consequentemente essa água pode conter organismos endêmicos dessa região que não oferecem risco nenhum em seu lugar de origem mas, se forem introduzidos em um novo lugar, a espécie pode se tornar uma praga em outras regiões do mundo ou até mesmo ganhar na competição do espaço das regiões que foram liberadas. Esses organismos são conhecidos também como bioinvasores.
Um exemplo de bioinvasor mais conhecido é o coral-sol. É uma espécie nativa do Oceano Pacífico, mas que chegou no Atlântico fixados em plataformas de petróleo (possuem facilidade de fixação em substratos artificiais). É um organismo que resistente que compete espaços com outros corais nativos daqui do Atlântico e consegue ganhar. Sendo assim, cada vez mais que cresce a população de coral-sol, diminui a diversidade dos corais endêmicos. Isso reflete em um efeito bottom-up (baixo pra cima) de impacto nas relações ecológicas estabelecidas nos recifes de corais e pode afetar organismos que habitam ou se beneficiam dos recifes e, consequentemente, nós, humanos.
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