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Transcrição e processamento do mRNA RNA é ácido ribonucleico, sintetizada a partir da molécula de DNA formada por um único filamento de nucleotídeos uma fita simples, suas bases nitrogenadas são: • adenina e guanina(bases purinas) • citosina, uracila e timina (bases pirimidinas). • O açúcar presente no RNA é uma ribose que é uma pentose. • Transcrição: é a primeira etapa da expressão gênica, onde o objetivo é fazer uma cópia de RNA a partir da sequência do DNA. Sendo que a Transcrição é realizada por uma enzima denominada RNA POLIMERASE que usa um modelo de DNA de fita simples, para sintetizar uma fita complementar de RNA no sentido 5’→3’ e acontecendo em alguns estágios como a iniciação, alongamento e término . Porém nos Procariontes a RNA Polimerase é única para sintetizar todos os tipos de RNA da célula (mRNA, tRNA, rRna), já nos Eucariontes são 3 tipos a RNA Polimerase I para a síntese de rRNA (ribossômico); a RNA Polimerase II para a síntese de mRNA (mensageiro) e a RNA Polimerase III para a tRNA (transporte). Priscila_Lopes@biomed2021 DOGMA CENTRAL – está definido como a base da Biologia e dos estudos da área da ciência, onde, pois ele explica como ocorre o fluxo de informações do código genético. DNA ↔ RNA → PROTEÍNA Onde a molécula de DNA, vai servir como molde para a criação da fita simples de RNA, para ser formada a proteína. A cadeia molde para a fita de RNA parte através de uma das fitas de DNA, ou seja, a fita que começa com 3’→5’, e o RNA passa a ser 5’→3’. Caso não tenha a fita de RNA (caso precise realizar a PCR em laboratório), poderá ser feita a transcrição reversa para obter a fita molde de DNA e assim realizar a análise desejada. A diferença do açúcar do DNA para o RNA é a ausência ou presença do grupo hidroxila (OH-) no carbono 2 da pentose • Ribose = presença de hidroxila no carbono 2 • Desoxirribose = presença somente do hidrogênio no carbono 2 OS TIPOS DE mRNA (mensageiro) • mRNA: O RNA mensageiro contéma informação que será complementar ao tRNAno processo de tradução, resultado a síntese de proteínas. • tRNA: já o RNA transpostador é o que transporta o aminoácido, de acordo com as bases nitrogendas que estão presentes no mRNA. Essa região de reconhecimento é chamada de anti-códon. • rRNA: por fim o RNA ribossomico que está presente nos ribossomos das células procariontes e eucariontes. mRNA - Contém a informação sobre a proteína – usado como molde para determinar a sequência de aminoácidos. Citoplasmático –mRNA: • 1000 a 10.000 nucleotídeos; • Sintetizado no núcleo; • Representa cerca de 5% do RNA total de uma célula; • É um transcrito primário. tRNA - Realiza transferência de aminoácidos no processo de tradução da síntese proteica junto aos ribossomos. São moléculas de RNA de fita simples, de pequeno tamanho, contendo, cada uma, cerca de 74 a 94 nucleotídeos. Citoplasmático –tRNA: ▪ Sintetizado no nucleoplasma; ▪ Há no mínimo um tipo de tRNA específico para cada um dos 20 tipos de aminoácidos ▪ Representam cerca de 15% do RNA total. O processamento dos RNAm compreende a remoção dos íntrons e a agregação de duas estruturas, chamadas de cap e poli A, a primeira extremidade 5’ e a segunda na extremidade 3’ da molécula, estas modificações são necessárias para que os RNAm possam sair do núcleo e funcionar no citosol. Nos Procariontes→ mRNA é transcrito e traduzido em um único compartimento celular e os 2 processo ocorrem acopladamente. Nos Eucariontes→ a síntese e maturação do mRNA ocorre no núcleo, após maturação, o mRNA é exportado para o citoplasma e traduzido em proteínas. rRNA - Formam a estrutura básica do ribossomo e catalisam a síntese proteica. Citoplasmático –rRNAs: ▪ 28S -5400 nucleotídeos - nucléolo; ▪ 18S -2100 nucleotídeos – nucléolo; ▪ 5,8S – 150 nucleotídeos – nucléolo; ▪ 5S – 120 nucleotídeos – nucleoplasma; ▪ Juntos representam cerca de 80% do RNA total de uma célula. Tradução: é a consiste na leitura do mRNA (mensageiro), onde é traduzida numa sequência de aminoácidos e esse processo ocorre em 3 etapas: iniciação, alongamento e finalização. As informação presente no mRNA é organizada em códons (conjunto de 3 nucleotídeos), que é reconhecida pelos anticódon presentes nos tRNA’s que transportam os resíduos de aminoácidos. O processo de síntese proteica é iniciado em geral pelo códon AUG (códon de iniciação) que específica, tendo por base o código genético, o aminoácido metionina. Já o alongamento ocorre quando os fatores de início desligam-se e o ribossomo está pronto a receber o segundo aminoácido-tRNA e a formar a primeira ligação peptídica catalisada por uma peptidil-transferase. A terminação da síntese da cadeia peptídica ocorre quando, surge um dos códon de terminação (UAA, UAG e UGA), onde a síntese proteica é bloqueada. Os ribossomos são extruturas celulares presentes, tanto em células procariontes quanto em eucariontes, onde são constituidos de 2 subunidades (maior e menor)e ambas são sintetizadas no nucléolo (na estrutura nuclear densa, que tem a principal função a síntese dessas subunidades). - cada subunidade contém um tipo de ácido nucleíco - Quando essas subunidades são formadas, elas saem do núcleo e vão para o citoplasma, onde se organiza para montar o ribossomo e realizar a leitura do mRNA. * Subunidade Maior: 28S, 5S, 5,8S (eucariontes) *Subunidade Maior: 5S, 23S (procariontes) *Subunidade Menor: 18S (eucariontes) *Subunidade Menor: 16S (procariontes) javascript:OpenPage('531','100','100','650','600') RNA POLIMERASE As polimerases do RNA são enzimas que catalisam a síntese de RNA, tendo como molde uma fita de DNA; ✓ As polimerases do RNA são capazes de iniciar uma nova cadeia de RNA a partir de um molde de DNA, sem precisar de iniciador (primer); ✓ Procariontes: possuem apenas um tipo de polimerase do RNA; ✓ Eucariontes: possuem três tipos de RNA polimerase; ✓ RNA polimerases: formadas por múltiplas cadeias polipeptídicas e possuem massa ao redor de 500 mil Dalton; ✓ As células de mamíferos contêm entre 20.000 e 40.000 moléculas de cada uma das polimerases do RNA, sendo que suas concentrações são reguladas individualmente de acordo com a taxa de crescimento da célula. Essa RNA POLIMERSA irá adicionar os nucleotídeos complementares a filta molde de DNA. Se o DNA tem ADENINA, a próxima será URACILA, pois, RNA NÃO TEM TIMINA. O complementariedade. sentido será 5’→3’, porque a fita molde é no sentido 3’→5’, onde a DNA polimerase adiciona os nucleotídeos por complementariedade. A RNA Polimerase não precisa de Primers (sequências iniciadoras) para ativar o sequenciamento. RNA POLIMERASE - PROCARIONTES Nos procariontes temos somente uma enzima, que contempla 2 cadeias alfas e 2 cadeias beta (beta e betalinha) , onde essa enzima não está ativa nos procariontes. A enzima só se torna´ra ativa quadn otemos a ligação de um faotr que está na presente nos eucariontes, que é o fator Sigma. Esse fator, quando interage com esses componentes da RNA Polimerase, torna-se essa enzim,a ativa, dando o ínicio ao processo de transcrição nos procariontes (Holoenzima). DNA polimerase → procura a sequência promotora → fator Sigma ↓ Transcrição do ← obtém a fita molde ← DNA desnaturado ← Identifica RNA (início) 3’→5’ Transcrição Procariotos Início das Cadeias de RNA: Envolve três etapas, que são: - Ligação de uma holoenzima RNA polimerase a uma região promotora no DNA; Desenvolvimento localizado dos dois filamentos de DNA pela RNA polimerase,dando um filamento molde livre para pareamento de bases com os ribonucleotídios que chegam; Formação de ligações fosfodiéster entre os primeiros ribonucleotídios na cadeia de RNA nascente. - Região Promotora: pequena sequência de nucleotídeos reconhecida por uma RNA polimerase como ponto onde deve se ligar ao DNA para iniciar a transcrição. - Promotores apresentam sequências de consenso (sequências de nucleotídeos que estão presentes em elementos genéticos conservados para serem reconhecidas) altamente conservadas que são reconhecidas pela enzima. Sequências de consenso: 35: 5’-TTGACA-3’ 10: 5’-TATAAT-3’ Alongamento das Cadeias de RNA: Ocorre dentro da bolha de transcrição. A polimerase continuamente desenrola o DNA a sua frente e enrola o DNA que está atrás do sítio de transcrição (já foi transcrito). A cadeia de RNA nascente vai se desligando do DNA à medida que a RNA polimerase se move pela dupla hélice. A região de pareamento DNA-RNA é muito curta (cerca de três pares de bases). Figura 8: Separação local dos dois filamentos de DNA (regiões de genes). Um dos filamentos de DNA atua como molde. RNA polimerase adiciona ribonucleotídios no sentido 5’-3’. Pareamento entre nucleotídeos complementares (pontes de H). Término: Ocorre quando a RNA polimerase encontra um sinal de término – o complexo de transcrição se dissocia e há liberação da molécula de RNA. Existem dois tipos de terminadores em E. coli: Terminadores dependentes de rô (resulta no término da transcrição apenas na presença da proteína chamada rô) Terminadores independentes de rô (resulta no término da transcrição sem o desenvolvimento da proteína rô). Os terminadores independentes de rô: apresentam sequências nucleotídicas ( rica em C:G seguida de seis ou mais pares de bases A:T, com os A presentes no filamento molde) capazes de formar grampos (dificultam o movimento da RNA polimerase pela cadeia de DNA). Os grampos são seguidos de uma sequência rica em A (a ligação A-U é facilmente rompida facilitando a liberação do RNA transcrito). Os terminadores dependentes de rô: Esse mecanismo ainda é incerto. As sequências de terminação dependente de rô são de 50 a 90 pares de base de comprimento, e especificam transcritos de RNA que são ricos em unidades C e sem unidades G. A proteína rô se liga à cadeia crescente de RNA e se move de 5’ para 3’ ao longo da cadeia do RNA. Quando a RNA polimerase diminui ou para na sequência de terminação de rô, a rô se liga à polimerase e retira o RNA da bolha de transcrição. TRANSCRIÇÃO EUCARIONTES Cada RNA polimerase é responsável pela transcrição de uma classe específica de genes. Os transcritos primários dos genes que codificam proteínas sofrem modificações antes de serem transportados para o citoplasma: são adicionados revestimentos (caps) de7’metil-guanosina às pontas 5’ dos transcritos primários; caudas poli (A) são adicionada às pontas 3’ dos transcritos; sequências íntrons são removidas. Três RNA Polimerases / Três conjuntos de genes: Todas as três enzimas eucarióticas, designadas RNA polimerases I, II, III, são mais complexas que a RNA polimerase de procariontes (E. coli), pois as RNA polimerases eucarióticas requerem a assistência de outras proteínas chamadas fatores de transcrição para iniciar a síntese de cadeias de RNA. A RNA polimerase I está no nucléolo (região onde o RNAr é produzido e combinado a proteínas ribossomais ), e ela catalisa a síntese dos RNA ribossomos; a RNA polimerase II, transcreve genes nucleares que codificam proteínas; a RNA polimerase III catalisa a síntese de moléculas de RNAt, e também de pequenos RNA nucleares. Início das cadeias de RNA: Todas as RNA polimerases eucarióticas requerem a ajuda de fatores proteicos de transcrição para começar a síntese de uma cadeia de RNA. Esses fatores de transcrição devem se ligar a uma região promotora no DNA e formar um complexo de iniciação apropriado antes que a RNA polimerase se ligue e inicie a transcrição. O início da transcrição envolve a formação de um segmento localmente desenrolado de DNA, dando um filamento de DNA que está livre para funcionar como molde para a síntese de um filamento complementar de RNA. A formação do segmento localmente desenrolado de DNA para iniciar a transcrição envolve a interação de vários fatores de transcrição com sequências específicas no promotor para a unidade de transcrição. Promotores reconhecidos pela RNA polimerase II: elementos curtos conservados situados antes do local da transcrição. • TATA box: é o primeiro elemento conservado mais próximo do sítio de transcrição. Sua sequência é TATAAAA na posição – 30. Seu papel é importante no posicionamento do ponto de início da transcrição. • CAAT box: é o segundo elemento conservado. Sua sequência é GGCCAATCT na posição –80. Cada Fator de transcrição que ajuda a RNA polimerase II para o início da transcrição é chamado TFIIX (X é a letra que identifica o fator individual): • TFIID – é o primeiro a interagir com o promotor – sua proteína de ligação é a TATA (TBP); • TFIIA e TFIIB; TFIIF se liga à RNA polimerase II e depois ao complexo de iniciação – e promove desenrolamento do DNA; • TFIIE se junta ao complexo de iniciação ligando-se ao DNA e em seguida ao ponto de iniciação da transcrição; • TFIIH e TFIIJ se juntam ao complexo após TFIIE. Alongamento da cadeia de RNA e a Adição de revestimentos de 5’ metil guanosina: O alongamento da cadeia ocorre pelo mesmo mecanismo das células procariontes. No início do alongamento da cadeia ocorre a adição da 7-metil guanosina (7- MG): adicionado quando cerca de 30 nucleotídeos já foram transcritos. O revestimento de 7-MG contém uma ligação incomum 5’-5’ trifosfato e mais alguns grupos metila. Os 7-MG são reconhecidos por fatores envolvidos no início da tradução a protege as cadeias nascentes de RNA da degradação por endonucleases. Término por clivagem da cadeia e a Adição de caudas 3’ poli(A): As pontas 3’ do transcrito são formadas pela clivagem do RNA e não por término da transcrição. A transcrição segue até 1000 ou 2000 nucleotídeos além do sítio 3’ do transcrito final. Isto é, a transcrição continua além do sítio que será a ponta 3’, e o segmento distal é removido por clivagem endonucleotídica. A remoção ocorre pelo reconhecimento de uma sequência AAUAAA perto da ponta da unidade de transcrição. Após a clivagem ocorre a poliadenilação (adição de caudas poli (A) aos RNAm eucariótico). PROCESSAMENTO DO mRNA → temos 3 reações químicas que acontecem no transcrito primário do RNA para a síntese do RNA maduro nos eucariotos, onde essas 3 reações garante maior estabilidade e funcionabilidade. → reação química está envolvida com a extremidade 5’ do RNAm, onde é adicionadoo um grupo químico → outra reaçõa é essa sequência “AAAA”, denominado de cauda Poli A, que está presente na 3 ‘ da cadeia de RNA, que são várias adeninas adicionadas ao RNA maduro (na extremidade 3’ da cadeia). → a 3º ação é o SPLICING, que é a remoção das sequências dos íntrons que estão presentes nesse transcrito primário do RNA. Sendo que essa sequência de íntrons não codificam ou expressam protéínas. PROCARIONTES ❖ mRNA é transcrito e traduzido no único compartimento celular, e os 2 processos ocorrem acopladamente; ❖ mRNA de bactérias codifica para várias proteínas (policistrônico); ❖ É instável, traduzido em proteínas durante um período de tempo muito curto. EUCARIONTES ❖ Síntese e maturação dos mRNA ocorrem no núcleo, após maturação, o mRNA é exportado para o citoplasma e traduzido em proteínas; ❖ mRNA codifica apenas para uma cadeia polipeptídica (monocistrônico); ❖ mRNA é mais estável, podendo continuar a ser traduzido por várias horas ou mesmo dias. ❖ Adição do grupo químico na extremidade 5’ desse transcrito primário – compostoquímico GAP-7- METILGUANOSINA (PROTEGER A DEGRADAÇÃO). ❖ ADIÇÃO NA EXTREMINADE 3’: sequência rica em GU (Guanina e Uracila), que é removido no processo e para proteção da extremidade 3’ é adicionado uma cauda poli-A (adenina), várias adenina, cerca de umas 200. ❖ Remoção dos íntrons por enzimas e em seguida ocorre as ligações dos éxons (splicing) SPLICING ALTERNATIVO Esse SPLICING ALTERNATIVO depende do tecido (cardiaco, muscular liso, epitelial) ou seja, nos diferentes tecidos, que a partir da sequência gênica, podemos ter esses splicing com atiradores formando complexos e realizando a remoção das regiões dos íntrons, deixando alguns éxons que codificarão alguns aminoácidos, como temos também o complexo repressor, que isso vai resultar em aminoácidos diferentes nas proteínas. Então esses splicing alternativos permite que, além dos pintrons, éxons também possam se modifica e até eliminados durante o processamento do pré-mRNA. Exportação do RNAm do núcleo para o citoplasma Esse RNAm maduro, representado pela cauda poli-A (200 nucleotídeos de Adenina), como CAP-7-metilguanosina para a proteção da extremindade 5’ e agora só com as sequencias de éxons no RNAm. Pelos poros nucleares formados pela nucleopurina (estrutura proteína), esse RNAm maduro se direciona do núcleo para o citoplasma, para o processo de tradução, onde utiliza o RNAm maduro para a sintese de diferentes proteínas do nosso organismo Tradução e processamento de proteínas Tradução das Proteinas O código genético Tradução TRADUÇÃO - ocorre em 3 fases: ❖ Iniciação – ribossomo liga-se ao RNAm no códon de iniciação ❖ Alongamento – cadeia polipeptídica alonga pela adição sucessiva de aminoácidos ❖ Terminação – quando o códon de parada é encontrado, o polipeptídeo é liberado e o ribossomo dissocia-se TRADUÇÃO Controle da expressão gênica Genoma Humano: ~30.000 genes Genes expressos por célula: ~10.000 = 30 a 60 % dos genes Sendo: ~2.000 = 8% dos genes produzem proteínas de controle de expressão. • Todas as células do corpo contêm um conjunto de cromossomos e genes idênticos; • Apenas alguns destes genes estão ativos em cada tipo celular; • É este subconjunto de genes “expressos” que conferem propriedades únicas para cada tipo celular; • Muitas proteínas em comuns – actina; • Proteínas especializadas – hemoglobina. Sinais externos alteram a expressão gênica – Exemplo: Insulina • O mesmo sinal gera resposta diferente em células diferentes – Exemplo: Cortisol PROCARIONTES Região reguladora – Sequência consenso = menos de 20 bp; – Proteínas de regulação/reconhecimento (fatores de transcrição). Região promotora – Operador (operon) • Controle negativo • Controle positivo • Controle negativo e positivo ❖ Controle Repressor de triptofano: bactéria ❖ Ativador X Repressor = Operon Lac EUCARIONTES Enhancer – Função: posicionar os fatores gerais da transcrição e RNA polimerase; – Diretamente ou Indiretamente (remodelamento cromatina); – Silenciamento gênico REMODELAMENTO CROMATINA Modificações covalentes em histonas – Remodelamento nucleossomo – Remoção nucleossomo – Substituição nucleossomo – Modificação LIGAÇÃO A REGIÃO PROMOTORA Ligação DNA x Proteína = Interação – Ligação de H+ – Ligação iônica – Interação hidrofóbica Tipos de ligação – Hélice volta hélice – Homeodomínio Hélice volta hélice – Dedos de zinco – Folhas β pregueadas – Alça de sulco maior e menor – Zíper de leucina – Heterodimerização – Hélice alça hélice PROCARIOTO x EUCARIOTO Semelhança: Interação DNA proteína; • Diferenças: – Eucarioto mais proteínas envolvidas; – Eucarioto regiões maiores; – Eucarioto mais complexa = vários sinais um único gene • Pode atuar em locais mais distantes – Eucarioto sem operon • Procarioto uma região controla expressão de um conjunto de genes – Eucarioto várias regiões controlam um único gene = Região de controle - Estimuladora (enhancer); – Eucarioto Mediador = área de contato estendida; – Eucarioto Regulação Cromatina. Diferenciação celular Diferenciação celular irreversível – Perda de genes? – Mudança na expressão gênica? Memória de diferenciação Retroalimentação positiva • Metilação do DNA • Modificações de histonas Mecanismo Retroalimentação positiva; • Retroalimentação negativa; • FlipFlop; • Alimentação direta. Controle pós transcricional • Atenuação da transcrição; • Ribocontroles; • Splicing alternativo; • Transporte de mRNA; • Fosforilação dos fatores de tradução – G0; • Desestabilização do mRNA: – Encurtamento da cauda poli-A – Remoção do cap 5´ • miRNA X iRNA. iRNA - É um processo de silenciamento pós-transcricional, altamente conservado evolutivamente, onde o RNA fita dupla (dsRNA), quando introduzido na célula, ocasiona uma degradação sequência-específica do RNAm homólogo. Proteger o genoma – Silenciamento de vírus invasores; – Elementos transponíveis (transposons). EPIGENÉTICA São alterações na mudança de expressão de um gene, sem modificações na sequência do DNA, e que pode persistir por uma ou mais gerações; • Marcações epigenéticas são sensíveis a fatores ambientais: – Diferenças de gêmeos univitelinos; – Semelhança entre filhos e pais adotivos. • Importância: – Gametogênese; – Embriogênese. METILAÇÃO DO DNA ❖ Os dinucleotídeos CpG são uma união de uma citosina a uma guanina por uma ligação fosfodiéster na mesma fita de DNA. ❖ A metilação do DNA ocorre normalmente em cerca de 70 a 80% dos sítios CpG, sendo que essa porcentagem aumenta com o envelhecimento. • Como ocorre: - Adição de grupo metil na posição 5´ da citosina na molécula de DNA; - Doador: S-adenosilmetionina; - Catalisador: DNA-metiltransferases (vários tipos e isoformas – ex: metiltransferase de manutenção). O resultado da metilação do DNA: É o silenciamento dos genes através da inibição direta ouindireta da ligação dos fatores de transcrição, devido aoprocesso de metilação que estes sofreram. • Função: ❖ É essencial para o desenvolvimento normal ❖ Ação : 1. no controle da expressão gênica 2. na integridade cromossômica 3. nos eventos de recombinação. ❖ Pode ocorrer em 2 regiões ricas em dinucleotídeos CpG distintas: ✓ Ilhas CpG - são regiões com alta frequência do dinucleotídeo CpG; - normalmente presentes nas regiões promotoras em 60% dos genes; - encontram-se protegidas da metilação; - podem se tornar suscetíveis. ✓ Regiões intergênicas (regiões não codificadoras). HIPO X HIPERMETILAÇÃO A função normal da célula depende de um equilíbrio entre os eventos: - Ilhas CpG hipermetiladas = genes silenciados - Ilhas CpG hipometiladas = ativação de genes - Regiões intergênicas: hipermetiladas Causas da metilação aumentada (durante envelhecimento e carcinogênese): -Processo casual que resulta de erros durante a duplicação do DNA; -Erros de pareamento, reconhecidos pelas DNA metiltransferases, que promovem a hipermetilação. - Exposição a agentes como: radiação, fumo, níquel e outros agentes químicos diversos. Epigenética O silenciamento dos genes, através de fenômenos epigenéticos, pode acarretar problemas ou não. - Regulação da expressão gênica: - Inativação do X; - Imprinting genômico. - Proteção do genoma contra invasão de sequências de fora do organismo, por exemplo DNA viral; - Processos neoplásicos. Histonas Determinam grau de condensação da cromatina; • Interação entre as proteínas = grupamentos adicionados; • Eventos epigenéticos: -Acetilação; -Metilação; -Fosforilação; -Ubiquitinação; -Ribosilação Acetilação das histonas Controlada pelas acetiltransferases (HATs) e desacetilases (HDACs) - Desacetilação: condensa a cromatina, impede a transcrição; - Acetilação:abre a cromatina, ativa transcrição. Metilação das histonas Efeito depende da histona e do aminoácido metilados: - metilação da histona 3 na lisina 9 facilitam a metilação do DNA e o silenciamento do gene. - metilação da histona 3 na lisina 4 abre a cromatina, ativando a transcrição. DNA + HISTONAS Interação entre efeitos epigenéticos nos dois níveis; • Modificação da expressão gênica. IMPRINTING Somente um dos 2 alelos parentais herdados é normalmente expresso; • Expressão monoalélica devido a padrão de metilação, podendo ser materno ou paterno; • Processo natural; • Marcação permanente dos genes passados por cada um dos progenitores; • Remoção ou novas marcas de imprinting na gametogênese. Funcionalmente estes genes serão “haploides”. • O gene A tem somente expressão “materna” (alelo paterno inexpressivo), enquanto o C somente “paterna” (alelo materno inexpressivo). O produto de ambos é normal e suficiente para o funcionamento da célula. • O gene B tem expressão em ambos os alelos, e seu produto também é normal para o funcionamento da célula. Em cada geração: o imprinting herdado do genitor do sexo oposto deve ser apagado e restabelecido novo imprinting nas células germinativas, conforme o sexo do indivíduo. INATIVAÇÃO DO CROMOSSOMO X A inativação do cromossomo X tem consequências genéticas importantes: - Compensação de dose; - Variabilidade da expressão em heterozigotos; - Mosaicismo, onde as fêmeas possuem duas populações de células, nas quais um ou o outro cromossomo X é o ativo; - Ocorre no início do desenvolvimento embrionário; - É um processo normal. ❖ Heterocromatina sexual ou Corpúsculo de Barr (um dos cromossomos X do par sexual feminino inativo). ❖ Inativação ocorre no início da vida embrionária (13º ao 16º dias de vida embrionária), a célula conta seus cromossomos X e inativa todos eles, menos um. • Em qualquer célula somática feminina, o X inativo pode ser o paterno ou o materno. Determinação randômica (aleatório). • Em consequência disso, o corpo feminino é formado por um mosaicismo em todas as suas células somáticas, umas com Xp inativo e outras com o Xm inativo. Nos dois casos, o X inativado é transmitido nestas condição para as células-filhas. A condensação de um dos cromossomos X ocorre ao acaso (randômico); • Iniciada pelo gene XIST, o qual é unicamente expresso no cromossomo X inativado; • Transcricionalmente silencioso no X ativo tanto nas células femininas quanto nas masculinas; • Inativação do X não ocorre na sua ausência (XIST). Produto de XIST - RNAm -envolve X, inativando-o (complexo RNA de XIST/corpúsculo de Barr); • Expressão de XIST - silenciamento de outros genes desse cromossomo; • A ação do XIST sofre influência de outros genes: – Tsix (presente em Xic, regula o gene XIST); – Xce (escolha do cromossomo X ativo). • Iniciação do processo de inativação: – Controle pelo Xic. Esta região decide quais os cromossomos X serão inativados. Produz o transcrito mRNA Xist que encobre o X e inicia o silenciamento, ocorrendo com uma cascata de mudanças na cromatina. – O Xic é um lócus extremamente complexo! Manutenção da Inativação: – Metilação (inativa) • Processo mais importante na manutenção da inativação iniciada pelo gene XIST; • Relacionada à expressão do XIST; • No cromossomo X ativo, o gene XIST encontra-se hipermetilado, o que determina a ausência de sua expressão; • Cerca de 25% dos genes do cromossomo X inativo escapam à inativação; • Isso explica porque na falta de um cromossomo X, ocorrem situações patológicas: pela falta destes genes. Ex.:Síndrome de Turner (45, X0). Ausência de um cromossomo sexual no cariótipo Inativação do cromossomo X Não-Aleatória: ✓ Seletiva: - Preconiza a inativação do cromossomo X que tem uma mutação; - Anomalias do X são melhores toleradas que as anomalias similares dos autossomos; ESSE PADRÃO DE INATIVAÇÃO É EXCEÇÃO!!! ✓ Negativa: - Preconiza a inativação do X que não tem uma mutação, mantendo ativo o X mutado; - Heterozigotas Manifestantes: Doenças ligadas ao X como Hemofilia; Distrofia Muscular de Duchenne; Daltonismo. O PADRÃO É A INATIVAÇÃO ALEATÓRIA!!! TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR -PCR PCR – a amplificação de genes específicos permite: •Identificação; •Detecção de fatores de virulência associados a doenças; •Análise da resistência para antimicrobianos. Vantagens • Muito rápido, específico e sensível. – Desvantagens • Custo relativamente alto; • É apenas qualitativo (quantitativo por Real Time PCR). Patógenos diagnosticados por PCR Vírus • CMV (citomegalovírus) • HIV • Hepatite • Meningites virais • Bactérias • Mycobacterium tuberculosis • Protozoários • Toxoplasma sp. • COVID-19 Extração do DNA Alguns procedimentos básicos são realizados para isolar e purificar o DNA. São eles: Etapa de Lise – o primeiro passo consiste em realizar a lise (quebra) da célula para expor o DNA. Ligação – uma membrana de sílica retém e concentra o DNA. Etapa de Lavagem – quebrar e emulsionar a gordura e as proteínas que formam a membrana da célula. Isto normalmente é feito utilizando soluções detergentes e por centrifugação. As etapas de lavagem removem estes resíduos contaminantes, restando apenas a membrana com o DNA. Etapa de Eluição – por fim ocorre a liberação dos ácidos nucléicos (DNA/ RNA) da membrana. Isto proporciona o DNA purificado pronto para ser utilizado em diferentes aplicações. Etapas da identificação de Patógenos por PCR PCR MULTIPLEX • Permite à amplificação simultânea de vários produtos gênicos em uma única reação; • Utiliza vários pares de primers; • Permite a identificação de 1 patógeno pela presença de um conjunto de genes específicos. REAL TIME -PCR Definição: monitoramento em tempo real da reação de amplificação. • Propósito: estimar a quantidade inicial de um template específico DNA/RNA. • Técnica: utiliza uma molécula repórter fluorescente para quantificar o DNA produzido (SYBR Green, TaqMan). Quantitative PCR A PCR quantitativa ou PCR em tempo real (qPCR) e a PCR de transcrição reversa (RT-PCR) usam a linearidade da amplificação de DNA para determinar quantidades absolutas ou relativas de uma sequência conhecida em uma amostra. Ao usar um repórter fluorescente na reação, é possível medir a geração de DNA no ensaio qPCR. DNA E MEDICINA FORENSE Técnicas: ➢RFLP (mutações pontuais podem criar ou abolir sítios de restrição) com sondas; ➢VNTR (variable number of tandem repeats): sequências repetidas geradas por crossing-over desigual. São uma variação do RFLP. https://kasvi.com.br/wp-content/uploads/2016/02/extra%C3%A7%C3%A3o.png https://kasvi.com.br/wp-content/uploads/2016/02/extra%C3%A7%C3%A3o.png VNTR: são variações no número de repetições de certas sequências curtas. Ex GATGATGAT ▪ Vantagens dos VNTR: embora cada indivíduo possua apenas 2 alelos para um gene; muitos alelos estão presentes na população, gerando grande diversidade de combinações. Abordagens para análise forense do DNA: 1. Sondas que detectam locus múltiplos (1 única sonda reconhece sequências em diferentes locais) = DNA fingerprinting (microssatélite - 1 a 14 nucleotídeos); Permitem estabelecer relações de parentesco: metade das bandas é herdada do pai, e metade da mãe. 2. Sondas que detectam 1 locus simples: quanto mais variável for o alelo na população, melhoro resultado. 3. PCR de minissatélites: permite trabalhar com amostras muito reduzidas de DNA, e obter resultados em um dia. análise genética por RFLP Indivíduo B é igual a amostra F Técnicas Biologia Molecular: Sequenciamento, Hibridização, Clonagem Sequenciamento do DNA O que é o sequenciamento de DNA? O sequenciamento de DNA é o processo realizado para se determinar a sequência exata de nucleotídeos em uma molécula de DNA (ácidodesoxirribonucleico). Isso significa que, ao sequenciar um fragmento de DNA, será possível conhecer a sequência em que as quatro bases nucleotídicas (Adenina, Guanina, Citosina e Timina) ocorrem dentro dessa molécula de ácido nucleico. A sequência nucleotídica é a base para o conhecimento de um gene ou genoma. Ela contém as informações sobre as propriedades hereditárias e bioquímicas da vida. Através dela é possível compreender a construção e estrutura das células e organismos. O sequenciamento do DNA foi fundamental para que as informações genéticas começassem a ser desvendadas. Por essa razão, é indispensável para a pesquisa biológica. Assim como a metodologia proposta por Maxam e Gilbert, a técnica de sequenciamento desenvolvida por Sanger, em 1977, também utiliza marcação radioativa; ✓ A diferença é que a primeira marcava diretamente o DNA a ser sequenciado, enquanto a de Sanger, marcava os fragmentos de DNA sintetizados a partir da fita molde. ✓ A síntese de novos fragmentos de DNA a partir da fita molde só foi possívelgraças ao desenvolvimento da técnica de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase)(Mullis et al., 1986). O método de sequenciamento de Sanger O método de sequenciamento de DNA mais usado, até os dias de hoje, é o de Sanger. Também chamado de método didesoxi ou método de terminação de cadeia. Nesse procedimento, uma molécula de DNA cuja sequência deve ser determinada é convertida em fitas simples que são utilizadas como molde para sintetizar uma série de fitas complementares. Cada uma dessas fitas termina aleatoriamente em um nucleotídeo específico diferente. A série resultante de fragmentos de DNA é separada por eletroforese e analisada para revelar a sequência do DNA. Confira todas as etapas do método de Sanger Nesse método são preparados quatro tubos de reação de sequenciamento (A, C, G, T), correspondendo a cada um dos quatro nucleotídeos. Cada tubo contém: 1. O molde de DNA a ser sequenciado; 2. A sequência do iniciador (primer); 3. DNA-polimerase; 4. Os quatro desoxinucleotídeos trifosfatos (dATP, dCTP, dGTP, dTTP); 5. Um didesoxinucleotídeo trifosfato marcado radiotivamente ou por um corante fluorescente (específico para cada tubo: tubo A tem ddATP, tubo G tem ddGTP, etc.); 6. O primer ou iniciador marcado é adicionado ao DNA unifilamentar cuja seque ̂ncia é desconhecida. 7. A enzima DNA-polimerase adiciona bases livres ao DNA unifilamentar, usando o pareamento de bases complementares. Ocorrem quatro reações diferentes, correspondendo aos quatro didesoxinucleotídeos marcados (ddATP, ddCTP, ddGTP e ddTTP). Eles terminam a sequência de DNA sempre que são incorporados, ao contrário do desoxinucleotídeo normal (dATP, dCTP, dGTP e dTTP, correspondentes às bases A, C, G e T, respectivamente). Isso produz fragmentos com comprimentos variáveis, que podem ser separados por eletroforese. A posição de cada fragmento no gel é indicada pela emissão de partículas radioativas do marcador, o que permite a leitura direta da sequência de DNA. Embora o mesmo método básico seja ainda utilizado, vários aperfeiçoamentos ocorreram. O sequenciamento de DNA automatizado foi um deles. Automação do método de Sanger Os avanços técnicos possibilitaram automatizar o sequenciamento, trazendo melhorias para o método de Sanger. Os equipamentos são capazes de misturar os reagentes, aplicá-los, fazer correr e ler a ordem das bases de nucleotídeos a partir de um gel. O uso de nucleotídeos terminadores de cadeia, marcados com agentes fluorescentes de cores diferentes, facilita esse processo. As quatro reações de síntese podem ser realizadas no mesmo tubo e os produtos podem ser separados em uma única canaleta de gel por eletroforese capilar. Um detector lê e grava a cor do marcador fluorescente em cada banda à medida que ela passa. Assim a sequência pode ser analisada. Primer walking O próprio nome (“andamento” do primer) remete o princípio dá técnica que consiste em sequenciar o DNA clonado maior em várias etapas, já que a limitação de cerca de 700 pb por sequenciamento não permite o sequenciamento completo de fragmentos maiores do que aproximadamente 1400 pb com alta confiança. Assim utiliza-se a estratégia de sequenciar o início das extremidades usando primers que anelam no vetor e dar continuidade ao sequenciamento a partir de novos primers desenhados para o fim das sequencias primariamente obtidas. Assim, primers que anelam ao vetor são utilizados permitindo o sequenciamento de uma das extremidades do fragmento de interesse. Um novo primer capaz de anelar ao fragmento sequenciado é desenhado iniciando o sequenciamento de uma região mais distante da extremidade do fragmento. Esse processo é repetido várias vezes até que toda a extensão dos fragmentos seja sequenciada (figura ao lado). Os primers devem ser cuidadosamente desenhados, pois a última região sequenciada deve se sobrepor aos fragmentos sequenciado anteriormente em aproximadamente 100 pb. Sequenciamento de ESTs O próximo passo após a retrotranscrição consiste em clonar os cDNA em vetores apropriados e sequenciar suas extremidades, obtendo fragmentos que geralmente variam de 200 a 500 nucleotídeos. Produção de bibliotecas de cDNA: Sequencias curtas correspondendo a parte dos cDNAs são conhecidas como EST (Expressed Sequence Tags) e em português significa “Etiquetas de Sequencias Expressas”. A terminologia “etiqueta” é uma analogia as etiquetas encontradas nos produtos comercializados no cotidiano, as quais, por si só, permitem inferir sobre as características dos produtos. O conjunto de ESTs de um mesmo transcrito pode se sobrepor em regiões com alta identidade, gerando uma sequência maior representativa do cDNA que as originaram. Esta abordagem é muito interessante para estudar diversos fenômenos biológicos através da comparação de bibliotecas de ESTs de duas condições distintas. Este tipo de abordagem permite inferir sobre adaptações biológicas que se correlacionam com diferenças na expressão dos genes. Por exemplo, se um dado transcrito de cDNA aparece múltiplas vezes numa biblioteca de ESTs é porque o mesmo se acumulou naquela determinada situação, sendo provavelmente importante para o organismo naquele momento celular. O contrário pode ser pensado para transcritos pouco expressos, ou seja, estes devem ser menos importantes para a mesma situação celular. Como aplicação, tem-se, por exemplo, a busca por marcadores de condições celulares ou biológicas específicas, estudo da diferença de expressão gênica entre um tecido normal e um tecido tumoral em busca de marcadores de tumorigênese que possam ser utilizados no diagnóstico de um determinado tumor. Bibliotecas de ESTs podem ser utilizadas ainda para comparar tecidos tumorais com graus diferenciados de um determinado tumor e procurar assim por marcadores de prognóstico de câncer. Orestes (Open Reading Frame ESTs): Esta técnica foi desenvolvida no Brasil (Dias Neto et al., 2000) e tem como objetivo o sequenciamento de regiões internas dos genes, onde se concentra a informação referente a região codificadora das proteínas. Surgiu devido a limitação do tamanho das ESTs e do fato destas conterem, em sua maioria, sequencia relativa as extremidades não codificadoras dos RNAm, regiões estas que não trazem informações que possam ser relacionadas as possíveis funções dos transcritos. A eficiência em conseguir a função do gene por esta técnica é devido a maior identidade em regiões internas de genes homólogos. Nesta técnica após a produção dos cDNAs, usa-se primers degenerados aleatórios (misturas de variados oligonucleotídeos) num passo de amplificação por PCR antes da clonagem e sequenciamento dos mesmos (Dias Neto et al., 1997; Dias Neto et al., 2000; Fietto et al., 2002). A utilização destes primers é necessária no caso de RNAm de bactérias, pois estes organismos não possuem poliA na porção 3´. Uma comparação dasbibliotecas de ESTs construídas com oligosdT e com oligos randômicos (ORESTES) Representação esquemática das técnicas de EST e ORESTES. Neste esquema usa-se um gene hipotético eucariótico para comparar o sequenciamento de bibliotecas convencionais de cDNA (à esquerda) em relação ao uso da técnica ORESTES (à direita). Em ambas as técnicas o cDNA é produzido como produto final. A técnica de EST faz uso de um primer oligodT que ancora na região de poli-A, presente nos transcritos eucarióticos, especificamente na extremidade 3´. Isto permite que se construa um cDNA fazendo uso de sua transcrição reversa. O próximo passo é a clonagem seguida de sequenciamento. Já na técnica ORESTES antes da clonagem é feito um passo de PCR com oligonucleotídeos randômicos. Os produtos do PCR são então clonados e sequenciados. Esta pequena diferença gera sequencias, predominantemente, no centro dos insertos clonados no método ORESTES. Este processo é efetuado devido ao desenvolvimento de vários programas de montagem (assemblers) que alinham os reads (fragmentos) gerados baseando-se em regiões de sobreposição entre eles para produzir sequências únicas denominadas contigs As informações genéticas contidas no genoma podem ser representadas por diversos tipos de mapas genômicos, dentre os quais destacamos: mapas genéticos, físicos, de restrição, de bandeamento cromossômico, de ligação genética, dentre inúmeros outros. Estes podem ser utilizados para representar as informações genéticas contidas em mitocôndrias, cloroplastos e plasmídeos. O foco desta sessão são os mapas físicos que consistem na representação da ordem dos genes no cromossomo, levando em consideração a distância relativa entre eles. Esta representação permite conhecer a localização de um gene no cromossomo assim como suas regiões adjacentes, permitindo estudar as relações entre genes e espécies. Este tipo de mapa nos permite ainda: identificar regiões do genoma com maior probabilidade de ocorrer recombinação, construção de linhagens genéticas e descoberta de funções de genes. FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION - FISH A hibridização in situ de fluorescência multiplex (FISH) permite que você analise vários alvos e visualize sinais co- localizados em uma única amostra. Usando rótulos de fluoróforo espectralmente distintos para cada sonda de hibridização, esta abordagem dá a você o poder de resolver vários elementos genéticos ou padrões de expressão de genes múltiplos por meio de exibição visual multicolorida. cDNA microarrays Definição: técnica de hibridização que permite avaliar o nível de expressão de milhares de genes concomitantemente. Propósito: determinar quais genes estão ativados e quais estão reprimidos quando duas populações de células são comparadas. Técnica: utiliza sondas representando um pool de genes, ligadas a uma matriz. ▪ O RNA das duas amostras a serem comparadas é extraído. ▪ cDNA é produzido e marcado com dois fluoróforos diferentes (amostra 1: verde; amostra 2: vermelho). ▪ As duas amostras são misturadas e hibridizadas com a matriz Diagnóstico de doenças complexas – Tipo de câncer: Agressivo ou benigno? – Estágio da neoplasia. • Monitoramento do tratamento – O tratamento está tendo o efeito desejado no tecido alvo? Clonagem de DNA Clonagem de DNA é uma técnica da biologia molecular para fazer muitas cópias idênticas de um pedaço de DNA, tal como um gene. Num experimento típico de clonagem, um gene alvo é inserido num pedaço circular de DNA chamado do plasmídeo. O plasmídeo é introduzido em bactérias através de um processo chamado transformação, e bactérias portadoras do plasmídeo são selecionadas utilizando-se antibióticos. As bactérias com o plasmídeo correto são utilizadas para produzirem mais DNA do plasmídeo ou, em alguns casos, induzidas a expressar o gene e produzir proteína. ELETROFORESE Técnica para separação de moléculas por diferença de carga e massa; ➢Isolamento de fragmentos de DNA e proteínas; ➢Aplicação de corrente elétrica sobre o gel de agarose (A) ou poliacrilamida (B). A técnica western blotting baseia-se na separação das proteínas por peso molecular através de uma eletroforese, seguindo-se da transferência para uma membrana e a detecção da proteína de interesse com um anticorpo específico. Os passos para a elaboração dessa técnica podem ser resumidos em cinco etapas: 1. extração e quantificação das proteínas 2. eletroforese em gel de poliacrilamida 3. transferência das proteínas para uma membrana 4. incubação da membrana com um anticorpo para detectar a proteína específica a ser analisada 5. revelação dessa membrana para análise dos dados Gel de poliacrilamida: porcentagem de acordo com a massa molecular da proteína a ser analisada; • SDS-PAGE; • Voltagem alta para evitar dispersão da banda; • Uso de padrão de massa molecular colorido. CRISPR Cas 9 Desenvolvido a partir de mecanismos moleculares do sistema imunológico bacteriano, o sistema CRISPR possibilita a edição do genoma através de clivagem do DNA por uma endonuclease (Cas9), guiada a partir de uma sequência de RNA, que é capaz de se parear com as bases de uma sequência-alvo. Biotecnologia: Qualquer aplicação tecnológica que utilize sistemas biológicos, organismos vivos, ou seus derivados, para fabricar ou modificar produtos ou processos para utilização específica (ONU). IMUNIZAÇÃO: É a capacidade do organismo em reconhecer o agente causador da doença e produzir anticorpos a partir da doença adquirida ou por meio da vacinação, ficando protegido temporária e permanentemente. Vacinação: Preparação contendo microrganismos vivos ou mortos ou frações (epítopos), que possui propriedades antigênicas. As vacinas são empregadas para produzir em um indivíduo atividade específica contra um microrganismo. Ou seja, espera-se que o indivíduo vacinado produza anticorpos. Componentes Antígenos Podem se apresentar na forma de: •Suspensão de bactérias vivas atenuadas •Suspensão de bactérias mortas •Componentes das bactérias •Toxinas •Vírus vivos atenuados •Vírus inativados •Frações de vírus COVID-19 Atualmente, o desenvolvimento das vacinas se concentra em 4 diferentes tecnologias: •Vacinas de vírus inativados (ou “mortos”) ou atenuados (“enfraquecidos”): métodos tradicionais, que utilizam o próprio vírus para estimular o corpo a produzir a resposta imunológica. Exemplo: Coronavac •Vacinas de Vetor Viral: utilizam outro vírus, que é geneticamente modificado para produzir proteínas virais no corpo e provocar uma resposta imunológica, sem causar a doença. Exemplo: Oxford/Astrazeneca •Vacinas baseadas em proteínas: utilizam uma proteína do vírus ou uma parte dela, ou ainda proteínas que imitam algo da estrutura do vírus como seu revestimento externo, para assim provocar uma resposta imunológica no corpo. •Vacinas de RNA e DNA: são vacinas que possuem RNA ou DNA geneticamente modificado do vírus para gerar uma proteína. Esta, ao entrar em contato com o organismo, é capaz de produzir resposta imunológica de forma segura.
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