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Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período Genética Diversidade genética humana - Mutação e polimorfismo Aula 4 Alelos »São diferentes formas de um gene »Alelo selvagem = Alelo normal (mais da metade da população possui esse alelo) »Alelo variante ou mutantes: refere-se ao DNA. Mutação »Qualquer mudança na sequência de nucleotídeo no genoma do individuo »Pode compreender 1 ou mais pares de bases ou alterações na estrutura do cromossomo. »Nem toda as mutações se expressam no individuo »O termo variante é o termo mais recomendado »O termo variante não leva em consideração a frequência do alelo »Pode ser classificada em: Cromossômica »Altera o número de cromossomos da célula, mas deixam os cromossomos intactos. Exemplo: Trissomia 21 »Ocorre devido a erros na segregação cromossômica Subcromossômicas » Mudam apenas uma parte do cromossomo »Geralmente associado a eventos que ocorrem na recombinação homóloga como duplicações, deleções e inversões Gênicas ou de DNA »Alterações na sequência de DNA variando de um nucleotídeo único até aproximadamente 100 kb (100.000 pb) »Ocorre decido a erros durante a replicação do DNA ou mutações, devido a falha no reparo correto do DNA após lesão. Frequência de variantes Genética Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período Alelos particulares (variantes raras) »Alelos muito raros, encontrados em apenas uma única família. Polimorfismo »Alelos mais frequentes na população »Existência na população de um locus com pelo menos duas formas frequentes de alelos. »O alelo prevalente não pode ser exageradamente frequente, deve ser <99%. »O polimorfismo não depende do tipo e tamanho da mutação que causou, nem do efeito do fenótipo. Depende exclusivamente da sua frequência na população. Polimorfismo SNPs »Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNP) »A distribuição de SNPs é desigual em todo o genoma »Majoritariamente, ocorre em uma região não codificante, então não terá influência do fenótipo »Existem mais de 100.00 SNPs exônicos documentados »Podem conferir alterações sinônimas (codificam o mesmo aminoácido, mesmo com a troca de bases) ou não sinônimas (ocorre alteração na sequencia de aminoácidos) Exemplo clinico SNP: Anemia falciforme »No cromossomo 11, no 6º códon relacionado a cadeia beta hemoglobina, normalmente há o GAG (ácido glutâmico) »Se o indivíduo carrega uma mutação no SPN, onde ocorre a substituição do A pelo T no 6º códon relacionado a cadeia beta, ele terá GTG (valina). Isso irá configurar uma alteração na hemácia Indels »Causada por inserção ou deleção em qualquer parte, variando de um único par de bases até aproximadamente 1.000 pb Indels simples Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período Caracterizados só pela presença e ausência Microssatélites »Número variável de segmento de DNA que é inserido em tandem (sequência) em determinado local »Unidades de dois, três ou quatro nucleotídeos »STR – short tandem repeat (repetições curtas em tandem). Consistem em trechos de DNA compostos por unidades de dois, três ou quatro nucleotídeos, como TGTGTG, CAACAACAA ou AAATAAATAAAT, repetidos algumas vezes em um local específico no genoma »DNA fingerprinting – O FBI usa 13 loci de STR para identificação »O STR também é utilizado no teste de paternidade Inserção de elementos móveis »Alguns elementos repetitivos são móveis e pode haver retrotransposição. Ou seja, embora a maioria das cópias dessas repetições seja fixa, algumas delas são móveis e contribuem para a diversidade genética humana através da retrotransposição. »Retrotransposição: processo que envolve a transcrição para um RNA, transcrição reversa em uma sequência de DNA e inserção (i.e., transposição) em outra região do genoma »Não é toda sequencia repetitiva que tem a capacidade de fazer transcriptase reversa Exemplo clínico Indels: antecipação da doença de Huntington » Doença neurodegenerativa rara do sistema nervoso central, progressiva. Afeta as capacidades motoras, cognitivas (pensamento, julgamento, memória) e psiquiátricas (humor, equilíbrio emocional, dentre outras) » Mutações dinâmicas Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período »Herdada geneticamente no braço curto do cromossoma 4, no gene da huntingtina -Normais: 9 e 35 repetições de CAG (média de 18) -Afetados: 40 repetições (média de 46). -Idade média de início dos sintomas é de 30-50 anos. Entretanto, quanto maior o número de repetições mais precoce é o aparecimento da doença Variação no número de cópias (CNVs) »>1000pb »As CNVs são conceitualmente relacionadas às indels, mas consistem em variações maiores no número de cópias de segmentos do genoma »Acontece em regiões do genoma caracterizadas por blocos repetidos de sequências homólogas chamadas de duplicações segmentares (segdups) »Podem estar relacionados com a duplicação e a deleção, causando algumas síndromes cromossômicas. As CNVs são frequentemente associadas a características que envolvem alteração da dosagem gênica Polimorfismo de inversão »Inversão de uma região, pode acontecer desde poucos pares de bases até grandes regiões do genoma »Se é na forma balanceada (sem perda de informação genética) pode ou não envolver perda ou ganho de função. »Pode resultar na duplicação ou deleção de DNA – associada a distúrbios clínicos Exemplo clínico inversão: Hemofilia A Classificação das mutações: efeitos no DNA Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período Mutação na região codificadora Exemplo clínico de mutação missense: acondroplasia » Mais de 99% dos indivíduos com acondroplasia - mutação em FGFR3. »Crescimento anormal dos ossos, baixa estatura, braços e pernas desproporcionalmente curtos e cabeça grande. » Teste genético previsto na ANS » Exemplo de mutação de sentido trocado (missense) – Altera o código com substituição não sinônima de aminoácido – Nem todas as “missense” conduzem alteração observável na função proteica – 50% das mutações causadoras de doenças Origem das mutações gênicas Erros de replicação do DNA »A DNA polimerase induz 1 erro a cada 10 milhões de pb. Revisão adicional por enzimas de reparo corrige 99.9% desses erros Reparo da lesão do DNA »Exemplo: »Exposição à radiação UV, processos químicos espontâneos, reação com mutagênicos no ambiente »Maquinaria de reparo pode introduzir bases incorretas »Muitas vezes resultam em mutação permanente Impacto de novas mutações de DNA Sequenciamento de genoma completo de trios – progenitores e criança »Busca de novas mutações na criança »Cada pessoa recebe cerca de 75 novas mutações em seu genoma e um Maria Cecília Moscardini-CMMG 2º período ou outro progenitor. Maioria em regiões não codificantes. »Mutação de novo (alteração nova) Diferenças sexuais e efeitos da idade nas taxas de mutação »Mais mutações de origem paterna »Esperma submetido a mais ciclos de replicação do que os óvulos »>idade paterna, + ciclo de replicação precedendo meiose »Em algumas doenças não há relação parental/idade Variantes e fenótipo »Variante pode ser: – Patogênica – Provavelmente patogênica (>90% causal) – Variante de significado incerto – Provavelmente benigno – benigna
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