swiss prot (1)

Prévia do material em texto

Amos Bairoch* e Rolf Apweiler1
© 2000 Oxford University Press Nucleic Acids Research, 2000, vol. 28, nº 1
RESUMO
O banco de dados de sequências de proteínas SWISS-PROT consiste 
em entradas de sequências. As entradas de sequência são compostas por 
diferentes tipos de linha, cada uma com seu próprio formato. Para fins de 
padronização, o formato do SWISS-PROT (consulte http://www.expasy.ch/
txt/userman.txt ) segue o mais próximo possível o do EMBL Nucleotide 
Sequence Database. Um exemplo de entrada SWISS-PROT é mostrado em 
http://www.expasy.ch/cgi-bin/niceprot. pl?P29965
A base de dados SWISS-PROT distingue-se de outras bases de dados 
de sequências de proteínas por três critérios distintos: (i) anotações, (ii) 
redundância mínima e (iii) integração com outras bases de dados.
Acreditamos que o recurso sistemático tanto a publicações que não as 
que relatam os dados principais quanto aos pareceristas do assunto 
representa uma característica única e benéfica da SWISS-PROT. No SWISS-
PROT, a anotação é encontrada principalmente nas linhas de comentários 
(CC), na tabela de características (FT) e nas linhas de palavras-chave (KW). 
A maioria dos comentários são classificados por 'tópicos'; essa abordagem 
permite a fácil recuperação de categorias específicas de dados do banco 
de dados.
Human Proteomics Initiative (HPI), um grande projeto para anotar 
todas as sequências humanas conhecidas de acordo com os padrões 
de qualidade da SWISS-PROT. SWISS-PROT está disponível em: http://
www.expasy.ch/sprot/ e http://www.ebi.ac.uk/swissprot/
Cambridge CB10 1SD, Reino Unido
INTRODUÇÃO
SWISS-PROT (1) é um banco de dados de sequências de proteínas 
anotadas, que foi criado no Departamento de Bioquímica Médica da 
Universidade de Genebra e tem sido um esforço colaborativo do 
Departamento e do Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL), 
desde 1987. SWISS -PROT é agora uma parceria igualitária entre o EMBL 
e o Instituto Suíço de Bioinformática (SIB). As atividades do EMBL são 
realizadas por seu Hinxton Outstation, o Instituto Europeu de Bioinformática 
(EBI) (2).
No SWISS-PROT podem ser distinguidas duas classes de dados: os dados 
principais e a anotação. Para cada entrada de sequência, os dados 
principais consistem nos dados de sequência; as informações de citação 
(referências bibliográficas) e os dados taxonômicos (descrição da fonte 
biológica da proteína), enquanto a anotação consiste na descrição dos 
seguintes itens: • Função(ões) da proteína • Modificação(ões) pós-
traducional(is) . Por exemplo, carboidratos, fosforilação, acetilação, âncora 
GPI, etc. • Domínios e sítios. Por exemplo, regiões de ligação de cálcio, 
locais de ligação de ATP, dedos de zinco, homeoboxes, domínios SH2 e 
SH3, etc. • Estrutura secundária. Por exemplo alfa hélice, folha beta, etc. • 
Estrutura quaternária. Por exemplo, homodímero, heterotrímero, etc. • 
Semelhanças com outras proteínas • Doença(s) associada(s) a 
deficiência(ões) na proteína • Conflitos de sequência, variantes, etc.
Instituto Suíço de Bioinformática, Centro Médico Universitário, 1 rue Michel Servet, 1211 Genebra 4, Suíça e
1O EMBL Outstation, Instituto Europeu de Bioinformática, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton,
Tentamos incluir o máximo possível de informações de anotação no 
SWISS-PROT. Para obter essas informações utilizamos, além das 
publicações que relatam novos dados de sequência, artigos de revisão para 
atualizar periodicamente as anotações de famílias ou grupos de proteínas. 
Também fazemos uso de especialistas externos que foram recrutados para 
nos enviar seus comentários e atualizações sobre grupos específicos de 
proteínas (ver http://www.expasy.ch/cgi-bin/experts).
45–48
SWISS-PROT é um banco de dados de sequências de proteínas com 
curadoria que se esforça para fornecer um alto nível de anotação 
(como a descrição da função de uma proteína, sua estrutura de 
domínios, modificações pós-traducionais, variantes, etc.), um nível 
mínimo de redundância e alto nível de integração com outros bancos 
de dados. Desenvolvimentos recentes do banco de dados incluem 
aprimoramentos de formato e conteúdo, referências cruzadas a bancos 
de dados adicionais, novos arquivos de documentação e melhorias no 
TrEMBL, um suplemento anotado por computador ao SWISS-PROT. O 
TrEMBL consiste em entradas no formato SWISS-PROT-like derivadas 
da tradução de todas as sequências de codificação (CDSs) no EMBL 
Nucleotide Sequence Database, exceto os CDSs já incluídos no SWISS-
PROT. Também descrevemos o
Redundância mínima 
Muitos bancos de dados de sequências contêm, para uma determinada 
sequência de proteína, entradas separadas que correspondem a diferentes 
relatos da literatura. Na SWISS-PROT tentamos ao máximo juntar todos 
estes dados de forma a minimizar a redundância da base de dados.
Anotação
Se existirem conflitos entre vários relatórios de sequenciamento, eles serão
O banco de dados de sequências de proteínas SWISS-PROT 
e seu suplemento TrEMBL em 2000
Recebido em 12 de outubro de 1999; Aceito em 13 de outubro de 1999
*Para quem a correspondência deve ser endereçada. Tel: +41 22 702 5477; Fax: +41 22 702 5502; E-mail: amos.bairoch@medecine.unige.ch
Machine Translated by Google
46 Nucleic Acids Research, 2000, Vol. 28, nº 1
indicado na tabela de características da entrada SWISS PROT 
correspondente.
Integração com outros bancos de 
dados É importante fornecer aos usuários de bancos de dados 
biomoleculares um grau de integração entre os três tipos de bancos de 
dados relacionados a sequências (sequências de ácidos nucleicos, 
sequências de proteínas e estruturas terciárias de proteínas), bem como 
coletas de dados especializadas. As referências cruzadas são fornecidas 
na forma de ponteiros para informações relacionadas às entradas SWISS-
PROT e encontradas em coletas de dados diferentes da SWISS-PROT.
Mesmo quando todas as regiões codificantes potenciais foram previstas,
Por exemplo, a sequência de amostra mencionada acima contém, entre 
outras, linhas DR (Databank Reference) que apontam para EMBL, PDB, 
OMIM, Pfam e PROSITE. Neste exemplo em particular é, portanto, 
possível recuperar a(s) sequência(s) de ácido nucleico que codifica(m) 
para essa proteína (EMBL), a descrição da(s) doença(ões) genética(s) 
associada(s) a essa proteína (OMIM), a estrutura 3D (PDB) ou informação 
específico para a família de proteínas a que pertence (PROSITE e Pfam).
Coletivamente, esses organismos representam ~40% do número total 
de entradas de sequência no SWISS-PROT. Estamos atualmente tentando 
concluir a integração no SWISS-PROT de todas as proteínas previstas de 
E.coli, B.subtilis, M.jannaschii e levedura.
O projeto HPI contém vários subcomponentes, que são descritos 
brevemente a seguir: • Anotação de todas as proteínas humanas 
conhecidas. No decorrer dos próximos 9 meses (até abril de 2000) as 
seqüências de proteínas humanas que ainda não estão em SWISS-
PROT serão totalmente anotadas. Também revisaremose 
completaremos a anotação das sequências humanas atualmente no 
SWISS-PROT. Ao final deste período de 9 meses, esperamos estar 
completos e atualizados e, a partir de agora, acompanhar o surgimento 
de novos dados relevantes para proteínas humanas. • Anotação de 
ortólogos de mamíferos de proteínas humanas. Garantiremos que para 
qualquer proteína humana, os ortólogos existentes em outras espécies de 
mamíferos também serão anotados em um nível equivalente ao das 
sequências humanas cognatas. • Anotação de todos os polimorfismos 
humanos conhecidos ao nível da sequência de proteínas. Como 
mencionado acima, SWISS-PROT já detém informações sobre uma 
quantidade considerável de tais polimorfismos e expandirá 
significativamente seus esforços para armazenar e anotar todas as 
'pequenas' variações no nível da proteína. • Anotação de todas as 
modificações pós-traducionais conhecidas em proteínas humanas. 
Durante os próximos 9 meses, um grande esforço será feito para 
complementar a descrição já bastante abrangente de modificações pós-
traducionais conhecidas em proteínas humanas atualmente fornecidas 
no SWISS-PROT. • Links estreitos para informações estruturais. O 
SWISS-PROT está intimamente ligado ao banco de dados de estrutura 
3D PDB/RCSB e já inclui muitos recursos úteis para biólogos estruturais.
A Iniciativa de Proteômica Humana (HPI)
Em poucos meses, os esforços combinados de vários centros de 
sequenciamento e empresas produzirão um primeiro rascunho da 
sequência do genoma humano. Tal esforço é apenas um passo muito 
preliminar na compreensão dos processos biológicos humanos. A primeira 
armadilha a ser superada é a detecção de todas as regiões de codificação 
na sequência genômica. Os algoritmos atuais, embora muito poderosos, 
não são capazes de detectar com certeza todos os éxons, não estão bem 
equipados para distinguir diferentes variantes de splice e são incapazes 
de detectar pequenas proteínas (que são numerosas e cruciais para 
muitos processos biológicos).
Esses vínculos estreitos serão expandidos ainda mais, fornecendo 
modelos derivados de homologia para todas as proteínas humanas 
para as quais essa abordagem é cientificamente relevante.
Assim, o número de diferentes moléculas de proteínas expressas pelo 
genoma humano está provavelmente mais próximo de um milhão do que 
das cem mil geralmente consideradas pelos cientistas do genoma.
Selecionamos uma série de organismos que são alvo de projetos de 
sequenciamento e/ou mapeamento de genomas e para os quais 
pretendemos: (i) ser o mais completo possível; (ii) fornecer um nível mais 
alto de anotação; (iii) fornecer referências cruzadas a banco(s) de dados 
especializado(s) que contenham, entre outros dados, alguma informação 
genética sobre os genes que codificam essas proteínas; e (iv) fornecer 
índices ou documentos específicos.
Outro fator de complexidade a ser levado em consideração é a quantidade 
de polimorfismo no nível da sequência da proteína. Embora alguns desses 
polimorfismos estejam ligados a estados de doença, a maioria não está, 
mas em muitos casos tem um efeito direto ou indireto nas atividades das 
proteínas.
Estamos, portanto, iniciando um grande projeto para anotar todas as 
sequências humanas conhecidas de acordo com os padrões de qualidade 
da SWISS-PROT. Isso significa fornecer, para cada proteína conhecida, 
uma riqueza de informações que inclui a descrição de sua função, sua 
estrutura de domínio, localização subcelular, modificações pós-traducionais, 
variantes, semelhanças com outras proteínas, etc. sequências humanas 
em SWISS-PROT. Essas entradas estão associadas a cerca de 14.500 
referências da literatura, 16.000 PTMs experimentais ou previstos, 800 
variantes de emenda e 8.000 polimorfismos (a maioria dos quais está 
ligada a estados de doença). Usaremos as informações atuais como base 
para o que chamamos de 'Iniciativa de Proteômica Humana' (HPI).
Os organismos atualmente selecionados são: Arabidopsis thaliana 
(agrião), Bacillus subtilis, Caenorhabditis elegans (verme), Candida 
albicans, Dictyostelium discoideum (mofo), Drosophila melanogaster 
(mosca da fruta), Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Helicobacter 
pylori, Homo sapiens (humano), Methanococcus jannaschii, Mus musculus 
(camundongo), Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma genitalium, 
Saccharomyces cerevisiae (fermento em brotamento), Salmonella 
typhimurium, Schizosaccharomyces pombe (levedura de fissão), Sulfolobus 
solfataricus e Synechocystis sp. PCC 6803.
a comunidade de usuários terá à sua disposição as sequências de entre 
80.000 e 100.000 proteínas 'nuas'. Chamamos essas proteínas de 'nuas' 
porque a informação genômica não permite a previsão eficiente de todas 
as modificações pós-traducionais (PTM) das quais a maioria das proteínas 
é alvo.
DESENVOLVIMENTOS RECENTES
Organismos modelo
As proteínas, uma vez sintetizadas nos ribossomos, estão sujeitas a uma 
infinidade de etapas de modificação. A complexidade devido a todas essas 
modificações é agravada pelo alto nível de diversidade que o splicing 
alternativo pode produzir em nível de sequência.
Machine Translated by Google
Nucleic Acids Research, 2000, vol. 28, nº 1 47
Dividimos o TrEMBL em duas seções principais; SP-TrEMBL e REM-
TrEMBL: SP-TrEMBL (SWISS-PROT TrEMBL) contém as entradas (199 794 
na versão 11) que devem ser incorporadas ao SWISS-PROT. Os números 
de acesso SWISS-PROT foram atribuídos a essas entradas. SP-TrEMBL é 
parcialmente redundante contra SWISS-PROT, uma vez que ~60.000 dessas 
entradas são apenas relatórios de sequências adicionais de proteínas já em 
SWISS-PROT. Para que o TrEMBL atue como um suplemento anotado por 
computador ao SWISS-PROT, novos procedimentos foram introduzidos para 
remover a redundância (4) e adicionar automaticamente uma anotação 
altamente confiável (5).
INFORMAÇÃO PRÁTICA
Para todos os aspectos dos projetos HPI, agradecemos a ajuda e 
colaboração da comunidade científica. Informações sobre o proteoma humano 
são altamente críticas para uma grande parte da comunidade de ciências da 
vida. Apelamos, por isso, à comunidade de utilizadores para que participe 
plenamente nesta iniciativa disponibilizando toda a informação necessária 
para ajudar e agilizar a anotação integral do proteoma humano.
Um sistema baseado em regras que utiliza a anotação SWISS PROT 
existente como padrão-ouro é aplicado para melhorar a anotação TrEMBL. 
No momento, esse processo afeta apenas 15% de todas as entradas do 
TrEMBL. A criação de regras adicionais será uma das prioridades do TrEMBL 
no próximo ano. Isso deve levar a um aumento drástico na cobertura por 
anotação automática.
TrEMBL: UM SUPLEMENTO ANOTADO POR COMPUTADOR
Recentemente, adicionamos referências cruzadas que vinculam o SWISS-
PROT ao banco de dados Zebrafish Information Network (ZFIN) (3) (consulte 
http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/ ). Também começamos a adicionar referências 
cruzadas do SWISS-PROT ao CarbBank Complex Carbohydrate StructureDatabase (CCSD) (consulte http://128.192.9.29/carbbank/ ).
Atualmente (outubro de 1999), SWISS-PROT contém ~81.000 entradas de 
sequência, compreendendo 30 milhões de aminoácidos
Os dados armazenados no SWISS-PROT costumavam ser representados 
exclusivamente em letras maiúsculas. Iniciamos um processo para converter 
os dados em maiúsculas e minúsculas. Este processo já está em andamento 
e será concluído durante o ano 2000. Nos últimos 12 meses, adicionamos 
novos tópicos de comentários ('Diversos' e 'Farmacêuticos'), bem como uma 
nova chave de recurso ('Se_Cys'). As principais mudanças para padronizar o 
uso e o conteúdo dos tópicos de comentários 'Similaridade' e 'Produto 
alternativo' estão em fase de conclusão. Os formatos usados para armazenar 
as referências de livros e patentes foram modificados para tornar essas 
informações analisáveis por computador.
Atualmente, o SWISS-PROT está vinculado a 31 bases de dados diferentes 
e consolidou seu papel como o principal foco de interconectividade de bases 
de dados biomoleculares. Na versão 38, há uma média de 4,5 referências 
cruzadas para cada entrada de sequência.
Para contribuir com a padronização das taxonomias usadas em bancos de 
dados de sequências moleculares, mudamos para a taxonomia NCBI, que é 
usada pelos bancos de dados de sequências de nucleotídeos DDBJ/EMBL/
GenBank. A classificação taxonômica mantida no NCBI está disponível em: 
http://www.ncbi.nlm. nih.gov/Taxonomy/
O uso do SWISS-PROT é gratuito para usuários acadêmicos. No entanto, 
em setembro de 1998, implementamos um sistema de taxa de assinatura 
anual para usuários comerciais do banco de dados. O SIB e o EMBL/EBI 
incumbiram uma nova empresa, Geneva Bio informatics (GeneBio) (http://
www.genebio.com ) para atuar como seu representante com a finalidade de 
concluir os acordos de licença necessários e cobrar as taxas. Os recursos 
arrecadados serão utilizados no SIB e no EBI para atualizar o SWISS-PROT, 
mantê-lo atualizado e melhorar ainda mais sua qualidade. Mais informações 
sobre este novo sistema estão disponíveis em http://www.expasy.ch/announce/
Status atual
SWISS-PROT é distribuído com um grande número de arquivos de 
documentação. Alguns desses arquivos estão disponíveis há muito tempo (o 
manual do usuário, notas de lançamento, os vários índices de autores, 
citações, palavras-chave, etc.), mas muitos foram criados recentemente e 
estamos continuamente adicionando novos arquivos. Consulte http://
www.expasy/sprot/sp_docu.html para obter uma lista de todos os documentos 
atualmente disponíveis.
Conteúdo da versão atual do SWISS-PROT
Melhorias de formato e conteúdo
Novas referências cruzadas
Devido ao aumento do fluxo de dados de projetos de genoma para os bancos 
de dados de sequências, enfrentamos vários desafios em nossa forma de 
anotação de banco de dados. Mantendo a alta qualidade de
Em julho de 1999, a versão 11 do TrEMBL foi produzida. A versão 11 foi 
baseada na tradução de todos os 379.000 CDSs no EMBL Nucleotide 
Sequence Database versão 58. Cerca de 119.000 desses CDSs já estavam 
como relatórios de sequência no SWISS-PROT e, portanto, excluídos do 
TrEMBL. As 260.000 entradas de sequência restantes foram mescladas 
automaticamente sempre que possível para reduzir a redundância no TrEMBL. 
Esta etapa levou a 245.761 entradas no TreMBL.
REM-TrEMBL (REMaining TrEMBL) contém as entradas (~46.000 na 
versão 11) que não queremos incluir no SWISS-PROT.
O projeto HPI tem dois aspectos diferentes relacionados ao tempo: um 
deles é uma 'maratona' de 9 meses para acompanhar o estado atual da 
pesquisa, o outro é um compromisso de longo prazo para manter esse projeto 
vivo enquanto é necessário. Para uma descrição detalhada do projeto HPI e 
seu status atual, consulte http://www.expasy.ch/sprot/hpi/
PARA SUÍÇO-PROT
sequência e anotação no SWISS-PROT requer uma análise cuidadosa da 
sequência e anotação detalhada de cada entrada. Este é o passo limitante 
na produção de SWISS-PROT. Por um lado, não queremos relaxar os altos 
padrões editoriais da SWISS-PROT e é claro que há um limite para o quanto 
podemos acelerar os procedimentos de anotação. Por outro lado, também é 
vital que disponibilizemos novas sequências o mais rápido possível. Para 
resolver essa preocupação, introduzimos em 1996 o TrEMBL (Tradução do 
banco de dados de sequência de nucleotídeos EMBL). O TrEMBL consiste 
em entradas anotadas por computador derivadas da tradução de todas as 
sequências de codificação (CDSs) no banco de dados EMBL, exceto CDSs 
já incluídos no SWISS-PROT.
Arquivos de documentação
Introdução
Machine Translated by Google
3. Westerfield, M., Doerry, E., Kirkpatrick, AE e Douglas, SA (1999)
5. Appel, RD, Bairoch, A. e Hochstrasser, DF (1994) Trends Biochem.
Bioinformática, 15, 228-233.
4. Fleischmann, W., Moeller, S., Gateau, A. e Aweiler, R. (1999)
2. Stoesser, G., Tuli, MA, Lopez, R. e Sterk, P. (1999) Nucleic Acids Res., 
27, 18-24. Artigo atualizado nesta edição: Nucleic Acids Res. (2000), 28, 
19-23.
1. Bairoch, A. e Apweiler, R. (1999) Nucleic Acids Res., 27, 49-54.
6. Etzold, T. e Argos, P. (1993) Comput. Aplic. Biosci., 9, 49-57.
Methods Cell Biol., 60, 339-355.
Sci., 19, 258-260.
48 Nucleic Acids Research, 2000, Vol. 28, nº 1
Sites espelho completos e atualizados do ExPASy estão disponíveis na 
Austrália, Canadá e Taiwan: http://expasy.proteome.org.au/ (em Australian 
Proteome
Swiss-Shop 
Swiss-Shop é um sistema automatizado de alerta de sequência que permite 
aos usuários obter, por e-mail, novas entradas de sequência relevantes para 
seu(s) campo(s) de interesse. Solicitações baseadas em palavras-chave e 
em sequência/padrão são possíveis. Toda vez que uma versão semanal do 
SWISS-PROT é realizada, todas as novas entradas do banco de dados que 
correspondem às palavras-chave ou padrões de pesquisa especificados pelo 
usuário e as entradas que mostram semelhanças de sequência com a 
sequência especificada pelo usuário serão enviadas automaticamente ao usuário por e-mail.
abstraído de ~65.000 referências. O arquivo de dados (sequências e 
anotações) requer 185 Mb de espaço de armazenamento em disco. A 
documentação e os arquivos de índice requerem ~65 Mb de espaço em disco.
• upd_seq.dat Contém as entradas para as quais os dados de sequência 
foram atualizados desde a última versão. • upd_ann.dat 
Contém as entradas para as quais um ou mais campos de anotação foram 
atualizados desde a última versão.
As solicitações da Swiss-Shop podem ser enviadas em http://www.expasy. 
ch/suíça/
última versão completa (trembl_new.dat) é atualizada toda semana.
REFERÊNCIAS
Como enviar dados ou atualizações/correções à SWISS-PROT Para 
enviar novos dados de sequência à SWISS-PROT e para todas as perguntas 
sobre o processo de envio, entre em contato com: SWISS PROT, The EMBL 
Outstation—The European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome 
Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, Reino Unido. Tel: +44 1223 494457; Fax: +44 1223 494 468; E-mail: datasubs@ebi.ac.uk (para submissão), 
ou datalib@ebi. ac.uk (para consultas).
Atualizações semanais também estão disponíveis; essas atualizações estão 
disponíveis por FTP anônimo. Para SWISS-PROT, três arquivos são 
atualizados toda semana: • new_seq.dat Contém todas as novas entradas 
desde a última
Esses arquivos estão disponíveis nos servidores EBI e ExPASy, cujos 
endereços de Internet estão listados acima.
liberar.
Toda semana também produzimos uma coleção completa de sequências 
de proteínas não redundantes, fornecendo três arquivos compactados (no 
diretório /databases/sp_tr_nrdb no servidor FTP ExPASy e em /pub/databases/
sp_tr_nrdb no servidor EBI): sprot.dat.Z , trembl.dat.Z e trembl_new.dat.Z.
Frequência de lançamento, atualizações semanais e conjuntos de dados 
não redundantes
http://expasy.cbr.nrc.ca/ (no Canadian Bioinformatics Resource, Halifax) 
http://expasy.nhri.org.tw/ (no National Health Research Institutes, Taipei)
Para todas as consultas, entre em contato com: The EMBL Outstation—The 
European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, 
Cambridge CB10 1SD, Reino Unido. Tel: +44 1223 494 444; Fax: +44 1223 
494 468; E-mail: datalib@ebi.ac.uk
A maneira mais eficiente e amigável de navegar interativamente no SWISS-
PROT ou TrEMBL é usar o servidor de biologia molecular ExPASy (6) da 
WWW, bem como o desenvolvido pela EBI. O servidor Web ExPASy foi 
disponibilizado ao público em setembro de 1993. Em outubro de 1999, um 
total acumulado de 60 milhões de conexões foi alcançado. Seu endereço é: 
http://www.expasy.ch/
O servidor EBI está acessível em: 
http://www.ebi.ac.uk/ Nos servidores 
ExPASy e EBI Web, você pode usar o pacote de software Sequence 
Retrieval System (SRS) (6) para consultar e recuperar entradas de sequência . 
O EBI e o SIB também oferecem uma gama de serviços de busca (ver http://
www2.ebi.ac.uk/ ou http://www.expasy.ch/tools/ ) para executar a similaridade 
de sequência Smith–Waterman, FASTA e BLAST pesquisas contra SWISS-
PROT + TrEMBL.
A partir de um computador conectado à Internet, você pode obter SWISS-
PROT e TrEMBL usando FTP anônimo (File Transfer Protocol) dos seguintes 
servidores: ftp.expasy.ch e ftp.ebi.ac.uk
A frequência de distribuição atual é de quatro lançamentos por ano.
Para enviar atualizações e/ou correções para SWISS-PROT, você pode 
usar o endereço de e-mail: swiss-prot@expasy.ch ou o endereço WWW http://
www.expasy.ch/sprot/sp_update_form.html
Para TrEMBL, um arquivo contendo todas as novas entradas desde a
Como obter as versões completas do SWISS-PROT e/ou TrEMBL
Acesso interativo ao SWISS-PROT e ao TrEMBL
Instalação de Análise, Sydney)
SWISS-PROT + TrEMBL é distribuído em CD-ROM pela EBI (2). Os CD-
ROMs também contêm alguns softwares de consulta e recuperação de banco 
de dados para computadores MS-DOS e Apple Macintosh.
Machine Translated by Google