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O processo de evolução biológica de todo organismo vivo é produto de alterações no seu material genético. A informação contida neste material está codificada na grande maioria dos organismos pelo ácido desoxirribonucleico (DNA), enquanto em alguns vírus essa informação encontra- -se no ácido ribonucleico (RNA). A molécula de DNA é geralmente uma dupla fita. Alguns vírus possuem RNA em vez do DNA, podendo ser uma molécula de fita simples ou dupla. Poucos vírus possuem DNA de fita simples. O DNA possui em vários organismos as mesmas propriedades ou funções, as quais incluem a capacidade de replicação e transmissão das moléculas hereditárias durante a divisão celular. A unidade de replicação é o replicon, que contém um sítio origem capaz de replicação autônoma. O DNA em bactérias é uma macromolécula em forma de uma dupla fita circular. O empacotamento do DNA está em torno de um eixo central formando uma estrutura superenrolada (supercoiled). Esta forma favorece a ação de certas enzimas, como as DNA girases e as topoisomerases. A replicação do DNA é semiconservativa, isto é, uma fita do DNA parental é conservada durante o processo de replicação, enquanto a fita complementar é sintetizada novamente. A síntese de DNA em uma fita é descontínua, enquanto na outra é contínua. Ambas as fitas são sintetizadas em sentido 5’ → 3’, mas a fita que está sendo sintetizada em sentido 3’ → 5’ o faz em fragmentos conhecidos como fragmentos de Okasaki, os quais são unidos por um ligase. Assim, a síntese é contínua para a fita que cresce na direção 5’ → 3’, chamada fita líder (laggingstrand), enquanto a fita que cresce em sentido 3’ → 5’ o faz em forma descontínua. O processo de replicação em E. coli envolve: 1) A replicação começa na origem, OriC, onde as fitas do DNA se separam. As proteínas de replicação formam um complexo chamado primossoma. Este complexo segue a forquilha de replicação durante a síntese de DNA. 2) Uma das fitas é cortada na origem, expondo um dos extremos como fita simples. Antes de começar a síntese dos fragmentos de Okasaki na fita descontínua, é necessária a presença da enzima RNA primase. Esta enzima se liga a DnaB (helicase), sintetizando um novo primer de dez nucleotídeos de longitude, dissociando-se posteriormente. Os primers são feitos em intervalos na fita descontínua. Depois, a DNA polimerase III é usada para alongar os primers RNA, produzindo deste modo os fragmentos de Okasaki. A elongação é feita pela DNA polimerase III até o extremo 5’ do fragmento prévio de DNA. Os primers RNA são removidos por enzimas de reparo (polimerase I) e são substituídos por DNA. A enzima DNA ligase une a extremidade 3’ do novo DNA com a extremidade 5’ fosfato do fragmento anterior, e a fita complementar, a fita descontínua, é sintetizada. Mutação As alterações na estrutura química ou física do DNA são conhecidas como mutações. Estas podem ser ocasionadas por agentes físicos ou químicos chamados mutagênicos ou agentes genotóxicos. As mutações espontâneas podem ser causadas por erros durante a replicação do DNA ou pela exposição do organismo a influências extracelulares do meio ambiente, como radiações ou agentes químicos. As mutações induzidas são produto de uma ação deliberada na qual o organismo é exposto à ação de um agente genotóxico. Algumas regiões do DNA são mais sensíveis à aparição de um evento mutacional, chamadas pontos quentes. As mutações podem envolver uma base só, mutações pontuais. A replicação é um processo altamente eficiente, com uma taxa de erro baixa. A segurança deste processo está baseada na atividade de várias enzimas que formam um complexo chamado sistema DNA replicase ou replissoma formado por helicases, topisiomerases, proteínas ligadoras de DNA, primases e ligases. Foram descobertos em Escherichia coli genes mutadores, que elevam a frequência de mutação, por exemplo, o gene que produz a RNA polimerase termolábil. Esta insere nucleotídeos incorretamente durante a replicação a uma taxa maior que a da enzima da linhagem selvagem. Existem diferentes tipos de mutação, por exemplo: mutação por substituição de pares de bases. Estas mutações podem ser espontâneas como consequências de rearranjos na distribuição de elétrons nas bases púricas e pirimidínicas, produzindo-se assim alterações ou mutações tautoméricas. Quando as mutações são estudadas em nível de polipeptídeos, são reconhecidos basicamente quatro tipos de mutações que alteram a atividade destes: mutações sem sentido, mutações de sentido errado, mutações de fase de leitura e mutação supressora. Genética bacteriana Mutações sem sentido As mutações sem sentido são o produto de códons sem sentido, ou seja, que não especificam para nenhum aminoácido. Elas são reconhecidas como sinais de terminação pelos ribossomos. Os resultados são polipeptídeos mais curtos, cuja atividade encontra-se seriamente comprometida. Mutações de sentido errado As mutações de sentido errado afetam uma base, resultando na substituição de um aminoácido por outro no polipeptídeo. Substituição de aminoácidos polares por não polares pode afetar a atividade do polipeptídeo. Mutações de fase de leitura As mutações de fase de leitura afetam a sequência como um todo, pois elas são os produtos de inserções ou deleções numa sequência. As mutações supressoras podem ser intragênicas, ou seja, perto do gene que sofre a primeira mutação. Alterações de uma base nos tripletes CAG, AAG, GAG podem produzir um códon sem sentido UAG, também conhecidas como mutações âmbar. As outras trincas são UGA (opal) e UAA (ocre). Entre as principais variações fenotípicas consequentes das mutações, são conhecidos os mutantes: Auxotróficos: são incapazes de sintetizar um ou mais fatores de crescimento como aminoácidos, purinas, pirimidinas, vitaminas. As lesões afetam genes que codificam para enzimas envolvidas na síntese de proteínas. Resistente a drogas: mutantes que exibem diferente tolerância a drogas como antibióticos e quimioterápicos. Morfológicos: apresentam alterações, como a incapacidade de produzir flagelo, pili ou fímbria, cápsula, ou variações na forma da colônia. Temperatura-sensíveis (ts): são mutantes incapazes de produzir um metabólito ou uma função a temperaturas diferentes à normal (temperatura restritiva). Os agentes químicos produzem variados tipos de mutação como a substituição induzida que é conseguida pela ação de agentes como 5-bromouracilo. Acridinas são corantes como proflavina (similar à purina), que podem inserir-se no DNA criando espaços (gaps), que induzem a formação de deleções ou inserções. As deleções implicam a perda de nucleotídeos, enquanto na inserção bases nucleotídicas são adicionadas ao DNA. A luz ultravioleta (UV) pode gerar diferentes tipos de mutação como substituição de bases, alteração no quadro de leitura (frameshift), deleções e duplicações. Enquanto a mutação assegura a variabilidade, a recombinação genética garante que diferentes combinações de genes sejam possíveis. Os mecanismos desenvolvidos evolutivamente, que permitem a recombinação, são: transformação, transdução e conjugação. Recombinação genética se dá por um conjunto de processos que produzem rearranjos entre genes ou parte desses genes. Transformação Processo no qual o DNA livre no meio é tomado pela célula, resultando em alterações genotípicas desta. Para conseguir capturar o DNA, a célula precisa encontrar-se no estado de competência. A proteína autolisina expõe à membrana as proteínas-de-união de DNA e endonuclases. O DNA é cortado em fragmentos de seis mil a oito mil pares de bases. Uma exonuclease cliva as duas fitas, para que somente uma entre na célula. A fita de DNA mais a proteína, que protege o DNA da digestão de DNases, formam o complexo eclipse.Este complexo será transportado através da membrana citoplasmática, onde a fita simples do DNA se une à homóloga da receptora. Transdução É o processo no qual o DNA bacteriano é transferido entre células mediado por um vírus. Dois tipos são conhecidos: 1) Transdução generalizada, na qual qualquer gene pode ser transduzido. O vírus leva basicamente DNA bacteriano. Depois da lise celular, um alto título (concentração) de vírus é obtido e algumas destas partículas incorporam DNA bacteriano. Estas partículas conseguem infectar outras células, mas não produzem lise, devido basicamente à carência de DNA viral. Por recombinação, o DNA de dupla fita permuta informação com o DNA receptor. No caso de não se produzir integração, a transdução é dita abortiva. 2) Transdução especializada ocorre com a transferência de genes bacterianos específicos, que estão localizados próximos do sítio de integração viral. Quando é induzida a inserção do DNA viral, por exemplo, pela ação da UV, no caso de lambda, esta ocorre levando genes de galactose ou biotina. Conjugação É o mecanismo de transferência de informação genética que requer contato entre as células. Este intercâmbio implica transferência de molécula de DNA extracromossômica, um plasmídio. A transferência do plasmídio pode ser dividida em quatro estágios: a) formação de uma união específica doador-receptor (contato efetivo); b) preparação para transferência do DNA (mobilização); c) transferência do DNA; d) formação de um plasmídio funcional replicativo no receptor. Nem todos os plasmídios são capazes de desenvolver os estágios anteriores. De acordo com a sua funcionalidade, os plasmídios são classificados como: 1. plasmídio conjugativo: plasmídios que levam genes que codificam para contato efetivo; 2. plasmídio mobilizável: plasmídio que prepara seu DNA para transferência; 3. plasmídio autotransmissível: é um plasmídio conjugativo e mobilizável, como, por exemplo, F Em alguns casos, um plasmídio pode transferir outro. Por exemplo, uma célula E. coli pode ter os plasmídios F e ColE1. F é conjugativo e mobilizável, enquanto ColE1 é só conjugativo. F, então, pode ajudar para transferência de ColE1. A conjugação exige contato entre o doador e/ ou receptor. Em E. coli, isto é feito pelo pilus sexual, que é formado por uma proteína contrátil hidrofóbica, a pilina, que forma esta estrutura tubular. A mobilização começa quando uma proteína corta o DNA em um sítio chamado origem de transferência, ou oriT, em F. Inicia- se uma replicação do tipo círculo rolante. A síntese de DNA ocorre tanto na célula doadora (síntese do DNA da doadora conjugante), que substitui a fita de DNA transferida, como na célula receptora (síntese do receptor conjugante), que duplica o DNA que foi transferido. Plasmídios Plasmídios são moléculas extracromossômicas circulares de DNA encontradas em muitas espécies bacterianas e em algumas espécies de eucariotos. São geralmente moléculas de DNA de fita dupla em forma de círculos fechados ou lineares. Os plasmídios não são indispensáveis para a célula, mas podem conferir-lhe vantagens seletivas: por exemplo, possui informação para degradação de certos substratos, resistência a um antibiótico ou a um metal pesado. O primeiro plasmídio descrito apresentava capacidade de ser transferido a uma célula hospedeira durante um processo similar a um cruzamento chamado conjugação. Este plasmídio foi chamado fator sexual, fator de fertilidade, ou fator F. Portanto, a célula que possui o fator sexual (também conhecida como célula doadora) é capaz de transferir uma cópia do fator sexual à célula receptora. A replicação do plasmídio pode ocorrer em dois momentos: primeiro, quando a célula bacteriana se divide, o DNA plasmideal também se divide, assegurando que cada célula-filha receba uma cópia deste; segundo, durante o processo de conjugação, a molécula de DNA replicada pode entrar na célula receptora. Parece que, durante a replicação do plasmídio, o DNA adere à membrana citoplasmática e usa as enzimas e maquinaria utilizada para a replicação do DNA cromossomal. A replicação pode ser uni ou bidirecional, dependendo do tipo de plasmídio. Plasmídios de tipo sexual: são importantes para a transferência de plasmídios a uma célula receptora. Plasmídios R: a resistência a antibióticos em muitos micro-organismos é devida à presença de plasmídios que contêm informação para a síntese de enzimas que inativam antibióticos específicos. Estes são denominados plasmídios de resistência ou fator R. Transposição Por ser o cromossomo uma molécula contínua de DNA, a transposição dos elementos móveis é um processo de intercâmbio de DNA, um tipo de recombinação. Entretanto, esta difere da recombinação clássica homóloga, uma vez que não existe intercâmbio de material genético entre sequências homólogas, não sendo necessária a ocorrência de homologia. Além disso, em bactérias, a evidência é clara: a recombinação homóloga depende do produto do gene recA, enquanto o movimento de elementos transponíveis (transposons) ocorre na mesma frequência tanto em células recA- como recA+.
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