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Geovana Sanches - TXXIV Biologia Molecular Professoras Luciana Pugliese e Nilce Naomi INTRODUÇÃO Os genes codificam diferentes proteínas, as quais apresentam estruturas específicas para desempenhar uma função. Na biologia molecular, estuda-se como esse gene é expresso e quais as etapas até que cheguemos a função exercida pela proteína. A biologia molecular está relacionada com várias áreas da medicina, como: genética; farmacologia (farmacogenômica ou farmacogenética- alguns fármacos são capazes de ativar ou inativar a expressão de alguns genes); diagnóstico (rtPCR, por exemplo); bioquímica; imunologia; microbiologia; terapêutica; biologia celular; neurociência; medicina forense; bioética; reprodução assistida. DNA, gene, alelo, cromatina, cromossomo, cromátide: todos os termos são utilizados para se referir ao DNA. Os diferentes trechos do DNA são denominados genes. Cada gene ocupa seu locus gênico e, geralmente, temos dois genes iguais: um no herdado da mãe e outro no homólogo proveniente do pai. Quando o DNA está condensado com proteínas, chamamos de cromatina (modo em que está na célula). Durante a mitose (na metáfase), a cromatina fica muito condensada, possibilitando a observação do cromossomo, assim como das cromátides-irmãs. Alelos, por sua vez, são dois genes que ocupam o mesmo locus gênico em cromossomos homólogos à os alelos podem ser iguais em alguns indivíduos, mas também podem ser diferentes pois existem variantes ao longo do DNA, inclusive nos genes. As mulheres possuem dois alelos para todos os genes. Já os homens, por terem o par sexual XY, não possuem dois alelos para determinados locus à algumas regiões entre eles são homólogas, mas são poucas. Curiosidade: entre as diferentes pessoas, o DNA é idêntico entre 99,5% e 99,9%. Ou seja, praticamente não há variação entre os genes, sendo eles idênticos ou com pequeníssimas variações. A variabilidade fenotípica se da exatamente nessas pequenas mudanças. Como é o DNA? O DNA é um ácido nucleico na forma de dupla hélice, composto por nucleotídeos (base nitrogenada + fosfato + pentose). Ele é uma macromolécula, ou seja, é um polímero formado por vários monômeros. • Temos 3 tipos de macromoléculas nas células: proteína, carboidrato e ácido nucleico. Quantas moléculas de DNA tem uma célula humana? Uma célula humana tem 46 moléculas de DNA, correspondente aos 46 cromossomos. Momentaneamente, na Anáfase da divisão celular, a célula pode ter 92 moléculas de DNA, pois cada cromossomo com 2 cromátides tem uma molécula de DNA dupla-fita. Vale ressaltar, entretanto, que a célula CONTINUA com os 46 cromossomos, pois as cromátides estão unidas. • Na telófase também há 92 cromossomos simples, porém há 46 em cada um dos núcleos. Geovana Sanches - TXXIV Quantos cromossomos tem uma célula humana? São 23 pares, um da mãe e um do pai, totalizando 46 cromossomos na célula. Quantas moléculas de DNA tem em cada cromossomo? Normalmente, um cromossomo corresponde a um DNA. Entretanto, antes da divisão celular há duplicação, de forma que um cromossomo terá dois DNA à o DNA duplicado é encontrado no término da S, G2, prófase e metáfase. Onde tem DNA na célula? No núcleo e nas mitocôndrias. Ambos são dupla-fita helicoidal, mas o mitocondrial é circular e o nuclear é linear. Enquanto no núcleo há 46 moléculas de DNA, a mitocôndria apresenta um número variável. A gente enxerga o DNA no microscópio? Ao microscópio óptico, podemos identificar a cromatina presente no nucléolo, porção mais basófila dentro do núcleo. Sendo assim, podemos enxergar o DNA à microscopia óptica. Na microscopia eletrônica, enxergamos o DNA na Metáfase da divisão celular, momento de máxima condensação do cromossomo. Nessa fase, já houve replicação do DNA e, por isso, os cromossomos apresentam duas cromátides irmãs idênticas unidas pelo centrômero. Entre as diferentes células de uma mesma pessoa o DNA é igual? Sim, independente do tipo celular de um mesmo organismo, o DNA é igual. Isso pois, desde o zigoto, há mitoses sequenciais. O que faz as células serem tão diferentes? As células são diferentes devido a modulação da expressão gênica, pois os genes podem estar ativos ou não. Um exemplo de modulação é através da metilação. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS Fluxo da informação gênica O DNA pode ser transcrito em RNA e, caso ele seja mensageiro, será traduzido em proteínas. Dessa forma, há uma relação muito forte entre as proteínas e os genes da célula. A relação entre DNA, RNA e proteínas era denominada dogma central da biologia. Atualmente, trata-se do “fluxo da informação gênica”. DNA e RNA Tanto o DNA, quanto o RNA são polímeros de nucleotídeos. Um nucleotídeo consiste em uma base contendo nitrogênio, um açúcar de cinco carbonos (pentose) e um ou mais grupos fosfato. A base nitrogenada se liga a pentose através de ligação glicosídica em C1’. A pentose, por sua vez, se liga ao fosfato através do C5’. O nucleotídeo pode ser monofosfato (como AMP), difosfato (como ADP) ou trifosfato (como ATP). Quando temos adenosina (adenina + ribose) unida ao fosfato em um ciclo forma-se AMPc, um segundo mensageiro muito importante. Vale ressaltar que um nucleotídeo pode ser convertido em outro. Exemplo: ATP sendo transformado em AMPc. Açúcares A pentose é um açúcar de cinco carbonos. Nos ácidos nucleicos, dois tipos de pentose são utilizados: • β-D-ribose: usada no ácido ribonucleico (RNA). • β-D-2-desoxirribose: usada no ácido desoxi-ribonucleico (DNA). A desoxirribose perde o oxigênio do carbono 2’, sendo essa a única diferença com a ribose. Bases nitrogenadas As bases nitrogenadas são compostos em anéis que contêm nitrogênio. Elas podem ser classificadas em dois grupos: • Pirimidina: possuem um anel contendo nitrogênio. São elas: uracila (encontrada Geovana Sanches - TXXIV apenas no RNA), citosina e timina (encontrada apenas no DNA). • Purina: possuem dois anéis contendo nitrogênio. São elas: guanina e adenina. Nomenclatura Base + açúcar= nucleosídeo. Os nomes dos nucleosídeos dependem de qual base nitrogenada e açúcar estão unidos. Quando o açúcar é a ribose, temos os seguintes nomes: Base Nucleosídeo Abreviação Adenina Adenosina A Guanina Guanosina G Citosina Citidina C Uracila Uridina U Timina Timidina T Caso o açúcar seja a desoxirribose, deve-se adicionar o prefixo “desoxi” a frente do nucleosídeo. Na abreviação, deve-se adicionar um “d”. Base + açúcar + fosfato = nucleotídeo. Os nucleotídeos são abreviados por três letras maiúsculas, como por exemplo: • AMP = monofosfato de adenosina • dAMP= monofosfato de desoxiadenosina • UDP= difosfato de uridina • ATP= trifosfato de adenosina Formação do polímero Para formar um polímero, os nucleotídeos são unidos por ligações fosfodiéster (ligação covalente). Para que a ligação fosfodiéster seja formada é necessário um pirofosfato (dois fosfatos inorgânicos unidos) à essa ligação é de alta energia e, quando ela se quebra, a energia é liberada, permitindo que o fosfato do C5’ se ligue ao C3’. A cada ligação formada, uma hidroxila é perdida. Essas hidroxilas se unem ao H+ (que está em abundância na célula) formando água. Por isso, essa reação é denominada reação de condensação. As moléculas de DNA e RNA são orientadas, ou seja, elas possuem duas extremidades. No primeiro nucleotídeo, a extremidade 5’ está livre. Por outro lado, no último nucleotídeo, quem está livre é a extremidade 3’. Para a leitura da sequência do DNA e RNA, sempre deve contar a direção a ser seguida, ou seja, qual a sua orientação. Exemplo: 5’ ACGT 3’. Isso é importante pois o DNA é um molde para produção do RNA. Além disso, apenas lemos/escrevemos as siglas das bases nitrogenadas, tendo em vista que o fosfato e a pentose são sempre iguais.Pareamento das bases nitrogenadas na dupla hélice O DNA sempre é encontrado em forma de dupla hélice (ou dupla fita). Para essa estrutura ser estável, o pareamento entre as bases nitrogenadas dos nucleotídeos ocorre através de pontes de hidrogênio. Toda vez que numa fita tem uma Adenina, na fita oposta terá uma Timina (sendo assim, uma purina e uma pirimidina), estando elas unidas por duas pontes de hidrogênio. Por outro lado, toda guanina é pareada com citosina por três pontes de hidrogênio. O DNA é formado por duas fitas anti- paralelas, ou seja, uma fita é 5’ à 3’ e a outra, 3’ à 5’. Mas quando vamos escrever uma sequência, sempre descrevemos apenas uma fita, tendo em vista que a outra é de fácil identificação. Os genes são utilizados como moldes para produção do RNA, não apenas mensageiro, mas de todas as classes. Devemos lembrar que, no RNA, a timina não está presente, sendo substituída por uracila. DNA x RNA A uracila é usada exclusivamente no RNA e a timina, no DNA. Pentose no nucleotídeo: ribose no RNA e Desoxirribose no DNA. A forma da molécula também é diferente, pois o RNA é sempre simples fita, não tendo uma fita complementar. Por outro lado, o DNA é sempre dupla-hélice. Além disso, as cadeias de RNA são mais curtas que a de DNA. A partir do DNA molde será sintetizado o RNA, seguindo a regra do pareamento, de forma anti-paralela. Exemplo: DNA: 3’ GTAC 5’ RNA: 5’ CAUG 3’ A fita do DNA que é parecida com o RNA é chamada de fita codificante/codificadora/codante (os códigos contidos em uma estão contidos na outra). Já a fita que é usada realmente como molde é a fita complementar (por conta da regra do pareamento) molde. A fita que normalmente aparece escrita é a fita codificante, de forma que quando olhamos já sabemos qual a sequência do RNA. Geovana Sanches - TXXIV O RNA pode dobrar-se em estruturas diversas de vários níveis de complexidade. Sendo assim, apesar de ser uma simples fita, apresenta regiões de dupla-hélice à estruturas secundárias de diversas formas, como a de grampos de cabelo (hairpin loops). Ele se enovela, formando pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas, mas não há pareamento entre fitas distintas. Não há uma estrutura específica. Mais recentemente, novos papéis para RNA foram revelados, como a percepção de estado metabólico; sinalização e regulação da expressão gênica realizadas por riboswitches e regulação da expressão gênica por meio do microRNA. Essa grande versatilidade funcional não seria esperada para uma molécula altamente estável como o DNA, pois esse ácido nucleico apresenta pequena dinâmica molecular. Sendo assim, podemos dizer que o DNA é relativamente “parado”. Desse modo, graças a essa alta versatilidade funcional, propõe-se que o RNA seria a molécula primordial (a primeira que surgiu), a partir da qual a vida evoluiu. Essa hipótese pressupõe que em determinado momento da história da vida na Terra, todas as células tinham o RNA como material genético, o que ficou conhecido como o “Mundo de RNA”. ORGANIZAÇÃO DO GENOMA O DNA é um polímero de nucleotídeos. Ele se enovelada nas histonas, até formar-se um nucleossomo. O conjunto dos nucleossomos forma uma fita mais grossa e coesa, a qual é denominada cromatina. A cromatina se enovela com auxílio de algumas proteínas, dando origem ao cromossomo. Temos, portanto: DNA dupla hélice à nucleossomo à cromatina à cromossomo. Nucleossomo O nucleossomo é um octâmero de histonas, ou seja, é um conjunto de quatro pares de histonas (H2A, H2B, H3 e H4), ao redor das quais há quase duas voltas de dupla-hélice de DNA. O conjunto dos nucleossomos pode ser comparado a um “colar de contas”. Essa estrutura se dobra em zig-zag, agrupando-se para formar uma fibra mais grossa, a qual é denominada solenóide. A cada nucleossomo há uma histona Geovana Sanches - TXXIV H1, a qual é importante para possibilitar esse dobramento. As histonas e o DNA têm uma conexão muito forte, pois o ácido nucleico tem característica ácida e a histona tem caráter básico, formando uma estrutura muito coesa. No núcleo das células, o DNA pode ser encontrado na forma de cromatina e cromossomo. A estruturação do cromossomo se dá por meio de proteínas nucleares, as histonas e proteínas cromossômicas não histonas, que mantém a estrutura do cromossomo. A deficiência nessas proteínas pode gerar doenças. Proteínas não-histonas Fornecem um suporte ou “arcabouço” para as alças da cromatina, sendo denominadas SMC (structural maintenance of chromosomes). Condensina É o principal componente estrutural do cromossomo mitótico, sendo responsável pela condensação do cromossomo. Ela forma um laço, e os diversos laços juntos formam a estrutura da cromátide. Coesina As cromátides não são independentes, sendo a coesina responsável por mantê-las unidas. A partir do momento que a célula recebe sinal de anáfase, as coesinas se degradam e inicia- se o afastamento das cromátides. A partir disso, há migração dos cromossomos simples para polos opostos da célula. Dessa forma, a coesina só existe no início da fase M, quando os cromossomos estão duplicados. NÚCLEO INTERFÁSICO A maior parte do ciclo celular encontra-se na interfase, a qual é constituída pelas fases G1 (célula se origina, cresce e exerce sua função), S (duplicação do material genético) e G2 (preparo para mitose). Em toda a interfase, não há formação de cromossomo, estando o DNA em forma de cromatina. No núcleo interfásico, essa cromatina pode estar mais ou menos condensada, possibilitando a diferenciação entre duas formas de cromatina: • Heterocromatina: mais condensada e com genes transcricionalmente inativos (genes escondidos); região mais escura. • Eucromatina: menos condensada, com genes transcricionalmente ativos (genes acessíveis a maquinaria de transcrição). o Tanto íntrons como éxons das regiões codificantes estão em eucromatina. Dependendo da célula, diferentes genes estão na forma de eucromatina e heterocromatina. No cromossomo também podemos encontrar eucromatina e heterocromatina, representadas por bandas mais claras e mais escuras. Nos telômeros e nos centrômeros há heterocromatina, tendo em vista que essas regiões são constitutivas e estão sempre Geovana Sanches - TXXIV condensadas, não possuindo genes para serem transcritos. GENOMA O Genoma corresponde a sequência de nucleotídeos das moléculas de DNA que temos no núcleo. Bioinformática: refere-se a pesquisa, desenvolvimento, ou aplicação de ferramentas computacionais e abordagens para expandir a utilização de dados biológicos, médicos, comportamentais e de saúde, incluindo a aquisição, o armazenamento, a organização, o arquivamento, a análise ou visualização desses dados. Computational Biology: desenvolvimento e aplicação de métodos teóricos e analíticos, incluindo modelagem matemática e aplicação de técnicas de simulações computacionais para o estudo de sistemas biológicos, sociais ou comportamentais. Tamanho e número de genes nos cromossomos humano Genoma humano • DNA nuclear = 3,2 x 109 nucleotídeos (n) • DNA mitocondrial= 16 x 103 (circular) Núcleo • 46 cromossomos lineares (23 pares) o 22 pares autossômicos o 1 par sexual Gráfico A: tamanho dos cromossomos (em milhões de pares de bases: 1 milhão de pares = 1Mb). Gráfico B: número de genes identificados em cada cromossomo humano. Os cromossomos 13, 18 e 21 são os que possuem menor quantidade de genes e correspondem as possíveis síndromes causadas por trissomias: • Trissomia do 21: Sd. de Down • Trissomia do 18: Sd. de Edwards • Trissomia do 13: Sd. de Patau Isso não quer dizer que só ocorram erros nesses três cromossomos, mas estas são as relacionadas com a sobrevivência, sendo as demais normalmente relacionadas ao aborto (não são compatíveiscom a vida). ORGANIZAÇÃO DO GENOMA HUMANO Sequenciamento do genoma humano A primeira versão da sequência do genoma humano, no início de 2001. Ela obteve uma cobertura de 90% e apresentava muitas lacunas não sequenciadas, além de erros de base. O tamanho (haploide) do genoma humano é de aproximadamente 3,2 bilhões de pares de bases. Sendo o organismo humano diploide, temos o dobro disso. Em 2004, o International Human Genome Consortium lançou uma nova versão do genoma, apresentando sequências de melhor qualidade, cobrindo uma parte maior do genoma (em torno de 99,7%). O número de genes do genoma humano ainda não é definitivo, mas fica em torno de 22 mil. Enquanto isso, o milho apresenta 32 mil genes. Com isso, temos que nossa complexidade biológica não é devido ao número de genes, mas sim em nosso potencial de, alternativamente, transcrever e traduzir a informação codificante do genoma. Cerca de 90% dos genes do genoma humano são capazes de sofrer processamento alternativo, resultando em um número maior de proteínas em relação ao número de genes. Ou Geovana Sanches - TXXIV seja, um único gene pode produzir diferentes produtos na célula. Estimando o número de genes do genoma humano As primeiras estimativas na década de 1990 eram de aproximadamente 100.000 genes. Na primeira publicação sobre a sequência completa foram previstos entre 30 e 40 mil genes. Mais recentemente, agrupando todas as informações disponíveis: sequenciamento das EST (expressed sequence tags – pequenos fragmentos de cDNA sequenciados); alinhamento das EST com o DNA genômico; descoberta de genes por homologia com outros organismos e melhoras nos programas computacionais de predições – as estimativas estão entre 20.000 e 25.000 genes. Os modelos gênicos propostos nos bancos de dados Ensembl (EMBL) e NCBI listam 22.619 e 22.333, respectivamente, de genes codificadores de proteínas. Esses valores, obviamente, ainda não são definitivos e, com o refinamento dos métodos computacionais e a busca contínua de informações, tanto sobre os humanos quanto sobre os demais organismos, a qualidade das predições tende a melhorar. Apenas em torno de 1% do nosso genoma codifica para proteínas, sendo que os exons e sequências regulatórias compreendem menos que 2% do genoma humano. Várias iniciativas acontecem em laboratórios de todo o mundo, com o objetivo de definir as funções de cada uma das proteínas codificadas pelos genes humanos. Genoma humano Aproximadamente 1,5% do genoma humano é codificador de proteínas, ou seja, sendo os trechos referentes aos exons. Ainda fazem parte dos genes os íntrons (25,9%), mas estes não são codificantes. Sequências únicas miscelâneas (11,6%) correspondem aquelas cuja função não é conhecida e não se enquadram em nenhuma das outras categorias. As sequências repetidas longas (8%) ocupam um volume grande do DNA e são encontradas nos centrômeros e telômeros; não há genes nessa região. Há ainda as regiões duplicadas, ou seja, com repetições no genoma (5%) e repetições de sequências simples (3%), os quais são trechos repetidos seguidos. As regiões representadas em cinza são elementos transponíveis de DNA (transposons), RNA (retrotransposons) e sequências de elementos nucleares entremeados longos e curtos (SINEs e LINEs). Esses elementos estão presentes em quase todos os seres vivos, mas não se sabe qual a função deles. Cerca de metade do genoma são sequências repetidas e, a outra, de sequências únicas. Inserido nas sequências repetidas estão as repetições de sequências simples (cerca de 3%), as quais são informativas à são trechos pequenos e de grande variação entre os indivíduos. Dentro das sequências únicas estão os genes (com os íntrons e éxons) e um DNA não- repetitivo que não está nos íntrons nem nos códons, localizado entre os genes. • DNA de cópia única (45%): inclui genes codificadores de proteínas; a maior parte são íntrons e sequências intergênicas. • DNA repetitivo disperso (45%): elementos de transposição que estão espalhados pelo genoma. o Elementos intercalares curtos (SINEs): 90 a 500 pb. Chamados de repetições Alu (10%) o Elementos intercalares longos (LINEs): até 7000 pb • DNA satélite (10%): repetições em tandem, ou seja, repetições seguidas, um atrás do outro. o Alfa-satélite- regiões centroméricas: são sequências repetidas de 171 pb (ocupa milhões de pb ou mais); altamente repetitivo. Geovana Sanches - TXXIV o Minissatélite: de 7 a 100 pb (ocupa alguns milhares de pb) o Microssatélite: de 2 a 6 pb (ocupa poucas centenas de pb). Os minissatélites e os microssatélites correspondem a 3% do genoma e tem grande relevância na identificação humana devido a alta variabilidade entre os indivíduos. Polimorfismo genético Polimorfismo: múltiplos alelos em um locus onde pelo menos 2 alelos apresentam frequências superiores a 1% numa população. Regiões polimórficas do genoma são aquelas que apresentam grande variação entre os indivíduos. Sendo assim, aqui estão inclusas as repetições em tandem de DNA micro e mini satélite. Essas repetições em tandem são úteis para o mapeamento gênico, pois variam de comprimento entre indivíduos e são encontradas uma vez a cada 2 kb do genoma. Os microssatélites são usados como marcador genético em estudos de parentesco (medicina forense), das migrações humanas e da origem humana. Isso é possível pois, apesar de variar muito entre as pessoas, é muito semelhante entre os parentes. VNTR: número variável de repetições em tandem Quando analisamos os micro e minissatélites, identificados o VNTR, os quais podem ocupar de 1 a 20 kb dentro de genes (normalmente em íntrons) ou de regiões intergênicas (mais comum). Através dessas regiões variáveis é possível mapear os indivíduos. Por exemplo: caso um indivíduo possua 12 repetições em um alelo e 17 em outra, elas devem corresponder às repetições encontradas em cada um dos progenitores. Além disso, atualmente, temos que, dependendo da população, há regiões que variam mais ou menos. Com isso, quando pessoas diferentes tem alelos iguais, possivelmente elas têm algo em comum ou o alelo em questão é frequente e pouco discriminatório dentro daquela população. STR: pequenas repetições em tandem Pequenas repetições em tandem (microssatélites): maioria dl, trl ou tretra nt. No locus vermelho, há a região de microssatélite “CAGG”, com 7 repetições em tandem em um cromossomo e 4 no outro. No locus amarelo, há 5 repetições em cada alelo. No verde, são 6 e 4. Por fim, no locus azul, são 10 e 5 repetições. Vale sempre ressaltar que cada um dos cromossomos foi herdado de um genitor, podendo-se comparar os STR para comprovar o parentesco entre os indivíduos. Exemplo: Observando o locus verde, os três indivíduos em questão não são parentes, pois o indivíduo B deveria conter informação igual ao A ou C. Entretanto, ao vermos o locus vermelho, tanto indivíduo A, como C poderiam ser genitores de B; sendo assim, esse alelo provavelmente é frequente nessa população, não sendo discriminatório. Para diminuir o índice de erro, ao fazermos testes em humano, são identificados no mínimo 9 loci simultaneamente. Caso não seja suficiente, podemos avaliar 12 e até 15 regiões diferentes. SNP: polimorfismo de nucleotídeo único Os SNP constituem 90% de todas as variações genômicas humanas. São ótimos marcadores de ancestralidade, podendo ser utilizados em estudos filogeográficos e filogenéticos. São importantes nos estudos de fatores genéticos associados a doenças e úteis na farmacogenética. Importante: não são todos os polimorfismos que podem causar doenças. Porém, existem SNPs que aumentam a probabilidade de desenvolver determinadas doenças (principalmente DCNT) e pode até mesmo levar a uma resposta diferente a um determinado Geovana Sanches - TXXIV fármaco, quandocomparado a um indivíduo que não possui este polimorfismo. Os SNP são encontrados por toda a região do genoma: íntrons, éxons, regiões intergênicas, promotores ou enhancers. Sua localização tem grande relevância; um SNP encontrado na região codificadora pode, por exemplo, alterar a formação de proteínas e um SNP intrônico pode influenciar no splicing do mRNA. Ao longo do DNA existem várias regiões polimórficas, como demonstrado na figura. A junção dessas regiões forma os diferentes haplótipos. Os SNPs escolhidos para definir um haplótipo, contudo, são frequentemente os mesmos na maior parte dos indivíduos de uma população em particular. Assim, podem ser utilizados para traçar populações humanas pré- históricas. DNA mitocrondrial O DNA mitocondrial é um pequeno DNA circular fita dupla, de herança materna, que não apresenta íntrons ou histonas. É auto-replicativo, superenrolado e muito compacto. Na célula humana constitui-se de apenas 16,569 pb. Possui 22 genes codificadores de tRNA e 13 regiões codificadores de proteínas, sendo que na matriz mitocondrial ocorre transcrição e tradução. Em cada mitocôndria dos fibroblastos dos pulmões humanos há cerca de 2.6 moléculas de DNA mitocondrial por mitocôndria. Considerando que são centenas de mitocôndrias por célula – 308 nesse caso, há cerca de 800 moléculas de DNA mitocondrial na célula. Genes Gene é um segmento funcional do DNA que contém a informação necessária para produzir uma molécula de RNA. Sendo assim, os genes não são exclusivos para a produção de proteínas (a partir do RNAm), sendo também produzidos RNAs funcionais (ribossomal, transportador, micro RNA, snRNA- small nuclear RNA). Todos os genes possuem uma sequência reguladora (a qual é importante para que ele seja expresso ou não) regiões codificantes (exons) e regiões não codificantes (íntrons). Vale ressaltar que os íntrons sempre estão entre éxons, de forma que o gene sempre se iniciará e terminará com um exon. Após o último exon podem ser encontradas regiões não codificantes. Temos aproximadamente 25.000 genes distribuídos nos 46 cromossomos. Eles são responsáveis pela transmissão de caracteres dos pais aos filhos. As mutações dentro dos genes que se acumulam ao longo do tempo estão relacionadas à doenças e também a evolução da espécie. Dentre os genes que codificam para proteínas humanas, temos a seguinte proporção: Geovana Sanches - TXXIV Gene eucariótico Os genes eucarióticos são monocistrônicos, sendo cístron definido como um segmento de DNA corresponde a uma cadeia polipeptídica, em conjunto aos sinais de início e térmico. Ou seja, 1 gene está relacionado a 1 RNA e 1 cadeia polipeptídica. Eles são interrompidos por sequências não codificantes (íntrons). Cada gene humano tem um tamanho e um locus no genoma, sendo iguais entre todos os seres humanos (exceto em mutações). Exemplo: o gene do fator VII humano, importante proteína da coagulação se localiza no cromossomo Xq28 e apresenta 200.000 pares de nucleotídeos, com 26 exons e 25 íntrons, sendo que a maior parte do tamanho do gene corresponde aos íntrons; o gene da Beta-globina humana, por sua vez, se localiza no cromossomo 11p15.4 e apresenta 2000 pares de nucleotídeos, com 3 éxons e 2 íntrons. Cada gene possui sua sequência reguladora, chamada de promotor. O promotor sempre está localizado na extremidade 5’ do gene (fita codificante) e decide para qual lado ele será expresso e transcrito, de forma que sempre está próximo ao éxon 1. A fita codificante sempre estará no sentido 5’—3’, sendo que o RNA transcrito terá a mesma direção e uma sequência muito semelhante a ela. Por outro lado, a fita molde sempre estará no sentido 3’—5’. O gene pode ser transcrito para qualquer um dos dois lados, cabendo a nós identificar qual é a fita codificante e onde está o promotor. Estrutura de um gene humano O gene sempre será composto por promotor + éxons + íntrons. Além do promotor, para que ocorra a transcrição correta, é necessário um indicador do término da transcrição. Alguns genes possuem, ainda, outros reguladores da transcrição. Os éxons da extremidade (tanto o primeiro, como o último), possuem regiões que são transcritas, porém não traduzidas, as quais estão representadas em azul na figura. A região não codificante do exon 1 é chamada de 5’ UTR e, a do último exon, 3’UTR. • UTR= untranslated region Promotor: inicia a transcrição. São mais comumente encontrados os elementos TATA, CAAT e GC boxes, onde se ligam fatores de transcrição (proteínas capazes de localizar esses elementos especificamente e se ligar em regiões específicas). Esses boxes caracterizam a região promotora. Reguladores (amplificadores e inibidores): localizados na maioria das vezes longe do gene (alguns kb) e de seu promotor, estão relacionados a quanto e quando os genes serão transcritos. Quando temos um ativador, ele é denominado enhancers; caso seja um inibidor, região de inibição. Sequência de terminação: próxima de uma região AATAAA na fita codificante, marca o desligamento da RNA polimerase e o término da transcrição. Geovana Sanches - TXXIV A região inicial do gene (5’ da fita codificante) pode também ser denominada de “a montante” ou “upstream”, enquanto a extremidade 3’ pode ser denominada “a jusante” ou “downstream”. TRANSCRIÇÃO O processo de transcrição diz respeito a produção de RNAs. Para que ela ocorra são necessárias diversas reações complexas, incluindo não apenas a RNA-polimerase, mas também os fatores de transcrição. Existem diversos fatores de transcrição, os quais podem ser representados por TF. Cada um deles reconhece um box presente no promotor, e quando há ligação entre eles, emite-se um sinal recrutando a RNA-polimerase. Essa enzima, por sua vez, se liga a região promotora e dá início ao processo de transcrição. A forma inicial da Pol II que é recrutada para o promotor contém uma cauda predominantemente não fosforilada, mas a cauda encontrada no complexo de alongamento possui vários grupos fosfato. A adição desses fosfatos auxilia a polimerase a desconectar-se da maioria dos fatores gerais de transcrição empregados no início, que são deixados para trás pela enzima, quando essa escapa do promotor. RNA-polimerases Existem três RNA-polimerases nas células eucarióticas, sendo elas: • RNA-polimerase I: é responsável por transcrever genes do rRNA 5, 8S, 18S e 28S. • RNA-polimerase II: é responsável por transcrever a maioria dos nossos RNAs, incluindo todos os genes que codificam proteínas, snoRNA, miRNA, siRBA, IncRNA e a maioria dos genes snRNA. • RNA-polimerase lll: é responsável por transcrever genes de tRNA, rRNA 5S, alguns snRNA e genes de outros pequenos RNAs. Os RNAs podem ser divididos em dois grandes grupos: RNA mensageiro (são traduzidos, originando proteínas) e RNAs funcionais, os quais não traduzem proteínas, assumindo estrutura específica com funções na célula (como por exemplo, RNA ribossomal e RNA transportador). Os rRNAs são denominados de acordo com seus valores “S”, os quais referem-se às suas taxas de sedimentação em ultracentrifugação; quanto maior o valor de S, maior é o rRNA. Etapas da transcrição Geovana Sanches - TXXIV A primeira etapa da transcrição consiste na formação do “transcrito primário do RNA”, o qual é obtido a partir da fita molde do DNA e se assemelha a fita codificante do mesmo (alteração apenas da timina pela uracila). Exemplo Fita codificante: 5’ (promotor) ATTGCGTACCTGACCGT 3’ Fita molde: 3’ TAACGCATGGACTGGCA 5’ RNAm: 5’ AUUGCGUACCUGACCGU 3’ Esse transcrito primário do RNA ainda não está pronto para ser traduzido, sendo necessário que ele sofra modificações e processamento. A RNA-polimerase II, responsável pela transcrição de genes que codificam proteínas, possui uma cauda em sua estrutura, adenominada cauda CTD. Diferentes fatores (enzimas do processamento) são recrutados de acordo com o estado de fosforilação dessa cauda e, com isso, essas enzimas são transferidas ao RNA de acordo com a necessidade. Inicialmente, quando a cauda CTD (domínio C terminal) está muito fosforilada, é ativado o conjunto de enzimas de capping, responsável por adicionar o Cap (7-metil- guanosina) na extremidade 5’ do RNA. A função do Cap é estabilizar e proteger o RNAm, de forma que quando ele está ausente, observa-se a degradação do ácido nucleico antes mesmo do final da transcrição. A partir do momento em que a fosforilação da cauda CTD começa a diminuir, outro conjunto de enzimas é ativado, os quais são fatores de clivagem. A função desses fatores é quebrar (clivar) o RNAm: quando a sequência de terminação do RNAm (na extremidade 3’) é exposta, o conjunto de enzimas ativado pela diminuição da fosforilação da cauda CTD da RNA- polimerase reconhece a sequência rica em GU, clivando o RNAm nessa posição. Com isso, a extremidade 3’ fica livre e é reconhecida pela poliA-polimerase, enzima responsável por adicionar diversas adeninas (A) nessa extremidade (poliadenização), criando a cauda poliA. Quanto mais extensa essa cauda for, mais tempo o RNAm ficará no citoplasma e mais vezes ele poderá ser traduzido pelos ribossomos. A cauda poliA junto ao Cap e outras proteínas interagem formando um anel, de forma que o ribossomo dá voltas e traduz esse RNAm diversas vezes. Sendo assim, essas duas estruturas são importantes para a estabilização do RNAm no citoplasma. Com isso temos que, além de transcrever o transcrito primário, a RNA polimerase também está envolvida na adição do CAP e da cauda de poliA. Splicing Muitos genes eucariotos apresentam regiões codificadoras, chamadas éxons, e regiões não codificadoras, denominadas sequências interveninentes ou íntrons. Por exemplo, o gene que codifica a proteína ovalbumina tem 8 exons e 7 introns, enquanto o gene do citrocromo b possui 5 exons e 4 introns. Todos os íntrons e éxons são inicialmente transcritos em RNA. Entretanto, após a transcrição, os íntrons são removidos por splicing e os éxons são unidos para formar o RNAm maduro à o RNA maduro sempre será menor do que o transcrito primário de RNA. Esse processo ocorre no núcleo da célula. A retirada dos íntrons ocorre a partir do complexo enzimático chamado Spliceossomo, o qual é uma maquinária ribonucleoproteica, Geovana Sanches - TXXIV composta por várias proteínas com atividade enzimática e pelos pequenos RNAs (snRNA), os quais formam um esqueleto delicado, mas com função primordial. Cada snRNP (snurp) contém um snRNA de 100 a 200 nt. Para que o spliceossomo reconheça o íntron e não retire erroneamente as regiões codificantes do RNA, há uma porção sinalizadorá do local de clivagem, a qual é essencial para que o processo prossiga corretamente. Essa região é formada em três locais diferentes: GU___A___AG. A porção U1 reconhece e se liga a GU; a porção U2, reconhece e se liga a AG; e a porção A, por sua vez, é responsável por criar um laço entre as duas porções U, permitindo assim a retirada do íntron. A partir da retirada do íntron do transcrito primário, é função do próprio spliceossomo unir os exons para formar o RNA maduro. Os íntrons liberados são degradados posteriormente. Retomando... A figura demonstra a “bolha de transcrição”. Vale ressaltar que a RNA polimerase reconhece a estrutura como um todo (dupla-fita do DNA) e não apenas a fita molde. Os fatores de transcrição TFIIH e TFIII têm como função separar as fitas do DNA a partir do rompimento das pontes de hidrogênio. Além disso, há um conjunto de proteínas responsável por desenrolar a fita do DNA e enrola-la novamente após a transcrição. A polimerização do RNAm ocorre a partir da adição de nucleotídeos na extremidade 3’. Para que isso ocorra, é necessário a presença de um nucleotídeo trifosfato à há rompimento do ribonucleotído, liberação do pirofosfato e, consequentemente, liberação da energia necessária para realizar a ligação fosfodiéster. A Geovana Sanches - TXXIV ligação fosfodiéster, por sua vez, ocorre entra a hidroxila ligada a C3’, na cadeia de crescimento, e o fosfato em C5’ no nucleotídeo que será adicionado. Esse processo ocorre até que seja formado o transcrito primário do RNAm. O transcrito primário do mRNA sofre modificações, com a adição do CAP na extremidade 5’e da cauda poliA na extremidade 3’, os quais dão estabilidade ao mRNA, impedindo que ele seja degradado antes de ser traduzido. Em seguida, ocorrerá o splicing, com remoção dos íntrons e junção dos éxons. A partir disso, temos o mRNA maduro, o qual está pronto para ser traduzido nos ribossomos. O processo descrito anteriormente, refere- se ao splicing clássico ou convencional. Entretanto, há uma outra forma de splicing, a qual será descrita a seguir. Observação A adição de CAP e poliA é exclusiva na transcrição do mRNA. O splicing também ocorre normalmente em mRNA, mas pode ocorrer em outros RNAs. Splicing alternativo O splicing alternativo é um rearranjo de éxons, de forma que um mesmo transcrito primário pode originar diferentes proteínas (isoformas). Vale ressaltar que um mRNA maduro traduzirá uma única proteína, mas o transcrito primário pode originar diversos mRNA maduros e, consequentemente, diferentes proteínas. Antigamente o splicing alternativo era considerado uma exceção, entretanto, hoje sabemos que ele ocorre em diversos mRNAs. Exemplos Processamento alternativo no gene da troponina T, a qual está presente em músculo cardíaco, em diferentes isoformas. A figura mostra uma região do gene da troponina T que codifica cinco éxons gerando um RNAm maduro com os éxons 1, 2, 4 e 5. O gene da alfa-tropomiosina (proteína fibrosa relacionada ao sarcômero) terá diferentes formas nos diferentes tecidos. Para tal, ocorrerá um splicing alternativo nesse gene, originando diversos mRNA com alternância de éxons. Análise do gene da interleucina 2 A imagem representa a sequência codificante (início no 3’ e fim no 5’) do gene da interleucina 2. O “TATA” box está localizado na região promotora do gene, indicando o início do processo de transcrição. O verde mais claro representa as regiões dos íntrons e, mais escuro, dos éxons. Podemos observar que os íntrons ocupam extensa parte dos genes, mesmo um grande número de bases não estando individualmente listados. Para a retirada dos íntrons e junção dos éxons, o spliceossomo reconhece a sequência GU___ A ___ AG. Em toda a extensão do RNAm há sítios que indicam o que ocorrerá com o ácido nucleico, como o sítio de clivagem 3’, a qual indica que a enzima deve se soltar da sequência. Geovana Sanches - TXXIV RNA transportador Os RNAs transportadores são processados nas células bacterianas e eucarióticas. Diferentes tRNAs são modificados de diferentes maneiras, sendo uma delas a representada na figura: 1. Há clivagem nas extremidades 5’ e 3’. 2. Na alça, ocorrerá um splicing com formação da região que contém o anti-códon do tRNA. 3. Alguns nucleotídeos são adicionados na extremidade 3’, sendo que o último deles se ligará ao aminoácido, permitindo seu transporte até o ribossomo. 4. Modificações em alguns nucleotídeos produzem o tRNA maduro. Esse formato do tRNA, em cruz, é permitido pois há sequências complementares na simples fita do RNA, fazendo com que haja interação entre as bases nitrogenadas, formando pontes de hidrogênio (há pareamento). RNA ribossomal (ou ribossômico) O RNA ribossomal é responsável por formar o esqueleto do ribossomo. O processamento do rRNA é diferente dos demais, tendo em vista que ele não envolve o processo de splicing. As porções que originarão o rRNA estão marcadas em vermelho, representandonucleotídeos metilados; isso sinaliza que esses fragmentos não devem ser degradados. Os demais fragmentos (não metilados) são degradados e o restante origina os rRNAs maduros. Além do rRNA, o ribossomo é formado por um conjunto de mais de 100 proteínas. Esse processo de formação ocorre no nucléolo, onde há ancoragem das proteínas e dos rRNA. Ele não deixa o núcleo completamente pronto, mas a maior parte da montagem ocorre nessa região. TRADUÇÃO: SÍNTESE DE PROTEÍNAS O mRNA maduro, após todo o processamento no núcleo, vai para o citoplasma e chega aos ribossomos, local onde será traduzido. A síntese de proteínas tem 3 etapas: iniciação, elongação e terminação. A sequência de nucleotídeos presente no mRNA é lida em trincas (conjunto de três nucleotídeos), as quais são denominadas códons. Cada códon codifica apenas um aminoácido específico, mas o mesmo aminoácido pode ser codificado por mais de um códon. A correspondência entre os aminoácidos traduzidos e as sequências de códon que os representam constituem o código genético. Geovana Sanches - TXXIV Vale lembrar que TODA tradução possui o códon de iniciação AUG, a partir do qual o ribossomo iniciará a tradução da proteína, deslocando-se na direção 5’—3’do mRNA. Há ainda os códons terminadores, os quais indicam o fim da proteína: UAA, UAG ou UGA. Quando o ribossomo encontra um desses códons de término, ele se desliga do mRNA. Toda a sequência entre o códon de iniciação e o códon de término é denominada de fase de leitura, matriz de leitura ou quadro de leitura do mRNA. Exercício à Matriz de leitura: AUG CCU GUU CAA UCA ACA AAC AUC UAA à Proteína: Met Pro Val Gln Ser Thr Asn Ile O fato de um mesmo aminoácido poder ser codificado por mais de um códon faz com o código genético seja dito degenerado. Não há uma regra para o número de códons que codificam o mesmo aminoácido, de forma que a leucina é codificada por 6 códons, enquanto a metionina é codificada por apenas um. Isso não está relacionado a importância do aminoácido, mas cada espécie possui seus códons mais frequentes, o que é denominado códon usage. RNA transportador A “tradução” da informação na sequência de nucleotídeos (os códons) para aminoácidos é executada pelas moléculas de tRNA, que atuam como adaptadores entre os códons e os aminoácidos por eles definidos. O RNA transportador possui uma estrutura em alça devido a complementaridade de bases, formando os grampos. Eles carregam os aminoácidos até os ribossomos de forma não aleatória, sendo necessário o pareamento entre o códon do mRNA e o anticódon do tRNA. Após esse reconhecimento, o aminoácido é adicionado a cadeia polipeptídica. Importante: por convenção, o RNA sempre é lido no sentido 5’—3’. Considerando que o anticódon é antiparalelo ao códon, sua sequência original é 3’ – 5’. Portanto, ao nos referirmos a eles, sempre devemos indicar qual a sequência de leitura considerada. Cada um dos 20 aminoácidos é ligado ao tRNA apropriado por uma única tRNA sintetase específica. Como exemplo, temos a triptofanil- tRNA-sintetase, enzima que adiciona o triptofano no tRNA. Ribossomo O ribossomo é formado por um arcabouço de rRNA (RNAs funcionais), no qual se encaixam mais de 100 proteínas. Geovana Sanches - TXXIV O ribossomo possui 3 sítios de ligação ao tRNA: • A: é o sítio que recebe o tRNA carregando o aminoácido codificado pelo anticódon à podemos recordar que o sítio A vem de aceptor ou de aminoácido. • P: é o sítio que recebe o tRNA ligado a cadeia polipeptídica à podemos recordar que o sítio P abriga o tRNA que contém o peptídeo. • E: é o sítio que recebe o tRNA após a hidrólise, ou seja, que não está mais ligado a cadeia polipeptídica à o tRNA está pronto para deixar o ribossomo, sendo a letra E relacionada a “exit”. Inicialmente, chega ao sítio A o tRNA carregando o aminoácido específico para o códon presente no mRNA, promovendo uma ligação peptídica entre o aminoácido que chegou e o peptídeo. Tendo em vista que o tRNA agora está carregando a cadeia polipeptídica, ele automaticamente passa para o sítio P e assim sucessivamente. É importante lembrar que, embora um ribossomo só possa sintetizar um polipeptídeo por vez, cada mRNA pode ser traduzido, ao mesmo tempo, por vários ribossomos. Dessa forma, enquanto um ribossomo está finalizando a tradução, outro pode estar começando. O conjunto de ribossomos acoplados a um único mRNA é denominado polirribossomo. Quando essa estrutura é encontrada, infere-se que a célula em questão está em intensa síntese proteica e provavelmente necessita de diversas cópias dessa proteína naquele momento. Etapas da tradução Ínicio da tradução O eIF4F, fator de início de tradução, é um heterodímero que consiste de: • elF4G: proteína de ancoragem • eIF4E: se liga ao CAP na extremidade 5’ • eIF4A: helicase que desfaz dobramentos na extremidade 5’ Esse fator é de extrema importância pois, sem ele, a tradução não se inicia em eucariotos. Quando o mRNA sai do núcleo em direção ao citoplasma, até que ele chegue aos locais de tradução, caso haja complementaridade de bases na fita simples do RNA, podem se formar grampos na extremidade 5’ à forma de controle para que o mRNA não seja traduzido imediatamente. O F4e reconhece o CAP na extremidade 5’ e se liga a ela. O F4b estimula o F4a a realizar sua função. F4a, por sua vez, funciona como helicase, desfazendo os grampos formados no mRNA a partir da hidrólise de pontes de hidrogênio. Por último, a F4G realiza interação com a cauda de poliA através de PABP. A partir da ligação do F4E ao CAP e desenrolamento do RNA por F4A, o F4G chega junto à subunidade menor do ribossomo (40S); sendo assim, podemos dizer que a síntese proteica, em eucariontes, inicia-se a partir do recrutamento do ribossomo por um conjunto de proteínas. Essa subunidade é transportada para a extremidade 5’ do mRNA e concomitantemente, o tRNA chega carregando a metionina. Geovana Sanches - TXXIV A subunidade menor do ribossomo migra pelo mRNA até encontrar um códon de iniciação AUG. A partir disso, a subunidade maior do ribossomo se acopla à menor e todos os fatores relacionados ao eF são dissociados. Os fatores de início da tradução mantêm os mRNAs eucarióticos em círculos. Isso, pois, F4G possui afinidade por proteínas de ligação à cauda poliA na extremidade 3’ do mRNA. A partir dessa interação, ocorre a circularização do mRNA, o que otimiza o processo de tradução da mensagem pelos polirribossomos. Alongamento da cadeia polipeptídica O alongamento da cadeia polipeptídica se dá a partir da dinâmica do tRNA pelo sítio A, P e E. A tradução se inicia com a metionina. Em seguida, o aminoacil-tRNA correto é trazido ao sítio A do ribossomo de acordo com o códon que está nesse sítio. Esse aminoácido forma ligação peptídica com a metionina, formando um peptidil- tRNA no sítio P. Quando o próximo tRNA chega, o processo se repete e o tRNA que ficou vazio migra para o sítio E, deixando o ribossomo. A partir da repetição desse processo, há o alongamento da cadeia polipeptídica. Término da tradução Os códons de término são reconhecidos por proteínas chamadas fatores de liberação (RFs, release factors) que ativam a hidrólise do polipeptídeo do peptidil-tRNA. Existem 3 códons que sinalizam o término da tradução: UAA, UAG, UGA. Quando um deles se encontra no sítio A, não há entrada de novo tRNA, mas sim de uma proteína denominada fator de liberação. Essa proteína promove a hidrólise da cadeia polipeptídica formada, separando-a do tRNA. Com a finalização da tradução, as duas subunidades do ribossomo se desacoplam, dando fim a todo o processo. TRADUÇÃO EM PROCARIONTES Em seres procariontes, a transcrição ocorre concomitantemente a tradução, ou seja, os processos são acoplados; os mRNA nessesseres não possuem íntrons. Isso não é possível em eucariontes tendo em vista que a transcrição ocorre no núcleo e, a tradução, no citoplasma. Geovana Sanches - TXXIV Os ribossomos dos procariontes também possuem os sítios A, P e E, sendo essa parte do processo de tradução igual ao dos eucariontes. Todavia, a metionina que inicia o processo é modificada (é formilada), sendo denominada N- formil metionina (fMet). Ela entra diretamente no sítio P do ribossomo quando o AUG é encontrado no mRNA. Na subunidade menor dos ribossomos das células procariontes, há o rRNA 16S, o qual é muito importante para o processo de tradução. Como em procariontes não tem CAP, não há os fatores de iniciação envolvidos no reconhecimento da extremidade 5’ do mRNA. Entretanto, há uma sequência no mRNA que sinaliza o local onde o ribossomo deve se ligar, a qual é denominada Shine-Dalgarno (RBS). No rRNA 16S, extremidade 3’, há uma sequência que pareia ao RBS; quando a subunidade menor a encontra, o tRNA carregando a fMet é atraída e o aminoácido é acoplado ao sítio P. Inicia-se a migração até o encontro do primeiro AUG e, quando isso ocorre, a subunidade maior do ribossomo se acopla, deflagrando a tradução. Outra informação importante acerca da tradução em procariontes, é que em um mesmo mRNA existem diversas RBSs, permitindo o acoplamento da subunidade menor do ribossomo em todas essas regiões à em um mesmo mRNA há vários inícios de tradução, de diferentes genes, ou seja, ele é policistrônico. Normalmente, os genes presentes no mesmo mRNA participam da mesma via metabólica e a tradução é equimolar, tendo em vista que são necessárias quantidades proporcionais de cada uma das proteínas. Com isso, diz-se que o mRNA dos procariontes é policistrônico, ao passo que o mRNA dos eucariontes é monocistrônico. As diferenças entre a tradução de eucariontes e procariontes são importantes para a ação dos antibióticos. PROTEÍNAS: DEGRADAÇÃO, ENOVELAMENTO, ENDEREÇAMENTO E MODIFICAÇÕES A produção de uma proteína em uma célula eucariótica requer diversas etapas. A concentração final de cada uma delas depende da velocidade de cada uma das etapas. Mesmo após a produção do mRNA e da sua proteína correspondente, suas concentrações podem ser reguladas via degradação, modificações pós- traducionais ou pela ligação de pequenas moléculas. Uma vez liberadas pelo ribossomo, a maioria das proteínas precisam de outras alterações para que possam ser úteis às células. As modificações pós-traducionais incluem as Geovana Sanches - TXXIV modificações covalentes (como a fosforilação), a ligação de cofatores de pequenas moléculas, ou a associação com outras subunidades proteínas. As proteínas diferem enormemente em relação à sua duração (ou tempo médio de vida). Além do tempo que ela dura, o número de cópias de uma proteína em uma célula também depende de quanto é gerada e da sua degradação em aminoácidos. Proteínas estruturais que passam a fazer parte de um tecido relativamente estável, como o tecido ósseo ou o tecido muscular, podem durar meses ou anos. Outras proteínas, como enzimas metabólicas ou aquelas que regulam o crescimento e a divisão celular, só duram alguns dias, horas ou mesmo poucos segundos. DEGRADAÇÃO A degradação de proteínas ocorre a partir de enzimas denominadas proteases, responsáveis pela hidrólise das proteínas em aminoácidos, os quais podem ser reutilizados pela célula. O complexo de diversas proteases unidas é denominado proteassomo, o qual tem importante papel no tempo de meia vida das proteínas e no controle de qualidade, degradando, por exemplo, proteínas que foram mal enoveladas e poderiam prejudicar a atividade celular. Os proteassomos podem ser encontrados tanto no núcleo, quanto no citosol. Além de proteases, o proteossomo possui outras proteínas, as quais formam a “rolha” (estrutura representada em azul). O cilindro central é formado pelas proteases, cujos sítios ativos estão voltados para a face interna da câmara. Dessa forma, quando uma proteína adentra no proteassomo, ela é degradada. Para que uma proteína entre no proteassomo, é necessário que ela seja marcada para destruição. Isso ocorre a partir da ligação de um conjunto de pequenas proteínas denominadas ubiquitinas. A adição da cadeia poliubiquitina é realizada através de enzimas, tanto no citoplasma quanto no núcleo. As proteínas ubiquitinadas são reconhecidas na rolha do proteassomo, desdobradas e inseridas no cilindro central, local onde estão as proteases. Vale ressaltar que esse processo é exclusivo para degradação de proteínas, não ocorrendo, por exemplo, com organelas. As proteínas destinadas a ter curta duração, muitas vezes, contêm uma curta sequência de aminoácidos que as identifica como um alvo a ser ubiquitinado e, consequentemente, serão degradadas nos proteassomos. Proteínas danificadas, erroneamente dobradas ou que contêm aminoácidos oxidados ou alterados são também reconhecidas e degradadas por proteassomos. As enzimas que adicionam a cadeia de poliubiquitina a essas proteínas reconhecem sinais que ficam expostos como consequência do dobramento incorreto ou de danos químicos, como por exemplo, sequências de aminoácidos ou motivos conformacionais internos ou inacessíveis na proteína normal. ENOVELAMENTO A estrutura primária das proteínas é composta pela sequência de aminoácidos. Entretanto, elas não permanecem em uma linha, sendo necessário a aquisição de estrutura secundária, em alfa-hélice ou folha beta- pregueada. Posteriormente, a proteína ainda sofre enovelamento, adquirindo sua estrutura terciária (conformação nativa). Algumas proteínas, ao serem produzidas, adquirem estrutura terciária sem necessidade de intervenção. Caso contrário, existem proteínas que auxiliam ou interferem no seu enovelamento, as quais são denominadas chaperonas (HSPs) ou chaperones. Elas estão presentes em vários compartimentos celulares, como nas mitocôndrias, retículo endoplasmático, citosol e núcleo; não são encontradas em lisossomos. Geovana Sanches - TXXIV As chaperonas se ligam às cadeias polipeptídicas recém-sintetizadas ou parcialmente enoveladas e as auxiliam no processo de enovelamento mais energeticamente favorável. A associação destas chaperonas à proteína-alvo requer aporte de energia, fornecida pela hidrólise de ATP. Após o enovelamento, a proteína está pronta para exercer sua função. Outras proteínas chaperonas atuam como câmaras de isolamento que auxiliam o enovelamento de polipeptídeos. No exemplo acima, a chaperona em forma de barril forma uma câmara isolada na qual a cadeia polipeptídica pode se enovelar sem que haja risco de formação de agregados nas condições citoplasmáticas, onde outras moléculas estão presentes. Esse sistema também requer aporte de energia oriunda da hidrólise de ATP, principalmente para a associação e subsequente dissociação da tampa que fecha a câmara da chaperona. O acúmulo de proteínas mal-enoveladas aciona a “resposta à proteína desenovelada (UPR). Essas proteínas são reconhecidas por alguns tipos de proteínas sensoras transmembrânicas, onde cada uma ativa uma parte diferente da UPR. Alguns sensores estimulam a produção de reguladores da transcrição que ativam genes que codificam chaperonas ou outras proteínas do sistema de controle de qualidade. Outro sensor inibe, também, a síntese proteica, reduzindo o fluxo de proteínas. ENDEREÇAMENTO Todas as proteínas são produzidas a partir dos ribossomos, os quais são encontrados basicamente no citoplasma e na superfície do retículo endoplasmático (rugoso). Além disso, existem as proteínas que são sintetizadas a partir dos ribossomos mitocrondriais. Isso é possível devido a origem endossimbiótica das mitocôndrias, com a presença de DNA circular em seu interior; assim, é possível que ocorra a transcriçãoe tradução dos seus genes. Todavia, apenas uma pequena porção das proteínas mitocondriais é sintetizada em seu interior, pois são poucos os seus genes e uma grande quantidade de proteínas necessárias, fazendo com que a mitocôndria seja dependente da célula e das informações do núcleo. Considerando a tradução nos ribossomos citosólicos ou reticulares, algumas proteínas permanecem no núcleo (como as proteínas do citoesqueleto), mas a maioria tem ação em diferentes locais da célula, sendo necessário o seu endereçamento. Caso a proteína tenha endereçamento para um compartimento membranáceo, ela possuirá em sua cadeia polipeptídica uma sequência de aminoácidos denominada peptídeo- sinal ou sequência-sinal. Por outro lado, se a proteína for citosólica, ela não possuirá esse sinal de endereçamento. Esse mecanismo foi descoberto a partir de experimentos na engenharia genética: foram observadas algumas proteínas que sempre estão no citoplasma e outras que sempre estão dentro do retículo endoplasmático. A partir disso, visualizaram que dentro desses dois grupos, as proteínas possuíam uma sequência de aminoácidos que se repetia, a qual poderia ser indicativa do endereçamento da proteína. Para provar essa hipótese, os cientistas misturaram o gene dessas proteínas, de forma a inserir o peptídeo-sinal na proteína citosólica e retirá-lo da proteína do retículo. O resultado foi que a proteína citosólica com o peptídeo-sinal foi encontrado no interior do retículo endoplasmático, enquanto a proteína do retículo sem o peptídeo-sinal, no citosol. Geovana Sanches - TXXIV Assim, provou-se que essa sequência de aminoácidos faz com que as proteínas entrem no retículo. O mesmo mecanismo ocorre nas demais organelas membranares, como núcleo, RE, mitocôndrias ou peroxissomos. Vale ressaltar que essa sequência deve estar, de alguma forma, exposta na estrutura tridimensional da proteína. A partir dos dados apresentados, vemos que tanto o Complexo de Golgi, quanto o lisossomo não apresentam sequências próprias para o endereçamento. Isso, pois, as proteínas que adentram nessas duas organelas são provenientes do retículo. Sendo assim, os sinais de endereçamento também podem orientar o transporte de proteínas do RE a outros destinos na célula. As proteínas são transportadas até as organelas por meio de três mecanismos: para o núcleo, elas passam por complexos de grandes poros nucleares e para as mitocôndrias e peroxissomo, o transporte é através de membranas. Para o retículo endoplasmático, por sua vez, a proteína é sintetizada em sua superfície, através dos ribossomos lá localizados; o transporte para todas as organelas envolvidas em vias secretoras e endocíticas – incluindo RE, aparelho de Golgi, endossomos e lisossomos, é realizado através de vesículas de transporte. Retículo endoplasmático Na porção superior da imagem identificamos o polirribossomo livre no citosol realizando síntese proteica. Quando esses ribossomos traduzem proteínas sem peptídeo- sinal de RE, ou seja, não há os primeiros aminoácidos necessários para o endereçamento ao RE, eles permanecem livres no citosol. Por outro lado, os ribossomos que estão traduzindo proteínas contendo uma sequência- sinal de RE (representada em vermelho na figura) na cadeia polipeptídica crescente serão redirecionados para a membrana do retículo. Nesse caso, as subunidades ribossomais inicialmente estão livres no citosol e, ao encontrarem o mRNA, inicia-se a tradução. Quando a sequência do peptídeo-sinal é traduzida, há uma pequena pausa na tradução e o conjunto (ribossomo + mRNA + início da cadeia polipeptídica) se locomove para a superfície do retículo endoplasmático. O ribossomo, então, se acopla ao translocador de proteína, o que permite a continuidade de tradução no polirribossomo e a entrada da cadeia polipeptídica no lúmen do retículo, aminoácido por aminoácido. Ao final de cada ciclo de síntese proteica, as subunidades ribossomais são liberadas e se reúnem ao grupo comum no citosol. A forma apresentada acima é a mais comum das proteínas entrarem no retículo endoplasmático e é denominada translocação cotraducional, ou seja, a tradução inicia-se no citosol e continua com o ribossomo acoplado ao RE. Todavia, há evidências de que algumas proteínas são completamente traduzidas no Geovana Sanches - TXXIV citoplasma e são translocadas posteriormente ao retículo endoplasmático, processo denominado translocação pós-traducional. Núcleo: transporte controlado por poros As proteínas que possuem peptídeo-sinal de importe ao núcleo, assim como moléculas de RNA, se movimentam entre o citosol e o núcleo através de complexos do poro nuclear no envelope nuclear. Elas conseguem atravessar a membrana do núcleo com sua estrutura tridimensional pois os poros nucleares são encontrados em complexos. Esse transito de proteínas, tanto para entrada quanto para saída, é dependente das sequências-sinais. Vale ressaltar que, diferentemente do que ocorre em algumas organelas, não há clivagem do peptídeo-sinal quando a proteína chega ao seu destino final. As proteínas que contêm um sinal de localização nuclear são reconhecidas pelos receptores de importação nuclear, que interagem com as fibrilas citosólicas que se estendem a partir da borda do poro. Após serem capturados, os receptores se movem aleatoriamente com sua carga através da malha formada a partir das regiões não estruturadas das proteínas do poro nuclear até que a sua localização no interior do núcleo promova liberação da carga. Após a liberação da proteína-carga, os receptores retornam ao citosol pelo poro nuclear para serem reutilizados. Tipos semelhantes de receptores de transporte, operando na direção inversa, exportam os mRNAs a partir do núcleo. Para o processo de importação, é necessária a ligação a outra proteína (Ran-GTP), a qual auxilia que a proteína-carga seja liberada no interior do núcleo e que o receptor de importação nuclear retorne ao citosol. O processo de exportação de proteínas para o citosol ocorre de maneira semelhante. Essas proteínas também possuem um peptídeo- sinal (diferente da sequência de entrada), o qual é reconhecido pela proteína de exportação e permite que a proteína seja exportada. Também há participação do Ran-GTP, o qual se liga aos receptores. Vale lembrar que há proteassomos no interior do núcleo, os quais podem degradar proteínas que não sejam mais necessárias. Mitocôndria: translocação de proteínas através de membranas A molécula de proteína transportada, em geral, precisa desdobrar-se para passar pelo translocador do citosol para a mitocôndria, tendo em vista que sua estrutura tridimensional é muito grande quando comparada ao tamanho do poro. A mitocôndria possui uma membrana interna e uma externa, as quais devem ser atravessadas para que uma proteína mitocondrial precursora entre na organela. Para iniciar o transporte, a sequência-sinal mitocondrial é reconhecida por um receptor na membrana externa (TOM), o qual está associado com um translocador de proteína. O complexo de receptor, proteína e translocador se difunde lateralmente na membrana externa até encontrar um segundo translocador na membrana interna (TIM). Os dois translocadores, então, transportam a proteína através das duas membranas, desnaturando a proteína nesse processo. Por fim, a sequência- sinal é clivada por uma peptidase-sinal na matriz. Geovana Sanches - TXXIV Tendo em vista que as proteínas devem ser modificadas para entrarem na mitocôndria, existem chaperonas citosólicas que esticam a cadeia polipeptídica e permitem sua passagem pelos receptores TOM e TIM, chegando à matriz mitocondrial. No interior da matriz mitocondrial, há chaperonas que fazem com que a proteína retorne ao seu enovelamento correto. A chaperona hsp70 citosólica é liberada da proteína precursora em uma etapaque depende da hidrólise de ATP. Após a inserção inicial da sequencia-sinal e das porções adjacentes da cadeia polipeptídica no canal de translocação do complexo TOM, a sequência-sinal interage com o complexo TIM. A sequência-sinal é então translocada para o espaço da matriz em um processo que necessita de energia de um potencial de membrana através da membrana interna. A hsp70 mitocondrial, que é parte de um importante complexo ATPase, liga-se a regiões da cadeia polipeptídica que ficam expostas no espaço da matriz, puxando a proteína através do canal de translocação, usando a energia da hidrólise do ATP. A mitocôndria possui diferentes porções. Quando o peptídeo-sinal é clivado e a proteína não deve permanecer na matriz, outra sequência de aminoácidos é exposta, redirecionando a proteína para o seu local correto de atuação. Isso ocorre, por exemplo, para proteínas da cadeia transportadora de elétrons, as quais permanecem no espaço intermembranas. Transporte vesicular Vesículas são estruturas esféricas de membrana, contendo uma carga em seu interior. As vesículas de transporte levam proteínas de um compartimento a outro; elas são carregadas com moléculas derivadas do lúmen de um compartimento, se desprendem de sua membrana e o conteúdo é descarregado em um segundo compartimento por fusão com a sua membrana. Estão envolvidos nesta forma de transporte: retículo endoplasmático, complexo de Golgi, lisossomo e endossomos, além de vesículas de secreção. Antes de ocorrer o transporte a partir das vesículas, todavia, é necessário que as proteínas estejam presas na membrana ou solúveis no lúmen da organela. Para tal, inicialmente o mRNA começa a ser traduzido pelo ribossomo no citosol, porém, em seu início mostra-se uma sequência- sinal de RE, a qual é reconhecida pela partícula de reconhecimento de sinal (SRP). A partir desse reconhecimento, a síntese proteica é atrasada e o complexo SRP se locomove e se liga ao receptor de SRP na membrana no RE. A SRP é liberada, passando o ribossomo para um translocador de proteína na membrana do retículo endoplasmático. Com isso, a síntese proteica se reinicia. O translocador da proteína se liga à sequência-sinal e transfere o restante do polipeptídeo pela bicamada lipídica. Em um dado momento, o peptídeo-sinal é clivado da proteína crescente por uma peptidase-sinal e é liberado no interior da bicamada, onde é degradado. Uma vez completada a síntese proteica, o polipeptídeo translocado é liberado como uma proteína solúvel no lúmen do RE e o poro do canal de translocação se fecha. Para que a proteína adquira sua conformação nativa, chaperones devem estar presentes no lúmen. No caso das proteínas transmembranares, uma sequência-sinal de RE inicia a transferência da Geovana Sanches - TXXIV mesma forma que a anterior. Todavia, a proteína possui uma sequência hidrofóbica (representada em laranja), que atua como sinal de finalização da transferência; quando essa sequência entra no canal de translocação, o canal libera a cadeia polipeptídica em crescimento na bicamada lipídica. A sequência-sinal é clivada, deixando a proteína transmembrânica ancorada à membrana. A síntese de proteínas na face citosólica continua até se completar. Algumas proteínas não passam apenas uma vez pela membrana do retículo, como é o caso dos receptores acoplados a proteína G (fazem 7 voltas). Nesse caso, a proteína transmembrânica possui uma sequência-sinal de RE interna (representada em vermelho), a qual não age apenas como um sinal de início da transferência, mas também ajuda a ancorar a proteína madura na membrana. Vale ressaltar que uma proteína só consegue se inserir na membrana durante o momento de sua síntese. Não é possível que a tradução ocorra no citoplasma e após estar pronta, se inserir no meio da membrana, tendo em vista que essas proteínas possuem regiões hidrofóbicas. A partir dos dados apresentados, podemos concluir que a sequência primária da proteína, ou seja, a sequência de aminoácidos que a compõe, definirá se ela será uma proteína solúvel, transmembrânica única ou com vários domínios transmembrânicas. Independente da característica da proteína presente no retículo (solúvel ou membrânica), ela pode permanecer dentro do próprio retículo, ser transportada para o complexo de Golgi, formar lisossomos, compor a membrana plasmática ou ser secretada da célula (exocitose). Na maior parte dos casos, a partir do RE, brotam vesículas em direção ao complexo de Golgi, sendo que algumas delas retornam posteriormente para funcionar no próprio retículo. As vesículas transportadoras brotam de uma membrana e se fundem com outra, carregando componentes da mesma e proteínas solúveis entre os compartimentos do sistema de endo-membranas e a membrana plasmática; todas as proteínas presentes na membrana plasmática da célula ou que sofrerão exocitose percorrem o processo descrito acima. Quando as vesículas brotam da membrana, elas recebem um revestimento externo por proteínas do citosol (representadas em azul, verde e vermelho na imagem abaixo). Esse revestimento é responsável por dirigir a vesícula para o seu devido local. Geovana Sanches - TXXIV Diferentes proteínas de revestimento selecionam diferentes cargas e dão forma às vesículas de transporte que medeiam as várias etapas das vias biossintética secretora e endocítica. Quando os mesmos revestimentos funcionam em diferentes locais da célula, eles normalmente incorporam diferentes subunidades proteicas que modificam as suas propriedades. O processo de migração entre os diferentes compartimentos é complexo e envolve um conjunto de proteínas denominada SNARES. Na membrana da vesícula que brota é encontrada a v- SNARE, enquanto na membrana-alvo temos a t- SNARE. As proteínas SNARES complementares asseguram que as vesículas transportadoras se fusionem às membranas-alvo apropriadas. Antes de fundir na membrana-alvo, a vesícula perde seu revestimento. Após a ancoragem das vesículas, as Snares catalisam a fusão da membrana da vesícula e da membrana-alvo. A ligação de alta afinidade entre v e t-snare aproxima as duas bicamadas lipídicas e a força entre elas expulsa qualquer molécula de água que se mantenha entre as duas membranas, permitindo que seus lipídeos fusionem para formar uma bicamada contínua. Com isso, a carga da vesícula é liberada para o interior da organela- alvo ou para o meio extracelular. Após a fusão, as snares são separadas de modo que possam ser utilizadas novamente. Vale ressaltar que não temos apenas uma v-SNARE e uma t-SNARE. O processo envolve várias delas, o que é importante para que as vesículas cheguem ao seu devido destino. MODIFICAÇÕES PÓS-TRADICIONAIS O complexo de Golgi é constituído por pilhas de sacos membranosos, achatados e empilhados chamados de cisternas. Cada pilha de cisternas contém vesículas transportadoras associadas envolvidas com o transporte de moléculas entre as cisternas e também para outras organelas. Elas brotam e fundem a partir da região cis (próxima ao RE), passam pela região medial (ou central) e depois pela região trans (mais distante). No interior dessa organela, as proteínas passam por diversas modificações, como clivagem, inserção de açúcares e outros grupos químicos, ligações covalentes, entre outras. Com isso, as proteínas adquirem a sua conformação final, de forma que, ao deixarem o Golgi, estão prontas para exercerem suas funções. Sendo assim, o trajeto de uma proteína desde sua síntese até a sua secreção consiste em: 1. Retículo endoplasmático rugoso 2. Face cis do complexo de Golgi 3. Face trans do complexo de Golgi 4. Vesícula de secreção Todo esse processo pode ser exemplificado através da insulina, a qual é formada por duas cadeias polipeptídicas. Tendo em vista que essa proteína sofrerá exocitose, ela é produzidaa partir dos ribossomos no retículo endoplasmático rugoso e passa pelo complexo de Golgi. Para tal, Geovana Sanches - TXXIV no início da tradução, há o peptídeo-sinal que encaminha o complexo ribossômico para o RE, fazendo com que a proteína originada fique solúvel no lúmen do retículo. Nesse primeiro momento, temos a preproinsulina; a partir da clivagem do peptídeo-sinal no lúmen, temos a proinsulina. A partir disso, alguns aminoácidos (em especial a cisteína) formam pontes dissulfeto, as quais unem partes da cadeia A com a cadeia B. No complexo de Golgi, há clivagem da proteína, liberando o peptídeo C (não tem função) e, assim, temos a proteína pronta, que agora é denominada insulina. Após esses processos, a insulina é agrupada em vesículas, as quais sofrem exocitose a partir do complexo de Golgi. Glicosilação A glicosilação de proteínas, ou seja, o processo de adição de oligossacarídeos nas proteínas tornando-as glicoproteínas, ocorre no retículo endoplasmático e/ou no aparelho de Golgi. São duas formas possíveis: N-glicosilação e O-glicosilação. N-glicosilação A letra N se refere ao nitrogênio da amida do aminoácido no qual o açúcar será inserido. Esse processo se inicia concomitantemente à tradução, ainda no RER, mas há modificações no complexo de Golgi. Quando uma asparagina (Asn- aminoácido) apropriada entra no lúmen do RE, ela é glicosilada pela adição de uma cadeia lateral ramificada de oligossacarídeos. Cada cadeia oligossacarídica é transferida como uma unidade intacta para a asparagina a partir de um lipídeo chamado dolicol- fosfato (localizado na face interna membrana do retículo), em uma reação catalisada pela enzima oligossacaril-transferase. As asparaginas que são glicosiladas estão sempre presentes em uma sequência tripeptídica asparagina-X-serina ou asparagina-X-treonina, onde X pode ser praticamente qualquer aminoácido. A partir disso, a proteína é glicosilada. Entretanto o oligossacarídeo inserido nunca ficará nessa forma, sofrendo modificações no complexo de Golgi e adquirindo diferentes conformações para que a proteína esteja, então, pronta para exercer sua atividade. O-glicosilação A letra O se refere ao oxigênio presente na hidroxila do aminoácido em que o açúcar será inserido. O processo ocorre inteiramente no complexo de Golgi, a partir da transferência sequencial de monômeros pela glicosiltransferase, até que haja formação do oligossacarídeo. A ligação se dá ao OH de serina ou treonina após a síntese proteica. Geovana Sanches - TXXIV Observação Quando uma proteína é sintetizada no RER, caso sua estrutura seja glicosilada (glicoproteína), quando há formação da vesícula, esse açúcar fica na porção interna da vesícula. Entretanto, quando essa vesícula chega à membrana plasmática, esses açúcares acabam se alocando para o lado de fora. Os carboidratos da membrana celular (glcocálix), por exemplo, estão voltados para o lado de dentro das vesículas, que são equivalentes ao lado de fora da célula. TIPOS DE SECREÇÃO Existem duas diferentes formas para a secreção das substâncias produzidas no RE e processadas no Complexo de Golgi. Caso as secreções sejam produzidas e necessitadas constantemente, como por exemplo a saliva e o muco estomacal, as vesículas transportadoras sofrem secreção constitutiva, com exocitose não regulada, ou seja, após sua produção há brotamento da vesícula a partir do Gogi e ela se locomove até a membrana imediatamente. Por outro lado, algumas vesículas secretórias podem ser formadas e esperarem até que haja sinais extracelulares para sua locomoção, o que é denominado secreção regulada. Esse processo ocorre com neurotransmissores e hormônios principalmente, como por exemplo, a insulina, cuja secreção é estimulada pelo aumento da glicemia no interstício. PARA FINALIZAR... Cada célula tem sua especificidade nos genes expressos e, portanto, das proteínas que serão sintetizadas. Essa questão está intimamente relacionada com as funções que cada uma das células exerce no organismo. REGULAÇÃO GÊNICA EM EUCARIOTOS Todas as células de um organismo contêm o mesmo conteúdo genético, todavia sabemos que elas são muito diferentes. O que muda entre células distintas ou entre condições fisiológicas distintas são os genes que estão sendo expressos. A regulação gênica pode ser classificada em: • Temporal: genes que são expressos em diferentes fases do ciclo celular ou desenvolvimento embrionário. • Espacial: genes específicos são expressos em diferentes tipos celulares. Os genes podem ser classificados como genes constitutivos (expressos constantemente, pois codificam proteínas essenciais para a manutenção da homeostase) ou genes regulados (são expressos em apenas um tipo celular ou tecido). A regulação gênica pode ocorrer em diversas etapas: estrutura do DNA, transcrição, processamento do mRNA, pós-transcrição, início da tradução e após a tradução. Esse controle é muito complexo e de grande importância para as células. Geovana Sanches - TXXIV CONTROLE TRANSCRICIONAL A cromatina pode assumir duas diferentes conformações: • Heterocromatina: cromatina condensada, com nucleossomos próximos e genes “escondidos” à genes não transcritos. • Eucromatina: cromatina descondensada, com os nucleossomos mais afastados e genes expostos a maquinaria de transcrição à genes disponíveis para a transcrição. Os genes constitutivos da célula estão na forma de eucromatina, tendo em vista que devem estar disponíveis para o toda o mecanismo de transcrição. Acetilação de histonas Para que tenhamos a eucromatina, há atuação das HAT (Histona Acetil Transferase), as quais acetilam a lisina (Lys) da cauda N-Terminal das histonas. Com isso, reduz a afinidade da histona pelo DNA, fazendo com que a cromatina fique mais “frouxa” e os genes expostos, permitindo que a RNA-polimerase realize a transcrição. Metilação de histonas Para que tenhamos a heterocromatina, há atuação das HMT (Histona Metil Transferase), a qual aumenta a afinidade entre o DNA e as histonas. Isso, pois, essas enzimas metilam alguns resíduos das histonas, fazendo com que os nucleossomos se aproximem e a cromatina fique mais condensada. Dessa forma, os genes se tornam inacessíveis aos fatores de início de transcrição e a RNA-polimerase não é capaz de transcrevê-los. Fatores de início da transcrição Os próprios fatores de início de transcrição (ativadores/enhancers e inibidores) também atuam no processo de regulação gênica, tendo em vista que eles são capazes de ativar ou inibir o processo transcricional. Metilação do DNA Em algumas regiões promotoras de genes, existem sequências de dinucleotídeos CG repetitivas, as quais são denominadas como ilhas CpG (conjuntos de C e G unidos por ligação fosfodiéster); no genoma humano, há aproximadamente 40.000 ilhas próximas à inícios de transcrição. A citosina dessas ilhas pode ser metilada, formando a metil citosina (mC), formando então as mCpG. Quando isso ocorre, impede-se a ligação dos fatores de transcrição, os quais são responsáveis por recrutar a RNA polimerase. Sendo assim, a metilação de ilhas CpG suprime a transcrição de alguns genes. CONTROLE DO PROCESSAMENTO DO RNA Após o controle transcricional, é possível também o controle do processamento do RNA, no qual ocorre adição de CAP e cauda poli-A, elementos importantes para que não haja degradação antecipada do mRNA. Além disso, há o splicing alternativo, no qual um único transcrito primário pode originar mais de um mRNA maduro, o que pode regular a expressão gênica à diferentes células, diferentes splicings alternativos e diferentes mRNAs maduros formados. Sendo assim, a degradação do RNA mensageiro é um ponto de controle no processo de expressão genica. Os RNAm de longa duração Geovana Sanches - TXXIV possuem uma
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