bioinformática exercico

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Prezado (a) Aluno(a), 
 
Você fará agora seu TESTE DE CONHECIMENTO! Lembre-se que este exercício é opcional, mas não valerá 
ponto para sua avaliação. O mesmo será composto de questões de múltipla escolha. 
Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à explicação da mesma. 
Aproveite para se familiarizar com este modelo de questões que será usado na sua AV e AVS. 
 
 
 
 
 
03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 
 
 
1. 
 
 
Em 2017 a revista "Nature" publicou o artigo "Physical properties of 
the HIV-1 capsid from all-atom molecular dynamics simulations" de 
Perilla & Schulten (2017), onde um supercomputador conseguiu fazer 
uma simulação de todos os átomos presentes no capsídeo do vírus 
HIV-1 por 400 nanossegundos, foram cerca de 4 milhões de átomos. 
Qual técnica da bioinformática permite realizar essa análise? 
 
 
QSAR 
 
 
Modelagem molecular 
 
 
Dinâmica molecular 
 
 
Alinhamento molecular 
 
 
Ancoramento molecular 
Data Resp.: 24/10/2022 07:50:26 
 
Explicação: 
A dinâmica molecular é um modelo de ajuste induzido que tenta mimetizar o que acontece no 
ambiente real. Na dinâmica molecular cada átomo, seja da proteína, do ligante ou da água é levado em 
consideração para calcular a movimentação de todo o sistema por alguns nano ou milissegundos e 
entender as movimentações existentes e assim concluir como as interações acontecem. O 
ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em 
consideração. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções ou 
determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, 
durante a etapa de modelagem molecular. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a 
partir de descritores, visa prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. 
 
 
 
 
 
2. 
 
Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da 
biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o 
auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, 
acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem 
contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência 
aplicada (....). 
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. 
Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática, 
analise as afirmativas a seguir: 
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos 
genes que compõem o DNA humano. Concluído em 1990, esse projeto 
contou com o apoio decisivo da bioinformática. 
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da 
bioinformática. 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
 
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de 
sequencias que tem como objetivo principal da comparação de 
sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore 
de similaridade. 
É correto o que se afirma em: 
 
 
I e III. 
 
 
III. 
 
 
I e II. 
 
 
II. 
 
 
I. 
Data Resp.: 24/10/2022 07:54:12 
 
Explicação: 
Bioinformática e a biologia computacional são duas utilizadas como sinônimos e tem como objetivo a 
aplicação de ferramentas computacionais para coletar, armazenar, analisar, manipular, apresentar e 
compartilhar dados biológicos. Mas é importante ressaltar que segundo o NCBI a Biologia 
computacional é uma área de pesquisa que tem como foco principal problemas de pesquisa específicos 
em biologia. O projeto genoma foi iniciado na década de 90, e tinha como objetivo o desvendar por 
completo o DNA do ser humano. Após 13 anos para a conclusão desse projeto, a bioinformática mais 
uma vez foi essencial, pois a partir de programas de computador específicos, os pequenos trechos 
sequenciados eram adicionados a um grande banco de dados e encaixados no seu devido lugar, 
formando um único arquivo editável em que todos os participantes do trabalho. 
 
 
 
 
 
3. 
 
(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina) 
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim 
como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas 
proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a 
proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os 
principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de 
nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE 
SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências 
e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ 
(DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE 
DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de 
dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos 
de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados 
de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o 
RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência 
original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações 
importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN 
RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO 
ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem 
disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados. 
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às 
ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, 
interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 
3, p. 463-477, Maio/Junho 2010 (adaptado). 
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências 
possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em 
programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos 
e programas de análises envolvidos. 
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PORQUE 
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre 
diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, 
independentemente do tipo de processamento. 
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 
 
 
A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. 
 
 
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. 
 
 
As asserções I e II são proposições falsas. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. 
Data Resp.: 24/10/2022 07:54:55 
 
Explicação: 
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, 
como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de 
forma rápida. 
 
 
 
 
 
 
02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
4. 
 
 
Julgue as afirmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para 
alinhamento de sequências e disponível no portal do NCBI. 
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais 
conservados. 
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos 
próximos, pois toda extensão da sequência será comparada. 
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas 
sequências por vez. 
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências. 
É correto o que se afirma em: 
 
 
II, III e IV. 
 
 
I e II. 
 
 
II e III. 
 
 
I, III e IV. 
 
 
II e IV. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:14:42 
 
Explicação: 
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O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e 
local (comparadas regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com 
tamanhos distintos. O BLAST é aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou 
aminoácidos como uma ferramenta de busca. 
 
 
 
 
 
5. 
 
 
Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área 
de ciência e tecnologia, o repórter citou o termo NCBI. Dona 
Rosângela,curiosa, perguntou a seu neto o significado daquele 
termo. Qual seria a resposta correta que o neto de Dona Rosângela 
deveria dar? 
 
 
O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica. 
 
 
O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers. 
 
 
O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas. 
 
 
O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área 
biotecnológica. 
 
 
O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:07:18 
 
Explicação: 
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal 
mais famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos de dados 
biológicos e ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de 
pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar, facilitando o acesso e manipulação desses 
registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área biotecnológica. Dentro do 
NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados disponíveis no portal do NCBI, mas esse 
não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada para o alinhamento de sequências, 
também está implementada nesse portal. 
 
 
 
 
 
6. 
 
 
O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal do NCBI. A 
partir dele, podemos buscar por artigos científicos da área biomédica 
publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira 
direcionar a sua busca para obter artigos mais adequados ao seu 
interesse, o que poderia ser feito? 
 
 
Cadastrar seus dados profissionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do 
PubMed que permite buscas avançadas. 
 
 
Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou 
bibliotecas. Só assim é possível direcionar a busca por artigos. 
 
 
Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas 
de acordo com os critérios que você deseja. 
 
 
Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que 
aparecem como resultado para escolher aqueles mais adequados. 
 
 
Utilizar os filtros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela 
busca avançada. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:09:45 
 
Explicação: 
Qualquer usuário pode acessar ao PubMed, via NCBI, e fazer buscas direcionadas usando filtro ou o 
modo avançado. Pode acontecer de alguns dos artigos que aparecem como resultados não estejam 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
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disponíveis para leitura de todo o conteúdo, mas isso depende da revista em que o artigo foi publicado, 
e não do PubMed. 
 
 
 
 
 
 
03015ANOTAÇÃO GÊNICA 
 
 
7. 
 
 
Depois de resultados do sequenciamento genômico, um pesquisador 
agora deseja analisar a expressão dos genes e comparar o resultado de 
dois pacientes, um saudável e outro com câncer pulmonar. Para isso ele 
analisou o conjunto completo de RNAs da biópsia do pulmão dos 
pacientes. Como é chamada a abordagem ômica utilizada pelo 
pesquisador na fase atual de sua pesquisa? 
 
 
Lipidômica. 
 
 
Genômica. 
 
 
Transcriptômica. 
 
 
Metabolômica. 
 
 
Proteômica. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:11:39 
 
Explicação: 
As ciências ômicas estudam todo o conjunto de um determinado tipo de moléculas produzido pelas 
células. O nome dado à abordagem ômica vai de acordo com o tipo de molécula estudada. Proteômica 
estuda o conjunto de proteínas; genômica, o DNA; metabolômica, os metabólitos; transcrptômica, os 
transcritos (RNA); e lipidômica; os lipídeos. 
 
 
 
 
 
8. 
 
 
Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos 
de dados biológicos. 
I - Existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de 
informação disponível costuma ser diferente, como sequências, 
estruturas e vias metabólicas. 
II - Os bancos de dados biológicos só podem ser acessados mediante o 
pagamento de uma mensalidade pelo usuário. 
III - Quanto mais detalhado o processo de curadoria dos dados 
disponibilizados por um banco, mais confiáveis eles são. 
 
 
A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e II e III são proposições falsa. 
 
 
As afirmativas I e III são proposições verdadeiras, e a II é uma proposição falsa. 
 
 
As afirmativas I e II são proposições verdadeiras, enquanto a III é falsa. 
 
 
As afirmativas I, II e III são proposições verdadeiras. 
 
 
A afirmativa III é uma proposição verdadeira, enquanto I e II são proposições falsas. 
 
 
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02265ANÁLISE FILOGENÉTICA 
 
 
9. 
 
 
Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore 
filogenética. Todas estas abordagens são fundamentais para o avanço 
da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação 
do neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica? 
 
 
A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta. 
 
 
Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados. 
 
 
Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as 
distâncias observadas e previstas. 
 
 
Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares. 
 
 
Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima 
verossimilhança. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:13:26 
 
Explicação: 
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares. 
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a 
partir de uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que 
minimiza a diferença entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros 
métodos de distância, o método neighbor-joining conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a 
partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras alternativas não se enquadram como 
definições dessa metodologia. 
 
 
 
 
 
10. 
 
 
Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética 
com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as possibilidades temos 
a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir define 
melhor este conceito? 
 
 
A probabilidade de que um evento ocorra. 
 
 
A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados. 
 
 
A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas. 
 
 
A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos. 
 
 
A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese. 
Data Resp.: 24/10/2022 10:13:42 
 
Explicação: 
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese. 
Justificativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o 
teorema de Bayes. O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em 
probabilidades. A máxima verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os 
dados. A quantidade de passos é utilizada na parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que 
avaliar a probabilidade posterior de uma árvore e incorporam informações prévias sobre a 
probabilidade de hipóteses alternativas. 
 
 
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