Bioinformática: Bancos de Dados e Simulações

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22/11/2022 09:30 Estácio: Alunos
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Disc.: BIOINFORMÁTICA 
Aluno(a): EDLAINE MÁRCIA FERNANDES LISBOA 202110010298
Acertos: 3,0 de 10,0 02/11/2022
 
 
Acerto: 1,0 / 1,0
(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina)
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes
funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a
proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as
diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE
DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de
dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o
GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de
muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados de sequências genômicas
secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência
original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt
(UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o
HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados.
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica,
transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463-
477, Maio/Junho 2010 (adaptado).
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas
in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de
análises envolvidos. 
PORQUE
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas
de forma rápida, independentemente do tipo de processamento.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
As asserções I e II são proposições falsas.
 As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
Respondido em 02/11/2022 12:39:56
 
 
Explicação:
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como
sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida.
 
 
 Questão1
a
2a
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javascript:voltar();
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Acerto: 0,0 / 1,0
Em 2017 a revista "Nature" publicou o artigo "Physical properties of the HIV-1 capsid from all-atom molecular
dynamics simulations" de Perilla & Schulten (2017), onde um supercomputador conseguiu fazer uma
simulação de todos os átomos presentes no capsídeo do vírus HIV-1 por 400 nanossegundos, foram cerca de 4
milhões de átomos. Qual técnica da bioinformática permite realizar essa análise?
 Dinâmica molecular
Alinhamento molecular
Ancoramento molecular
 QSAR
Modelagem molecular
Respondido em 02/11/2022 12:42:35
 
 
Explicação:
A dinâmica molecular é um modelo de ajuste induzido que tenta mimetizar o que acontece no ambiente real. Na
dinâmica molecular cada átomo, seja da proteína, do ligante ou da água é levado em consideração para calcular
a movimentação de todo o sistema por alguns nano ou milissegundos e entender as movimentações existentes
e assim concluir como as interações acontecem. O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura,
pois a variável tempo não é levada em consideração. O alinhamento molecular visa identificar genes que
compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar
proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de
dados a partir de descritores, visa prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor.
 
 
Acerto: 0,0 / 1,0
Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando
novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração
de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na
ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008
jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática, analise as afirmativas a seguir:
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos genes que compõem o DNA humano.
Concluído em 1990, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da bioinformática.
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de sequencias que tem como objetivo principal da
comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
É correto o que se afirma em:
 I e III.
II. 
 III. 
I e II.
I. 
Respondido em 02/11/2022 12:46:44
 
 
Explicação:
Bioinformática e a biologia computacional são duas utilizadas como sinônimos e tem como objetivo a aplicação
de ferramentas computacionais para coletar, armazenar, analisar, manipular, apresentar e compartilhar dados
biológicos. Mas é importante ressaltar que segundo o NCBI a Biologia computacional é uma área de pesquisa
que tem como foco principal problemas de pesquisa específicos em biologia. O projeto genoma foi iniciado na
década de 90, e tinha como objetivo o desvendar por completo o DNA do ser humano. Após 13 anos para a
conclusão desse projeto, a bioinformática mais uma vez foi essencial, pois a partir de programas de computador
específicos, os pequenos trechos sequenciados eram adicionados a um grande banco de dados e encaixados no
seu devido lugar, formando um único arquivo editável em que todos os participantes do trabalho.
 
 
 Questão
 Questão3
a
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Acerto: 0,0 / 1,0
Escolha a opção que justifique por que é importante que o comprimento do produto amplificado pela reação de
PCR seja maior que 150 pares de bases (pb).
 Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com
maior facilidade.
A temperatura de anelamento para amplificar uma região menor que 150pb é maior que 72°C.
Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especificidade da reação.Primers que se
ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade.
A enzima Taq DNA polimerase não consegue amplificar seguimentos de DNA menores que 150pb.
 Produtos amplificados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers que não se
ligaram ao DNA e ficam no final da eletroforese.
Respondido em 02/11/2022 12:54:08
 
 
Explicação:
O tamanho do produto amplificado não interfere na especificidade, na formação de estruturas secundárias ou na
temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb).
Fragmentos muito pequenos podem ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e
aparecem no final do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região amplificada for muito grande, a DNA
polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos necessários, e nesses casos a PCR não vai
funcionar. A Taq tem dificuldade para amplificar produtos maiores que 1000pb.
 
 
Acerto: 1,0 / 1,0
O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal doNCBI. A partir dele, podemos buscar por artigos
científicos da área biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua
busca para obter artigos mais adequados ao seu interesse, o que poderia ser feito?
Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou
bibliotecas. Só assim é possível direcionar a busca por artigos.
Cadastrar seus dados profissionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed
que permite buscas avançadas.
Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de
acordo com os critérios que você deseja.
Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem
como resultado para escolher aqueles mais adequados.
 Utilizar os filtros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca
avançada.
Respondido em 02/11/2022 12:55:47
 
 
Explicação:
Qualquer usuário pode acessar ao PubMed, via NCBI, e fazer buscas direcionadas usando filtro ou o modo
avançado. Pode acontecer de alguns dos artigos que aparecem como resultados não estejam disponíveis para
leitura de todo o conteúdo, mas isso depende da revista em que o artigo foi publicado, e não do PubMed.
 
 
Acerto: 0,0 / 1,0
Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de
genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são
descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta
dessa ferramenta.
Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco
de dados.
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um
banco de dados de proteínas.
 Questão4a
 Questão5
a
 Questão6
a
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Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
 A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos
contra um banco de dados de proteínas.
 Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso
com uma sequência do banco de dados.
Respondido em 02/11/2022 13:12:48
 
 
Explicação:
O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST.
Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter
ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco
de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de
proteínas.
 
 
Acerto: 0,0 / 1,0
(Adaptado de UFCE - 2015 - Engenheiro - Área Engenharia de Pesca)
A transcritômica ou transcriptômica é a ciência que estuda o transcritoma produzido por determinada célula,
tecido ou organismo. Sobre esse tema, é correto afirmar que:
 O transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos.
Apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada a
partir de técnicas de alto desempenho e sequenciamento de nova geração (NGS).
Independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo.
A transcriptômica estuda o conjunto de proteínas.
 Podem haver vários transcriptomas em um único organismo.
Respondido em 02/11/2022 13:02:01
 
 
Explicação:
O transcriptoma estuda o conjunto de RNAs, que varia de acordo com a condição a qual a célula está exposta,
portanto, se estudar diferentes tipos de células o transcriptoma será distinto. Além disso, o transcriptoma
depende do estágio de desenvolvimento e em cada indivíduo pode haver vários transcriptomas. O transcriptoma
pode ser estudado pelo sequenciamento de nova geração, realizando a pré-etapa de síntese do DNA
complementar.
 
 
Acerto: 1,0 / 1,0
(CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular)
Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que permite medir os níveis de expressão de
transcritos em larga escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta.
A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose.
A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a identificação direta
das proteínas expressas.
As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios.
A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo de etídio.
 O microarranjo de DNA consiste em um arranjo predefinido de moléculas de DNA quimicamente
ligadas a uma superfície sólida.
Respondido em 02/11/2022 12:45:16
 
 
Explicação:
A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a identificação direta das
RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro revestidas com sondas de DNA. A expressão dos
 Questão7
a
 Questão8
a
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genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com corantes fluorescentes. A detecção é realizada
por meio de detecção da fluorescência.
 
 
Acerto: 0,0 / 1,0
Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são
fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do
neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica?
 Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
 Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima
verossimilhança.
Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as
distâncias observadas e previstas.
Respondido em 02/11/2022 13:04:58
 
 
Explicação:
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a partir de
uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que minimiza a diferença
entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros métodos de distância, o método
neighbor-joining conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um
método rápido. As outras alternativas não se enquadram como definições dessa metodologia.
 
 
Acerto: 0,0 / 1,0
Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética com uma matriz de táxons × caractere.
Dentre as possibilidades temos a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir define melhor este
conceito?
 A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
 A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
A probabilidade de que um evento ocorra.
Respondido em 02/11/2022 13:04:55
 
 
Explicação:
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Justificativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o teorema de
Bayes. O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em probabilidades. A
máxima verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os dados. A quantidade de passos
é utilizada na parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que avaliar a probabilidade posterior de uma
árvore e incorporam informações prévias sobre a probabilidade de hipóteses alternativas.
 
 
 
 Questão9
a
 Questão10a
javascript:abre_colabore('38403','297460866','5849471074');
22/11/2022 09:30 Estácio: Alunos
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