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UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA “JÚLIO DE MESQUITA FILHO” Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira Genética de Populações e Quantitativa Prof. Dr. João Antonio da Costa Andrade Departamento de Biologia e Zootecnia EXPRESSÃO GÊNICA – DO GENÓTIPO AO FENÓTIPO Produto Final EXPRESÃO GÊNICA – DO GENÓTIPO AO FENÓTIPO Sempre será assim? DNA DUPLICAÇÃO TRANSCRIÇÃO RNA PRIMÁRIO (hnRNA) PROCESSAMENTO RNA MENSAGEIRO (mRNA) TRADUÇÃO PROTEÍNA ESTRUTURAL ENZIMA RESERVA Dogma central da genética em eucariotos SURGIMENTO DA GENÉTICA DE POPULAÇÕES •Muitas propriedades estudadas estão ligadas ao grupo e não ao indivíduo; Exemplo “Uma certa % da população é resistente” – é uma propriedade do grupo, pois a planta é ou não é resistente” •No melhoramento e na evolução é o grupo que evolui ou muda e não o indivíduo. DO PONTO DE VISTA FILOSÓFICO: •População teve passado, tem presente e terá futuro; •Atualmente preocupa-se com o presente e em se fazer predições para o futuro. POPULAÇÃO •Conjunto de indivíduos que se originaram de um mesmo conjunto genético (gene pool) ou que compartilham o mesmo conjunto gênico e que têm em comum a origem. TIPOS DE POPULAÇÕES Naturais e Artificiais •Gerações F2, F3, etc... do cruzamento de duas linhagens; •Conjunto das árvores de aroeira da região Sul Mato- grossense); “Cuidado !! Amostra não é uma população, mas pode ser representativa de uma população” • O conjunto de 20 cultivares de feijão de um experimento não representa todas as cultivares de feijão do estado ou do país. Muitas vezes não é representativa da população. MODELOS DE POPULAÇÕES MODELO 1: Discreto, sem sobreposição de gerações. • Parentais se reproduzem, mas morrem antes dos filhos se reproduzirem ou não tem oportunidade de se cruzar com os filhos. Exemplos: Plantas anuais, plantas perenes manuseadas, animais manuseados. MODELO 2: Mortes e nascimentos contínuos e ao acaso, sem sobreposição de gerações. Exemplos: Bactérias e fungos em crescimento em um ambiente. MODELOS DE POPULAÇÕES MODELO 3: Sobreposição de gerações em intervalos discretos de tempo. Exemplos: Pássaros e mamíferos que têm uma estação de acasalamento, mas podem sobreviver por várias estações; Plantas com reprodução sazonal. MODELO 4: Com sobreposição de gerações e mudança contínua. Não há estação de reprodução. Acasalamentos, nascimentos e mortes ocorrem continuamente. Exemplos: Humanos; Insetos de vida curta. CARACTERIZAÇÃO DE UMA POPULAÇÃO Parâmetros: quantidade física que serve para descrever fenômenos e caracterizar uma população. Não pode ser confundido com caráter e variável; Exemplo: Proporção 3:1 de Mendel é um parâmetro populacional e altura de plantas é uma variável; Modelos: Regras, leis e princípios que descrevem os fenômenos genéticos e biológicos da população. Quando matematizados, expressam os parâmetros quantitativamente (contêm os parâmetros, mostrando a inter-relação deles). Parâmetros básicos em genética de populações • Frequências genotípicas; • Frequências alélicas (gênicas); • Heterozigosidade; Parâmetros básicos em genética quantitativa •Média; •Variâncias (fenotípicas, genéticas, .....); •Herdabilidade; •Correlações entre variáveis, etc... Alguns modelos em genética de populações • p + q =1; • p +q+r=1; • p2 + 2pq + q2 = 1; Alguns modelos em genética quantitativa •VG = VA + VD + VAA + VAD + VDD; •h = MF1 – (P1 + P2)/2; •h2 = VA/VF; •GS = i VA/[VF (1/2)]. Frequências genotípicas e alélicas para um Loco B (alelos B e b ou B1 e B2) Tipos Freq. genotípica absoluta Freq. genotípica relativa Alelos B b BB N2 N2/N = D 2N2 0 Bb N1 N1/N = H N1 N1 bb N0 N0/N = R 0 2N0 Total N 1 2N2 + N1 2N0 + N1 f(B) = p = (2N2 + N1)/2N = [N2 +(1/2) N1]/N = D + ½ H f(b) = q = (2N0 + N1)/2N = [N0 + (1/2)N1]/N = R + ½ H p+q = 1 D + H + R = 1 EXEMPLOS DE ALGUMAS POPULAÇÕES BB Bb bb f(B) Linhagem pura 1 1 0 0 1 Linhagem pura 2 0 0 1 0 Híbrido perfeito 0 1 0 0,5 F2 de Híbrido perfeito 0,25 0,5 0,25 0,5 Retrocruzamento 1 0,5 0,5 0 0,75 Retrocruzamento 2 0 0,5 0,5 0,25 Variedade autógama 0,6 0 0,4 0,6 Variedade alógama 0,36 0,48 0,16 0,6 Clone 1 1 0 0 1 Clone 2 0 1 0 0,5 Clone 3 0 0 1 0 Linhagens puras •Monomorfismo (não tem variação dentro e não segregam), para todos os locos; •Não podem ser melhoradas apenas com seleção intra; Híbrido perfeito •Genitores homozigóticos perfeitos e contrastantes para todos os locos; •Heterozigoto para todos os locos considerados; NÃO EXISTE!!! Clone selecionado •Muitos locos em heterozigose; •Tem mais chances de ser heterozigoto; Variedade autógama (mistura de linhagens puras) •Não tem heterozigotos mas é polimórfica, ou seja, tem variabilidade (variação entre linhagens puras); Conclusão Frequência alélica apenas não explica como os alelos estão organizados. Frequências alélicas, genotípicas e melhoramento genético Pop. original Pop. Melhorada 1 Pop. Melhorada 2 Pop. Melhorada 3 BB 0,25 0,49 1 0 Bb 0,50 0,42 0 1 bb 0,25 0,09 0 0 f(B) 0,50 0,70 1 0,5 O CASO DE ALELOS MÚLTIPLOS •Loco B (alelos B1, B2, B3 = Bu); •m = número de alelos; •m homozigotos e [m(m-1)/2] heterozigotos; •Puv ou Quv = frequência relativa dos genótipos (frequência genotípica). O CASO DE ALELOS MÚLTIPLOS Tipos Frequência genotípica absoluta Frequência genotípica relativa Alelos B1 B2 B3 B1B1 N11 N11/N = P11 2N11 0 0 B1B2 N12 N12/N = P12 N12 N12 0 B1B3 N13 N13/N = P13 N13 0 N13 B2B2 N22 N22/N = P22 0 2N22 0 B2B3 N23 N23/N = P23 0 N23 N23 B3B3 N33 N33/N = P33 0 0 2N33 Total N 1 O CASO DE ALELOS MÚLTIPLOS f(B1) = p1 = (2N11 + N12 + N13)/2N = P11 + ½ (P12 + P13) f(B2) = p2 = (2N22 + N12 + N23)/2N = P22 + ½ (P12 + P23) f(B3) = p3 = (2N33 + N13+ N23)/2N = P33 + ½ (P13 + P23) Importante: interessante o uso de marcadores codominantes para distinguir homozigotos de heterozigotos e os heterozigotos entre si. uv uvuuu PPp 2/1 Heterozigosidade para um loco Heterozigosidade média (L locos) vu uvPPPPH 2313120 L H H L o o Linhagem pura ou mistura de linhagens puras Ho = 0 para todos os locos; Hm =0; Híbrido perfeito Ho = 1 para todos os locos ; Hm =1; Outros tipos de híbridos Ho = 1 para muitos locos e 0 para outros (HS); Ho = 0,5 para uma grande quantidade de locos (HT, HD); Hm= alta. Variedades de alógamas •Valores variáveis de Ho e Hm; Sistemas reprodutivos •Alogamia, Panmixia, Autogamia, Apomixia, Misto, Propagação vegetativa; •Influem diretamente na frequência genotípica, mesmo que a frequência alélica permaneça constante; •Propagação vegetativa - alelos são mantidos sem formar novas combinações (novos genótipos). Não há recombinação. Sistemas reprodutivos x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x Sementes taxa de autofecundação taxa de cruzamento s t = 1-s Alogamia completa (Panmixia) •Supondo o loco B, população panmítica, alelos B e b nas frequências p e q; • O intercruzamento ao acaso entre os indivíduos, será como se jogarmos todos os gametas masculinos “contra” os gametas femininos, para formar a geração seguinte; Gametas masculinos (p) B (q) b G am et as fe m in in o s (p) B p2 BB pq Bb (q) b pq Bbq2 bb Frequência genotípica após o intercruzamento f(BB) = p2; f(Bb) = 2pq; f(bb) = q2 Frequência alélica da geração 1 f(B) = p1 = p 2 + (1/2) (2pq) = p; f (b) = q1 = q 2 + (1/2) (2pq) = q Nas gerações seguintes •Sempre teremos frequência genotípica p2; 2pq; q2 e frequência alélica p e q (Equilíbrio de Hardy e Weinberg) Equilíbrio de Hardy-Weinberg “Em uma população grande, que se reproduz por acasalamento ao acaso (panmixia) e onde não há migração, mutação ou seleção e todos os indivíduos são igualmente férteis e viáveis, tanto as frequências alélicas como genotípicas mantêm-se constantes ao longo das gerações.” 47 http://pt.wikipedia.org/wiki/Imagem:Godfrey_Harold_Hardy.jpg Outra maneira de provar a lei do equilíbrio Gametas masculinos (p2) BB (2pq) Bb (q2) bb G a m et a s fe m in in o s (p2) BB (p4) BBxBB (2p3q) BBxBb (p2q2) BBxbb (2pq) Bb (2p3q) BBxBb (4p2q2) BbxBb (2pq3) Bbxbb (q2) bb (p2q2) BBxbb (2pq3) Bbxbb (q4) bbxbb Acasalamentos Frequência Descendência BB Bb bb BB x BB p4 p4 - - BB x Bb 4p3q 2p3q 2p3q - BB x bb 2p2q2 - 2p2q2 - Bb x Bb 4p2q2 p2q2 2p2q2 p2q2 Bb x bb 4pq3 - 2pq3 2pq3 bb x bb q4 - - q4 Totais 1 p2 2pq q2 Verificação do equilíbrio para o loco B(b) em uma população em que f(B)=p e f(b)=q Genó- tipos Frequência observada (fo) Frequência esperada (fe) Desvios (fo – fe) [|d|-1/2]2/fe BB N1 p 2N N1-p 2N (|N1-p 2N|-1/2)2/p2N Bb N2 2pqN N2-2pqN (|N2-2pqN|-1/2) 2/2pqN bb N3 q 2N N3-q 2N (|N3-q 2N|-1/2)2/q2N Total N N 0 2 Graus de Nível de probabilidade liberdade 20% 10% 5% 2% 1% 0,1% 1 1,64 2,71 3,84 5,41 6,64 10,83 2 3,22 4,60 5,99 7,82 9,21 13,82 3 4,64 6,25 7,82 9,84 11,34 16,27 4 5,99 7,78 9,49 11,67 13,28 18,46 5 7,29 9,24 11,07 13,39 15,09 20,52 6 8,56 10,64 12,59 15,03 16,81 22,46 7 9,80 12,02 14,07 16,62 18,48 24,32 8 11,03 13,36 15,51 18,17 20,09 26,12 9 12,24 14,68 16,92 19,68 21,67 27,88 10 13,44 15,99 18,31 21,16 23,21 29,59 Tabela de valores de qui-quadrado (2) •Caso de dominância completa: se a população estiver em equilíbrio, as frequências alélicas podem ser determinadas pela frequência do genótipo homozigoto recessivo (q2); •Se os marcadores, em uma geração n qualquer, se adaptarem ao modelo do equilíbrio de Hardy- Weinberg, implica que a espécie é alógama; •Para um loco, em uma população em desequilíbrio, entrar no equilíbrio de Hardy-Weinberg, basta uma geração de panmixia; •Quando tivermos populações com mais de um loco em desequilíbrio, há necessidade de várias gerações de recombinação para entrar em equilíbrio para todos os locos. EXEMPLO DE EQUILÍBRIO PARA DOIS LOCOS INDEPENDENTES (amostra de 10.000 indivíduos) •5000 indivíduos AAbb; •4.000 indivíduos aabb; •1.000 indivíduos aaBB; Loco A(a) •f(AA) = 0,5; f(Aa) = 0; f(aa) = 0,5; •f(A) = p = 0,5; f(a) = q = 0,5; •Frequência esperada no equilíbrio f(AA) = p2 = 0,25; f(Aa) 2pq = 0,50; f(aa) = q2 = 0,25 Cruz. possíveis Freq. dos cruz. Descend. dos cruz. AA x AA (0,5)2 AA AA x aa 2(0,5)(0,5) Aa aa x aa (0,5)2 aa Geração 0 fo fe (|fe - fo| - ½) 2/fe AA 5.000 2.500 2.499 Aa 0 5.000 4.999 aa 5.000 2.500 2.499 10.000 10.00 2=9.997** Graus de Nível de probabilidade liberdade 20% 10% 5% 2% 1% 0,1% 1 1,64 2,71 3,84 5,41 6,64 10,83 2 3,22 4,60 5,99 7,82 9,21 13,82 3 4,64 6,25 7,82 9,84 11,34 16,27 4 5,99 7,78 9,49 11,67 13,28 18,46 5 7,29 9,24 11,07 13,39 15,09 20,52 6 8,56 10,64 12,59 15,03 16,81 22,46 7 9,80 12,02 14,07 16,62 18,48 24,32 8 11,03 13,36 15,51 18,17 20,09 26,12 9 12,24 14,68 16,92 19,68 21,67 27,88 10 13,44 15,99 18,31 21,16 23,21 29,59 Tabela dos valores de qui-quadrado Geração 1 fo fe (|fe - fo| - ½) 2/fe AA 2.500 2.500 0 Aa 5.000 5.000 0 aa 2.500 2.500 0 10.000 10.000 2=0 Loco B(b) •f(BB) = 0,1; f(Bb) = 0; f(bb) = 0,9 •f(B) = r = 0,1; f(b) = s = 0,9 •Frequência esperada no equilíbrio f(BB ) = r2 = 0,01; f(Bb ) = 2rs = 0,18; f(bb) = s2 = 0,81 Cruz. possíveis Freq. dos cruz. Descend. dos cruz. BB x BB (0,1)2 BB BB x bb 2(0,1)(0,9) Bb bb x bb (0,9)2 bb Geração 0 fo fe (|fe - fo| - ½) 2/fe BB 1.000 100 8.091 Bb 0 1.800 1.799 bb 9.000 8.100 100 10.000 10.00 2=9.990** Considerando os locos conjuntamente Frequência esperada no equilíbrio será: f(AABB) = p2r2 ; f(AaBB) = 2pqr2; f(aaBB) = q2r2; f(AABb) = 2p2rs; f(AaBb) = 4pqrs; f(aaBb) = 2q2rs; f(AAbb) = p2s2; f(Aabb) = 2pqs2; f(aabb) = q2s2 Geração 1 fo fe (|fe - fo| - ½) 2/fe BB 100 100 0 Bb 1.800 1.800 0 bb 8.100 8.100 0 10.000 10.000 2=0 Genótipos fe do equilíbrio Geração 0 fo (fo-fe) 2 fe AABB 25 0 25 AABb 450 0 450 AAbb 2025 5000 4370 AaBB 50 0 50 AaBb 900 0 900 Aabb 4050 0 4050 aaBB 25 1000 38025 aaBb 450 0 450 aabb 2025 4000 1975 10000 2=50295** Geração 1 fo (fo-fe) 2 fe 0 25 0 450 2500 111 0 50 1000 11 4000 0,6 100 225 800 272 1600 89 2=1234** Genótipos fe do equilíbrio AABB 25 AABb 450 AAbb 2025 AaBB 50 AaBb 900 Aabb 4050 aaBB 25 aaBb 450 aabb 2025 10000 Geração 2 fo (fo-fe) 2 fe 6,25 14,1 237,5 100,3 256,25 26,4 37,5 3,1 925 0,8 4037,5 0,0 56,25 39,1 637,5 78,1 1806,25 23,6 2=285,5** Geração 3 fo (fo-fe) 2 fe 14,06 4,8 346,88 23,6 2139,06 6,4 46,88 0,2 906,25 0,0 4046,87 0,0 39,06 7,9 546,88 20,9 1914,06 8,1 2=69,9** Genótipos fe do equilíbrio AABB 25 AABb 450 AAbb 2025 AaBB 50 AaBb 900 Aabb 4050 aaBB 25 aaBb 450 aabb 2025 10000 Geração 4 fo (fo-fe) 2 fe 19,1406 1.15 399,219 5.62 2081,64 1.56 49,2187 0.00 901,562 0.00 4049,22 0.00 31,6406 1.51 499,219 5.27 1969,14 1.51 2=16,6** Geração 5 fo (fo-fe) 2 fe 21,9727 0,26 424,805 1,36 2053,22 0,38 49,8047 0,00 900,391 0,00 4049,80 0,00 28,2227 0,30 474,805 1,31 1996,97 0,37 2=3,98 Equilíbrio para dois locos – outra abordagem • Locos A(a) e B(b) independentes; • f(A)=p; f(a)=q; f(B)=r; f(b)=s; Equilíbrio: f(AABB) = p2r2 ; f(AaBB) = 2pqr2; f(aaBB) = q2r2; f(AABb) = 2p2rs; f(AaBb) = 4pqrs; f(aaBb) = 2q2rs; f(AAbb) = p2s2; f(Aabb) = 2pqs2; f(aabb) = q2s2 f(AB) = p2r2 + p2rs + pqr2 + pqrs = pr; f(aB) = pqr2 + pqrs + q2r2 + q2rs = qr f(Ab) = p2rs + p2s2 + pqrs + pqs2 = ps f(ab) = pqrs + pqs2 + q2rs + q2s2 = qs Equilíbrio é atingido quando: f(AB) x f(ab) = f(Ab) x f(aB) prqs = qrps Medida do afastamento do equilíbrio d = f(AB) x f(ab) – f(Ab) x f(aB) Pode ser deduzido que dt = (1-r) d(t-1); dt = medida do desequilíbrio na geração t; r = taxa de recombinantes. Para dois locos independentes (r=0,5), dt = (½) d(t-1) d se reduz à metade a cada geração de acasalamento ao acaso. Desvios da panmixia (sistemas mistos) BB p2 + 1 Bb 2pq + 2 bb q2 + 3 Soma 1 0 1 + 2 + 3 = 0 f(B)=p = p2 + 1 + pq +(1/2) 2 1 + (1/2) 2 = 0 f(b)=q = q2 + 3 + pq +(1/2) 2 3 + (1/2) 2 = 0 1 = 3 = 2 = -2 p2 + 2pq - 2 q2 + SEWALL WRIGHT - substituiu por fpq, onde f é o índice de fixação (f de WRIGHT); f(BB) = p2 + ; f(Bb) = 2pq - 2; f(bb) = q2 + Equilíbrio de WRIGHT para um loco B(b) f(BB) = p2 + fpq f(Bb) = 2pq(1-f) f(bb) = q2 + fpq Vale para espécies de reprodução sexuada mista com taxa s de autofecundação e t de cruzamento; •f positivo muitos homozigotos; •f negativo muitos heterozigotos; • f = 0 panmixia Populações 1 2 3 4 p ½ ½ ½ ½ f 0 1 -1 1/3 Freq (BB) Freq (Bb) Freq (bb) ¼ ½ ¼ ½ 0 ½ 0 1 0 1/3 1/3 1/3 HETEROSIGOSIDADE•Ho = heterozigosidade observada = 2pq(1-f); •He = heterozigosidade esperada sob panmixia = 2pq; •He – Ho = 2pq – 2pq(1-f); •He – Ho = He – He(1-f); •He – Ho = fHe; e oe H HH f No sistema sexuado misto temos: Portanto podemos calcular s e t, usando qualquer marcador molecular, quando consideramos uma população em equilíbrio. Dessa maneira, pelo menos teoricamente podemos inferir sobre o sistema reprodutivo de uma espécie. s s f 2 = Estimativa da taxa de autofecundação. s s f 2e oe H HH f oe oe HH HH s 2 )(2 s s H HH e oe 2 Possíveis situações na natureza supondo p=q=0,5 1 - He = Ho = 0,5 s = 0; t = 1 Alogamia; 2 - He > Ho (He = 0,5; Ho = 0,3) s = 0,57; t = 0,43; Sistema misto; 3 - He > Ho (He = 0,5; Ho = 0) s = 1; t = 0 Autogamia; 4 - He < Ho (He = 0,5; Ho = 1) s = -∞; t = ∞ ????????; (He = 0,5; Ho = 0,8) s = -3; t = ?? s negativo indica favorecimento dos heterozigotos; Heterozigosidade máxima - Máximo polimorfismo Um loco, n alelos com frequências p1=p2=p3=.....=p e panmixia : n2 genótipos; n homozigotos; n(n-1) heterozigotos; Hmax = n(n-1)/n 2 Hmax = (n-1)/n (p) 1 (p) 2 (p) 3 (p) 4 ... (p) n (p) 1 p2 (11) p2 (12) p2 (13) p2 (14) ... p2 (1n) (p) 2 p2 (12) p2 (22) p2 (23) p2 (24) ... p2 (2n) (p) 3 p2 (13) p2 (23) p2 (33) p2 (34) ... p2 (3n) (p) 4 p2 (14) p2 (24) p2 (34) p2 (44) ... p2 (4n) ... ... ... ... ... ... ... (p) n p2 (1n) p2 (2n) p2 (3n) p2 (4n) ... p2 (nn) 73 Exemplo: Tomemos uma população em equilíbrio com: 0p)A(f 0q)a(f 2 0p)AA(f 00qp2)Aa(f 2 0q)aa(f Após a primeira geração de autofecundação: ( 20p ) AA AA 00 2 0 qp)21(p)AA(f ( 00qp2 ) Aa (¼)AA + (½)Aa + (¼) aa 00qp)Aa(f ( 20q ) aa aa 00 2 0 qp)21(q)aa(f 00000 2 01 pqp)21(qp)21(pp 00000 2 01 qqp)21(qp)21(qq Autogamia completa ou seguidas autofecundações de uma espécie alógama 74 Fatores que alteram o equilíbrio Após a segunda geração de autofecundação: ]qp)21(p[ 00 2 0 AA AA 0000 2 0 qp)41(qp)21(p)AA(f ( 00qp ) Aa (¼)AA + (½)Aa + (¼) aa 00qp)21()Aa(f ]qp)21(q[ 00 2 0 aa aa 0000 2 0 qp)41(qp)21(q)aa(f 0000000 2 02 pqp)41(qp)41(qp)21(pp 0000000 2 02 qqp)41(qp)41(qp)21(qq “Autofecundação leva a homozigose e endogamia altera apenas a frequência genotípica”. Autogamia completa ou seguidas autofecundações de uma espécie alógama Geração 0 Geração 1 Geração 2 Geração BB Bb 0 bb f(B) p0 p0 p0 p0 f(b) q0 q0 q0 q0 2 0p 002 qp 2 0q 00 2 0 )2/1( qpp 00qp 00 2 0 )2/1( qpq 0000 2 0 )4/1()2/1( qpqpp 00)2/1( qp 0000 2 0 )4/1()2/1( qpqpq 000 2 0 pqpp 000 2 0 qqpq E se a população inicial estiver em desequilíbrio? Resumo geral: Equilíbrio com infinitas gerações Após ∞ gerações Aló- gama Sistema misto Autó- gama Prop. Veg. BB p2 p2 + fpq = p2 + [s/(2-s)]pq p p2 Bb 2pq 2pq(1-f) = 2pq{1-[s/(2-s)]} 0 2pq bb q2 q2 + fpq = q2 +[s/(2-s)]pq q q2 Sendo mais que 50%, indica apomixia. Sementes apomíticas () não apomíticas (1-) x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x Sementes Apomíticas Não apomíticas Locos maternos Filhos heterozigóticos Total de filhos % de hete- rozigotos Aa N(Aa) NA N(Aa)/NA Bb N(Bb) NB N(Bb)/NB Cc N(Cc) NC N(Cc)/NC Dd N(Dd) ND N(Dd)/ND Apomixia – como detectar FATORES QUE ALTERAM O EQUILÍBRIO •DERIVA GENÉTICA •MIGRAÇÃO •SELEÇÃO •MUTAÇÃO CONSIDERAÇÕES • População em equilíbrio não evolui; • Equilíbrio – manutenção da variabilidade (observado = esperado); • Princípio recorrente – Na seleção recorrente o intercruzamento dos eleitos (ao acaso) ocorre para atingir equilíbrio e geralmente para praticar nova seleção; • Constituição genética de populações depende: •Das frequências gênicas e genotípicas; •Do sistema reprodutivo; •Da presença ou ausência de fatores que alteram o equilíbrio; Deriva Genética ou Processo Dispersivo “Random Genetic Drift” •Amostragem ocorre em todas as populações; •Mudança não ocorre em uma direção pré- determinada, pois o processo de amostragem é totalmente aleatório; • A magnitude da mudança em cada geração depende do tamanho da população, tornando-se pouco importante em grandes populações; • Amostragem (principalmente amostras pequenas) pode levar a diferenciação entre sub-populações, redução da variabilidade genética, aumento da frequência de homozigotos; Oscilação da frequência gênica entre subpopulações derivadas de uma mesma população Modelo ideal para analisar deriva genética; • Considera que mesmo após a amostragem dos gametas a frequência dos remanescentes não muda (amostragem com reposição); Amostra (2N gametas) N ∞ N ∞ Indivíduos gametas indivíduos gametas p0 p0 p1 p1 Modelo ideal para analisar deriva genética; •Como toda população está sujeita à amostragem, sempre existe a probabilidade da amostra de gametas conter i alelos B para um loco hipotético B(b), qualquer que seja i (Distribuição binomial); P = probabilidade de uma amostra conter i alelos B e 2N-i alelos b, para o loco B(b); N = número de indivíduos diplóides da amostra; p = frequência do alelo B; q = frequência do alelo b; iNiiNi iN qp iNi N qpCP 22,2 )!2(! !2 Probabilidade de uma amostra conter i alelos B e 2N-i alelos b, para o loco B(b); •Com a amostragem a frequência alélica na nova população será p1 = i/2N e q1= (2N-i)/2N; •Na próxima geração um novo processo de amostragem ocorrerá, originando p2 e q2, com base em p1 e q1 e assim por diante; •Com amostras pequenas a frequência alélica será totalmente errante, geração após geração, implicando em diferenciação entre as sub- populações; Simulações de Wright-Fisher - amostragem de gametas (20 amostras) Modelo para analisar o efeito da deriva genética Resultados reais (BURI, 1956) •Organismo diplóide (Drosophila ); •Reprodução sexual; •Sem sobreposição de gerações; •107 sub-populações independentes, tamanho constante (a partir de 8 machos e 8 fêmeas bw75/bw; p=0,5; q=0,5), por 19 gerações; •Sem migração entre as sub-populações; •Sem mutação; •Sem seleção; 0 5 10 15 20 25 30 GERAÇÃO 0 0 20 40 60 80 100 120 No de alelos bw75 N o d e su b p o p u la çõ es Todos heterozigotos bw75/bw GERAÇÃO 1 0 20 40 60 80 100 120 0 5 10 15 20 25 30 N o d e su b p o p u la çõ es No de alelos bw75 GERAÇÃO 2 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 0 5 10 15 20 25 30 N o d e su b p o p u la çõ es No de alelos bw75 • Primeiras gerações com distribuição “amontoada”; • Gradualmente a curva foi achatando, ficando horizontal e finalmente em forma de U, com muitas populações fixadas para bw75 ou bw; GERAÇÃO 19 0 5 10 15 20 25 30 35 0 5 1015 20 25 30 N o d e su b p o p u la çõ es No de alelos bw75 Resultados reais (BURI, 1956) p médio = 0,5 em qualquer geração Probabilidade de transição de i alelos B para j alelos B )2( ,2 ) 2 2 () 2 ( jNjjNij N iN N i CT )2()( ) 2 2 () 2 ( )!2(! )!2( jNj ij N iN N i jNj N T Simulando para várias gerações (Cadeia de MARKOV), obtem-se um gráfico teórico (esperado) Modelo teórico de predição de Wright-Fisher O mesmo modelo pode ser visualizado em uma forma bidimensional Tempo médio de permanência de um alelo neutro em uma população de tamanho N p = 0,5 t 2,8N gerações; p = 0,1 t 1,3N gerações; p = 0,8 t 1,8N gerações Evolução da heterozigosidade •Queda da heterozigosidade é > que a esperada com N=16; •Se ajusta ao tamanho populacional N=9; •N=9 é o tamanho efetivo da população. DERIVA GENÉTICA vs ENDOGAMIA •População pequena - probabilidade de dois gametas serem idênticos por descendência é maior; •Coeficiente de endogamia (F) – Probabilidade de dois alelos escolhidos ao acaso dentro de uma população ou cruzamento, serem idênticos por descendência (serem cópias de um mesmo alelo ancestral); DERIVA GENÉTICA vs ENDOGAMIA Replicação do DNA A1 A2 A1 A1 A1 A2 A2 A2 A1 A1 A2 A2 A1 A1A1 A2A2 A1A1 A2A2 A1A2 A1A2 Autozigóticos e Homozigóticos Alozigóticos e Heterozigóticos Alozigóticos e Homozigóticos 1 1 1 3 COEFICIENTE DE ENDOGAMIA DEVIDO À AMOSTRAGEM DERIVA GENÉTICA vs ENDOGAMIA •Probabilidade de um segundo gameta ser idêntico ao primeiro é 1/2N; •Probabilidade de um segundo gameta ser diferente do primeiro é (2N – 1)/2N = 1 – (1/2N); , se F0 = 0. 11 ) 2 1 1( 2 1 11) 2 1 1( 2 1 tttt F NN FF NN F )]1() 2 1 1[(1 0F N F tt t t N F ) 2 1 1(1 )1)( 2 1 1(1)1)( 2 1 1(1 11 tttt F N FF N F DERIVA GENÉTICA vs ENDOGAMIA Heterozigosidade - probabilidade do sorteio de um par de alelos não idênticos por descendência; Exemplo: F de uma planta em uma população gerada a partir de uma grande população 30 gerações atrás, mantida por panmixia, com tamanho de 20 indivíduos cada geração? , apenas devido ao tamanho reduzido da população; 001 ) 2 1 1() 2 1 1(1 HH N H N FH ttttt 532,0)01() 40 1 1(1 3030 F N=20 0,532 N=30 0,400 N=40 0,310 N=100 0,140 Autofecundação repetida em uma população contendo somente indivíduos heterozigóticos Gerações de Frequências genotípicas autofecundação A1A1 A1A2 A2A2 F p 0 0 1 0 0 1/2 1 1/4 1/2 1/4 1/2 1/2 2 3/8 1/4 3/8 3/4 1/2 : : : : : : : : : : t 1/2 1/2 0 1/2 1 1/2 2 )2/1(1 t t)2/1( 2 )2/1(1 t t)2/1(1 TAMANHO EFETIVO DA POPULAÇÃO N - nem sempre é o número real de indivíduos que contribuem com alelos para a geração seguinte; População ideal Organismo diplóide, reprodução sexual equitativa, sem sobreposição de gerações, acasalamento ao acaso, sem migração, sem seleção, tamanho constante; População real (natural ou de melhoramento) Tamanho flutuante, número diferente de machos e fêmeas, sobreposição de gerações, tamanho diferente das famílias. TAMANHO EFETIVO DA POPULAÇÃO Definição: Tamanho efetivo de uma população é o número de indivíduos de uma população ideal que geraria o mesmo coeficiente de endogamia da população considerada, tendo a mesma magnitude (taxa) de deriva genética; População real com N indivíduos F; População ideal com Ne indivíduos sob deriva F; Normalmente Ne é menor ou igual a N, com algumas exceções, como no caso de progênies em alógamas. ) 1 ...... 111 ( 11 321 te NNNNtN Fórmula do tamanho efetivo com amostragens desiguais ao longo das gerações Como surgiu? Amostragem desigual por sucessivas gerações Amostragem de N1 indivíduos na geração 1: Amostragem de N2 indivíduos na geração 2: Amostragem de N3 indivíduos na geração 3: )1)( 2 1 1(1 1 tt F N F )1)( 2 1 1(1 1 tt F N F )1)( 2 1 1)( 2 1 1()1)( 2 1 1(1 0 12 1 2 2 F NN F N F )1)( 2 1 1)( 2 1 1)( 2 1 1()1)( 2 1 1(1 0 123 2 3 3 F NNN F N F )1)( 2 1 1(1 0 1 1 F N F Usando a fórmula geral com amostragem ideal para a geração t: Para uma população ideal na geração 3: Portanto: )]1() 2 1 1[(1 0F N F tt )]1() 2 1 1(1 0F N F tt )]1() 2 1 1(1 0 3 3 F N F e )1)( 2 1 1)( 2 1 1)( 2 1 1()1() 2 1 1( 0 123 0 3 F NNN F Ne ) 2 1 1)( 2 1 1)( 2 1 1() 2 1 1( 321 3 NNNNe Por analogia: Dedução complicada: •Se N1 = N2 = N3 = N4 = .......= Nt Ne = Nt •Média harmônica tende a ser dominada pelos menores termos e, na realidade biológica, um simples período de tamanho pequeno de população (gargalo de garrafa ou “bottle neck”, “efeito de fundador”) pode resultar em uma séria perda de heterosigosidade e, consequentemente, de variabilidade. ) 2 1 1)......( 2 1 1)( 2 1 1)( 2 1 1() 2 1 1( 321 t t e NNNNN ) 1 ...... 111 ( 11 321 te NNNNtN Exemplo “bottle neck” 1 – Amostra de 1000 indivíduos por 4 gerações: 1000) 1000 1 1000 1 1000 1 1000 1 ( 4 11 e e N N 2 – Redução na segunda amostragem: 83,38) 1000 1 1000 1 10 1 1000 1 ( 4 11 e e N N 69,307) 1000 1 1000 1 100 1 1000 1 ( 4 11 e e N N 14,357) 000.10 1 000.10 1 100 1 1000 1 ( 4 11 e e N N Organismos bissexuais (dióicos): Ne = N + ½ (Wright) Número diferente de machos e fêmeas: Tamanho efetivo com amostragem de progênies: •Meios irmãos: Ne = 4; •Irmãos germanos: Ne = 2; •Progênies S1: Ne = 1. fme NNN 4 1 4 11 fm fm e NN NN N 4 Meios irmãos 1 fêmea machos 4 1.4 1 4 11 e e N N Irmãos germanos (completos) um macho + uma fêmea 2 1.4 1 1.4 11 e e N N Progênies S1 Mesmo indivíduo é pai e mãe 1 )2/1(4 1 )2/1(4 11 e e N N Aumento de Ft em populações ideais em função do tempo e tamanho efetivo Importância: a) Melhor amostrar mais indivíduos com poucos descendentes do que poucos indivíduos com muitos descendentes; b) Cuidado para não usar amostras restritas nos casos em que a endogamia não é desejável. SELEÇÃO BB – p2 (1) Bb – 2pq (1) bb – q2 (1-s) BB – p2 (1) Bb – 2pq (1-0,5s) bb – q2 (1-s) BB – p2 (1-s1) Bb – 2pq (1) bb – q2 (1-s2) Coeficientes de seleção (alelo b menos adaptado) (s = valor adaptativo ou de seleção) DOMINÂNCIA AÇÃO ADITIVA SOBREDOMINÂNCIA BB – p2 (1) Bb – 2pq (1-hs) bb – q2 (1-s) Coeficientes de seleção (alelo b menos adaptado) DOMINÂNCIA PARCIAL 0 < h < 1 BB – p2 (1-s) Bb – 2pq (1-s) bb – q2 (1) BB – p2 (1-s) Bb – 2pq (1-0,5s) bb – q2 (1) BB – p2 (1-s1) Bb – 2pq (1) bb – q2 (1-s2) Coeficientes de seleção (alelo B menos adaptado) (s = valor adaptativo ou de seleção) DOMINÂNCIA AÇÃO ADITIVA SOBREDOMINÂNCIA BB – p2 (1-s) Bb – 2pq (1-hs) bb – q2 (1) Coeficientes de seleção (alelo B menos adaptado) DOMINÂNCIA PARCIAL 0 < h < 1 Genótipos Antes da seleção (geração 0) Após seleção Br2Br2 Br2br2 br2br2 0 Totais 1 2 0p 002 qp 2 0q 2 0p 002 qp 0 0 00 2 0 00 1 12 q q qpp qp q 000 2 0 00 20 1 1 1 2 qqpp qpp p 00 2 0 2 qpp Novas frequências alélicas para geração 1 COEFICIENTE DE SELEÇÃO s=1 (AMBOS OS SEXOS) Genótipos Antes da seleção (geração 0) Após seleção Br2Br2 Br2br2 br2br2 Totais 1 2 0p 002 qp 2 0q 2 0p 002 qp 2 0 00 2 0 2 0 2 000 1 1 )1( 1 sq sqq sq sqqqp q 2 0 0 2 0 2 000 2 0 00 2 0 1 1 1 2 sq q sqqqpp qpp p 2 01 sq Novas frequências alélicas para geração 1 COEFICIENTE DE SELEÇÃO s≠1 (AMBOS OS SEXOS) )1(20 sq Coeficiente de seleção = 1 Um ciclo de seleção Dois ciclos de seleção Três ciclos de seleção t ciclos de seleção 0 1 1 1 q p 0 0 2 21 1 q q p 0 0 3 31 21 q q p 0 0 1 )1(1 tq qt pt 0 0 1 1 q q q 0 0 2 21 q q q 0 0 3 31 q q q 0 0 1 tq q qt Coeficiente de seleção = s Um ciclo de seleção Dois ciclos de seleção Três ciclos de seleção t ciclos de seleção 2 0 0 1 1 1 sq q p 2 00 0 2 21 1 sqq sq p 2 00 2 00 3 321 21 sqq sqq p 2 00 2 00 )1(1 )1()2(1 tsqqt sqtqt pt 2 0 00 1 1 )1( sq sqq q 2 00 00 2 21 )1( sqq sqq q 2 00 00 3 321 )1( sqq sqq q 2 00 00 )1(1 )1( tsqqt sqq qt Mudança da frequência alélica com vários ciclos de seleção nos dois sexos (s=1 e s variável) Com seleção continuada por t gerações em um sexo com s=1 )1(21 )1(1 0 2 0 0 0 tq tq tq qt pt 2 2 . 1 0 0 0 tq tq q qt )1(21 1 0 2 0 0 1 q q q p 2 2 . 1 0 0 0 1 q q q q Uma geração t gerações (?????) Autógamas e prop. vegetativa – sempre ambos os sexos Seleção continuada por t gerações nos dois sexos (s=1) Ciclos seletivos Frequências alélicas q q(%) 0 q0 = 0,4000 --- --- 1 q1 = 0,2857 -0,1143 -28,6 2 q2 = 0,2222 -0,0635 -22,2 3 q3 = 0,1818 -0,0404 -18,2 4 q4 = 0,1538 -0,0208 -15,4 5 q5 = 0,1333 -0,0205 -13,3 6 q6 = 0,1177 -0,0156 -11,7 7 q7 = 0,1053 -0,0124 -10,5 8 q8 = 0,0953 -0,0103 -9,8 • Um único parâmetro – valor adaptativo, que expressa a taxa de crescimento diferencial de cada genótipo. Exemplo para o loco A(a) • Genótipo A – Nt = (1+x) t N0; • Genótipo a – nt = (1+y) t n0; • Nt /nt = f(A)t/f(a)t = pt/qt= w; w é probabilidade de sobrevivência de a em relação a A. Seleção Natural – Modelo clássico Darwiniano Organismos haplóides Geração 0 Genótipo a Genótipo A Frequência antes da seleção q0 p0 Adaptação relativa w 1 Depois da seleção q0w p0 Geração 1 q1 = q0w/(q0w+p0) p1 = p0/(q0w+p0) q = q1 – q0 = [q0w/(q0w+p0)]-q0 = p0q0 (w-1)/(q0w+p0) Modelo de seleção em organismo haplóide, em que w é a probabilidade de sobrevivência do genótipo a em relação ao genótipo A Geração Genótipo a Genótipo A 0 q0 p0 1 q1 = q0w/(q0w+p0) p1 = p0/(q0w+p0) 2 q2 = q0w 2/(q0w 2+p0) p2 = p0/(q0w 2+p0) 3 q3 = q0w 3/(q0w 3+p0) p3 = p0/(q0w 3+p0) : : : t qt = q0w t/(q0w t+p0) pt = p0/(q0w t+p0) Modelo de seleção em organismo haplóide, em que w é a probabilidade de sobrevivência do genótipo a em relação ao genótipo A Componentes da seleção Viabilidade Taxas de desenvolvimento diferentes e probabilidades diferentes de sobrevivência do zigoto até adulto. Seleção sexual Diferenças entre genótipos em atrair parceiros. Seleção Natural – Modelo clássico Darwiniano Organismos diplóides Direcionamento meiótico ou Distorção de segregação Desvios da segregação Mendeliana na produção de gametas nos heterozigotos. Seleção gamética Sobrevivência diferencial dos gametas Seleção de fecundidade Produção de número diferente de descendentes em cada genótipo Seleção Natural – Modelo clássico Darwiniano Seleção Natural – Modelo clássico Darwiniano •Baseado na viabilidade (sobrevivência diferencial dos genótipos); •Seleção ocorre nos indivíduos diplóides e não nos gametas; • Por definição os zigotos sobrevivem na razão w11:w12:w22, tal que a proporção AA:Aa:aa nos adultos será p2w11: 2pqw12: q 2w22; •Portanto a frequência gamética passará para: f(A) = p1 = p 2w11 + pqw12; f(a) = q1 = q 2w22 + pqw12; Seleção Natural – Modelo clássico Darwiniano Ger. Estágio Frequências t Gametas A a Frequência p q t+1 Genótipos gerados AA Aa aa Frequência zigótica p2 2pq q2 Viabilidade w11 w12 w22 Sobrev. após seleção p2w11 2pqw12 q 2w22 Normalização p2w11/w 2pqw12/w q 2w22/w t+1 Nova freq. alélica p1 = (p 2w11 + pqw12)/w = p(pw11 + qw12)/w q1 = (q 2w22 + pqw12)/w = q(qw22 + pw12)/w Novo total = w = p2w11 + 2pqw12 + q 2w22 p = p1- p = pq[p(w11 – w12) + q(w12 – w22)]/w COM ADPTABILIDADE DIFERENCIAL COM SELEÇÃO COM SELEÇÃO EM FAVOR DO HETEROZIGOTO • O equilíbrio é atingido quando p = p1- p =0 • Portanto pq[p(w11 – w12) + q(w12 – w22)]/w = 0 • p = (w12 – w22)/(2w12 – w11 – w22) • Portanto p atinge um valor fixo para cada combinação de valores de w11, w12 e w22, independente do valor inicial de p e q. p = p1- p = pq[p(w11 – w12) + q(w12 – w22)]/w = 0 p = (w12 – w22)/(2w12 – w11 – w22) • Simular w11=w22=0 e w12=1 • Mistura de sementes • Polinização com pólen estranho à população • Mistura de animais • Inseminação com sêmen estranho à população • Quando consciente ...... INTROGRESSÃO MIGRAÇÃO • q0 , p0= a frequência dos alelos antes da migração; • q1, p1 = frequência dos alelos após a migração; • M = proporção de indivíduos migrantes; • qi, pi = frequência dos alelos nos migrantes; • q = M(q1 - q0) (Mudança na frequência alélica na população) • Novo equilíbrio - ???????? q1 = q0(1 - M) + qiM p1 = p0(1 - M) + piM •Partindo-se de uma amostra de uma população em equilíbrio com N indivíduos: f(A)=p0; f(a)=q0; •Admitindo chegada de P indivíduos: f(A)=pi e f(a)=qi ; •Novo total de indivíduos = N+P; •Novo total de gametas = 2N + 2P; •Fazendo P/(N+P)=M (proporção de migrantes): PN Pq PN Nq PN PqNq PN PqNq q iii 0001 22 22 i i Mqq PNM MP PN Pq PN Nq q 0 0 1 )( )1( MpMpp i )1(01MqMqq i )1(01 TAXA DE MIGRAÇÃO CONSTANTE POR t GERAÇÕES (?????) GER. Frequência do alelo A Frequência do alelo a 0 p0 q0 1 p1=p0(1-M) + piM q1=q0(1-M) + qiM 2 p2=p0(1-M) 2 + piM(2-M) q2=q0(1-M) 2 + qiM(2-M) 3 p3=p0(1-M) 3+ piM (2-M) 2 q3=q0(1-M) 3+ qiM(2-M) 2 : : : t pt=p0(1-M) t + piM(2-M) t-1 qt=q0(1-M) t + qiM(2-M) t-1 MUTAÇÃO •Formação dos gametas - frequência entre 10-5 e 10-6, criando-se um alelo novo a cada evento mutante; •Como será o seu efeito no melhoramento? •Mutação para alelo fortemente favorável; •Mutação para alelo fortemente desfavorável; • Mutação para alelo levemente favorável; •Mutação para alelo levemente desfavorável; MUTAÇÃO µ taxa de mutação de B para b; v taxa de mutação de b para B (mutação reversa); •Assumindo que um alelo não pode mutar duas vezes na mesma geração temos que B na geração t aparece de duas maneiras: a) B que escapou da mutação na geração t-1 (probabilidade 1-µ); b) Mutação de b para B (probabilidade v). •f(B)t = pt = p(t-1) (1- µ) + (1-p(t-1))v;•Veja que, se não houver mutação, pt = p(t-1); •Supondo que haja mutação, resolvendo para várias gerações e generalizando em função de p0 fica: Entendimento biológico • Como µ e v são normalmente muito pequenos (10-5 - 10-6), t pequeno (menos que 100 por exemplo) (1- µ-v)t 1-t(µ+v). t t v v v p v v p )1)(( 0 •Supondo p0=0 (toda população bb) teremos: •Freq. de B cresce linearmente com declividade v; •Como v é 10-5 - 10-6, não afeta o melhoramento, onde poucas gerações são consideradas; •Como v é pequeno, é difícil de ser detectado experimentalmente, exceto em grandes populações (microrganismos) onde t cresce rapidamente; tvvt v v v v vt v v v v pt )](1[ • Supondo p0=1 (toda população BB) e fazendo as mesmas analogias teremos: pt= 1-µt (pouco muda com poucas gerações) • O que acontece biologicamente ao longo do tempo (t muito grande)? - t muito grande (105 – 106 gerações); - 1-µ-v é próximo de 1 mas não é 1 e (1- µ-v)t 0; - pt atinge valor fixo, não mudando geração após geração, chamado de valor de equilíbrio: v v p ˆ • Supondo µ=v para qualquer p0, pois (1-2v) t tende a zero. •Supondo v=0 pt= p0(1-µ) t. Como µ é baixo, pouca mudança ocorre em poucas gerações. t t v v v p v v p )21)( 2 ( 2 0 2 1 2 ˆ v v p Conclusão • Mutação é fraca para mudar a frequência alélica, pois há necessidade de dezenas de milhares de gerações para alcançar o equilíbrio.
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