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Vivian Rocha Evolução 2012/2 Vivian Rocha 2 Índice Módulo II – Genética de Populações ................................................................................................. 3 Aula I - Populações Panmíticas infinitas e o Equilíbrio de Hary Weinberg .................................. 3 Frequência Alélica e Genotípica ................................................................................................ 3 Calculando Frequência Genotípica ........................................................................................ 3 Calculando Frequência Alélica .............................................................................................. 3 Formula Geral para Frequência Genotípica e Alélica ............................................................ 4 Equilíbrio Hardy Weirberg ........................................................................................................ 5 Testar o Equilíbrio HW .......................................................................................................... 5 Qui-quadrado ......................................................................................................................... 5 Gráfico do Qui-quadrado ....................................................................................................... 6 Gráfico de Curvas de Qui-quadrado com Graus de Liberdade diferentes ............................. 6 Fórmulas Importantes ........................................................................................................ 6 Aula II - Populações que violam a panmixia (endocruzamento) ................................................... 7 Homozigosidade e Heterozigosidade ......................................................................................... 8 Índice de Fixação (F) ................................................................................................................. 9 Identidade por Descendência (Autozigosidade) ...................................................................... 10 Aula III - Populações Finitas e Deriva Gênica ............................................................................ 11 Modelo Wright-Fischer ............................................................................................................ 11 Cadeia de Markov .................................................................................................................... 12 Aula IV - Teoria da Seleção Natural............................................................................................ 15 Fitness (Valor adaptativo) ........................................................................................................ 15 Fitness Absoluto................................................................................................................... 15 Fitness relativo ..................................................................................................................... 16 Quantificação da Seleção ......................................................................................................... 16 Paisagens Adaptativas .............................................................................................................. 17 Seleção Direcional ............................................................................................................... 17 Seleção Balanceada .............................................................................................................. 17 Seleção Disruptiva ............................................................................................................... 18 Aula V - Redução da Heterozigosidade ....................................................................................... 19 Probabilidade de Autozigosidade ............................................................................................ 20 Modelo dos Alelos Infinitos..................................................................................................... 20 Aula IV - Subestrutura Populacional ........................................................................................... 22 Vivian Rocha 3 Módulo II – Genética de Populações 30/11/2012 AULA I - POPULAÇÕES PANMÍTICAS INFINITAS E O EQUILÍBRIO DE HARY WEINBERG A polidactilia é uma doença recessiva e sua frequência é baixa nas populações com isso será que a frequência dela nas ilhas britânicas ira diminuir com o passar dos anos? Como esta é uma herança mendeliana não ira ocorrer nada, pois a frequência ira permanecer a mesma ao longo das gerações. Isso só ira ocorrer em algumas circunstâncias especiais. Dentre elas, se a formação dos casais ocorrer ao acaso, ou seja, uma população panmítica. Hoje veremos a dinâmica das frequências alélicas e genotípicas em populações panmíticas infinitas. Frequência Alélica e Genotípica População com N=5, onde os indivíduos são diploides. AA Aa A = ATAATCCGCCT aa a = ATATTCCGCCT Aa AA Essa é a única diferença entre esses 2 alelos. Quando estamos falando em alelos estamos nos referindo a uma diferença química que existe entre essas regiões marcadas em rosa. Essa população de 5 indivíduos não é monomórfica, não existindo portanto apenas um tipo alélico, mais sim 2 um é o A e o outro é o a, sendo assim polimórfica. Calculando Frequência Genotípica ( ) ( ) ( ) Calculando Frequência Alélica ( ) ( ) Vivian Rocha 4 A a AA Aa p 2 p.q aA aa p.q q 2 A a Formula Geral para Frequência Genotípica e Alélica ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) Fórmula para calcular a frequência alélica através da frequência genotípica. Exemplos: Calcule a frequência alélica de uma espécie diploide com e 3 alelos A, B e C. Gametas possíveis: AA = 10 x ( ) = AB = 20 x x ( ) AC = 15 x BB = 10 x BC = 5 x CC = 30 N = 90 Pool gamético – Piscina de gametas, onde o encontro desses se dá ao acaso. AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaAAAAaaaaaaaaaaaa A Aa a Gametas produzidos O quadrado de Punnet demonstra todos os encontros gaméticos possíveis. Proporção: 1 AA : 2 Aa : 1 aa Considerando o pool gamético a frequência de A= p e a frequência de a=q. Esperado por panmixia (pelo EHW) ( ) ( ) ( ) Vivian Rocha 5 Equilíbrio Hardy Weirberg A frequência dos genótipos não muda ao longo das gerações. Pressupostos: 1. Panmixia 2. População infinita 3. Não ocorre seleção 4. Não ocorre mutação 5. Não ocorre migração Do 2 ao 4 modifica a frequência alélica f(A), mas não modifica a frequência genotípica, por isso esses 4 tópicos são chamados de forças evolutivas. O equilíbrio HW descreve uma situação hipotética onde a evolução não ocorre. Com isso ele serve como uma hipótese nula, ou seja, uma igualdade. Hipótese Nula: Quando o fenômeno estudado não atua, nesse caso as forças evolutivas. Esta em EHW. Testar o Equilíbrio HW( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) I. Cálculo da frequência alélica através do observado ( ) ( ) II. Cálculo da frequência genotípica esperada ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) III. Cálculo da contribuição genotípica Qui-quadrado ( ) AA AB BB ( ) ( ) ( ) Vivian Rocha 6 H0 = O=E Testamos a hipótese nula H1 = O E Gráfico do Qui-quadrado Valor de P: É área depois do valor medido. No exemplo é a área depois de 0,21. Através do grau de liberdade (G.l) obtemos o qui- quadrado de corte ou nível de significância. x 2 < G.l tabelado H0 é aceita e p > 0,05 x 2 > G.l tabelado H0 é rejeitada e p < 0,05 Obs.: O nível de significância foi criado para saber a decisão será rejeita ou não, o valor P não te dá à rejeição, ele te dá uma probabilidade de rejeição. Gráfico de Curvas de Qui-quadrado com Graus de Liberdade diferentes A curva vermelha é o menor G.l, a menor tolerância em relação ao desvio ao acaso, já a curva rosa apresenta a maior tolerância. É o numero de classes genotípicas que estamos testando (no nosso caso são 3 AA, AB e BB) menos o numero de parâmetros livres no modelo (no nosso caso os parâmetros utilizados são p e q ou A e B ). No exemplo o G.l = 1 que equivale a um x 2 de corte de 3,84. Como 0,21 é menor do que 3,84 H0 é aceita. Fórmulas Importantes 1. Calcular frequência genotípica: ( ) 2. Esperado pelo EHW: ( ) ( ) 3. Calcular a frequência alélica: ( ) ( ) ( ) 4. Cálculo da frequência alélica através do observado: ( ) 5. Cálculo das frequências genotípicas esperadas: ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) 6. Cálculo do qui-quadrado: ( ) 7. Cálculo do grau de liberdade: Gráfico 2 - Qui-quadrado. Gráfico 1- Qui-quadrado Vivian Rocha 7 03/12/2012 AULA II - POPULAÇÕES QUE VIOLAM A PANMIXIA (ENDOCRUZAMENTO) Hoje veremos as consequências gênicas em uma população onde a panmixia não existe, ou seja, uma população onde o cruzamento não se da ao acaso. É mais provável que nesse caso na formação dos pais haja algum tipo de consanguinidade, essa consanguinidade é denominada em genética de populações como endocuzamento. A própria existência espacial resulta em uma dificuldade em manter a panmixia total (a formação totalmente aleatória de casais), porque o espaço delimita esse encontro, com isso existe uma chance cada vez maior de que na formação de um casal, este possua algum tipo de parentesco. Algumas doenças humanas apresentam prevalência maior em populações especificas e que estão isoladas no espaço. Essas doenças geralmente são autossômicas recessivas. Isso ocorre porque a chance de formação de homozigotos é aumentada como pode ser notado pelo nosso exemplo abaixo. O caso mais extremo de endocruzamento é a autofecundação AAA(vc c/ vc mesmo). No exemplo assumimos que ocorre a autofecundação total. Ex.: No exemplo 100% de uma população de insetos em G0 é heterozigota! G0 Aa H0=1 ( ) h0=0 ( ) G1 AA Aa aa H1=1/2 ( ) h1=1/2 ( ) G2 AA AA Aa aa aa H2=1/4 ( ) h2=0,75 ( ) G3 AA AA AA Aa aa aa aa H3=1/8 ( ) h3= 1- ( ) Como é possível notar as frequências de heterozigoto diminuem e as frequências de homozigotos aumentam com o passar das gerações. Para cada uma das gerações é dado o valor da heterozigosidade (H) que é a frequência dos heterozigotos e também o valor de homozigosidade (h) = 1 – H, que é a frequência de homozigotos. A frequência dos heterozigotos é muito importante em genética de populações, pois é uma medida da diversidade. Uma população onde todos os indivíduos são homozigotos apresenta uma diversidade nula, com isso quanto maior a frequência de heterozigotos melhor, pois mais variedade iremos encontrar. O HLA é um lócus que em humanos apresenta mais de 1700 alelos, esses alelos estão associados à defesa imunológica então é necessário ter diversidade. Os guepardos apresentam 1 alelo para esse lócus. O problema disso é que se um indivíduo apresentar uma doença todos também iram ter. Vivian Rocha 8 Homozigosidade e Heterozigosidade No gráfico de Homozigosidade e Heterozigosidade, o eixo y que vai de 0 a 100% (1), onde vamos medir tanto a Homozigosidade quanto a Heterozigosidade versus o tempo medido em gerações (Tg). O destino da homozigosidade e da heterozigosidade nas populações endocruzadas é que enquanto a diversidade genética (heterozigosidade) vai decaindo a homozigosidade dispara e ao longo prazo não teremos mais heterozigotos, pois todos os indivíduos dessa população serão homozigotos. Se esta população não sofresse o endocruzamento e fosse uma população panmítica, ou seja, uma população em equilíbrio HW a heterozigosidade não iria mudar, pois uma das conclusões principais do equilíbrio HW é que a frequência genotípica não muda, com isso a heterozigosidade que é a frequência de heterozigotos também não muda. Com o endocruzamento, ou seja, com a quebra da panmixia temos uma modificação nas frequências genotípicas, pois a frequência de heterozigotos cai, já no equilíbrio HW as frequências genotípicas não mudam, então a heterozigosidade também não muda ao longo das gerações. Calculando a frequência alélica percebemos que existe a mesma quantidade de A e de a, por isso que o valor dava sempre . Então a frequência alélica não mudou ao longo das gerações, mas a frequência genotípica sim. Por esse motivo o endocruzamento não é considerado uma força evolutiva, pois só é força evolutiva aquele fenômeno capaz de alterar a frequência alélica. Em G0 todos os indivíduos são heterozigotos, em G1 temos meio (0,5) de heterozigotos, quando isso ocorre o número de indivíduos homozigotos AA e aa aumenta igualmente na mesma proporção.Quando o heterozigoto em G0 perde 50%, os dois homozigotos que estavam com 0 cada um deles cresce 25%, então a frequência alélica não muda, pois quando o heterozigoto cai o homozigoto sobe igualmente para o homozigoto recessivo e o dominante. No final a frequência alélica permanece constante e apenas a frequência genotípica muda. 0 0,2 0,4 0,6 0,8 1 G0 G1 G2 G4 Fre qu ên cia Tempo em Gerações (Tg) Heterozigosidade x Homozigosidade Heterozigosidade Homozigosidade Gráfico 3 - Frequência de H e h em Tg. 0 0,25 0,5 0,75 1 AA Aa aa G0 G1 G2 Gráfico 4- Histograma. Vivian Rocha 9 Índice de Fixação (F) Índice de Fixação (F) - Esse F é uma medida que vai quantificar o grau de desvio do EHW, utilizado para estudar endocruzamento. Como o endocruzamento faz com que a população viole o EHW, porque a frequência genotípica modifica, através desse índice quantificamos esse desvio do EHW através da heterozigosidade esperada e observada. Onde He ( ) ( ). Pelo equilíbrio HW esperamos: ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) He em é igual ( ) ( ) , e em F1 observamos ½ = 0,5 de heterozigotos. Na observado na G2 é 1/4 que é igual a 0,25 e na F3 o observado é 1/8 que é igual a 0,125. Resultados desses cálculos: A tendência desse F pelos resultados é aumentar. Obs.: O H esperado será sempre igual, pois todas as frequências alélicas não mudam. Histograma em forma de equação: O que ocorre com a frequência de HW quando ocorre endocruzamento. As formulas do EQW no endocruzamento são modificadas inserindo o índice de fixação. ( ) ( ) O que o primeiro perde é dividido entre os outros dois. ( ) Os sistemas reprodutivos podem ser medidos através do F, o desvio será muito forte no caso da autofecundação, mas não ira ser tão forte no caso de casamento entre primos. O F vai ser essa medida que ira dizer se aquele desvio do equilíbrio, aquele sistema reprodutivo, esta com um endocruzamento fortíssimo ou não. O valor de F se estivéssemos em EHW (panmixia total) seria 0. Se o F vai saindo do 0 temos um desvio cada vez maior. Então a quebra da panmixia, o endocruzamento resulta em um desvio do EHW que pode ser medido/quantificado através do índice de fixação. Vivian Rocha 10 Identidade por Descendência (Autozigosidade) aaAutozigoto Qual é a probabilidade dos indivíduos marcados em amarelo possuírem em um determinado lócus alelos idênticos por descendência? O pai (rosa) é homozigoto, e vamos marcar um desses alelos, com isso vamos traçar o destino especifico de uma molécula. E existe uma probabilidade desse casal marcado em amarelo possuir esse alelo. A identidade por descendência recebe um nome em genética de populações, ela é denominada autozigosidade, esta está relacionada com a chance de encontrarmos esses alelos idênticos por descendência, eles são idênticos por descendência porque vieram de uma única molécula de DNA mãe ancestral. Autozigoto é um individuo aonde os dois alelos vieram de uma molécula mãe. A coalescência desses dois alelos que esse heterozigoto carrega nada mais é do que possuir um ancestral comum. Vivian Rocha 11 0,6 & 0,4 0,7 & 0,3 0,6 & 0,4 0,7 & 0,3 07/12/2012 AULA III - POPULAÇÕES FINITAS E DERIVA GÊNICA A aula de hoje irá quebrar o segundo pressuposto do EHW, que diz que as população são infinitas, então irmos estudar o que ocorre quando a população não é infinita. Nessas populações finitas ocorre um fenômeno chamado de deriva genética. Modelo Wright-Fischer Vamos formalizar o processo de amostragem do pool gamético, que recebe o nome de Modelo Wright-Fischer. Essa população abaixo apresenta um N= 5 indivíduos (pop. finita), diploides, onde um alelo será azul e o outro rosa e calculamos a frequência (f0) destes. O modelo Wright-Fischer é um modelo de reprodução populacional, onde ao longo das gerações o tamanho da população não irá variar. Com isso G1 também apresentara 5 indivíduos. No modelo Wright-Fischer fazemos a composição genética na geração seguinte, através de uma condição, onde a frequência dos gametas no pool gamético será igual à frequência dos alelos da geração dos pais. Com isso a frequência do alelo azul na geração dos pais em G0 no pool gamético é de 0,6, ou seja, existem 0,6 gametas que carregam esse alelo azul. A composição dos genótipos dos indivíduos da próxima geração será realizada por um sorteio simples, onde há 60% de chance de ser azul e 40% de chance de ser rosa. G0aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaf0( ) = 6/10 = 0,6 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaf0( ) = 4/10 = 0,4 De uma geração p/ outra Pool Pool Gamético ocorreu uma variação na frequência alélica de G1aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaf1( ) = 7/10 = 0,7 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa f1( ) = 3/10 = 0,3 Pool Pool Gamético G2aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaf2( ) = 0,6 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa af2( ) = 0,4 Pool Pool Gamético G3aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaf3( ) = 0,7 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaf3( ) = 0,3 Pool Pool Gamético Vivian Rocha 12 No modelo Wright-Fischer o número da população não é alterado, permanecendo assim constantes ao longo das gerações, os pais não participam da geração dos filhos as gerações são discretas e a frequência gametas é igual à frequência dos alelos da geração dos pais. Gráfico 5- Frequência do alelo azul x Tempo de geração (Tg). Usando essa lógica ocorre um desvio (mudança) na frequência alélica entre as gerações. Que pode ser visualizado no gráfico acima. Se o N fosse infinito, não estaria violando o HW, então a frequência alélica permanece constante. Populações pequenas apresentam um desvio ( ) maior da frequência alélica de uma geração para outra, já populações grandes apresentam um desvio ( ) menor da frequência alélica de uma geração para outra. Ate chegar ao caso extremo que é quando a população é infinita onde o desvio ( ) é 0 (zero). Esse desvio = recebe o nome de deriva genética que é a variação estocástica da frequência alélica e que é inversamente proporcional ao tamanho da população, ou seja, populações muito grandes apresentam variação menor e populações pequenas apresentam variação maior com dito anteriormente. O destino da frequência do alelo azul (Gráfico) ao evoluir por deriva é se fixar (100%) ou chegar a extinção (0%). A frequência de heterozigotos vai chegar a 0 quando a frequência do alelo azul chegar a 100%. A consequência evolutiva da deriva genética então é a perda heterozigosidade, ou seja, a perda da diversidade genética. A deriva genética por levar o alelo à fixação (100%) oua perda (0%), leva a população para extinção dos heterozigotos, ou seja, perda da diversidade genética. Cadeia de Markov É utilizada para descrever o processo estocástico da deriva genética. Vamos utilizar como exemplo duas situações distintas: uma onde a população possui um N=10 e outra onde a população apresenta um N=1000. Vivian Rocha 13 Como podemos notar ocorrerá mais deriva no gráfico 6 que possui uma população menor N=10, do que no gráfico 7 que apresenta um N=1000. Isso porque o tamanho da população do primeiro gráfico é menor do que a do segundo. Gráfico 6- Cadeia de Markov na população de N=10. Gráfico 7- Cadeia de Markov na população de N=1000. Vamos fazer replicatas desse modelo Wright-Fischer, onde cada uma das linhas são replicatas completamente independentes. A probabilidade de fixação (100%) de um alelo neutro (a evolução do alelo neutro é guiada somente por deriva genética) é igual à frequência inicial desse alelo, ou seja, se um alelo tem frequência inicial de 0,5 à probabilidade de fixação dele é de 0,5 ou 50%. E isso irá depender do tempo, normalmente o alelo demora a se fixar em uma população grande, mas em uma população pequena ele se fixa mais rápido. O tempo médio que um alelo neutro leva para se fixar é: ̅ Ou seja, uma população de tamanho 10 vai ter uma fixação em media em torno de 40 gerações e uma população de tamanho 1000 vai ter uma fixação em media em torno de 4000 gerações. A probabilidade de um novo mutante neutro se fixar é de . Será 2 se o individuo for diploide, se for uma espécie tetraploide será 4, se for haploide será 1 e assim por diante, é 1 sob o total de alelos que existe naquele determinado lócus. Assim podemos concluir que um novo alelo mutante em uma população com N=10 tem uma chance de chegar a 100% de e em uma população com N=1000 uma chance de . Vivian Rocha 14 Um mutante neutro tem mais chance de permanecer na população se a população for pequena do que se ela for grande. Então a deriva genética tende a reduzir a variação genética de uma população, pois ela tende a fixar ou a eliminar um alelo, ela faz com que todos sejam homozigotos. Ex.: Eu fiz 100 replicatas da população com N=10, quantas dessas 100 populações terão o alelo A fixado, se o gráfico começa em 0,5? 50%. Se ele começar em 0,9? 90%. Se começar em 0,1? 10%. A seta azul esta medindo a variância da frequência alélica entre as populações ao longo do tempo, a variância da frequência do alelo entre as linhas laranja. Evidentemente no inicio a variância é 0, já que todas as linhas estão no 50%, chega um momento que elas começam a se afastar do 50%, então a variância começa a aumentar. Dentro de uma linha a deriva vai reduzir a diversidade daquela população, essa linha é uma evolução Wright-Fischer. Então dentro de uma replicata a deriva ira reduzir a diversidade, mas entre as linhas ela esta aumentando a diversidade. Prova: A deriva genética reduz a variabilidade genética (frequência de heterozigotos) dentro de uma população, mas aumenta a variabilidade genética entre populações. Essa conclusão esta demostrada nas setas azuis. A deriva genética sozinha é capaz de fazer a diversificação das espécies. Dentro da espécie ele vai levar a uma homogeneidade genética, mas entre espécies ela vai diversificar. Esse gráfico ao lado apresenta 3 dimensões e cada um dos eixos corresponde a respectivamente a frequência do A, tempo em gerações e a frequência de replicatas. Na geração 0 a porcentagem de populações (replicatas) com frequência 0,5 é de 100%. Na segunda geração nem todas as populações (replicatas) estão com a frequência 0,5, umas linhas foram para cima, outras para baixo e outras continuam no meio. A tendência é que a barra do meio caia e a dos lados aumente. Quando a frequência inicial é 50% os dois chifrinhos tem o mesmo tamanho, então sempre cai de forma homogênea, ficando em 50% na ponta do 0 e 50% na ponta do 1. Vivian Rocha 15 10/12/2012 AULA IV - TEORIA DA SELEÇÃO NATURAL Em população hipotética de indivíduos haploides com N=20, 10 indivíduos apresentam a cor laranja e 10 indivíduos a cor azul, nesse caso o genótipo será igual ao fenótipo. G0 Indivíduos Jovens Maturação Sexual Idade Reprodutiva No modelo Wright-Fischer esses indivíduos se reproduzem no pool gamético e a partir deste vai haver uma seleção dos indivíduos que iram compor a próxima geração, isso porque antes desses indivíduos se reproduzirem no pool gamético vai haver uma fase de maturação sexual, onde durante esse evento 4 indivíduos (marcados em preto) morrem antes de chegar a idade reprodutiva. Com esse novo dado que foi inserido no modelo Wright-Fischer (morte de indivíduos) podemos fazer um cálculo importante na biologia evolutiva que é denominado de Fitness que traduzido do inglês é o Valor adaptativo. Fitness (Valor adaptativo) O fitness é representado pela letra W. Fitness Absoluto Iremos calcular a fitness do indivíduo laranja e do indivíduo azul do exemplo dado acima. Dos 10 indivíduos laranja apenas 9 chegaram a idade reprodutiva e dos 10 indivíduos azuis apenas 7 chegaram e iram compor o pool gamético. W0 = 9/10 = 0,9 W0 = 7/10 = 0,7 O resultado dessas divisões 0,9 e 0,7 são denominados de valores adaptativos ou fitness absolutos. Onde comparamos o indivíduo laranja com o próprio indivíduo laranja e o indivíduo azul com o próprio indivíduo azul. Vivian Rocha 16 Fitness relativo O segundo cálculo nos diz o quanto um indivíduo é melhor do que outro. Para isso iremos utilizar o maior valor de fitness absoluto calculado que no caso do nosso exemplo é o 0,9 para ponderar outro fitness que é denominado de fitness relativo. W0 = 0,9/0,9 = 1 W0 = 0,7/0,9 = 0,77 Teremos então 0,9 ponderado por 0,9 e 0,7 ponderado por 0,9. Esses resultados nos dizem que a seleção esta favorecendo o indivíduo laranja, pois para cada indivíduo laranja que chega à idade reprodutiva o azul chega com chance de 0,77%. Quantificação da Seleção O pesquisador esta interessado em estabelecer como a seleção natural altera a frequência alélica e quantificar essa mudança. Então vamos medir a atuação da seleção natural. Antes da atuação da seleção existe uma frequência de indivíduos AA, Aa e aa, depois vem uma parte que é a atuação da seleção que vai ser medida pelo fitness. Com isso irá existir a fitness do indivíduo AA (WAA) do indivíduo Aa (WAa) e do indivíduo aa (Waa). Para saber o valor da frequência genotípica após a seleção, basta calcular segundo o quadro acima. Para caracterizar a ação da seleção natural, ou seja, o quanto a seleção natural atua em um genótipo. Isso significa que quando calculamos as frequências dos genótipos (da população) e soubermos o fitness relativo de cada um desses genótipos conseguimos calcular o ̅̅̅ da população. Para calcular o W médio ( ̅): ̅̅̅ ( ) ( ) ( ) Esse ̅̅̅ é um valor central em estudos de seleção natural, porque a seleção natural SEMPRE irá atuar aumentando ̅̅̅da população. Essa afirmação recebe o nome de Teorema fundamental da Seleção Natural. A seleção natural ao longo das gerações vai sempre aumentar esse ̅̅̅ isso porque ela sempre ira selecionar aquele genótipo que tem o maior fitness e conforme o tempo passa esse genótipo que possui o maior fitness iráaumentar sua frequência. Então a seleção natural é a única força que sempre tende a aumentar o W médio, isso porque ela esta sempre selecionando o melhor genótipo e ao fazer isso ela aumenta o W médio. AA Aa aa G0 Antes da sel. Seleção Wrelativo G0' Após a sel. WAA f(AA) f(Aa) f(aa) WAa Waa ( ) ( ) ( ) Vivian Rocha 17 Paisagens Adaptativas O gráfico que plota fitness médio pela frequência alélica recebe o nome de paisagem adaptativa. A Bolinha é a direção da seleção natural. Seleção Direcional WAA > WAa > Waa O primeiro caso é um caso onde o fitness AA é maior que o fitness do Aa é que maior do que o fitness do aa. Nessas condições esperamos que a frequência AA aumente ao longo das gerações já que este é melhor, ou seja, chega a idade reprodutiva com mais frequência do que Aa e do que o aa. Isso porque a seleção tende SEMPRE a aumentar W médio, pois ela irá selecionar o melhor genótipo. O fitness dessa população é maior quando a frequência do alelo A esta alta, porque a seleção esta mirando nele. O W médio vai ser máximo quando todo mundo for homozigoto AA. Gráfico 8- Seleção Direcional. Gráfico 9- Paisagem Adaptativa da Seleção Direcional. Bolinha: A direção da seleção natural é para cima da rampa, na direção do aumento do W médio. WAA = WAa > Waa Segundo caso é um caso onde o AA tem o fitness igual ao Aa que é maior do que o aa. Nesse caso a seleção natural acha que o AA é igual ao Aa e ambos são melhores que o aa. Esse é o caso de dominância completa, o fenótipo do heterozigoto esta igual ao do AA. A seleção natural não consegue distinguir o AA do Aa, já que este ultimo possui o mesmo fenótipo do AA. O gráfico da frequência alélica nesse caso cresce mais rápido, mais não consegue chegar a 100% porque se o heterozigoto é tão bom quanto o homozigoto dominante com isso a vai sempre ficar escondido no heterozigoto e cresce mais rápido porque agora temos dois genótipos com A contribuindo. Seleção Balanceada WAA > WAa > Waa Nesse caso o heterozigoto possui o maior fitness e, portanto é o genótipo que esta sendo favorecido pela seleção natural. Nessas circunstâncias a frequência do A sobe ate 50%, porque o heterozigoto também tem a. Esta curva só é verdade se o homozigoto recessivo for igualmente ruim ao homozigoto dominante. 0 1 1 2 3 4 f(A) Tg 0 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 W f(A) 1 Vivian Rocha 18 Se a frequência do A começar maior do que 50% ela vai cair, se começar menor vai subir e se começar em 50% não vai ocorrer nada, irá permanecer constante. Com isso todos os valores estão caminhando para o meio. Nesse caso o gráfico W médio pela frequência do A, a melhor composição populacional será quando só houver heterozigoto, quando isso ocorre a frequência do A é 50% e a de a é 50%. Gráfico 10- Seleção Balanceada. Gráfico 11- Paisagem Adaptativa da Seleção Balanceada. Bolinha: Dar um peteleco nessa bolinha significa mudar a frequência do alelo A, com isso este sai de 50% e pode ir, por exemplo, para 30%, quem poderia fazer isso é a deriva gênica. A deriva pode diminuir o W médio da população, mas a seleção natural NUNCA, porque a seleção NUNCA irá selecionar o pior. A seleção a favor do heterozigoto gera um ponto de equilíbrio estável e possui uma paisagem adaptativa que é curva e nesta o topo da montanha é o valor que a seleção natural vai levar a população. Seleção Disruptiva WAA > WAa < Waa É um caso onde o heterozigoto é o pior e os homozigotos são os melhores. Se a frequência do A começar em 50% ela permanece igual, se ela começar abaixo de 50% ela cai, isso porque se este valor esta a baixo significa que o valor de a esta alto, essa vantagem inicial que o a possui é o suficiente para leva-lo a fixação e a consequente eliminação do A, o mesmo ocorre se a frequência do A for em 0,4999 a frequência vai cair. Entretanto se a frequência do A começar em 0,5001 ele vai subir. Gráfico 12 - Seleção Disruptiva. Gráfico 13 - Paisagem Adaptativa da Seleção Disruptiva. Esse vai ter um equilíbrio instável. Desses três tipos o mais importante é o gráfico 12 que é utilizado para estudar especiação. 0 1 1 2 3 4 5 6 f (A) Tg Equilíbrio Instável 0 1 1 2 W f (A) 0,5 1 Vivian Rocha 19 I Pool Gamético II II 14/12/2012 AULA V - REDUÇÃO DA HETEROZIGOSIDADE A aula de hoje esta relacionada com a aula de deriva e de endocruzamento. Uma das coisas importantes que aprendemos com a deriva genética é que esta ao atuar na população a longo prazo leva a homozigosidade, com isso a diversidade dentro da população decresce. O endocruzamento possui essa mesma característica, ambos reduzem a heterozigosidade. Hoje iremos estudar como essa redução da heterozigosidade pode ser medida e interrompida usando a entrada de alelos novos por mutação. G0 N = 5 G1 N = 5 G2 N = 5 I - Ao formar o individuo de G1 a molécula de G0 foi sorteada duas vezes no pool gamético formando um autozigoto. II - Em G2 temos um indivíduo onde à molécula mãe que gerou ele esta em G0, ou seja, a molécula mãe esta na geração dos avós. A autozigosidade é quando um indivíduo homozigoto onde os alelos são idênticos por descendência, vindo da mesma molécula mãe de DNA. A autozigosidade é uma medida que é representada por uma letra F: O endocruzamento esta intimamente associado a isso. O F na aula de endocruzamento é o desvio do EHW, que era o que o endocruzamento causava, então esperávamos ter mais heterozigotos do que observava e esse desvio era o F. Quando falamos da probabilidade de autozigosidade, ou seja, de forma um indivíduo onde os dois alelos que ele recebe vieram de uma única molécula mãe evidentemente estamos falando de algum grau de consanguinidade, algum nível de endocruzamento, por isso que estas medidas estão associadas. Elas estão relacionadas porque o F de alguma maneira mede essa consanguinidade. Vamos estudar a redução da heterozigosidade pelo aumento da homozigosidade. Vivian Rocha 20 Probabilidade de Autozigosidade Esse Ft é a probabilidade de autozigosidade, ou seja, a chance de formar um autozigoto. A derivação da formula da probabilidade da autozigosidade vai levar em consideração a via I e a via II. A probabilidade de formar um autozigoto deve considerar duas coisas: o indivíduo pode ser autozigoto se os dois alelos coalescem na geração dos pais ou não coalescem nos pais, mais coalesce no passado com chance de Ft-1. Por tanto esse modelo é acumulativo. I II ( ) Modelo dos Alelos Infinitos Nos calculamos a probabilidade do homozigoto autozigoto, mas queremos calcular a probabilidade de todos os homozigotos para chegar ao heterezigoto. Essa formula vai ser inserida no modelo mais simples de mutação que existe em genetica de populações que é o modelo dos alelos infinitos. Nesse modelo a autozigosidade (F) é igual à homozigosidade. Sendo assim teremos uma forma de calcular o decaimento da heterozigosidade (1-F).Nesse modelo todo homozigoto é autozigoto e toda mutação gera sempre um novo alelo. Essa taxa de mutação será representada por μ. Para formar um homozigoto não pode ter ocorrido mutação, então a chance de não ocorrer mutação é 1 - . Inserindo a mutação na formula ( ) ( ) ( ) O termo ( ) analisa a possibilidade desse indivíduo coalescer na geração anterior e não ter ocorrido mutação em nenhum dos dois alelos. Isso porque estamos falando de homozigoto autozigoto, portanto se houvesse ocorrido uma mutação haveria mudança alélica, desta forma teríamos um heterozigoto. Sabemos que por ação de deriva gênica e por ação do endocruzamento a frequência de homozigotos aumenta ate chegar a 100% neste cenário a mutação é igual a 0 ( = 0). Se a homozigosidade (F) cresce a tendência é que a heterozigosidade (H) que é 1 - F caia, isso só ocorre se = 0. Se a taxa de mutação for maior que 0 ( > 0) não vai haver 100% de homozigotos, com isso a taxa de homozigotos reduz e a taxa de heterozigotos aumenta, ou seja a mutação faz com que apareça os novos heterozigotos. Vivian Rocha 21 Com isso a taxa de mutação salva as populações naturais de ficar com 100% de homozigotos, em função da mutação a diversidade genética medida pela heterozigosidade aparece. Na presença de uma taxa constante de mutação as taxas de heterozigosidade e de homozigosidade vai apresentar mais ou menos uma constância, um equilíbrio dinâmico, isso porque algumas mutações que aparecem a deriva também elimina. Na situação de equilíbrio : Automaticamente se já possuímos esse valor de F e queremos medir a heterozigosidade de equilíbrio que vamos chamar de ̂. Para calcular esse valor vamos dizer que transformando a formula de desenvolvendo esta. Ht Ht-1 ̂ Equilíbrio mutação-deriva A mutação joga a favor da heterozigosidade e a deriva joga contra, fazendo disso um “cabo de guerra” que se equilibra. A deriva quer reduzir a heterozigosidade e a mutação aumentar. Essa equação nos diz a quantidade heterozigotos que esperamos com ação da deriva genética e mutação. Temos um valor que vai nos dizer a heterozigosidade de equilíbrio que esperamos quando a população não é infinita e ocorre mutação. O equilíbrio é atingido porque a taxa de inserção de novos alelos por mutação é equivalente à taxa de perda por deriva. Vivian Rocha 22 17/12/2012 AULA IV - SUBESTRUTURA POPULACIONAL Hoje nos vamos continuar estudando os desvios de heterozigosidade em relação ao esperado pelo equilíbrio. Na aula de endocruzamento estudamos que o índice de fixação [ ] . Hoje iremos expandir essa noção de medição do desvio da heterozigosidade em relação ao esperado pelo equilíbrio. É importante estudar esses desvios da heterozigosidade por eles alteram o que esperamos a cerca de diversidade genética. Hoje é a primeira aula onde o espaço irá entrar na historia. O espaço resulta em um isolamento, esse isolamento pode ser medido. Novamente iremos utilizar o F para avaliar quanto perdemos de heterozigotos e isso vai ser a medida do isolamento populacional. 1. F1( ) = 4/10 F1( ) = 6/10 H1 = 2/5 2. F2( ) = 8/12 F2( ) = 4/12 H2 = 2/6 3. F3( ) = 1/8 F3( ) = 7/8 H3 = 1/4 HT Em cada uma dessas regiões existem indivíduos cujos genótipos são mostrados. Se os indivíduos possuírem livre acesso entre os fragmentos 1, 2 e 3 a heterogeneidade entre esses fragmentos vai ser baixa. Para cada uma dessas regiões espaciais foi calculado a frequência do alelo laranja, do alelo verde e o valor da heterozigosidade. Agora vamos definir três heterozigosidades diferentes: A primeira é a media das heterozigosidades observadas. Vivian Rocha 23 A segunda é a media das heterozigosidades esperadas pelo EHW que é o 2pq. O p no nosso exemplo vai ser a frequência do laranja e o q do verde, mas pode ser o contrario (tanto faz), isso não muda nada na formula. A terceira é a media da frequência de um alelo vezes a media da frequência do outro alelo. Observado ∑ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗ [ ] Subpopulação 2.pq1 2.pq2 2.pq3 ∑ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗ [( ) ( ) ( )] Total ( ) ̅̅ ̅̅ ̅̅ ̅ ( ) ̅̅ ̅̅ ̅̅ ̅ ̅ ̅ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗⃗ ⃗ ( ) ( ) Se as regiões 1, 2, e 3 do espaço estivessem trocando indivíduos livremente, não haveria nenhum tipo de limitação sendo portanto uma coisa só, então não haveria diferença entre as heterozigosidades observadas. Esse índice de fixação mede a diversidade genética no espaço, mede a subdivisão. Se essas populações forem panmíticas e houver fluxo gênico livre entre elas não vai haver diferença entre Hs e Ht, o FST será 0, isso significa então que não há estruturação espacial (espaço bem definido geneticamente), ou seja, elas não estão isoladas geneticamente. Então essa é uma medida que diz se esses espaços estão realmente isolados e o quanto por cento eles estão. Se Hs fosse completamente diferente de Ht teríamos um FST de 1, pois eles estão 100% isolados. Esse índice de fixação mede se as regiões do espaço estão em equilíbrio, ou seja, mede o desvio do equilíbrio. Quando as subpopulações não estão em EHW (quebra de panmixia = endocruzamento) encontramos um desvio, um FIS maior do que 0. Esse índice de fixação compara as subpopulações com o total. Ele mede tudo, ele vê a divisão + o que esta sendo perdido em função do desvio do equilíbrio. Ele compara duas medidas que assumem o equilíbrio só que uma assume o equilíbrio para todo mundo e a outra assume o equilíbrio para cada uma das regiões isoladamente. Se houver diferença no valor, essa diferença é em função da divisão das populações.
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