3 avaliações de biologia molecular (30 questoes)

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1)A técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR) se refere à replicação in vitro de um fragmento de DNA. Sobre o PCR, assinale a alternativa CORRETA:
A- O processo do PCR não necessita da utilização de nucleotídeos.
B- A ligação dos primers à fita de DNA é denominado como desnaturação.
C- A enzima DNA polimerase humana é uma das principais responsáveis pelo sucesso da técnica in vitro.
D- O processo de replicação in vitro, depende do uso de primers (oligonucleotídeos sintéticos), com sequências de 18 a 22 nucleotídeos, que seja complementar ao gene de interesse.
2) O processo de replicação do DNA é relativamente simples, envolvendo diversas enzimas para que a síntese de uma nova fita de DNA seja realizada. Com base nas enzimas envolvidas no processo de replicação in vivo, analise as sentenças a seguir:
 I- A enzima DNA polimerase realiza a adição de novos nucleotídeos à nova fita do DNA que está sendo sintetizada, podendo atuar de modo independente do sentido da fita (3'-5' ou 5'-3'), já que não necessitam de iniciadores.
 II- As primases são enzimas responsáveis por adicionar primers (iniciadores) à fita de DNA que está sendo sintetizada, pois a DNA polimerase necessita de uma extremidade 3' disponível para a inserção do novo nucleotídeo.
 III- As enzimas, DNA girase e helicase, são as responsáveis por abrir a dupla fita de DNA, e cortar as pontes de hidrogênio entre os nucleotídeos, permitindo, assim, a separação da fita e síntese de uma nova fita.
As sentenças II e III estão corretas.
3) A escolha do gel para a técnica de eletroforese deve-se dar através do tamanho da molécula a ser isolada e do objetivo do isolamento. Com base nas matrizes de agarose e poliacrilamida para a técnica de eletroforese em gel, analise as sentenças a seguir:
 I- A poliacrilamida pode separar fragmentos de DNA com até mesmo uma única base nitrogenada de diferença.
 II- A agarose, apresenta menor resolução, ou seja, cada banda presente no gel, representa um agrupamento de moléculas de tamanho semelhantes. 
III- No gel de poliacrilamida, uma menor faixa de tamanho das moléculas pode se movimentar, enquanto fragmentos maiores de DNA podem migrar facilmente no gel de agarose.
As sentenças I, II e III estão corretas.
4) Com o passar do tempo, as técnicas de sequenciamento ficaram mais sofisticadas e automatizadas. Sobre o sequenciamento de segunda geração, analise as sentenças a seguir:
 I- O Next Generation Sequencing (NGS) não utiliza nucleotídeos terminadores de cadeira, permitindo a criação de plataformas mais eficientes e rápidas.
 II- Os métodos de segunda geração compreendem o uso de plataformas portáteis com processamento rápido e eficiente, em plataformas do tamanho de um pen drive. III- Os métodos de segunda geração compreendem o pirosequenciamento, o sequenciamento por síntese, sequenciamento por terminação de cadeia reversível, sequenciamento por hibridização e ligação, dentre outros.
As sentenças I e III estão corretas.
5) [Laboratório Virtual - Extração e Purificação de DNA e RNA] Conforme o sumário da prática, os ácidos nucleicos apresentam características estruturais específicas, que permitem que sejam isolados e manipulados para diversos tipos de aplicações. A técnica de hibridização in situ, por exemplo, baseia-se na complementaridade das fitas de DNA ou RNA, utilizando sondas fluorescentes para a detecção da fita complementar em uma determinada amostra. Essa técnica permite o estudo da expressão gênica. Outra técnica, que também tem o mesmo princípio e finalidade, é a reação em cadeia da polimerase transcriptase reversa (RT-PCR), muito utilizada no diagnóstico de algumas infecções e doenças. Considerando esses aspectos, o primeiro passo para a maioria das técnicas citadas é o isolamento e a purificação das moléculas de DNA e RNA. O processo de extração do DNA pode ser dividido em etapas. 
Com relação às etapas visualizadas na aula prática, assinale a alternativa CORRETA:
A segunda etapa é denominada como Etapa de Ligação, em que é adicionado álcool 96% no eppendorf, homogeneizado, e 640 µl são transferidos para o tubo spin.
6) O sequenciamento Shotgun, o qual é aplicado como estratégia para o sequenciamento de grandes sequências de nucleotídeos, especialmente genomas inteiros dos mais diversos organismos. Sobre o sequenciamento Shotgun, avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas: 
I- Devido ao grande volume de informação gerado por esse procedimento, é necessário que programas computacionais sofisticados sejam utilizados para a determinação da sequência do material em estudo.
PORQUE II- Na técnica Shotgun, o material clonado é sequenciado diversas vezes, fornecendo uma quantidade de dados de cerca de 10 vezes o tamanho do material genético que está sendo estudado, assegurando que todos os nucleotídeos presentes no material genético sejam detectados e inseridos na sequência final do DNA.
As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
7) [Laboratório Virtual - Extração e Purificação de DNA e RNA] Segundo o sumário da aula prática, as amostras contendo o DNA ou RNA purificados devem ser: 1) ressuspensas em um tampão e armazenadas em tubos, ambos “livres” de enzimas que possam degradá-las (como DNAse ou RNAse – nucleases); e 2) mantidas em baixas temperaturas (-20 ºC ou - 80 ºC). Todos os procedimentos devem ser realizados com luvas para evitar a degradação das amostras, devido à presença de nucleases nos fluidos corporais das mãos. De acordo com o processo de extração de DNA e RNA identificado na prática, associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Etapa de Lise.
II- Etapa de Ligação.
III- Etapa de Lavagem.
IV- Etapa de Eluição.
( I  ) Pipete 25 µl da Proteinase K no tubo Eppendorf. Em seguida, pipete 200 µl da amostra de sangue no mesmo tubo e, por último, pipete 200 µl do tampão lise S no tubo. Tampe o Eppendorf e homogeneíze no Vórtex por 20 segundos. Após esse tempo, incube o Eppendorf por 15 min.
( II ) Pipete 210 µl de álcool 96% no Eppendorf e homogeneíze de novo no Vórtex. Em seguida, pipete 640 µl do Eppendorf para o tubo spin e centrifugue a 11.000 rpm por 1 minuto. 
( III) Retire o Eppendorf da centrífuga, descarte o tubo de coleta e coloque o tubo spin em um novo tubo de coleta. Em seguida, pipete 500 µl do tampão de lavagem SI no tubo spin e centrifugue novamente. Repita o mesmo processo de troca de tubo de coleta, porém a lavagem utilizará 600 µl do tampão de lavagem SII, e centrifugue novamente. Por fim, repita o mesmo processo da troca do tubo de coleta e centrifugue novamente.
( IV ) Retire o Eppendorf da centrífuga, descarte o tubo de coleta e coloque o tubo spin em um novo tubo de coleta. Em seguida, pipete 200 µl do tampão de eluição S no tubo spin, espere 1 minuto e centrifugue a amostra.
CORRETA: I - II - III - IV.
8) O processo de transcrição reversa, é uma das técnicas mais utilizadas na área de pesquisa de expressão gênica. Essa técnica é conhecida como RT-PCR, ou transcrição reversa, seguida por PCR. Com base no RT-PCR, analise as sentenças a seguir:
 I- O RT-PCR avalia a expressão diferencial do mRNA, o qual será convertido em DNA complementar (cDNA).
 II- A enzima transcriptase reversa (RT) é responsável pela síntese de uma fita de DNA, utilizando como molde uma fita simples de RNA. 
III- A técnica de RT-PCR é realizada em 40 ciclos, para formação de uma quantidade adequada de cDNA.
As sentenças I e II estão corretas.
9) As bibliotecas de DNA e cDNA são essenciais para manter e replicar um fragmento clonado por tempo indeterminado. Sobre essas técnicas, associe os itens, utilizando o código a seguir:
 I- Biblioteca de cDNA.
 II- Biblioteca de DNA.
 III- Hibridização em colônia.
 (III ) Técnica que detecta os fragmentos do DNA de interesse com sondas específicas em meio de cultivo sólido.
 (II ) Clonagem de fragmentos aleatórios do DNA, permitindo a sua identificação, isolamento e sequenciamento do genoma.
 (I ) Clonagem de mRNAs, em que cada célula/tecido pode originar uma biblioteca diferente, considerandoo padrão de expressão gênica específico, relacionado sempre a sua função.
III - II - I.
10) A descoberta da estrutura do DNA, por James Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins e Rosalind Franklin, em 1950, possibilitou o entendimento a respeito da replicação e transmissão da informação genética de uma célula à outra. Sobre o DNA, assinale a alternativa CORRETA:
O DNA é uma estrutura em dupla hélice, composta pela pentose, denominada desoxirribose, os nucleotídeos, adenina, timina, citocina e guanina, e fosfato.
11) Com a biotecnologia da transcriptômica, proteômica e metabolômica, tornou-se possível analisar todo o conjunto que esteja sendo expresso em um determinado tipo celular em diferentes fases de desenvolvimento de um organismo. Sobre as funções das "ômicas", avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas:
 I- As "ômicas" permitem obter informações relativas à progressão de doenças, à influência de fatores ambientais sobre os processos biológicos que estejam sendo investigados, ou ainda, determinar biomarcadores específicos para uma determinada condição.
 PORQUE II- Com o desenvolvimento e aplicação das "ômicas" obtêm-se informações ou dados em larga escala, capazes de elucidar respostas biológicas complexas.
As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
12) [Laboratório Virtual - Cromatografia em coluna e em camada delgada] Para realizar a cromatografia, inicialmente é necessário preparar a coluna cromatográfica. Esse preparo exige que alguns passos sejam seguidos. De acordo com o método para preparar a coluna cromatográfica, ordene os itens a seguir:
I- Colocar um algodão na bureta com o auxílio do bastão de vidro e acoplar o funil.
II- Adicionar a solução de hexano, armazenada na pisseta, no béquer contendo sílica em gel (béquer 1).
III- Com o auxílio do bastão de vidro, misture o hexano com a sílica em gel. Em seguida, transfira o conteúdo do béquer 1 para a bureta. Depois, sedimente o adsorvente da proveta com os dedos.
(  I ) Primeira etapa.
( II ) Segunda etapa.
(III ) Terceira etapa.
13) Uma das abordagens efetuadas pela genômica funcional se trata da atribuição de anotações funcionais para os possíveis genes encontrados nos genomas. Para tanto, o genoma é vasculhado em busca de regiões que possivelmente codifiquem para proteínas. Classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: 
(V) A genética reversa se dá a partir da observação de um DNA ou de uma proteína que não se saiba qual a origem genética, ou seja, que não se tenha informação sobre os genes associados.
 (V) Através da genética reversa, estuda-se a função de uma proteína desconhecida que pode ser investigada, de maneira reversa ao processo de síntese proteica. 
(F) Os genes não podem ser submetidos a experimentos de mutagênese in vitro para a investigação de outras informações relativas à funcionalidade.
14) A função do genoma pode ser investigada por meio da supressão da função gênica e, para tanto, algumas técnicas podem ser aplicadas, como, por exemplo, a promoção de mutações gênicas diretamente no DNA, a interferência na expressão gênica com a utilização de RNA de interferência (iRNA). Sobre os RNAs de interferência (iRNAs), assinale a alternativa CORRETA:
Os iRNAs modificam a expressão ou tradução gênica, não afetando o DNA diretamente.
15) A genômica estrutural é o estudo da estrutura propriamente dita do genoma, sendo seu principal objetivo atrelado à possibilidade de manipulação de fragmentos do DNA ou de seus genes in loco. Sobre a genômica estrutural, associe os itens, utilizando o código a seguir:
 I- Mapas cromossômicos de alta resolução.
 II- Mapas cromossômicos de baixa resolução.
 III- Mapas cromossômicos físicos.
 (II) A primeira etapa se baseia na ocorrência de um alelo que não esteja presente no mapa cromossômico, em uma região com marcadores já mapeados. Dessa forma, pode-se definir em qual cromossomo aquele novo alelo ocorre.
 (I) A segunda etapa determina a posição dos genes dentro de cada cromossomo, fornecendo informações mais precisas sobre esses gene e marcadores no genoma.
 (III) A terceira etapa aplica diferentes técnicas determinando um mapa físico do genoma e ocorre o sequenciamento.
16) Diferentemente do genoma, que é idêntico em todas as células somáticas de um mesmo organismo, uma importante característica do transcriptoma é ser específico em cada tipo celular e se apresenta de maneira bastante variável a diferentes condições, refletindo efeitos de diferentes estímulos, sejam eles químicos, fisiológicos, patológicos, entre outros. Sobre as técnicas utilizadas para análise do transcriptoma, assinale a alternativa CORRETA:
Tanto a metodologia utilizada pela EST quanto a ORESTES, comparam os dados obtidos com bancos de dados disponíveis, como o BLAST, a fim de identificar os genes correspondentes.
17) O proteoma representa todo o conjunto de proteínas expressas em determinado momento, em um determinado organismo, tecido, célula ou até mesmo em bio-fluídos, como plasma ou muco. Através desta avaliação, é possível conhecer as proteínas que compõem esse proteoma, bem como processos biológicos em que elas possam estar envolvidas. Com base na avaliação de proteínas, analise as sentenças a seguir:
 I- O método 2D-DIGE (eletroforese de fluorescência diferencial em gel 2D) tornou possível a avaliação concomitante das proteínas presentes em duas ou mais amostras, executando as corridas no mesmo gel.
 II- O método clássico para a avaliação de proteínas consiste na aplicação da técnica de eletroforese bidimensional em gel de acrilamida (2DE), o qual se aplica para a análise da expressão diferencial das proteínas entre duas amostras distintas. 
III- Os métodos 2DE e 2D-DIGE são muito eficientes e são capazes de identificar a sequência de aminoácidos que compõem uma proteína.
As sentenças I e II estão corretas.
18) Conhecendo estes conceitos básicos e sabendo que o processo de recombinação gênica que acontece na meiose é um processo ordenado em eucariotos, é possível inferir a frequência em que essa recombinação ocorre para cada um dos genes e, assim, determinar sua posição relativa no cromossomo. Sobre a recombinação cromossômica, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas:
 I- Genes heterozigotos não geram nova conformação de alelo, uma vez que ambos os alelos são iguais. 
PORQUE II- Genes homozigotos apresentam dois genes que podem se apresentar como dominantes ou recessivos. As asserções I e II são proposições falsas.
19) [Laboratório Virtual - RT-PCR] Segundo o sumário da aula prática, em um contexto mais atual de sua importância, pode-se dizer que, na pandemia de COVID-19, o RT-PCR em tempo real é um dos métodos de melhor utilização e confiabilidade para detectar o RNA viral no SARSCoV-2. De acordo com essa prática, assinale a alternativa CORRETA:
Inicialmente, preparamos a reação de transcrição reversa e em seguida a polimerização.
20) Embora a frequência de variações no genoma não seja alta, quando uma determinada variação ocorre em pelo menos cerca de 1% da população, o que a torna uma variação comum, essa variação passa a ser tratada como um polimorfismo genético. Com base nos polimorfismos, analise as sentenças a seguir:
 I- Os polimorfismos genéticos podem ser gerados por mudanças como deleção, duplicação ou inversão de apenas um ou vários pares de bases nitrogenadas na sequência do DNA.
 II- As alterações no DNA podem ocorrer na região codificadora (éxon) e na região não codificadora (íntron) de um gene.
 III- Os polimorfismos em regiões reguladoras não podem afetar o fenótipo do indivíduo.
As sentenças I e II estão corretas.
21) Existem diferentes técnicas de ionização que podem ser aplicadas aos peptídeos, sendo as principais delas a ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI) e a ionização por eletro spray (ESI). Sobre os processos de ionização utilizados nas análises de proteômica, CORRETO:
A ionização por MALDI é considerada branda, sendo aplicáveis a moléculas sensíveis como DNAe proteínas.
22) 2[Laboratório Virtual - RT-PCR) Segundo o sumário da aula prática, a transcrição reversa seguida de reação em cadela da polimerase (RT-PCR-reverse transcription polymerase chain reaction) é um método de biologia molecular utilizado desde o início da década de 1980. A partir de conhecimentos em virologia baseados em enzimas responsáveis pela replicação viral, os cientistas estudaram a atividade da enzima transcriptase reversa (RT - reverse transcriptase). Sobre os reagentes utilizados na reação de RT-PCR, analise as opções a seguir:
I-Amostra de RNA e Transcriptase reversa.
II- Primer F. primer Re OligoDT.
III-Buffer e MgC12.
I – II – III estão corretas
23) A sigla CRISPR vem do ingles Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats e pode ser traduzida como grupos de repetições palindromicas curtas e regularmente interespaçadas. Já o Cas 9 se refere à nuclease que se encontra associada ao sistema CRISPR Com base na técnica CRISPR-Cas9, analise as sentenças a seguir:
I- Uma molécula de RNA guia (gRNA) é inserida em uma sequência maior de RNA. Quando em contato com o DNA, o gRNA se liga uma a sequência específica do DNA. indicando para a enzima Cas9 onde o DNA deve ser cortado.
II-Os mecanismos de reparo de DNA presentes na célula é ativado e utilizado para a inserção, exclusão de pares de bases do DNA ou para efetuar a substituição de segmentos inteiros de DNA por segmentos de DNA personalizados.
III- Os efeitos da edição do genoma em células e animais experimentais, pois essa ferramenta se mostra bastante promissora para o tratamento de doenças relacionadas a determinados genes, como a fibrose cistica e a hemofilia, e para auxiliar no tratamento de outras doenças, como o câncer.
Assinale a alternativa CORRETA: 1,2 e 3 corretas.
25) As ciências ômicas buscam o entendimento do funcionamento celular dos organismos e suas alterações biológicas. A era das diferentes ciências "ômicas" está intimamente relacionada entre si. Sobre as "ômicas". associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Transcriptoma.
Il-Proteoma.
III-Metaboloma.
() Estudo das proteínas e enzimas expressas.
() Estudo dos metabólitos resultantes de processos biológicos.
( ) Estudo do RNA mensageiro, ou seja, quais genes são lidos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência correta:
2 -3 – 1
26) A genômica estrutural busca determinar qual é esse local e onde estão os marcadores associados a cada um dos genes encontrados. Sobre os termos utilizados para denominar os locals de um cromossomo, assinale a alternativa CORRETA:
O termo locus se refere ao local ou posição ocupada por um gene em um determinado cromossomo.
27) No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteinas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise quimica e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
() As proteinas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteinas com massas similares.
( ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga liquida se torne negativa, ou seja, o processo de lonização não é necessário.
( ) A cromatografia liquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas.
( ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese.
sequência CORRETA: V F V V
28) Durante o Projeto Genoma Humano, duas grandes frentes de trabalho independentes foram organizadas, uma formada por cerca de 5.000 cientistas em um consórcio público e a segunda por meio da iniciativa privada da empresa Celera Genomics, cujo objetivo era patentear os genes sequenciados. Com base nas técnicas utilizadas para o sequenciamento, analise as sentenças a seguir:
I- O shotgun hierárquico sequenciava através da fragmentação do DNA total, que era clonado a partir de diferentes tamanhos de fragmentos de 2 mil. 10 mil e 130 mil pares de base.
II-O shotgun de genoma inteiro formava três bibliotecas de DNA, com diferentes tamanhos de fragmentos. 
III-O shotgun hierárquico utilizava como vetor plasmideos bacterianos comuns, a fim de sequenciar diferentes tamanhos de fragmentos do genoma completo.
SOMENTE A 2 ESTÁ CORRETA
29) No estudo metabolomico necessita-se da comparação do perfil de metabólitos entre distintas amostras, o que implica que o objetivo do estudo seja previamente definido para direcionar a extração quando ela for necessária, especialmente nos casos em que se deseja quantificar os metabolitos, pois cada solvente irá extrair um perfil diferenciado de metabólitos. Após a extração, os solventes devem ser evaporados para evitar contaminação nas etapas de fracionamento, detecção e quantificação. Sobre as técnicas para quantificação de metabólitos, associe os itens, utilizando o código a seguir:
I - Cromatografia gasosa - espectrometria de massas (GC- MS).
II- Cromatografia liquida-espectrometria de massas (LC- MS).
III-Ressonância magnética nuclear (RMN).
( ) Essa técnica permite a detecção simultanea dos diferentes tipos de metabolitos, não degradando as moléculas e permitindo que a amostra seja recuperada para análises posteriores.
( ) Técnica mais indicada para o fracionamento de composto apolares e de menor peso molecular, associada à espectrometria de massas
( ) Técnica acoplada a espectromia de massas indicadas para compostos polares, de maior peso molecular ou que não possam ser submetidos ao aumento de temperatura. 
Correto: 3 – 1 – 2 
30) Os polimorfismos podem ser diferentes tipos, como polimorfismos de nucleotideo único (SNP) ou polimorfismos promovidos por inserções ou deleções no DNA, chamadas de polimorfismos indel, os quais podem ser do tipo polimorfismo no número de cópias (CNP), polimorfismo repetido em tandem curta (STRP) ou polimorfismo de repetição em tandem de número variável (VNTR). Sobre os polimorfismos, assinale a alternativa CORRETA: O polimorfismo de nucleotideo único ocorre em um único nucleotideo.