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UNIVERSIDADE PAULISTA – UNIP RELATÓRIO DE AULAS PRÁTICAS CURSO: Biomedicina DISCIPLINA: Bioengenharia e Biotecnologia Aplicada à Biomedicina NOME DO ALUNO: Michelle dos Anjos Viana Bucci R.A: 2105755 POLO: Praia Grande - Tupi DATA: 07/03/2023 TÍTULO DO ROTEIRO: Bioengenharia e Biotecnologia Aplicada à Biomedicina INTRODUÇÃO Bioengenharia é a área que aplica as técnicas e ferramentas de desenvolvimento da Engenharia para desenvolver análises e tecnologias em sistemas biológicos ou utilizando os princípios biológicos. O termo biotecnologia refere-se ao uso de sistemas biológicos (como células ou tecidos) e moléculas derivadas (como enzimas) para produzir produtos comerciais. Mudou a forma como nos alimentamos, produzimos remédios, organizamos indústrias e interagimos com os animais. Também permite a criação de alternativas para um estilo de vida mais sustentável e menos agressivo ao meio ambiente. A maioria das leveduras pertence à ordem Saccharomycetales, da classe dos Ascomycetes. Entre as 350 espécies conhecidas de leveduras, a mais comum, Saccharomyces cerevisae, é usada no processo de fermentação para produzir, por exemplo, o álcool do vinho e o gás carbônico que causa o crescimento do pão. As leveduras são ricas em proteína, sais minerais, carboidratos, e vitamina B por isto, também são usadas para enriquecer as dietas humana e animal. Possuem uma parede rígida, constituída principalmente por manana e glucana (ambos sacarídeos), além de proteínas e lipídeos. No citoplasma, além dos componentes normais, encontramos um ou mais vacúolos, mitocôndrias, retículo citoplasmático, ribossomos e, freqüentemente, grânulos de material de reserva (hidratos de carbono, gorduras e proteínas). O núcleo é envolvido por uma membrana nuclear, característica dos organismos eucarióticos. Sua reprodução pode ser desenvolvida sexuada ou assexuadamente. Algumas leveduras são cultivadas especificamente para uso no processo de fermentação ou para uso por cientistas em suas pesquisas. A maioria das leveduras, porém, existe como uma parte selvagem do ambiente natural e cresce em plantas e animais ou dispersas pelo ar ou água. O sequenciamento é uma técnica utilizada para determinar qual é a sequência de nucleotídeos. Para sua realização, pode-se coletar uma pequena amostra de sangue periférico, saliva ou medula óssea. Estes materiais são processados e as células são separadas para a extração do DNA. O DNA extraído passa por várias etapas, que incluem sua purificação e amplificação. Neste material, são adicionadas moléculas fluorescentes que se ligam à fragmentos da sequência e cada nucleotídeo possui uma cor específica de fluorescência. Estes fragmentos passam por eletroforese e a cor emitida é lida em um aparelho. Esta informação forma um gráfico com as cores de cada nucleotídeo. Desta forma, através da emissão das cores é possível saber qual a sequência das letras. Este gráfico é então comparado com sequências normais armazenadas em um banco de dados. Se houver uma alteração significativa na ordem das letras, é possível identificá-la. AULA 1 ROTEIRO 1 Extração de DNA Na experiência desta aula, realizamos a extração do DNA do morango e da cebola. Para este tipo de experiência, o morango é o mais utilizado por ser mais didático. Ele é um octâmero, ou seja, tem oito cópias do mesmo cromossomo. É um pseudofruto, seu DNA fica no núcleo, ou seja, é eucariota, e é usado a ação mecânica (maceração) para romper o seu tecido. Seguem abaixo o passo a passo e imagens de todo o processo: PROTOCOLO DE EXTRAÇÃO DO MORANGO: 1. Retiramos os cabos do morango e macerá-lo no cadinho com a ajuda do pistilo; 2. Adicionamos por volta de 12 ml da solução detergente; 3. Adicionamos uma colherzinha de NaCl; 4. Misturamos vigorosamente; 5. Coamos a mistura no béquer com o funil e o papel-filtro; 6. Adicionamos, devagar, o álcool gelado pela borda do tubo, até formar uma camada 2 vezes a quantidade da solução obtida; 7. Aguardamos alguns minutos até a formação do DNA (10 minutos); 8. Recolhemos o DNA para um tubo eppendorf ou um tubo cônico, com a ajuda de um palito de madeira ou da micropipeta com ponteira; 9. Lavar com álcool (etanol) bem gelado e desprezar o sobrenadante vagarosamente. Figuras 1, 2, 3, 4 e 5 – Processo de extração de DNA do morango. Fonte: Própria. PROCEDIMENTO DE EXTRAÇÃO DO DNA DA CEBOLA: 1. Colocamos 10 mL de detergente e uma pitada de sal (1 colher de café), em 20 mL de água num copo, e misturamos bem; 2. Colocamos a cebola picada no copo com a solução de detergente e levamos ao banho maria por, exatamente, 15 minutos, a 60 ºC; 3. Resfriamos a mistura, colocando o copo no gelo, por cerca de 5 minutos, mexendo periodicamente; 4. Bata a mistura resfriada no liquidificador por, exatamente, 5 segundos (opcional); (essa parte não fizemos) 5. Filtramos a mistura, recolhendo o filtrado em um copo limpo; 6. Adicionamos, lentamente e pela borda do copo, cerca de 20 mL de álcool etílico comercial gelado; 7. Esperamos alguns minutos. Bolhas se formaram e o DNA precipitou; 8. Mergulhamos o bastão de vidro no copo fazendo movimentos circulares cuidadosos. Não mexer muito as camadas para não quebrar as moléculas de DNA; 9. Os “fios” esbranquiçados e grudentos formados são aglomerados de muitas moléculas de DNA e ficaram presos na ponta do bastão de vidro. Deixamos secar sobre uma estante e ressuspendemos o DNA em água ou em solução de cloreto de sódio, a 4%. Figuras 6, 7, 8, 9 e 10 – Processo de extração de DNA da cebola. Fonte: Própria. Após a extração, analisamos o DNA por eletroforese. A eletroforese é usada para separar, identificar e purificar fragmentos de DNA, é bastante sensível, capaz de detectar até 20 pg de DNA e permite a recuperação dos fragmentos após a separação. Para este procedimento, utilizamos o gel de agarose 1% (1g) + brometo de etídio (marcador molecular, agente intercalante de DNA). No preparo da amostra foi utilizado 5 μl de DNA e 3 μl de Loading Buffer roxo. Aplicamos o DNA no equipamento de eletroforese e foi possível identificá-lo pelas luzes fluorescentes como mostra em uma das imagens abaixo: Figuras 11, 12 e 13 – Processo de Eletroforese. Fonte: Própria. AULA 1 ROTEIRO 2 Desenho de Oligonucleotídeos (primers) Na experiência realizada nesta aula, nos foi ensinado a introduzir os bancos de dados de anotação genômica e apresentar as ferramentas de bioinformática, como o primer blast. Os oligonucleotídeos iniciadores (primers) são necessários para a síntese de DNA in vitro. O desenho de iniciadores adequados é importante para o bom rendimento da reação de PCR. O iniciador direto (forward) amplifica fragmentos na mesma direção da transcrição, enquanto o iniciador reverso (reverse) amplifica fragmentos na direção inversa à transcrição. Atualmente, estão disponíveis diversos softwares para o desenho de primers. Contudo, certas recomendações devem ser seguidas e a análise visual detalhada é primordial para a escolha do par correto. Os primers são muito importantes nas reações de PCR, em tempo real, para o diagnóstico da COVID-19. Para a realização dessa reação são desenhados primers específicos para as 3 regiões do RNA viral, o gene que codifica para o nucleocapsídeo (N), o que codifica para RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) e o envelope (E). A avaliação desses genes por PCR, em tempo real, permite avaliar se o paciente está ou não contaminadopelo vírus. Tarefas a serem realizadas no computador: 1. Entrar no site: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/; 2. Escolher a base de dados “genome” e digitar “sars cov 2” na busca; 3. Discutir com os alunos as informações apresentadas; 4. Clicar no link que aparece em “RefSeq”; 5. Após, clicar em FASTA (sequência completa do DNA) e Grafics (Organização genômica com a posição dos genes). Aproveitar para introduzir o conceito de ORF e discutir com os alunos alguns genes apresentados; 6. Copiar a referência do genoma no NCBI NC_045512.2; 7. Entrar no site: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/; 8. Colar a referência copiada no primeiro quadro branco, que aparece [Enter accession, gi, or FASTA sequence (A refseq record is preferred)]; 9. Clicar em “Get primers”, no final da página; 10. Aguardar a sugestão de primers pelo programa e discutir com os alunos os parâmetros apresentados (tamanho, temperatura de melting, conteúdo GC, autocomplementariedade); 11. Cheque os seus resultados e eleja a melhor opção, justificando; 12. Desenhe os novos primers alterando os parâmetros. Figura 14 – Desenho primer. Fonte: Retirada do site https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045. Exercícios: 1. A qual organismo pertence a sequência trabalhada? R: Isolados 2 de Wuhan-Hu-1 da síndrome aguda severa. 2. Qual seria melhor: um primer com o tamanho igual a 15 ou 23 b (considere as condições ideais iguais para os demais parâmetros)? Justifique. R: 23, pois 15 fica pouco específico, acima de 24 muito específico. Ideal 18 a 24. 3. Por que é importante considerar a temperatura de pareamento na hora de confeccionar o primer? R: Porque existe um limite de temperatura. Quanto maior o conteúdo GC, maior a temperatura do anelamento. AULA 2 ROTEIRO 1 Observação de Leveduras As leveduras ou fermentos são microrganismos de grande importância econômica. Como agentes biológicos da fermentação alcoólica, as leveduras participam tanto na produção de biocombustíveis (etanol de cana-de-açúcar) como na indústria de alimentos (pães, bolos, bebidas alcoólicas). Na experiência realizada nesta aula, começamos observando e comparando a textura, cor e o odor do fermento seco e do fermento fresco. Figura 15 – Observação dos fermentos. Fonte: Própria. Após a observação, iniciamos o processo de preparação de lâmina do fermento fresco. Para este procedimento, esterilizamos a ponta da alça de níquel, pegamos uma gota de água e misturamos para diluir o fermento fresco. Inserimos na lâmina, passamos sobre bico de Bunsen para que o conteúdo secasse e ficasse fixado. Figura 16 – Alça de níquel no bico de Bunsen. Fonte: Própria. Colocamos sobre a lâmina o corante cristal de violeta, deixamos secar po 5 minutos e em seguidas acrescentamos o lugol. Aguardamos mais cinco minutos. Feita a coloração, lavamos a lâmina em água corrente rapidamente, cubrimos a lâmina com a lamínula e analisamos no microscópico. Figura 17 – Coloração das leveduras. Fonte: Própria. Figura 18 – Observação de Leveduras – objetiva de 40x. Fonte: Própria. AULA 2 ROTEIRO 2 As Proteases nos produtos comerciais Nos produtos comerciais para a lavagem de roupas, as enzimas se encontram em proporção de 1% a 2%, às vezes ainda menor. No entanto, essa quantidade é considerada suficiente porque, sendo catalisadores, as enzimas se recuperam intactas ao finalizar a reação química que promovem. Seu papel é aproximar as moléculas, diminuindo a energia necessária para formar ou romper uma ligação química. Além de eficientes, as enzimas são específicas. Como um sistema de chave e fechadura, cada uma exerce sua ação sobre um substrato específico: as proteases atuam sobre as proteínas; as amilases, sobre o amido; as lipases, sobre gorduras e azeites; e as celulases, sobre a celulose. As enzimas são proteínas e, por conseguinte, biodegradáveis. As enzimas incluídas nos produtos para lavagem de roupas eliminam a necessidade de esfregar, um trabalho pesado e que desgasta as roupas. Contudo, é necessário deixar as peças de molho durante um tempo para facilitar a ação das enzimas. Estas hidrolisam as substâncias orgânicas específicas, fragmentando-as e facilitando sua remoção. Na lavagem de roupas, as enzimas utilizadas respondem a condições determinadas de temperatura (200 a 500 ºC) e pH (alcalino, entre 9 e 11). Evita- se, assim, o aquecimento da água para lavar a roupa, assegurando-se também a coexistência da enzima com o surfactante. As manchas podem ser constituídas por proteínas, amido e outros carboidratos, ácidos graxos e lipídios, sais inorgânicos, argila e pigmentos. As principais enzimas das máquinas de lavar roupas são as proteases e as amilases. Em geral, estas hidrolisam seus respectivos substratos quando os encontram na roupa, mas também eliminam as manchas por digestão das proteínas que as grudam ao tecido. Durante a lavagem, as lipases não eliminam mais do que a quarta parte das manchas específicas; porém, elas apresentam um efeito de tipo residual particularmente interessante. Adsorvidas pelos lipídios, as lipases não são eliminadas totalmente no enxágue. Além de continuar agindo durante a secagem, facilitam a remoção da mancha na lavagem seguinte. Também são incluídas celulases para remover as fibrilas que formam bolinhas desagradáveis no tecido, com o objetivo de melhorar o aspecto das roupas, suavizando-as ao tato e realçando suas cores. Na experiência realizada nesta aula, identificamos a presença de proteases em alguns produtos. PROCEDIMENTOS: 1. Rotulamos os copos (controle, produto 1, produto 2, produto 3 e produto 4); 2. Preparamos 500 ml gelatina incolor; 3. Distribuímos quantidades iguais nos 5 copos e completamos os passos 4, 5 e 6; 4. Colocamos 1 colher de água em um dos copos (controle) e misturamos bem; 5. Colocamos 1 colher de sabão em pó Omo no copo número 1, Vanish no copo 2, Odd (sabão líquido) no copo 3, detergente no copo 4 e veja no copo 5 e misturamos bem; 6. Depois de duas horas, colocamos na geladeira, até que a gelatina do copo controle solidificasse; 7. Observamos se a gelatina solidificou ou não nos copos restantes. Figuras 19 e 20 – Preparação do procedimento. Fonte: Própria. O procedimento não apresenta maiores dificuldades. Se a gelatina não solidificar, o produto contém proteases. Contudo, se a gelatina solidificar, o resultado pode ser considerado ambíguo: o produto não tem proteases ou simplesmente não conseguimos detectá-las (devido ao tempo insuficiente de incubação, por exemplo). Resultados: - Copo Controle: sem alteração, pois tinha somente água; - Copo 1 (omo): não se solidificou; - Copo 2 (vanish): não se solidificou; - Copo 3 (odd): ficou meio termo, com uma consistência de gel; - Copo 4 (detergente): solidificou; - Copo 5 (veja): solidificou. Conclusão: 1, 2 e 3 resultados positivos. AULA 2 ROTEIRO 3 Bioplásticos / Plásticos de amido A transformação de um polímero de origem biológica em bioplástico ocorre quando se altera sua estrutura com alguma substância dispersante. Nesta atividade, o óleo vegetal cumpre a função de agente dispersante do amido (polissacarídeo). PROCEDIMENTOS: 1. Misturamos em dois sacos plásticos 2 colheres de sopa de amido, 2 colheres de sopa de água e umas gotas de corante para alimentos. 2. Acrescentamos 5 gotas de óleo de girassol vegetal em um dos sacos plásticos e misturamos muito bem o conteúdo. No outro acrescentamos 5 gotas de água. 3. Fechamos os sacos, deixando uma abertura na ponta. 4. Esquentamos no micro-ondas por 40 segundos.5. Deixamos secar a temperatura ambiente. 7. Analisamos características dos bioplásticos obtidos e os comparamos. Figura 21 – Bioplásticos. Fonte: Própria. O bioplástico da esquerda (feito com o óleo de girassol) ficou liso, macio firme e maleável. O da direita (feito apenas com água) ficou duro e quebradiço. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS DIAS, Alexandre Torchio, et al - Bioengenharia e Biotecnologia Aplicada à Biomedicina – São Paulo: Editora Sol, 2021. ZAVALHIA, Lisiane Silveira, et al – Biotecnologia – Porto Alegre: Editora SAGAH, 2018. Figura 14 “Desenho - Primer” Disponível em: https://doi.org/10.2807/1560- 7917.ES.2020.25.3.2000045. Acesso em 08 de março de 2023. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Acesso em 08 de março de 2023. “Leveduras” Disponível em: https://www.ufrgs.br/alimentus1/pao/fermentacao/levedura.htm. Acesso em 09 de março de 2023. “Sequenciamento” Disponível em: http://sites.uem.br/drgenetica/exames- 1/moleculares-1/sequenciamento. Acesso em 09 de março de 2023.
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