Regulação da expressão dos genes em organismos procariotos

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Tópico 02
Biologia Molecular e Biotecnologia
Regulação da expressão dos
genes em organismos
procariotos
1. Introdução
Os procariotos estão presentes em diversos ambientes sujeitos a
diferentes estímulos, como variações de luminosidade, oxigênio,
presença ou ausência de carboidratos. Esses sinais, estímulos,
são transmitidos à célula que responde por meio da regulação da
expressão de seus genes. Os genes estão organizados dentro da
célula em um cromossomo único. A Escherichia coli, por
exemplo, possui 4400 genes nesse cromossomo. Para responder
a um estímulo, a célula tem que selecionar quais genes serão
transcritos para gerar uma proteína. Esse é o princípio básico da
regulação gênica, genes específicos serão ativados para
responder à estímulos em uma determinada situação. A seguir,
vamos compreender como esse processo acontece, da síntese do
RNA mensageiro à transformação dessa mensagem em proteína.
2. Transcrição em procariotos
As células em procariotos não possuem compartimentação, isto
é, seus componentes não estão separados por membranas por
isso, os processos de transcrição e tradução acontecem
simultaneamente.
Para dar início à transcrição de um gene, e gerar o RNA
mensageiro (mRNA), a enzima RNA polimerase precisa se ligar a
um segmento de DNA denominado de promotor. Fazem parte do
promotor sequências de nucleotídeos que são necessárias para
reconhecimento da RNA polimerase. Nos procariotos existem
sequências específicas no DNA que marcam o lugar exato onde a
transcrição deve começar. Essas sequências são ditas consenso
porque são encontradas em uma grande variedade de
procariotos. O local onde o primeiro nucleotídeo será transcrito
em mRNA é o ponto +1 no DNA, conhecido como sítio de
iniciação. As sequências consenso dos promotores estão a 10
pares de bases antes do primeiro nucleotídeo a ser transcrito,
por isso, –10 com sequência TATAAT, também conhecida como
caixa de Pribnow ou TATA BOX. A outra sequência de
reconhecimento para a RNA polimerase se localiza a –35 do
primeiro nucleotídeo a ser transcrito, sequência TTGACG. Veja
como os elementos do promotor estão dispostos na imagem
abaixo:
Promotor procarioto.
Os procariotos possuem, em sua maioria, um único tipo de RNA
polimerase. A fita de DNA que será transcrita será determinada
pela identificação da sequência de promotores pela RNA
polimerase. O reconhecimento do promotor pela RNA
polimerase também é ajudado por uma outra proteína, o fator de
transcrição sigma. O fator sigma se encaixa na RNA polimerase
para iniciar a transcrição. Assim que a transcrição se inicia, o
fator sigma se dissocia da RNA polimerase (LODISH et al.,
2014).
Para que a transcrição ocorra é necessário que a fita de DNA se
abra, para isso ela é desnaturada com ruptura das pontes de
hidrogênio, se abrindo, permitindo que a RNA polimerase a
copie.
Lembre-se de que somente uma fita do DNA será transcrita. O
gene está orientado de 5´ para 3´ (fita codificadora do DNA). A
fita complementar possui orientação oposta, ou seja, 3´ para 5´.
A fita complementar será utilizada como molde para síntese de
mRNA (5´para 3`). A RNA polimerase sintetiza cadeias de RNA
mensageiro complementar ao DNA no sentido 5’ para 3’,
adicionando ribonucleotídeos na extremidade 3’ OH da fita em
alongamento. Nesse caso, a RNA polimerase não precisa de
primer para começar a síntese como a DNA polimerase. As
cadeias de RNA sintetizadas começam com A ou G, estando
carregadas de três grupos fosfatos. Assim, o grupo 5’-trifosfato
não é clivado para liberar PPi, permanecendo intacto durante
toda a transcrição servindo como marcação da ponta 5’. Durante
o processo de transcrição o DNA estará pareado ao RNA que está
sendo formado, formando a bolha de transcrição. Após começar
a transcrição o mRNA será alongado. O alongamento do mRNA
é interrompido quando, ou finaliza quando os sinais de término
são encontrados, dissociando a RNA polimerase.
A RNA polimerase catalisa as ligações de fosfodiester entre os
ribonucleotídeos para gerar a cadeia de mRNA a partir de

Trancrição do DNATrancrição do DNA
https://www.youtube.com/watch?v=fynGKohVYHw
nucleotídeos livres, ATP, GTP, CTP, UTP. Uma vez que a RNA
polimerase se ligou ao promotor, a transcrição pode começar.
Veja abaixo a imagem para entender melhor como a transcrição
ocorre:
Transcrição do DNA em mRNA.
Os genes das bactérias são encontrados em operons. Vamos
entender quais elementos compõe um operon.
OPERONS
O gene está organizado em uma unidade gênica chamada
operon. O operon é formado por regiões que vão codificar
proteínas e por regiões que não vão codificar proteínas, mas que
servirão para regulação da transcrição desse operon. Entre as
regiões que servirão para ligação de proteínas está o promotor
onde a RNA polimerase realiza a transcrição. No operon também
existem as regiões que vão servir para ligação de proteínas
reguladoras da transcrição. Essas proteínas reguladoras são
conhecidas como operadoras e se ligam ao operador. As
operadoras irão ativar ou reprimir a transcrição dos genes do
operon (JOHNSON et al., 2017). Veja na imagem de referência
abaixo como um operon bacteriano se parece:
Operon bacteriano.
Os operons bacterianos codificam para mais de uma proteína ao
mesmo tempo. O conceito de cistron diz que ele é um segmento
de DNA que codifica para uma cadeia polipeptídica que contém
os sinais de iniciação e término da proteína. Os operons serão
transcritos em RNA mensageiros (mRNA), são ditos
policistrônicos nos procariotos porque eles codificam para mais
de um cistron ao mesmo tempo, ou seja, para várias proteínas de
uma só vez (LODISH et al., 2014).
Vamos estudar a regulação da transcrição a seguir.
3. Mecanismos reguladores da
transcrição
A regulação dos genes permite garantir que determinados genes
sejam transcritos para responder a um estímulo durante um
determinado tempo (LODISH et al., 2014). A interação dessas
proteínas com o DNA ocorre envolvendo sequências específicas
de DNA. A proteína vai interagir com as cadeias laterais de seus
aminoácidos com bases de DNA, assim como os grupos fosfatos
e açúcares do DNA vão interagir com os aminoácidos das
proteínas. Quando a proteína se combina com um sítio
específico do DNA, ela promove consequências dessas ligações.
Se essa proteína for a RNA polimerase, sua ligação ao DNA irá
promover a transcrição do DNA em uma molécula de RNA
mensageiro, mRNA. Já no caso dos mecanismos de regulação da
transcrição, essa ligação irá levar ao bloqueio da transcrição
(controle negativo), ou ativação da transcrição (controle
positivo) desse operon.
Transcrição é o primeiro passo do fluxo da informação genética
DNA-mRNA. Quanto mais parecida (conservada) as sequências
do promotor estiverem com as sequências dos elementos -10
(TATAAT) e -35 (TTGACG), mais facilmente a RNA polimerase
poderá reconhecer seu sítio de ligação. Esse promotor é
considerado forte, quanto maior for a similaridade dessas
sequências aos elementos -10 e -35. Com isso, esse gene terá
mais chance de ser transcrito do que aqueles que possuem
promotor fraco, ou seja, com sequências dos elementos de
reconhecimento para a RNA polimerase não tão conservadas.
O gene também pode ter sua frequência de tradução aumentada.
Para que a tradução aconteça, é necessário que o ribossomo se
ligue, através da sua subunidade menor, 16S ao mRNA. O
ribossomo possui duas subunidades, uma maior, a subunidade
50S e uma menor, 16S. A subunidade menor 16S se liga por
complementação a uma sequência específica, localizada próxima
ao códon AUG de iniciação. Essa sequência é conhecida como
sequência Shine-Dalgarno (AGGAGG). Quanto mais conservada
essa sequência for, mais facilmente ocorrerá a associação do
ribossomo, aumentando a frequência de tradução desse gene.
Veja na imagem abaixo um esquema do mRNA e da sequência
Shine-Dalgarno, onde o RNA ribossomal se pareia para iniciar a
tradução:
Pareamento do ribossomocom mRNA.
Vimos como a transcrição pode ser aumentada devido à
similaridade de sequência do promotor. No entanto, existem
vários tipos de mecanismos de regulação da transcrição em
procariotos. Esses mecanismos controlam a síntese de enzimas
do operon . O controle da transcrição pode ser estimulado ou
reprimido pela presença ou ausência de determinadas moléculas
no meio em que este organismo está crescendo (LODISH et al.,
2014, ZAHA et al., 2014).
Essas moléculas vão interagir com proteínas especificas, as
operadoras do operon para controlar sua transcrição. Vamos ver
como isso funciona.
4. Controle negativo da
transcrição por repressão
A transcrição é regulada definindo quais genes serão transcritos,
e quais as quantidades desses produtos gênicos serão expressas.
Normalmente, a transcrição de um determinado gene precisa de
energia. Então, é importante que a energia gasta seja feita de
forma eficiente. Isso ocorre através da regulação da transcrição.
Uma forma de se controlar o gasto desnecessário dessa energia
seria impedir a síntese de um produto quando ele já está
presente no meio onde as bactérias estão crescendo, por
exemplo. Esse mecanismo é conhecido como repressão (controle
negativo) e pode ser visto em enzimas envolvidas na síntese de
amino ácidos, e das bases nitrogenadas purinas e pirimidinas.
Em muitos casos o produto final da via biossintética também
pode reprimir a síntese dessa via enzimática (feedback). O
elemento que vai controlar essa síntese de mRNA é chamado de
repressor e é uma proteína que se liga ao DNA no sítio do
operador, impedindo que a RNA polimerase inicie a transcrição.
Vamos ver um exemplo de como esse controle funciona
estudando o operon triptofano.
O operon triptofano possui os 5 genes que codificam para
enzimas envolvidas na síntese desse aminoácido dispostos em
sequência, uma na frente da outra, codificando os genes trpE,
trpD, trpC, trpB, trpA. Esses genes são transcritos a partir de um
promotor comum em um único mRNA, portanto policistrônico,
isto é,que será traduzido para produzir as cinco enzimas de uma
vez (JOHNSON et al., 2017). Nesse operon, podemos ver
também o promotor (sítio de ligação da RNA polimerase) e um
operador (sítio de ligação de uma proteína repressora,
reguladora). Vamos entender melhor como a regulação destes
genes acontece.
Analise a figura a seguir, para compreender mais facilmente.
Operon para síntese do triptofano.
Quando o triptofano está presente, ele atua como o co-repressor
porque ele se liga à proteína repressora, que por sua vez muda
sutilmente de conformação e se liga ao site do operador do DNA,
impedindo que a RNA polimerase se ligue ao promotor. Assim,
os cinco genes para a via do triptofano não serão transcritos,
desligando (inativando) a transcrição desses genes. Entendendo
mais facilmente, quando ligado ao triptofano, o repressor trp
bloqueia a expressão do operon.
Quando há pouco triptofano na célula, o repressor trp fica
inativo (porque não há triptofano disponível para se ligar e ativá-
lo). Então, não ocorre a ligação do repressor com o DNA, nem o
bloqueio da transcrição, permitindo que o operon trp seja
transcrito pela RNA polimerase (operon ligado, ativado),
transcrevendo as enzimas para catalisação da produção do
triptofano. Além disso, o operon possui uma sequência líder
(leader), que está envolvida na regulação. Se a célula tem
suficiente triptofano, o pepetídeo líder será sintetizado.
Como isso pode acontecer? Lembre-se: transcrição e tradução
ocorre simultaneamente nos procariotos. Enquanto a transcrição
continua, os primeiros genes transcritos já estão sendo
traduzidos (LODISH et al., 2014, JOHNSON et al., 2017).
Esse tipo de regulação só acontece quando os níveis de
triptofano estão altos, e é conhecida como atenuação da
transcrição. Em vez de bloquear a iniciação da transcrição, a
atenuação impede o término da transcrição. Acontece que a

Óperon Trp - UFPAÓperon Trp - UFPA
https://www.youtube.com/watch?v=J65z1bKf88o
cadeia nascente de mRNA adota uma estrutura que a induz a
interagir com a RNA-polimerase de maneira a abortar a
transcrição, impedindo que a transcrição prossiga. Apenas um
curto mRNA é transcrito, um que não codifica todas as enzimas
da biossíntese do triptofano. Nesse caso, o recém-formado
mRNA se dobra formando uma dupla fita, espécie de loop,
gerando a parada da RNA poliymerase. Quando o produto
gênico é necessário novamente (triptofano), devido à baixa
quantidade de triptofano, proteínas reguladoras ligam-se à
cadeia nascente de mRNA e removem a atenuação, permitindo a
transcrição de uma molécula completa de mRNA (JOHNSON et
al., 2017).
O repressor do operon do triptofano é uma proteína que atua
como repressor transcricional e em sua forma ativa ele desliga
genes. Alguns reguladores transcricionais fazem o contrário, eles
ativam a transcrição. Vamos ver como a indução da transcrição
ocorre.
5. Controle positivo da
transcrição por indução
O controle positivo da transcrição ocorre quando a síntese da
enzima que vai catabolizar o carboidrato presente no ambiente é
induzida, ou seja, quando a presença do carboidrato promove a
transcrição do gene para a enzima que irá quebrá-lo. Um
exemplo clássico de indução é o que acontece no operon lac, este
operon está representado na figura abaixo:
Operon lac.
Quando a lactose não está presente no meio, a enzima ß
galactosidase (gene LacZ) não é sintetizada. Nesse caso, o
repressor está ligado ao DNA (no operador), e o operon não pode
ser transcrito porque a RNA polimerase não pode se ligar ao
promotor (ZAHA et al., 2014, JOHNSON et al., 2017).
No entanto, assim que lactose é adicionada no meio, essa enzima
começa a ser transcrita. Um composto com fórmula idêntica à
Você sabia que substâncias parecidas com o indutor ou o
repressor podem ter o mesmo efeito que as substâncias
originais, causando a indução ou a repressão do operon?
Essas substâncias são chamadas análogos.
Isopropylthiogalactoside (IPTG), induz a ß galactosidase
sendo assim um indutor artificial do operon lac.

lactose, mas com estruturas distintas, o isômero alolactose, se
liga ao repressor, ele muda sutilmente de conformação e não
pode se ligar ao DNA. Alolactose é sintetizada quando a lactose
está presente. A substância que induz a produção da enzima
(alolactose) é chamada de indutor. Então agora a RNA
polimerase pode se ligar e transcrever o operon lac. O operon lac
contém três genes: lacZ, lacY e lacA. Esses genes são transcritos
como um único mRNA (policistrônico), sob o controle de um
promotor. O gene lacZ codifica uma enzima chamada β-
galactosidase, enzima que quebra a lactose em glicose e
galactose. A β -galactosidase pode hidrolisar um composto
artificial da lactose, o X-gal. Na biologia molecular esse
conhecimento é utilizado para selecionar qual colônia bacteriana
inseriu um DNA exógeno. A técnica é conhecida como triagem
azul-branca (Blue-White screening). Quando o DNA exógeno é
inserido dentro do gene da β –galactosidase, essa enzima não
pode mais clivar o X-gal, e as colônias aparecem brancas.
Enquanto que as bactérias, que não possuem o DNA exógeno
continuam a clivar o X-gal, e aparecem azuis. Veja na imagem
como essas colônias bacterianas aparecem na placa de cultivo.
Seleção azul branca de colônias bacterianas. X-Gal é um substrato
cromogênico para a enzima β-galactosidase que hidrolisa X-Gal,
formando galactose e 5-bromo-4-cloro-3-indoxil que na presença de
oxigênio é convertido no corante azul 5,5“-dibromo-4,4”-dicloro-
índigo dando cor azul as colônias bacterianas. Brancas não
hidrolisaram o X.Gal.
O gene lacY codifica uma proteína de membrana chamada
lactose permease, que permite que a célula coloque a lactose
para dentro. O gene lacA codifica uma enzima conhecida como
transacetilase que transfere um grupo acetil de acetil-CoA a
beta-galactosídeos (JOHNSON et al., 2017).
A bactéria pode escolher qual carboidrato será usadoprimeiro,
quando na presença de vários outros, através do controle global
da transcrição. Vamos ver a seguir como isso funciona.
6. Repressão catabolica
Outro tipo muito importante de controle da transcrição acontece
quando uma variedade de enzimas que estão em operons
diferentes e não relacionadas umas com as outras, são inibidas.

Operon Lac - Controle da expressão de genesOperon Lac - Controle da expressão de genes……
https://www.youtube.com/watch?v=1kezX-XLPp4
Como a glicose foi a primeira substância que foi demonstrada
tendo esse efeito, esse tipo de controle é chamado de efeito da
glicose ou repressão catabólica. Repressão catabólica garante
que o açúcar (fonte de carbono) que vai render mais energia seja
quebrado primeiro (catabolizado). Quando, por exemplo, o
microrganismo está crescendo em um meio com glicose e
lactose, a enzima β-galactosidase não é sintetizada (ela é
reprimida), o microrganismo cresce usando somente glicose
deixando a lactose intocada. A repressão catabólica envolve o
controle da transcrição através de proteínas ativadoras, sendo
assim um controle positivo. No caso da síntese de enzimas
passíveis de repressão catabólica, a ligação da RNA polimerase
ao DNA só pode ocorrer se outra proteína chamada de proteína
ativadora catabólica se ligar primeiramente ao DNA. Essa
proteína ativadora foi denominada de CAP (catabolite activator
protein). Veja na figura abaixo o sítio de ligação da CAP no
operon lac. A CAP não se liga na presença de glicose. Vamos
entender melhor.
Você sabia que outra consequência da repressão
catabólica é a geração de uma curva de crescimento
bacteriano chamada de curva de crescimento diáuxico?
Quando os microrganismos estão crescendo em um
meio com glicose e lactose, a glicose é utilizada primeiro,
sendo que a enzima β-galactosidase se encontra
reprimida. Após a exaustão da glicose os
microrganismos entram em fase lag (sem aumento no
seu número de bactérias) até que β-galactosidase seja
sintetizada para que elas voltem a crescer novamente
usando a lactose.

Ausência da transcrição do operon lac na presença de glicose.
A CAP é uma enzima regulada por modificações não-covalentes,
chamadas de alostéricas, isto é, ela possui um sítio para a ligação
de outra molécula que controla se ela vai poder se ligar ao DNA
ou não. Vamos entender isso melhor. A CAP possui um sítio para
ligação para uma pequena molécula chamada de adenosina
3“,5”-monofosfato cíclico (cAMP ou AMP cíclico). cAMP é
sintetizado a partir do ATP (pela adenilato ciclase). Glicose entra
na célula e inibe a síntese de cAMP e estimula seu transporte
para fora da célula. Quando a glicose é transportada para dentro
da célula, o nível de cAMP fica baixo e a ligação da RNA
polimerase ao promotor não ocorre. Então, os operons que estão
sob o controle da CAP não serão transcritos, sendo nesse
momento reprimido (LODISH et al., 2014, JOHNSON et al.,
2017). Como muitos operons estão sob o controle da CAP, ela
exerce um controle global na expressão de genes. O operon lac
está sob o controle da CAP, por exemplo, a CAP ativa a
transcrição do operon, mas somente quando os níveis de glicose
estão baixos. Quando a glicose está baixa, cAMP se liga à CAP, o
sítio de ligação CAP se localiza antes do sítio da RNA polimerase
(promotor). Quando a CAP está ligada a esse sítio, ela ajuda a
RNA polimerase a reconhecer o promotor iniciando a
transcrição, por isso, esse controle é positivo. Como pode ser
observado na figura abaixo:
Ativação da transcrição do operon lac na presença da CAP (proteína
ativadora catabólica).
Vimos até agora a regulação da transcrição, porém a regulação
acontece em outros níveis, como na tradução, como veremos a
seguir.
7. Regulação da tradução
Uma forma de regulação dos níveis do produto transcrito, ou
seja, dos níveis de proteína a ser gerada, é através do controle da
etapa em que a tradução é iniciada, já que um mRNA já foi
sintetizado. Os mRNAs bacterianos, possuem uma região
conservada de três a nove nucleotídeos, a sequência Shine-
Dalgarno, que é sempre encontrada a alguns nucleotídeos antes
do códon de iniciação AUG. Essa sequência é fundamental
porque está envolvida na ligação do mRNA ao RNA ribossomal
(rRNA 16S, subunidade menor) para começar a tradução. Em
bactérias, mecanismos de controle traducional envolvem em sua
maioria o sequestro da sequência Shine-Dalgarno. Como
exemplo, o controle traducional desempenhado por proteínas ou
moléculas de RNA (riboswitches). Eles modificam
estruturalmente o mRNA e permitem a exposição ou bloqueio da
sequência de Shine-Dalgarno (LODISH et al., 2014, ZAHA et al.,
2014, JOHNSON et al., 2017).
Proteínas repressoras de tradução podem se ligar a sequências
específicas do mRNA, impedindo que o ribossomo se ligue a ele,
e este mesmo mRNA não poderá ser traduzido. Algumas dessas
proteínas que se ligam ao mRNA podem impedir a tradução do
seu próprio mRNA.
Outro mecanismo de controle traducional ocorre com ligações de
pequenas moléculas, como S-adenosilmetionina ao mRNA. Essa
ligação promove uma mudança de conformação desse mRNA
com a formação de uma espécie de “dobra” do mRNA, estruturas
chamadas de haste-alça. Esse rearranjo sequestra, envolve, a
sequência Shine-Dalgarno e a iniciação da tradução é inibida.
Esse tipo de controle também acontece com o mRNA da S-
adenosilmetionina, inibindo, com isso, a tradução das enzimas
que a sintetizam.
Outra forma de controlar a tradução é a ligação de um RNA
complementar (anti-senso) ao mRNA específico, envolvendo a
sequência Shine-Dalgarno, resultando no bloqueio da tradução.
Esse tipo de regulação acontece em bactérias que expressam
proteínas de estocagem de ferro. Esses mecanismos de regulação
permitem que as células mantenham quantidades equilibradas
de várias proteínas (JOHNSON et al., 2017).
8. Conclusão
Você sabia que na bactéria patogênica Listeria
monocytogenes existe um mecanismo de controle tipo
“termossensor” de RNA? Ele permite que o início da
tradução dos genes de virulência aumentem a 37 °C, isso
porque somente nessas temperaturas a ocorre uma
mudança estrutural, desfazendo a “dobra” do mRNA!

Este tópico procurou mostrar que os genes das bactérias são
encontrados em uma unidade genética, os operons. Vimos que
os RNA mensageiros são ditos policistrônicos nos procariotos
porque eles codificam para várias proteínas de uma só vez.
Entendemos que as enzimas produzidas podem ser controladas
no nível da transcrição. A transcrição pode ser reprimida
(controle negativo da transcrição) ou induzida (controle positivo
da transcrição). Existe também o controle global da transcrição
de enzimas que não estão relacionadas. Esse controle é realizado
pela proteína ativadora CAP (catabolite activator protein). A
regulação da expressão também pode ser no nível da tradução.
Nesse caso, proteínas ou moléculas de RNA expõem ou
bloqueiam a sequência de Shine-Dalgarno, impedindo que o
RNA ribossomal se ligue, para que haja a tradução. Estudamos
aqui exemplos de regulação gênica, ela serve para utilização de
diferentes carboidratos, mas ela é muito mais ampla, servindo
também para diferenciação celular e outros processos na célula.
Todos esses controles da regulação são importantes para que a
célula tenha na quantidade certa as proteínas necessárias para
um dado momento.
9. Referências
LODISH, Harvey F et al. Biologia celular e molecular. 7.ed. Porto
Alegre, RS: Artmed, 2014. xxxiv, 1210 p., ISBN 9788582710494.
JOHNSON, Alberts et al. Biologia molecular da célula. 6. ed.
Porto Alegre RS: Artmed, 2017. 1464 p., ISBN 978-85-8271-423-
2.
ZAHA, Arnaldo et al. Biologia molecular básica. 5. ed. Porto
Alegre: Artmed, 2014. 407 p. ISBN 978-85-8271-058-6.
YouTube. (2010). MrHyuugaNeji. Transcrição do DNA.
01min27. Disponível em:<https://www.youtube.com/watch?
https://www.youtube.com/watch?v=fynGKohVYHw
v=fynGKohVYHw>
YouTube. (2011). Amarílis Aragão Dias. Operon Trp. 05min00.Disponível em: <https://www.youtube.com/watch?
v=J65z1bKf88o>.
YouTube. (2016). Dimensão Molecular. Operon Lac – Controle
da expressão de genes em bactérias. 02min20. Disponível em:
<https://www.youtube.com/watch?v=1kezX-XLPp4&t=73s>.
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