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Proteínas I SUMÁRIO 1. Introdução ..................................................................................................................... 3 2. Tipos de Aminoácidos ................................................................................................. 3 3. Curva de Titulação de Aminoácidos ........................................................................... 5 4. Peptídeos e Proteínas .................................................................................................. 7 5. Ligação Peptídica e Nomenclaturas ........................................................................... 9 6. Métodos de Purificação de Proteínas ...................................................................... 12 7. Conclusão ................................................................................................................... 14 Referências ...................................................................................................................... 15 Proteínas I 3 1. INTRODUÇÃO As proteínas são fundamentais para a existência de todas as formas de vida, atuando como catalisadores bioquímicos, componentes estruturais, moléculas sinalizadoras e transportadoras, entre outras funções vitais. Elas são polímeros de alto peso molecu- lar, compostos por monômeros conhecidos como aminoácidos, unidos por ligações peptídicas. A sequência e o número de aminoácidos em uma proteína determinam sua forma e função específicas, seguindo o código genético inscrito no DNA. A bioquímica das proteínas é um campo que se estende por diversas disciplinas, incluindo biologia molecular, genética, e farmacologia. O estudo das proteínas não se limita apenas à sua estrutura, mas também à sua dinâmica, como elas interagem entre si e com outras moléculas, e como são sintetizadas e degradadas pelas células. Com o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e síntese de proteínas, a compreensão das proteínas tem se expandido rapidamente. A engenharia de proteínas, por exemplo, tornou-se uma ferramenta poderosa na biotecnologia, permitindo o de- senvolvimento de novos medicamentos, vacinas e terapias enzimáticas. Além disso, a proteômica, o estudo em larga escala das proteínas, tem revelado novos insights sobre a patogênese de doenças e aberto caminho para a medicina personalizada. A bioquímica das proteínas é, portanto, um campo dinâmico e em constante evo- lução, essencial para a compreensão da vida em nível molecular e para o avanço da saúde humana. 2. TIPOS DE AMINOÁCIDOS Os aminoácidos são os blocos construtores das proteínas e desempenham um papel central na bioquímica de todos os organismos vivos. Embora existam centenas de aminoácidos na natureza, apenas 20 são codificados geneticamente e comumente encontrados nas proteínas eucarióticas e procarióticas. Esses 20 aminoácidos padrão são classificados com base nas propriedades quí- micas de seus grupos laterais (cadeias R), que influenciam a estrutura e a função das proteínas que eles compõem. • Aminoácidos Não Polares e Hidrofóbicos: Estes aminoácidos possuem cadeias laterais alifáticas (como leucina e valina) ou aromáticas (como fenilalanina e triptofano) que não interagem favoravelmente com a água. Eles tendem a ser encontrados no interior das proteínas, longe do ambiente aquoso. • Aminoácidos Polares, mas Não Carregados: Contêm grupos laterais que podem formar ligações de hidrogênio com a água e outras moléculas, como serina, treonina, Proteínas I 4 asparagina e glutamina. Eles são frequentemente encontrados na superfície das proteínas, interagindo com o ambiente aquoso. • Aminoácidos Ácidos (Negativamente Carregados): Estes aminoácidos (como o ácido aspártico e o ácido glutâmico) têm um grupo carboxila adicional que pode perder um próton e carregar uma carga negativa em pH fisiológico. • Aminoácidos Básicos (Positivamente Carregados): Lisina, arginina e histidina têm grupos laterais que contêm nitrogênio e podem aceitar prótons, tornando-se positivamente carregados. Eles desempenham papéis críticos na ligação e no reconhecimento de moléculas carregadas negativamente. • Aminoácidos Especiais: Alguns aminoácidos têm funções únicas; por exemplo, a prolina induz uma curva na cadeia peptídica devido à sua estrutura cíclica, e a glicina, sendo o menor aminoácido, confere flexibilidade à cadeia peptídica. Imagem 1. Classificação dos aminoácidos com base na estrutura química. Lembre-se de que a propriedade do aminoácido depende da sua cadeia lateral ( –R), que também define a sua carga elétrica Fonte: Acervo Sanar. Proteínas I 5 A compreensão dos tipos de aminoácidos e suas propriedades é crucial para o es- tudo da estrutura das proteínas, pois a natureza química dos resíduos de aminoácidos determina a interação entre as cadeias laterais, que por sua vez determina a estrutura tridimensional da proteína e sua função biológica. 3. CURVA DE TITULAÇÃO DE AMINOÁCIDOS A curva de titulação de aminoácidos é uma ferramenta essencial para entender o comportamento dos aminoácidos em solução aquosa, particularmente como eles ganham ou perdem prótons em resposta a mudanças no pH. Cada aminoácido possui um grupo amino (básico) e um grupo carboxila (ácido), além de um grupo lateral que pode ser ácido, básico ou neutro. A titulação de um aminoácido revela seus valores de pKa, os pHs nos quais metade do grupo está protonado e metade está desprotonado. Alguns dos pontos-chaves da curva de titulação são: • pKa (Constante de Dissociação Ácida): O pKa é uma medida da tendência de um grupo ácido doar prótons (H+). Em aminoácidos, existem normalmente três grupos que podem ser ionizados: o grupo carboxílico (-COOH), o grupo amino (-NH3+) e, em alguns casos, o grupo R (cadeia lateral). Cada grupo tem seu próprio pKa, indicando o pH no qual metade desse grupo está ionizado [por exemplo, metade (-COOH) está na forma (-COO- ) e metade na forma (-COOH). • A curva de titulação de um aminoácido mostra mudanças no estado de ionização em diferentes valores de pH. • Grupo Carboxila (COOH): O primeiro pKa corresponde à ionização do grupo car- boxila, geralmente entre 2 e 3. Neste ponto, o aminoácido passa de uma forma neutra para uma forma carregada negativamente. • Grupo Amino (-NH3+): O segundo pKa está relacionado ao grupo amino, que geralmente ocorre entre 9 e 10. Aqui, o aminoácido perde um próton do grupo amino, passando de uma forma carregada positivamente para uma forma neutra. • Grupo Lateral: Aminoácidos com grupos laterais ionizáveis terão um terceiro pKa. Por exemplo, o pKa do grupo lateral do ácido aspártico é por volta de 4, enquanto o da lisina é em torno de 10,5. • Ponto Isoelétrico (pI): O ponto isoelétrico é o pH no qual o aminoácido não possui carga líquida, ou seja, a carga total é zero. É calculado pela média dos valores de pKa dos grupos que ganham e perdem prótons. Proteínas I 6 Imagem 2. Curva de titulação de aminoácidos. Observe o ponto pKa e o ponto isoelétrico (pI) Fonte: Acervo Sanar. Saiba mais! A palavra Zwitterion, do alemão “zwitter” (híbrido), “íon dipolar” é um composto químico eletricamente neutro, mas que possui car- gas opostas em diferentes átomos. O termo é mais utilizado em compostos que apresentam essa cargas em átomos não-adjacentes. Proteínas I 7 3.1. Importância da Curva de Titulação • Função Enzimática: As enzimas têm grupos ativos que são sensíveis ao pH. A titulação ajuda a identificar o pH ótimo para a atividade enzimática. • Separação e Purificação: A curva de titulação pode ser usada para desenvolver estratégias de purificação de proteínas, como a cromatografia de troca iônica. • Estrutura de Proteínas: O conhecimento do pKa dos grupos laterais dos amino- ácidos é crucial para prever as interações iônicas que influenciam a estrutura terciária e quaternária das proteínas. • Processos Biológicos: O pH do ambiente pode afetar a carga dos aminoácidos e, consequentemente, a função das proteínasem processos biológicos como o transporte através de membranas e a sinalização celular. 4. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Peptídeos são cadeias curtas de aminoácidos, enquanto proteínas são cadeias mais longas e complexas. As proteínas podem ser estruturais, enzimáticas, de transporte, entre outras, e sua função é determinada pela sua estrutura tridimensional. Peptídeos e proteínas são polímeros de aminoácidos ligados por ligações peptídicas, mas diferem significativamente em tamanho, estrutura e função. 4.1. Peptídeos Peptídeos são cadeias curtas de aminoácidos, geralmente com menos de 50 mo- nômeros. Eles são classificados como dipeptídeos, tripeptídeos, oligopeptídeos e polipeptídeos, dependendo do número de resíduos de aminoácidos. • Funções: Muitos peptídeos têm funções biológicas específicas. Por exemplo, os hormônios peptídicos, como a insulina, são cruciais na regulação de processos fisiológicos. Outros, como os peptídeos antimicrobianos, desempenham um papel na resposta imune. • Síntese: Peptídeos são sintetizados pela ligação de aminoácidos em um processo que ocorre no ribossomo durante a tradução do mRNA ou por síntese química em laboratório. Proteínas I 8 4.2. Proteínas Proteínas são polipeptídeos mais longos e complexos, que se dobram em estruturas tridimensionais específicas. Elas são compostas por uma ou mais cadeias polipeptídicas e podem ser divididas em quatro níveis de estrutura: primária, secundária, terciária e quaternária. • Funções: As proteínas desempenham uma miríade de funções no corpo, incluindo catalisar reações bioquímicas (enzimas), fornecer suporte estrutural (colágeno), trans- portar moléculas (hemoglobina), e regular processos celulares (fatores de transcrição). • Síntese e Dobramento: A síntese de proteínas também ocorre no ribossomo, seguindo o código genético. Após a síntese, as proteínas passam por um pro- cesso de dobramento, assistido por chaperonas moleculares, para alcançar sua estrutura funcional. • Desnaturação e Renaturação: Proteínas podem perder sua estrutura tridimen- sional e função por desnaturação, que pode ser causada por alterações de pH, temperatura ou presença de agentes químicos. Em alguns casos, a renaturação é possível, restaurando a estrutura e função da proteína. 4.3. Relação entre Peptídeos e Proteínas A principal diferença entre peptídeos e proteínas é o tamanho e a complexidade. Proteínas são geralmente maiores e têm estruturas tridimensionais complexas, enquanto peptídeos são menores e menos complexos. Embora os peptídeos possam ter funções biológicas importantes, as proteínas são essenciais para a estrutura e função de todas as células vivas. Saiba mais! O estudo de peptídeos e proteínas é crucial na medicina moderna e biotecnologia, com aplicações que transformam o desenvolvimento de medicamentos e o diagnóstico de doenças. Peptídeos terapêuticos são usados para criar medicamentos com alta especificidade, enquanto proteínas recombinan- tes permitem a produção de tratamentos essenciais como a insulina. Proteínas servem como biomarcadores para o diagnóstico precoce de doenças e são a base da medicina personalizada, especialmente em tratamentos contra o câncer. A engenharia de proteínas cria moléculas com funções inovadoras, abrindo novos caminhos para terapias e diagnósticos. Na imunização, peptídeos e proteínas são essenciais no desenvolvimento de vacinas eficazes. No campo das doenças neurode- generativas, a pesquisa foca em proteínas mal dobradas, visando terapias que possam prevenir ou reverter a progressão da doença. Na terapia gênica e celular, proteínas são fundamentais como vetores para a entrega de genes ou modificação celular. Proteínas I 9 5. LIGAÇÃO PEPTÍDICA E NOMENCLATURAS A ligação peptídica é o elo covalente que une dois aminoácidos em uma cadeia polipeptídica, formando a espinha dorsal de peptídeos e proteínas. Esta ligação é uma amida formada entre o grupo carboxila de um aminoácido e o grupo amino do próximo, com a liberação de uma molécula de água em um processo de condensação. Imagem 3. Ilustração evidenciando a ligação peptídica, responsável por unir os dois aminoácidos através da ligação entre o grupo carboxila de um aminoácido e o grupo amino do próximo. Note que nesse processo ocorre liberação de água (H2O), a partir da ligação entre uma hidroxila (-OH) do aminoácido 1 e um próton (H+) do aminoácido 2 Fonte: VectorMine/Shutterstock.com Proteínas I 10 5.1. Características da Ligação Peptídica A ligação peptídica tem uma estrutura plana e é relativamente rígida devido à res- sonância entre o grupo carboxila e o grupo amino, o que lhe confere características de dupla ligação parcial. A rigidez da ligação peptídica limita a rotação em torno dela, o que é crucial para a conformação da proteína. Os grupos R (cadeias laterais) dos aminoácidos adjacentes são posicionados de forma alternada, para minimizar a repulsão estérica e otimizar o empacotamento estrutural. Saiba mais! A ordem linear dos aminoácidos em uma cadeia poli- peptídica é conhecida como sequência primária, e é determinada pela sequência de nucleotídeos no gene correspondente. 5.2. Nomenclaturas • N-terminal e C-terminal: Em um peptídeo ou proteína, o aminoácido no início da cadeia é o N-terminal, enquanto o aminoácido no final é o C-terminal. A sequência é sempre lida do N-terminal para o C-terminal. • Sistema de Letras de Três e Uma Letra: Cada aminoácido é representado por um código de três letras (por exemplo, Gly para glicina) e, frequentemente, por uma letra única (por exemplo, G para glicina), facilitando a representação de longas sequências de proteínas. • Nomenclatura por Posição: Os aminoácidos em uma cadeia são numerados a partir do N-terminal. Por exemplo, a serina na posição 5 pode ser indicada como Ser5 ou S5. Imagem 4. Estrutura molecular de um peptídeo. Observar que o aminoácido no início da cadeia é o N-terminal, enquanto o aminoácido no final é o C-terminal Fonte: Science Project 101/Shutterstock.com Proteínas I 11 Saiba mais! Cada aminoácido em uma cadeia polipeptídica é re- ferido como um resíduo devido à perda de elementos que formam água durante a ligação peptídica. 5.3. Importância da Ligação Peptídica A ligação peptídica é fundamental para a formação das estruturas secundárias das proteínas, como as hélices α e as folhas β, que são estabilizadas por ligações de hidrogênio. A sequência e a orientação das ligações peptídicas determinam a estrutura tridimen- sional da proteína, que é essencial para sua função biológica. Imagem 5. Modelo molecular detalhado de uma ligação peptídica entre dois ami- noácidos, destacando a orientação dos grupos R e a planaridade da ligação Fonte: Bacsica/ Shutterstock.com Proteínas I 12 6. MÉTODOS DE PURIFICAÇÃO DE PROTEÍNAS A purificação de proteínas é um processo essencial em bioquímica e biotecnologia, permitindo a separação de proteínas específicas a partir de misturas complexas. Este processo é fundamental para a caracterização de funções, estruturas e para aplicações industriais e de pesquisa. Existem vários métodos de purificação, cada um explorando propriedades físicas e químicas distintas das proteínas. 6.1. Cromatografia • Cromatografia de Afinidade: Utiliza a afinidade específica entre uma proteína e uma molécula ligante imobilizada. Por exemplo, a cromatografia de afinidade por níquel é comumente usada para purificar proteínas com etiquetas de histidina. • Cromatografia de Troca Iônica: Separa proteínas com base em suas cargas lí- quidas em um determinado pH. Proteínas com carga negativa ligam-se a resinas de troca catiônica, enquanto proteínas com carga positiva ligam-se a resinas de troca aniônica. • Cromatografia de Exclusão Molecular (Gel Filtration): Separa proteínas com base no tamanho e na forma. Moléculas maiores eluem primeiro porque não entram nos poros do gel, enquanto as menores são retidas por mais tempo. • Cromatografia de Interação Hidrofóbica: Proteínassão separadas com base em sua hidrofobicidade. Em condições de alta força iônica, proteínas hidrofóbicas ligam-se à matriz e são eluídas diminuindo-se a força iônica. 6.2. Eletroforese • SDS-PAGE: Uma técnica que separa proteínas com base no peso molecular. SDS é um detergente que confere carga negativa uniforme às proteínas, permitindo sua separação por tamanho durante a aplicação de um campo elétrico. • Isoeletrofocalização: Separa proteínas com base em seus pontos isoelétricos (pI), o pH no qual a proteína tem carga líquida zero. Proteínas I 13 6.3. Centrifugação • Centrifugação Diferencial: Separa componentes celulares com base na den- sidade, onde as frações mais densas sedimentam mais rapidamente. • Ultracentrifugação de Gradiente de Densidade: Separa proteínas em um gra- diente de densidade, como sacarose ou cloreto de césio, com base em suas velocidades de sedimentação. 6.4. Precipitação • Precipitação por Sal (por exemplo, Sulfato de Amônio): Aumentando a con- centração de sais, proteínas são precipitadas devido à redução da solubilidade. • Precipitação por pH: Ajustando o pH para próximo do ponto isoelétrico de uma proteína, sua solubilidade é minimizada, resultando em precipitação. 6.5. Ultrafiltração • Concentração e Dessalinização: Utiliza membranas semipermeáveis para concentrar proteínas e remover sais e outros pequenos solutos. • Refinamento da Purificação: Após a aplicação destes métodos, frequentemente é necessário um refinamento adicional para alcançar a pureza desejada, o que pode envolver a combinação de várias técnicas. Cada método de purificação é selecionado com base na natureza da proteína de interesse e no contexto da aplicação final, seja para pesquisa, diagnóstico ou terapêutica. A escolha criteriosa dos métodos é crucial para a eficiência e sucesso da purificação. Proteínas I 14 7. CONCLUSÃO A jornada pelo universo das proteínas revela a complexidade e a beleza intrínsecas à bioquímica da vida. Desde a diversidade dos aminoácidos, que são os tijolos fundamen- tais das proteínas, até a sofisticação das estruturas tridimensionais que determinam a função protéica, cada aspecto é essencial para o entendimento de como os seres vivos operam em nível molecular. A curva de titulação de aminoácidos nos fornece insights sobre o comportamento dos aminoácidos em diferentes condições de pH, um conhe- cimento crucial para a manipulação e purificação de proteínas. A compreensão das ligações peptídicas e das nomenclaturas é vital para decifrar a arquitetura das proteínas e para a engenharia de novas moléculas com aplicações terapêuticas. Os métodos de purificação de proteínas, que vão desde a cromatografia até a ultra- centrifugação, são ferramentas poderosas que permitem isolar e estudar proteínas com uma precisão cada vez maior. Estas técnicas são a base para avanços em pesquisa e aplicações industriais, permitindo a produção de medicamentos, o estudo de doenças e o desenvolvimento de novas terapias. A habilidade de purificar proteínas abre portas para a medicina personalizada, onde tratamentos são adaptados para a maquinaria molecular única de cada indivíduo, e para a biotecnologia, que utiliza proteínas para criar produtos inovadores. Em resumo, o estudo das proteínas é um campo dinâmico e fundamental que cru- za fronteiras científicas e promove o desenvolvimento de tecnologias emergentes. À medida que continuamos a desvendar os segredos das proteínas, estamos cada vez mais capacitados para enfrentar desafios biológicos e médicos, pavimentando o cami- nho para um futuro onde a saúde e a doença são entendidas e gerenciadas com uma precisão sem precedentes. Proteínas I 15 REFERÊNCIAS LEHNINGER, A. L.; NELSON, D. L.; COX, M. M. Princípios de Bioquímica. 7. ed. São Paulo: Sarvier, 2018. 1300 p. VOET, D.; VOET, J. G.; PRATT, C. W. Fundamentos de Bioquímica: a vida em nível mole- cular. 4. ed. Porto Alegre: Artmed, 2013. 1200 p. MATHEWS, C. K.; VAN HOLDE, K. E.; APOPLING, K. G. Bioquímica. 3. ed. São Paulo: Pearson Prentice Hall, 2002. 1360 p. STRYER, L.; BERG, J. M.; TYMOCZKO, J. L.; GATTO, G. J. Bioquímica. 8. ed. Porto Alegre: Artmed, 2019. 1088 p. MURRAY, R. K.; GRANNER, D. K.; RODWELL, V. W.; BENDER, D. A. Harper: Bioquímica ilustrada. 31. ed. Porto Alegre: AMGH, 2018. 832 p. DEVLIN, T. M. Manual de Bioquímica com Correlações Clínicas. 7. ed. São Paulo: Edgard Blücher, 2011. 1232 p. Escrito por Larissa Meirelles em parceria com inteligência artificial via chat GPT 4.0. sanarflix.com.br Copyright © SanarFlix. Todos os direitos reservados. Sanar Rua Alceu Amoroso Lima, 172, 3º andar, Salvador-BA, 41820-770 1. Introdução 2. Tipos de Aminoácidos 3. Curva de Titulação de Aminoácidos 4. Peptídeos e Proteínas 5. Ligação Peptídica e Nomenclaturas 6. Métodos de Purificação de Proteínas 7. Conclusão Referências