ATIVIDADE 1 BIOLOGIA MOLECULAR

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<p>ATIVIDADE 1 BIOLOGIA MOLECULAR</p><p>1-clonagem de genes possui variadas aplicações na área de pesquisa, por meio do</p><p>conhecimento da organização de genomas, da sequência de genes e suas proteínas codificadas,</p><p>da criação de bibliotecas de DNA e cDNA, além de produtos que beneficiam a sociedade, como</p><p>a produção de enzimas industriais, produção de insulina humana, vacinas, hormônios de</p><p>crescimento e melhoramento genético".</p><p>Fonte: CALEFFE, R. T. T.; OLIVEIRA, S. R.; FREITAS, A. C. O.; KIDO, K. K.; GARCIA,</p><p>A.; PAMPHILE, J. A. Clonagem de genes: métodos e aplicações. Revista UNINGÁ, v. 47, p.</p><p>73-77, jan./mar. 2016. Disponível em:</p><p>http://revista.uninga.br/index.php/uninga/article/view/1252/874. Acesso em: 5 fev. 2021.</p><p>Sobre as principais diferenças entre essas técnicas, destacando os objetivos de cada uma delas,</p><p>analise as sentenças a seguir:</p><p>I- As Bibliotecas de DNA ou cDNA são grandes coleções de material genético mantidas em</p><p>colônias de bactérias, nas quais um fragmento específico de DNA ou um gene podem ser</p><p>procurados.</p><p>II- Uma biblioteca de DNA é formada por fragmentos originados a partir de um DNA</p><p>genômico. Já uma biblioteca de cDNA é formada por sequências codificantes dos genes que</p><p>estavam expressos na forma de mRNA em uma determinada amostra.</p><p>III- A formação das bibliotecas de DNA e cDNA permite que fragmentos clonados sejam</p><p>mantidos e replicados por tempo indeterminado.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As sentenças II e III estão corretas.</p><p>B</p><p>Somente a sentença III está correta.</p><p>C</p><p>As sentenças I, II e III estão corretas.</p><p>D</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>E</p><p>Somente a sentença I está correta.</p><p>2-O processo de replicação do DNA é relativamente simples, envolvendo diversas enzimas</p><p>para que a síntese de uma nova fita de DNA seja realizada.</p><p>Com base nas enzimas envolvidas no processo de replicação in vivo, analise as sentenças a</p><p>seguir:</p><p>I- A enzima DNA polimerase realiza a adição de novos nucleotídeos à nova fita do DNA que</p><p>está sendo sintetizada, podendo atuar de modo independente do sentido da fita (3'-5' ou 5'-3'),</p><p>já que não necessitam de iniciadores.</p><p>http://revista.uninga.br/index.php/uninga/article/view/1252/874</p><p>II- As primases são enzimas responsáveis por adicionar primers (iniciadores) à fita de DNA</p><p>que está sendo sintetizada, pois a DNA polimerase necessita de uma extremidade 3' disponível</p><p>para a inserção do novo nucleotídeo.</p><p>III- A enzima helicase, é a responsável por abrir a dupla fita de DNA. Ela vai cortar as pontes</p><p>de hidrogênio entre os nucleotídeos, permitindo, assim, a separação da fita e síntese de uma</p><p>nova fita.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>B</p><p>As sentenças I, II e III estão corretas.</p><p>C</p><p>As sentenças I e II estão corretas.</p><p>D</p><p>Somente a sentença III está correta.</p><p>E</p><p>As sentenças II e III estão corretas.</p><p>3-O sequenciamento de DNA permite a identificação de qual nucleotídeo ocupa cada posição</p><p>na fita de uma molécula ou fragmento de DNA. As primeiras técnicas que permitiram</p><p>sequenciar o DNA começaram a ser desenvolvidas na década de 70, com o método</p><p>desenvolvido por Sanger.</p><p>Sobre o método de Sanger, assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>Os didesoxinucleotídeos são similares aos primers ou iniciadores, já que iniciam a reação em</p><p>diferentes terminações 3'.</p><p>B</p><p>São utilizados iniciadores (primers), fitas de DNA réplicas da mesma fita molde, ou seja, com</p><p>a mesma extremidade 5' e diferentes terminações 3', devido à inserção dos</p><p>didesoxinucleotídeos, que são nucleotídeos terminadores de cadeia (ddNTP: ddATP, ddTTP,</p><p>ddCTP e ddGTP).</p><p>C</p><p>Nenhuma das alternativas é correta.</p><p>D</p><p>A técnica de Sanger, utiliza terminadores de sequência em réplicas de DNA de uma fita molde</p><p>diferenciada.</p><p>E</p><p>Os didesoxinucleotídeos são ineficazes para a técnicas de Sanger, sendo utilizados somente os</p><p>primers e diversas fitas de DNA réplicas da mesma fita molde, com a mesma extremidade 5'.</p><p>4-[Laboratório Virtual - Hibridização] Segundo o roteiro de hibridização, o sucesso dessa</p><p>prática depende da capacidade do DNA de se anelar às sequências complementares após a</p><p>desnaturação (período em que a fita de DNA é simples). Dessa forma, o ponto de fusão do</p><p>DNA, ou seja, o momento em que ocorre a ruptura das pontes de hidrogênio e a abertura da</p><p>dupla fita de DNA, varia de um organismo para outro. O ponto de fusão do DNA também</p><p>depende da quantidade de pares de base G-C e A-T, sendo que, quanto mais pares G-C, maior</p><p>o ponto de fusão do genoma. Isso ocorre porque o par G-C é mais estável, apresentando três</p><p>pontes de hidrogênio, enquanto o par A-T conta apenas com duas. Após o anelamento da sonda</p><p>com sua sequência-alvo complementar, o padrão de hibridização é visto em microscópio de</p><p>fluorescência. Além do ponto de fusão, outros fatores podem interferir na hibridização da sonda</p><p>de DNA.</p><p>Sobre esses fatores, analise as opções a seguir:</p><p>I- Temperatura de fusão.</p><p>II- pH alto para produzir condições de hibridização.</p><p>III- Concentração de cátions monovalentes.</p><p>IV- Presença de solventes orgânicos.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As sentenças II, III e IV estão corretas.</p><p>B</p><p>As sentenças I, II, III e IV estão corretas.</p><p>C</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>D</p><p>Somente a sentença I está correta.</p><p>E</p><p>Somente a sentença III está correta.</p><p>5-Uma das técnicas essenciais em biologia molecular é a capacidade de sequenciar o gene de</p><p>um organismo. Esse sequenciamento é importante, pois identifica possíveis mutações, cadeias</p><p>de transmissão e origem da chegada do vírus a uma região específica.</p><p>De acordo com as técnicas empregadas para o sequenciamento de DNA, analise as sentenças:</p><p>I- Os didesoxinucleotídeos (ddNTP) são utilizados para o sequenciamento com o método de</p><p>Sanger, em que, posteriormente, faz-se a identificação da sequência com eletroforese.</p><p>II - O pirosequenciamento tem como base a formação de pirofosfato a cada novo nucleotídeo</p><p>adicionado à nova fita.</p><p>III - O método empregado na plataforma Illumina foi a base para o desenvolvimento dos testes</p><p>de sequenciamento que conhecemos atualmente, sendo a primeira geração de sequenciamento</p><p>de DNA.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As sentenças I e II estão corretas.</p><p>B</p><p>As sentenças I e III estão corretas.</p><p>C</p><p>Somente a sentença I está correta.</p><p>D</p><p>As sentenças I, II e III estão corretas.</p><p>E</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>6-A escolha do gel para a técnica de eletroforese deve-se dar através do tamanho da molécula</p><p>a ser isolada e do objetivo do isolamento.</p><p>Com base nas matrizes de agarose e poliacrilamida para a técnica de eletroforese em gel, analise</p><p>as sentenças a seguir:</p><p>I- A poliacrilamida pode separar fragmentos de DNA com até mesmo uma única base</p><p>nitrogenada de diferença.</p><p>II- A agarose, apresenta menor resolução, ou seja, cada banda presente no gel, representa um</p><p>agrupamento de moléculas de tamanho semelhantes.</p><p>III- No gel de poliacrilamida, uma menor faixa de tamanho das moléculas pode se movimentar,</p><p>enquanto fragmentos maiores de DNA podem migrar facilmente no gel de agarose.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As sentenças I, II e III estão corretas.</p><p>B</p><p>Somente a sentença I está correta.</p><p>C</p><p>As sentenças II e III estão corretas.</p><p>D</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>E</p><p>Somente a sentença III está correta.</p><p>7-[Laboratório Virtual - Hibridização] Segundo o sumário da aula prática, a hibridização é uma</p><p>técnica que tem o princípio da complementariedade das bases nitrogenadas dos ácidos</p><p>nucleicos como base (adenina com timina e citosina com guanina). Essa técnica consiste, de</p><p>forma básica, em localizar sequências de interesse no genoma de quaisquer organismos,</p><p>hibridizando-as ao próprio DNA da espécie.</p><p>Considerando a aula prática de hibridização, assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>Na técnica de FISH, cada sonda é marcada com a mesma cor fluorescente para</p><p>garantir a</p><p>identificação de múltiplos genes simultaneamente.</p><p>B</p><p>A técnica de FISH é usada exclusivamente para a análise de sequências de RNA, e não para</p><p>sequências de DNA.</p><p>C</p><p>O reagente DAPI é adicionado logo no início da reação, junto à sonda na técnica de FISH, sem</p><p>necessidade de incubação.</p><p>D</p><p>A técnica de CGH array é avaliada diretamente no microscópio, sem o uso de scanner.</p><p>E</p><p>Ao final da reação é possível visualizar as células marcadas com pontos verdes e vermelho.</p><p>8-O gráfico a seguir ilustra uma curva de amplificação da PCR em tempo real.</p><p>De acordo com a interpretação do gráfico, analise as sentenças:</p><p>I - A amostra A possui maior quantidade do gene avaliado, uma vez que possui menor Ct.</p><p>II A amostra C possui maior quantidade de amostra, pois quanto maior o Ct, maior a quantidade</p><p>de material disponível para iniciar a amplificação do gene de interesse.</p><p>III - A amostra B ultrapassou o Threshold após o ciclo 20, apresentando uma quantidade</p><p>intermediária de amostra, quando comparadas às amostras A e C.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As sentenças II e III estão corretas.</p><p>B</p><p>As sentenças I e II estão corretas.</p><p>C</p><p>Somente a sentença II está correta.</p><p>D</p><p>As sentenças I e III estão corretas.</p><p>E</p><p>As sentenças I, II e III estão corretas.</p><p>9-O qPCR (PCR em tempo real) utiliza corantes fluorescentes ou sondas específicas, que</p><p>emitem fluorescência quando se encontram ligados ou intercalados à fita de DNA no meio de</p><p>reação da PCR. Considerando esse fator, a fluorescência, é proporcional à quantidade de</p><p>material disponível para iniciar a amplificação.</p><p>Sobre os parâmetros para quantificação do qPCR, avalie as asserções a seguir e a relação</p><p>proposta entre elas:</p><p>I- O threshold, também conhecido como linha de corte, demonstra o momento em que a</p><p>fluorescência apresentada está livre de ruídos, sendo essencialmente a representação da</p><p>amplificação da amostra teste.</p><p>PORQUE</p><p>II- O equipamento é capaz de determinar em que momento a fluorescência detectada é</p><p>proveniente apenas das amostras que estão sendo amplificadas e, assim, determinar a linha de</p><p>corte.</p><p>Assinale a alternativa CORRETA:</p><p>A</p><p>As asserções I e II são falsas.</p><p>B</p><p>A asserção I é uma proposição verdadeira e a II é uma proposição falsa.</p><p>C</p><p>A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.</p><p>D</p><p>As asserções I e II são verdadeiras, e a II é uma justificativa correta da I.</p><p>E</p><p>As asserções I e II são verdadeiras, mas a II não é uma justificativa correta da I.</p><p>10-As bibliotecas de DNA e cDNA são essenciais para manter e replicar um fragmento clonado</p><p>por tempo indeterminado.</p><p>Sobre essas técnicas, associe os itens, utilizando o código a seguir:</p><p>I- Biblioteca de cDNA.</p><p>II- Biblioteca de DNA.</p><p>III- Hibridização em colônia.</p><p>( ) Técnica que detecta os fragmentos do DNA de interesse com sondas específicas em meio</p><p>de cultivo sólido.</p><p>( ) Clonagem de fragmentos aleatórios do DNA, permitindo a sua identificação, isolamento e</p><p>sequenciamento do genoma.</p><p>( ) Clonagem de mRNAs, em que cada célula/tecido pode originar uma biblioteca diferente,</p><p>considerando o padrão de expressão gênica específico, relacionado sempre a sua função.</p><p>Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:</p><p>A</p><p>Nenhuma das alternativas está correta.</p><p>B</p><p>I - III - II.</p><p>C</p><p>I - II - III.</p><p>D</p><p>III - II - I.</p><p>E</p><p>II - I - III.</p>