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Atividade de Autoaprendizagem 2 Pergunta 1 Os métodos automatizados aprimoraram a técnica de Sanger, trazendo um desenvolvimento ainda maior dos processos de sequenciamento do DNA. Entre os fatores que tornam o método automatizado melhor do que o tradicional podemos citar: A. o alto custo da automatização é um fato que impossibilitou o uso desse tipo de técnica em larga escala; B. Correta: o uso de marcadores fluorescentes permitiu um sequenciamento mais seguro que o radioativo e mais rápido por ser feito através de leitura automatizada. C. o uso de marcadores radioativos é característico das técnicas automatizadas, permitindo uma leitura mais eficaz; D. a única característica que diferencia o método automatizado do método de Sanger é a utilização de marcadores fluorescentes; E. o sequenciamento automatizado rompeu totalmente com o método de Sanger, aplicando procedimentos totalmente novos; Pergunta 2 Sobre os polimorfismos genéticos, analise as afirmativas abaixo. ( ) O polimorfismo pode afetar a codificação de proteínas específicas, podendo gerar quantidades anormais de proteínas e/ou proteínas truncadas, esse tipo de polimorfismo é denominado de não funcional. ( ) DNA fingerprinting é as diferenças dentro de um genoma que acarretam em um perfil de DNA único. ( ) Os SNPs são a troca de um único nucleotídeo de uma determinada sequência de DNA. ( ) Os códons são sequências de três nucleotídeos que formam uma tríade. ( ) Os polimorfismos funcionais são aqueles que não influenciam o gene no qual está inserido, não interferindo na função daquele gene. Assinale a alternativa que aponta a sequência correta. A. F – F – V – V – F. B. F – V – F – V – F. C. F – V – V – F – F. D. F – F – F – V – F. E. Correta: F – V – V – V – F. Pergunta 3 A manipulação do DNA envolve um conjunto de técnicas que estão inseridas na disciplina denominada biologia molecular, que se empenham em estudar e desenvolver formas de isolar, clonar, manipular e estudar o DNA dos organismos vivos. Em relação ao histórico desses procedimentos realizados pelo homem, podemos afirmar que: A. as técnicas de manipulação são extremamente recentes, só sendo capazes de serem desenvolvidas após o conhecimento detalhado da estrutura e composição do DNA e dos genes como um todo; B. Correta: a manipulação do DNA pelo homem não é um processo recente, sendo realizado há muitos séculos, através de cruzamentos seletivos para obtenção de características o homem “domesticou” várias espécies; C. através da manipulação do DNA, a ciência deu um grande salto no entendimento do código genético, contudo, o custo e a complexidade das técnicas fizeram com que elas não fossem levadas adiante. D. o homem, apesar do desenvolvimento tecnológico na área de manipulação genética, só consegue atualmente isolar um gene para estudá-lo, não tendo esse procedimento uma aplicação muito prática na sociedade; E. a tecnologia do DNA é a composição de técnicas que permitem ao homem estudar o DNA e os genes apenas nos ambientes acadêmicos, dentro dos institutos de pesquisa; Pergunta 4 As endonuclease de restrição, também denominadas de enzimas de restrição, são moléculas utilizadas em diversas técnicas moleculares, incluindo o CRISPR-CAS9. Sobre essas moléculas, assinale a alternativa correta. A. Sempre após a clivagem de uma enzima de restrição serão gerados dois fragmentos de DNA. B. Reconhecem uma sequência inespecífica e clivam sempre na metade da sequência reconhecida, gerando dois fragmentos com tamanhos exatamente iguais. C. A adição da enzima de restrição deve ocorrer na fase de anelamento da PCR. D. Correta: Reconhecem uma sequência específica e clivam em uma determinada posição. E. As enzimas de restrição são obtidas através de células humana. Pergunta 5 Diversas técnicas foram desenvolvidas nos últimos anos para otimizar o diagnóstico de diferentes tipos de doenças. Uma das técnicas mais conhecida e utilizada no mundo é a reação em cadeia da polimerase (PCR), por apresentar um bom custo e efetividade em comparação a outras técnicas moleculares. Sobre a PCR, assinale a alternativa correta. A. Correta: A PCR convencional amplifica somente fragmentos de DNA. B. A técnica é pouco utilizada por ser inespecífica. C. Para essa técnica não é necessário o uso de primers. D. Para a amplificação é necessário o uso da enzima transcriptase reversa. E. Essa técnica permite a amplificação de no máximo 10 fragmentos de DNA. Pergunta 6 A partir da virada do século, novas abordagens para o sequenciamento de DNA, que romperam totalmente com os métodos de Sanger, foram desenvolvidas. Denominadas de sequenciamento de nova geração, elas apresentam uma superioridade sobre as técnicas anteriores, principalmente evidenciadas por mudanças como: A. a mudança que as técnicas de nova geração apresentam é somente o baixo custo, já que o método de sequenciamento é apenas uma adaptação da metodologia de Sanger; B. Correta: a velocidade e a quantidade de etapas, a baixa concentração das amostras de DNA e o custo extremamente baixo são as mudanças mais significativas das tecnologias de nova geração; C. o que diferencia os sequenciamentos de nova geração dos anteriores é a quantidade de bases que cada um pode obter, sendo as outras características preservadas iguais as técnicas anteriores. D. a única mudança realmente significativa das técnicas de nova geração foram as baixas concentrações nas quais as técnicas podem ser realizadas, tendo a possibilidade de usar pequenas quantidades de DNA; E. as técnicas de nova geração só receberam esse nome, pois utilizam sequenciamento automatizado com base em marcadores fluoresecentes de baixo custo e alta especificidade; Pergunta 7 O sequenciamento de Sanger foi desenvolvido por Frederick Sanger em 1997. Quais são os produtos/reagentes necessários para desenvolver esta metodologia molecular? A. Taqpolimerase, primers, nucleotídeos, nucleotídios modificados, RNA. B. Taqpolimerase, nucleotídeos, nucleotídios modificados, DNA. C. Taqpolimerase, primers, nucleotídios modificados, DNA. D. Taqpolimerase, primers, nucleotídeos, nucleotídios modificados. E. Correta: Taqpolimerase, primers, nucleotídeos, nucleotídeos modificados, DNA. Pergunta 8 As variações que ocorrem no genoma humano são processos que podem acontecer por influência de diversos fatores como radiação, substâncias químicas, entre outros. Essas variações ocasionam alterações nos genes que, consequentemente, causarão diferenças em características ou funções biológicas nos indivíduos. Dessa maneira, podemos afirmar que em relação aos processos de variação no genoma. A. As variações no genoma são processos danosos que não acontecem naturalmente, sendo impulsionados por agentes externos como radiação, substâncias químicas ou outros. B. Alterações causadas no genoma não são capazes de causar nenhum dano as características ou funções do organismo. C. Correta: Os processos de variação do genoma são ocasionados naturalmente na célula por meio de mutações ou recombinação genética. D. A variação dos genes entre os indivíduos até agora não mostrou nenhuma relação com os processos de evolução das espécies. E. Um gene originado por mutação, mesmo alterado, não pode ser passado para outras gerações, tendo pouco impacto para a evolução. Pergunta 9 O avanço das tecnologias e dos métodos para aprimoramento das técnicas de PCR permitiu o desenvolvimento de diversos tipos diferentes de PCR. Um dos tipos mais proeminente e utilizado é a PCR em tempo real. Essa técnica se caracteriza pelo fato de: A. a qPCR recebe essa denominação, representada por essa sigla, pelo fato da polimerase nessa reação ser especializada, permitindo a quantificação do fragmento de polimerase; B. a técnica em tempo real é pouco viável na prática, sendo, por esse motivo, pouco aplicável em alguma área de atuação,se restringindo a pesquisa cientifica em institutos apenas. Ademais, a reação de amplificação do DNA é acompanhada de outro fragmento de DNA com concentração conhecida, possibilitando a quantificação do alvo em tempo real, por isso a sigla qPCR; C. essa técnica se diferencia por não precisar de um DNA molde para a amplificação, basta apenas adicionar um DNA de concentração conhecida para que ele possa ser quantificado durante a reação; D. Correta: a tecnologia de PCR em Tempo Real (qPCR) é uma evolução do método de PCR (Polymerase Chain Reaction ou Reação em Cadeia da Polimerase). Seu princípio se baseia na duplicação de cadeias de DNA “in vitro”, que pode ser repetida diversas vezes, gerando quantidade de DNA suficiente para realizar diversas análises. Com apenas um único fragmento de DNA é possível reproduzir milhões de cópias. E. a PCR em tempo real segue o mesmo padrão da técnica normal, possibilitando apenas a amplificação em tempo real, sem permitir a quantificação da molécula alvo; Pergunta 10 Um determinado teste é baseado nas seguintes etapas: extração do material genético, amplificação dos fragmentos de DNA, digestão por enzimas de restrição específicas e eletroforese em gel de agarose%. De qual teste estamos falando? A. Sequenciamento. B. RLFP-PCR. C. qPCR. D. Correta: PCR-RFLP. E. RT-PCR. Pergunta 11 Os Polimorfismos são regiões bastante específicas e aplicáveis a uma série de áreas de atuação, o que se sabe sobre essas regiões do DNA é que podem variar de acordo com a sequência ou com o comprimento de DNA. Com base nisso, em relação a esses polimorfismos podemos afirmar que: A. as SNP’s são substituições de nucleotídeos em uma única base, sendo polimorfismos muito raros de acontecer; B. Correta: os polimorfismos mais simples e abundantes são os SNP’s, que consistem em polimorfismos de sequência de apenas uma base; C. os polimorfismos mais complexos são os que apenas um nucleotídeo é trocado ou substituído ou deletado, esses polimorfismos são raros; D. os polimorfismos repetitivos, como os SSR, são os mais simples tipos de polimorfismos, sendo extremamente comuns sua ocorrência; E. os SSR são polimorfismos de repetição que não tem aplicações observadas atualmente em nenhuma área. Pergunta 12 A variabilidade genética de um genoma, também nomeado de polimorfismos genéticos, permite ao profissional realizar vários tipos de diagnóstico. Dentre eles: A. Correta: identificação de indivíduos, teste de paternidade, marcadores genéticos para o câncer; B. diagnóstico de doenças virais, marcadores genéticos para asma, artrite e cânceres; C. apenas genética forense; D. identificação de indivíduos, teste de paternidade e doenças virais; E. diagnóstico de doenças causadas por bactérias e genética forense. Pergunta 13 Polimorfismo no sentido literal significa “muitas formas” e, basicamente, refere-se a mudanças nas sequências de DNA que originam muitas versões alternativas de determinada região. Essas versões alternativas são denominadas alelos, porém, um polimorfismo só se caracteriza: A. quando não há variação nas sequências genômicas, ou seja, a ausência de alelos caracteriza um polimorfismo; B. pela ocorrência de alelos predominantes que estão presentes em grande parte da população, em geral acima de 50%. C. quando existe uma frequência alélica menor que 1% podemos determinar que aquela região ou sequência é polimórfica; D. Correta: com uma frequência de alelos variantes em uma região do DNA maior que 1% dentro de uma população; E. por frequências alélicas extremamente diminutas, por isso, praticamente impossível de serem detectadas; Pergunta 14 Os polimorfismos genéticos são importantes alterações que podem estar associadas a processos patológicos, características individuais, perfil genético e fatores de riscos para doenças. Ao que se refere aos polimorfismos genéticos, é correto afirmar que: A. podem ser do tipo: VNTRs, STRs, SNPs e RFLP; B. o polimorfismo do tipo STRs não é mais utilizado. C. podem ser do tipo: VNTRs e STRs; D. não são utilizados em análises forenses; E. Correta: podem ser do tipo: VNTRs, STRs, SNPs; Pergunta 15 O estudo dos polimorfismos, em especial através da evolução das técnicas de DNA, mostrou-se de suma importância para uma variedade de áreas diferentes, desde a pesquisa sobre a evolução e variabilidade humana até exames de DNA. O conhecimento sobre as regiões polimórficas demonstrou que existem vários tipos de polimorfismo, nesse contexto é correto afirmar que: A. o polimorfismo do DNA é extremamente raro e não apresenta diferença quanto à forma ou ao tipo de sequência; B. estudar os polimorfismos mostrou que eles apresentavam diferenças, mas que por esse motivo são pouco aplicáveis. C. a classificação dos diferentes polimorfismos está unicamente associada ao tamanho da região que sofre variação; D. a forma de classificar os polimorfismos é somente em relação ao processo no qual a variação foi originada; E. Correta: os polimorfismos se agrupam ou se diferenciam de acordo com a forma com que a sequência de DNA varia e o tamanho da região onde isso ocorre; Pergunta 16 O conhecimento do código genético, caracterizado pelas sequências específicas de nucleotídeos, foi fundamental para o desenvolvimento das tecnologias do DNA. Assim, encontrar ferramentas que fragmentassem esse DNA nessas sequências específicas para permitir a manipulação desse código foi imprescindível na época. Sobre as ferramentas que possibilitaram isso é correto afirmar que: A. o homem ainda busca o desenvolvimento de ferramentas que consigam clivar o DNA em regiões específicas e que não atuem de forma aleatória, como a maioria das enzimas atuais; B. Correta: a descoberta de uma classe de enzimas bacterianas, denominadas enzimas de restrição, capazes de cortar o DNA em sequências altamente específicas, foi um marco no desenvolvimento das tecnologias do DNA; C. um grande salto para as tecnologias do DNA foi a descoberta das enzimas bacterianas conhecidas como enzimas de restrição, porém, essa técnica é pouco aplicável por cortar apenas sequências curtas; D. a descoberta de tesouras moleculares não é uma prioridade, na atualidade, para o desenvolvimento da tecnologia do DNA, visto que o grande enfoque no momento é sequenciar e conhecer os genes humanos. E. as enzimas de restrição se mostraram ferramentas importantíssimas para a sua utilização como tesouras moleculares, porém, sua obtenção a partir de bactérias torna essas enzimas não aplicáveis em seres humanos; Pergunta 17 O sequenciamento do genoma de organismos vivos dependeu de uma série de fatores que vão desde o desenvolvimento de tecnologias até a evolução do conhecimento sobre biologia molecular e as características intrínsecas da molécula de DNA. Assim, podemos afirmar que, o estudo do genoma contribui: A. Correta: na identificação de genes capazes de causar doenças genéticas, no entendimento dos processos evolutivos e na medicina através da prevenção, diagnóstico e formas de tratamento para diversas doenças; B. a genômica é uma área da ciência focada no estudo da natureza química dos genes dos diversos organismos vivos, sem se preocupar com a ordem das sequências nas quais eles estão dispostos; C. o sequenciamento do DNA genômico por completo, por ser extremamente complexo, ainda não foi totalmente possível, sendo necessário maior investimento e desenvolvimento nessa área. D. apenas na identificação de genes mutantes capazes de causar doenças genéticas em humanos, sendo outras aplicações, que não essas, impossíveis de serem desenvolvidas; E. no diagnóstico de microrganismos patogênicos que impactam a saúde, sendo o estudo do genoma focado somente nesta área da medicina, visto seu potencial de aplicação; Pergunta 18 Os polimorfismos genéticos são muito utilizados para teste de paternidade e amostras forenses.Considere que chegaram ao laboratório quatro amostras para um teste de paternidade: da criança, da mãe e de dois possíveis pais; e você terá que determinar qual é o pai da criança. Entre as metodologias abaixo, qual é a mais indicada? A. Polimorfismos genéticos. B. Correta: STR C. PCR. D. Endonucleases de restrição. E. VNTR. Pergunta 19 A clonagem de um gene é um conjunto de técnicas que permite isolar uma sequência de DNA e amplificá-la para uma aplicação desejada. As técnicas do DNA recombinante são bastante usadas para esse fim, isso até o desenvolvimento das técnicas atuais de amplificação. Sobre as técnicas atuais para amplificar sequências de DNA, podemos afirmar que: A. Correta: a técnica denominada reação em cadeia da polimerase — PCR vem substituindo os métodos de DNA recombinante por serem mais rápidas, sensíveis e baratas; B. a amplificação do DNA é um procedimento ainda em experimentação, por isso, ele só é utilizado nos institutos de pesquisa científica. C. as técnicas de DNA recombinante ainda são as mais utilizadas para amplificar fragmentos de DNA, visto que nenhuma outra técnica melhor foi desenvolvida; D. na atualidade, a reação em cadeia da polimerase — PCR é uma alternativa ainda pouco usada para amplificar o DNA, devido a sua alta complexidade; E. os processos para amplificar fragmentos de DNA ainda são pouco usados devido a sua complexidade e alto custo; Pergunta 20 A primeira técnica utilizada como marcador genético baseado em regiões polimórficas foi amplamente utilizada em muitas áreas subsequentes na biologia molecular, sendo que o fundamental para o estudo do primeiro mapa genético foi a RFLP. Sobre essa técnica é possível afirmar. A. Correta: A RFLP tem alto poder discriminatório de genótipos e é baseada na clivagem de fragmentos por enzimas de restrição. B. Por usar enzimas de restrição para clivagem de DNA, essa técnica teve pouca aplicabilidade, sendo usada só no meio da pesquisa em instituições. C. É baseada na utilização única de SNP’s por não ter a necessidade de utilizar enzimas de restrição. D. Esse método é mais utilizado até hoje pelo seu poder de discriminar genótipos e a possibilidade de usar pequenas quantidade de DNA. E. Essa técnica tem pouca capacidade de discriminação de genótipos, se tornando, por esse motivo, rapidamente obsoleta. Pergunta 21 . Os oligonucleotídeos iniciadores devem ser desenvolvidos com total precisão para que a ampliação dos fragmentos desejados seja específica e permita um diagnóstico preciso. De acordo com a sequência de DNA dupla-fita abaixo, quais serão os oligonucleotídeos iniciadores da ampliação desse fragmento de DNA: 5’ CCGCTTAGCCGGTAC 3’ 3’ GGCGAATCGGCCATG 5’ A. GGC e ATG. B. GGC e CCG. C. GGC e ATC. D. Correta: ATG e CCG. E. TTG e GTA. Pergunta 22 A reação de cadeia da polimerase – PCR, além de tecnologias para seu funcionamento, precisou do estudo e da identificação de uma série de variáveis que impactam diretamente na eficácia dessa técnica. Sobre as etapas fundamentais para realização da PCR, é correto afirmar que: A. as etapas para realização da PCR não estão relacionadas com a obtenção das cópias de DNA, sendo estas dispensáveis para realização de todo o processo de amplificação; B. Correta: a PCR consiste em três etapas que são a desnaturação da proteína para abertura da fita de DNA, a ligação dos iniciadores sintéticos e a ampliação através de enzima Taq DNA polimerase; C. Pelo fato de a PCR estar ainda em fase experimental até então não há um protocolo totalmente estabelecido para realização dessa técnica, sendo possível a adaptar a diversos outros protocolos. D. para a realização da PCR não é necessário quebrar, ou seja, desnaturar a dupla fita de DNA, sendo totalmente possível amplificar os fragmentos de DNA mesmo mantendo sua estrutura de dupla hélice; E. enzimas conhecidas como polimerases são as principais responsáveis pela amplificação do DNA por adicionarem os pares complementares, por isso, são os únicos fatores indispensáveis para a PCR; Pergunta 23 O método de PCR já é bem estabelecido como uma técnica de vanguarda na biologia molecular e que apresenta muitas vantagens em relação ao processo anterior de amplificação do DNA, por isso, ele é aplicado em vários campos do conhecimento. Sobre o diferencial que essa técnica apresenta, podemos citar que: Ocultar opções de resposta A. o grande diferencial é apenas poder realizar a replicação in vitro, sendo um processo tão demorado e custoso como os anteriores; B. Correta: a PCR é capaz de replicar sequências do DNA in vitro, sem a necessidade do uso de células, com grande rapidez e seletividade; C. a grande diferença da técnica de PCR é que ela é capaz de replicar grandes pedaços de DNA com o auxílio de células específicas; D. o processo para amplificar o DNA com base na PCR é diferente do anterior, pois é feito uma parte in vitro e outra com a utilização de células; E. a rapidez com que é feita a replicação do DNA através da PCR é seu grande diferencial, contudo, a seletividade dessa técnica ainda é muito baixa. Pergunta 10 Pesquisadores do IMT-USP e Instituto Adolf Lutz (IAL), em parceria com cientistas britânicos da Universidade de Oxford, sequenciaram em tempo recorde o genoma do novo coronavírus – COVID 19, encontrado no Brasil. Entre as principais utilidades de se mapear o genoma de um vírus estão: ajudar a entender a transmissão e o tempo que ele está presente em determinada região ou país, disponibilizando esses dados em banco de dados internacionais que poderão ser acessados para criação de vacinas, exames diagnósticos, entre outros. O projeto genoma humano deu o ponta pé inicial as técnicas de sequenciamento do DNA, sobre esse projeto é correto afirmar. Ocultar opções de resposta A. Esse projeto foi importante apenas na descrição da composição química das bases que formam o DNA, denominadas posteriormente de bases nitrogenadas. B. O principal intuito desse projeto foi mapear os genes do ser humano através do sequenciamento do nosso genoma, permitindo a criação de banco de dados e descoberta de doenças genéticas. C. Foi o projeto que tinha o intuito de descobrir os genes humanos e, consequentemente, o DNA e os cromossomos. D. Esse projeto foi uma iniciativa internacional para investigar a natureza molecular das unidades hereditárias, permitindo que os fenômenos biológicos pudessem ser compreendidos pelas leis físicas e químicas. E. Correta: O projeto genoma humano foi idealizado apenas para identificação e caracterização de doenças monogênicas, não tendo aplicação em nenhum outro campo.