SIMULADO2 SDE4449 BIOINFORMATICA (1)

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Disc.: BIOINFORMÁTICA   
	Aluno(a): VERA REGINA VITAL BOLLES
	202102479339
	Acertos: 10,0 de 10,0
	01/06/2023
		1a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina)
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados.
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463-477, Maio/Junho 2010 (adaptado).
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de análises envolvidos.  
PORQUE
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, independentemente do tipo de processamento.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
		
	 
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	As asserções I e II são proposições falsas.
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	Respondido em 01/06/2023 11:47:04
	
	Explicação:
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida.
	
		2a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A determinação da estrutura do Ácido Desoxirribonucléico foi um marco importante para a Biologia, esclarecendo como a informação hereditária é codificada em sequências de nucleotídeos de DNA nas células. A respeito desse tema, analise as alternativas a seguir:
I. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA, que codificam proteínas (íntrons), intercalados com longos segmentos de DNA não codificantes (éxons).
II. As sequências de íntrons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de éxons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing.
III. O dogma central da biologia nos mostra o fluxo de informações que vai do DNA até a formação de uma unidade proteica, na ordem DNA > transcrição > RNAm > tradução > proteína
IV. Eucromatina é o nome dado ao padrão de cromatina desenovelado do DNA.
É correto o que se afirma em:
		
	
	I e III.
	
	II e III.
	
	I e II.
	 
	III e IV.
	
	II e IV.
	Respondido em 01/06/2023 11:48:04
	
	Explicação:
As sequências de éxons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de íntrons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing de RNA. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA. Durante a regulação de quais genes irão ser transcritos, temos a formação de regiões mais condensadas, que não são transcritos a heterocromatina e regiões com padrão de cromatina desenovelado que o DNA assume quando está aberto para a chegada da maquinaria de expressão ou replicação. O padrão desnovelado recebe o nome de eucromatina.
	
		3a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as ___________ regulam essa compactação. A reação de _________ ocorre o maior enovelamento, já a reação de ____________ faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. 
		
	
	procariotos / polimerase / metilação / acetilação
	 
	 eucariotos / histona / metilação / acetilação
	
	eucariotos / polimerases / acetilação / metilação
	
	 procariotos / polimerase /acetilação / metilação
	
	procariotos / histona / metilação /acetilação
	Respondido em 01/06/2023 11:49:24
	
	Explicação:
Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o maior enovelamento, já a reação de acetilação faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo de regulação, como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a reação de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros.
	
		4a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área de ciência e tecnologia, o repórter citou o termo NCBI. Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o significado daquele termo. Qual seria a resposta correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?
		
	 
	O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área biotecnológica.
	
	O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica.
	
	O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
	
	O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.
	
	O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
	Respondido em 01/06/2023 11:50:54
	
	Explicação:
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal mais famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos de dados biológicos e ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar, facilitando o acesso e manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área biotecnológica.  Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados disponíveis no portal do NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada para o alinhamento de sequências, também está implementada nesse portal.
	
		5a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers?
		
	 
	Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA.
	
	Tamanho do produto amplificado.
	
	Conteúdo GC.
	
	Temperatura de anelamento.
	
	Temperatura de melting.
	Respondido em 01/06/2023 11:52:11
	
	Explicação:
Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que queremos amplificar. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos de sequências de nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveisno portal no NCBI. Nos programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar uma sequência complementar de primers sem ter essa sequência.  As outras alternativas da questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as configurações do programa, só se ele achar necessário.
	
		6a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
		
	
	GenBank.
	
	BLAST.
	
	PubMed.
	
	KEGG.
	 
	RefSeq.
	Respondido em 01/06/2023 11:52:15
	
	Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para alinhamento de sequências.
	
		7a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos.
I - Existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser diferente, como sequências, estruturas e vias metabólicas.
II - Os bancos de dados biológicos só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo usuário.
III - Quanto mais detalhado o processo de curadoria dos dados disponibilizados por um banco, mais confiáveis eles são.
		
	
	As afirmativas I e II são proposições verdadeiras, enquanto a III é falsa.
	
	As afirmativas I, II e III são proposições verdadeiras.
	 
	As afirmativas I e III são proposições verdadeiras, e a II é uma proposição falsa.
	
	A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e II e III são proposições falsa.
	
	A afirmativa III é uma proposição verdadeira, enquanto I e II são proposições falsas.
	Respondido em 01/06/2023 11:58:45
	
	Explicação:
A maioria dos bancos de dados biológicos mais conhecidos e utilizados são aqueles cujo acesso é livre, isto é, qualquer um pode acessar e obter os dados armazenados. Eles são muito úteis para o compartilhamento de informações e verificação da veracidade de dados divulgados por cientistas. No entanto, existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser diferente, como sequências, estruturas e vias metabólicas, e quanto mais detalhado for o processo de curadoria dos dados disponibilizados por um banco, mais confiáveis eles são.
	
		8a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados computacionais. Em relação aos tipos de bancos de dados biológicos, relacione as duas colunas.
1. Curado.
2. Acesso livre.
3. Especializado
4. Primário.
( ) Armazenam informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos.
( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa experiência no assunto.
( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.
( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso.
Qual a sequência correta?
		
	
	1-2-3-4.
	
	4-3-2-1.
	
	2-4-1-3.
	 
	4-1-3-2.
	
	1-3-2-4.
	Respondido em 01/06/2023 12:00:24
	
	Explicação:
Os bancos de dados podem ser categorizados de acordo com a disponibilidade de acesso, com o conteúdo dos dados armazenados e com a qualidade deles. O acesso pode ser livre ou restrito; o conteúdo pode ser de dados brutos ou processados, referindo-se a sequências biológicas, estruturas 3D, anotação funcional de proteínas, dentre outros. No que diz respeito à qualidade, um banco curado é aquele que passou pela análise de profissionais especialistas no assunto. Um banco primário é aquele que armazena informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos, e um banco especializado reúne todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.
	
		9a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica?
		
	
	Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
	 
	Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
	
	Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias observadas e previstas.
	
	A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
	
	Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança.
	Respondido em 01/06/2023 12:01:54
	
	Explicação:
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a partir de uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que minimiza a diferença entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros métodos de distância, o método neighbor-joining conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras alternativas não se enquadram como definições dessa metodologia.
	
		10a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Para compreender o que diz uma árvore filogenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir são listados diferentes conceitos sobre a filogenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores filogenéticas:
		
	
	Terminal, num cladograma, significa um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
	
	Topologia significa o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore filogenética.
	
	O ponto no qual o gráfico se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
	
	Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore filogenética dizemos que existe um grupo irmão.
	 
	Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
	Respondido em 01/06/2023 12:04:09
	
	Explicação:
Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Justificativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore filogenética, também podendo ser nomes de genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia. Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore filogenética. Um cladograma só possui uma topologia que pode ser configurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda.
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