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BIOINFORMÁTICA 
Conceituação 
• Pesquisa em informática, ou em 
matemática/estatística, motivada por um problema 
biológico que pode gerar conhecimento em biologia. 
• Pesquisa de algoritmos para resolver um problema 
biológico (comparação de seqüências) 
• Utilização por um biólogo de um programa para 
produzir conhecimento 
 
Bancos de dados 
• Generalistas 
• Especializados 
Bancos generalistas 
• Genbank (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
• EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ 
• DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 
 
INTERAÇÃO E CONTEÚDO DE SEQUÊNCIAS IDÊNTICO 
Bancos generalistas 
• Entrada de dados organizada por Divisões: 
 
1. Grupo taxonômico de origem das sequências 
(bactérias, vertebrados,plantas) 
2. Tipo de molécula sequenciada, Expression 
sequence Tag – EST, etc 
 
Sequências em formato texto 
Formato das sequências 
• 1. Cabeçalho com dados sobre a sequência, 
número de acesso, definição, palavra-chave, 
taxonomia do organismo. 
• 2. Referências bibliográficas 
• 3. Anotações biológicas associadas (features 
qualifiers) 
• 4. Sequência ela mesma 
Formato das sequências 
• Webin (EMBL) 
• BankIt-Sequin (GenBank) 
Bancos generalistas 
• Genbank (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
• EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ 
• DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 
 
INTERAÇÃO E CONTEÚDO DE SEQUÊNCIAS IDÊNTICO 
Bancos generalistas 
• Genbank (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
• EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ 
• DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 
 
INTERAÇÃO E CONTEÚDO DE SEQUÊNCIAS IDÊNTICO 
Bancos generalistas, proteínas 
• Swiss-Prot 
• TrEMBL (tradução automática das sequências 
do EMBL) 
• GenPept (tradução automática das sequências 
do GenBank –CDS) 
• PIR-protein information resourse 
• NBRF-national biomedical research 
 
Bancos generalistas, proteínas 
• 2002, fusão de PIR , EMBL e formatação da 
UniProt 
• http://www.uniprot.org/ 
 
• PDB Protein Data bank, dados sobre a 
estrutura cristalogáfica de proteinas 
• http://www.wwpdb.org/ 
 
Bancos de dados especialisados 
• Em genomas completos: 
RefSeq (NCBI) 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/ 
Ensembl Genomes 
http://www.ensembl.org/index.html 
TGI 
http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/ 
 
 
Bancos para procariotos 
• http://asap.ahabs.wisc.edu/asap/home.php 
• http://www.sanger.ac.uk/resources/download
s/bacteria/ 
• http://genolist.pasteur.fr/ 
• http://genome.jouy.inra.fr/mosaic/ 
 
Bancos para Animais 
• http://www.ensembl.org/index.htm 
• http://flybase.org/ 
• http://www.informatics.jax.org/ 
• http://www.wormbase.org/ 
 
Bancos para plantas 
• http://www.arabidopsis.org/ 
• http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb++/HT
ML/index.shtml 
• http://www.gramene.org/ 
• http://mips.helmholtz-
muenchen.de/plant/genomes.jsp 
 
Bancos para fungos 
• http://www.yeastgenome.org/ 
• http://www.genolevures.org/ 
• http://www.candidagenome.org/ 
• http://genome.jouy.inra.fr/funybase/ 
 
Bancos de dados para experiências em 
grande escala 
• Transcriptoma 
 
• http://smd.stanford.edu/ 
• http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 
 
Bancos de dados para experiências em 
grande escala 
• Proteômica 
 
http://expasy.org/ch2d/ 
http://www.psidev.info/ 
 
 
Bancos de dados para experiências em 
grande escala 
• Interatoma 
 
• http://string-db.org/ 
• http://www.genome.jp/kegg/brite.html 
• http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 
 
 
Bancos de dados para experiências em 
grande escala 
• Metabolômica 
 
• http://www.genome.jp/kegg/ 
 
• http://metacyc.org/ 
 
 
Bancos de dados para famílias de 
sequências 
• Fatores de transcrição 
 
• http://www.biobase-
international.com/index.php?id=transfac 
• http://regulondb.ccg.unam.mx/ 
 
Bancos de dados para famílias de 
sequências 
• Motivos proteicos 
 
• http://expasy.org/prosite/ 
• http://pfam.sanger.ac.uk/ 
 
• http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 
 Integra as ateriores 
 
 
Bancos de dados para famílias de 
sequências 
• Elementos móveis 
 
• http://www-is.biotoul.fr/ 
 
Bancos de dados para famílias de 
sequências 
• Elementos repetidos 
 
• http://www.girinst.org/repbase/ 
 
Genome browsers 
• Busca pela localização dos genes, posição no 
cromossomo e informações sobre o gene 
(expressão, homologia, pripriedades 
intrinsecas da sequência) 
• http://www.ensembl.org/index.html 
• http://genome.ucsc.edu/ 
 
thioredoxin