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FLADJA RAYANE RODRIGUES GLÁUCIA MÍRIAN PEDROSO HASHIMOTO MARCELA CUBA HUARAYO ❖ TCC BIOLOGIA MOLECULAR - SEROTONINA SÃO PAULO 2017 2 FLADJA RAYANE RODRIGUES GLÁUCIA MÍRIAN PEDROSO HASHIMOTO MARCELA CUBA HUARAYO TCC BIOLOGIA MOLECULAR – PROTEÍNA RECOMBINANTE Trabalho para aprimorar o conhecimento dos alunos do 3º semestre do Curso Técnico na disciplina de Fundamentos e Técnicas em Biologia Molecular e Celular, do Instituto de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, objetivando a especialidade de Técnico em Análises Clínicas. Orientadora: Profª. Larissa Miranda Pereira SÃO PAULO 2017 3 Novos impactos prometem fazer da Biologia uma Ciência cada vez mais atraente: o mapeamento dos genes humanos proporcionado pelo Projeto Genoma Humano, a produção de seres transgênicos, a promessa da descoberta da cura de diferentes doenças humanas, o controle de várias pragas vegetais, o aumento da produtividade alimentar por meio da seleção de novas variedades de plantas de interesse humano. Armênio Uzunian e Ernesto Birner A molécula da vida, o DNA, é longa. Em uma célula eucariótica há várias delas, emaranhadas no interior do núcleo interfásico fazendo parte dos cromossomos. Conhecer como a molécula de DNA participa da coordenação das funções celulares e como ela pode ser manipulada tem sido objeto de estudos constantes. Como em tudo na Biologia, há muito ainda por descobrir e fazer. Sônia Lopes e Sergio Rosso 4 Resumo O presente conteúdo contempla o trabalho de Conclusão de Curso da disciplina de Fundamentos e Técnicas em Biologia Molecular e Celular, do qual foi proposto um estudo detalhado da proteína neurotransmissora Serotonina, bem como a produção da mesma em um organismo vivo e heterólogo. Os metódos utilizados para a extração, replicação e produção, serão discutidos ao longo do trabalho, baseando-se em estudos cientificos já existentes e sob os princípios da técnica de PCR (reação em cadeia polimerase). Além dos aspectos da proteína supracitada, será abordado neste trabalho o histórico com teorias celulares, origem do DNA, projeto GENOMA, função e características em geral das proteínas, histórico e definição do DNA recombinante, técnica de PCR e suas ferramentas utilizadas, enzimas e plasmídeos (vetor). A fim de justificar tal estudo, haverá uma abordagem incisiva sobre as funções e efeitos da proteína serotonina no organismo humano. Palavras-Chave: proteína, serotonina, DNA Recombinante, PCR, clonagem 5 SUMÁRIO I Prefácio......................................................................................................................08 Objetivo .................................................................................................................... 09 01 – Célula ......................................................................................................... 10 01.01 – Teoria celular ............................................................................................. 10 01.02 – Membrana plasmática ................................................................................ 12 01.03 – No Citoplasma ............................................................................................. 12 01.04 – Citoesqueleto .............................................................................................. 12 01.05 – Retículo endoplasmático (RE) .................................................................... 12 01.06 – Os ribossomos ............................................................................................ 13 01.07 – Complexo de Golgi ..................................................................................... 13 01.08 – Lisossomos e peroxissomos ....................................................................... 13 01.09 – Mitocôndrias ............................................................................................... 13 01.10 – Centríolos ................................................................................................... 13 02 – No Núcleo ................................................................................................... 14 02.01 – Envoltório Nuclear ou Carioteca ................................................................. 14 02.02 – Nucléolo ...................................................................................................... 14 02.03 – Nucleoplasma ............................................................................................. 14 02.04 – De acordo com esta divisão temos as células ............................................. 15 03 – Célula – DNA .............................................................................................. 16 03.01 – Funções ...................................................................................................... 17 03.02 – Composição Química e Estrutura ............................................................... 17 04 – Começando a entender as proteínas .......................................................... 21 04.01 – Aminoácidos – A montagem de uma proteína ............................................. 21 04.02 – Olhando para cada aminoácido .................................................................. 22 04.03 – Unindo os aminoácidos pela ligação peptídica ........................................... 22 04.04 – As várias proteínas formadas a partir dos aminoácidos ............................. 23 04.05 – Os tipos de aminoácidos: Essenciais e Naturais ....................................... 23 04.06 – A estrutura das proteínas.................................................................. ........... 23 04.07 – Uma visão espacial da proteína .................................................................. 24 04.08 – Forma e função: Um binômio inseparável .................................................. 25 04.09 – As proteínas podem perder sua forma ? .................................................... 25 04.10 – Uma classe especial de proteínas: As enzimas .......................................... 26 04.11 – Fatores que levam à desnaturação das enzimas ....................................... 26 04.12 – Anticorpos: as proteínas de defesa ............................................................ 26 04.13 – O que é um antígeno? ............................................................................... 27 04.14 – O que são anticorpos ? ............................................................................... 27 04.15 – Quem participa da síntese de proteínas ? ................................................. 28 04.16 – A passagem para a linguagem das proteínas: A tradução ......................... 29 05 – Origem do DNA .......................................................................................... 29 05.01 – Watson & Creek .......................................................................................... 30 06 – Genoma humano ........................................................................................ 31 07 – Serotonina .................................................................................................. 31 07.01 – Histórico desta proteína ..............................................................................31 07.02 – Importância ................................................................................................. 32 07.03 – Função ........................................................................................................ 32 07.04 – Localização no organismo .......................................................................... 33 07.05 – Localização no gene ................................................................................... 34 08 – Justificativa ................................................................................................. 34 6 09 – Metodologia do DNA recombinante ............................................................ 34 09.01 – A descoberta das enzimas de restrição ...................................................... 35 09.02 – DNA Recombinante .................................................................................... 36 09.03 – Sequência de Genes ................................................................................. 37 09.04 – Clonagem ................................................................................................... 38 09.05 – Vetor pBR322 e sistema para replicação .................................................... 38 09.06 – Elaboração do Primer ................................................................................. 42 09.07 – Sequência complementar ........................................................................... 42 09.08 – Regulagem do termo ciclador (cálculo de Melting) ..................................... 42 10 – Técnica de PCR ........................................................................................... 43 11 – Eletroforese em gel de agarose ................................................................... 45 12 – Abordagem clínica ....................................................................................... 46 13 – Observações relevantes da equipe técnica ................................................. 48 14 – Referências Bibliográficas .......................................................................... 49 15 – Documentos eletrônicos ............................................................................. 50 7 SUMÁRIO II 1 – Figuras Figura 01 – Robert Hooke ................................................................................... 10 Figura 02 – Teoria Celular .................................................................................. 11 Figura 03 – Célula procariótica ........................................................................... 15 Figura 04 – Célula eucariótica animal ................................................................. 15 Tabela 01– Funções da parte da célula .............................................................. 20 Figura 05 – Aminoácido com carbono, amina, carboxila e hidrogênio ................ 22 Figura 06 – Glicina e ácido glutâmico ................................................................. 22 Figura 07 – Dipeptídio ........................................................................................ 22 Figura 08 – Estrutura quaternária ....................................................................... 24 Figura 09 – Desnaturação proteica ..................................................................... 25 Figura 10 – Enzimas ........................................................................................... 26 Figura 11 – Sistema imunológico ........................................................................ 27 Figura 12 – Fita de RNA ..................................................................................... 28 Figura 13 – Origem do DNA .............................................................................. 29 Figura 14 – DNA – Formato helicoidal ................................................................ 30 Figura 15 – Molécula estrutural da serotonina .................................................... 31 Figura 16 – Maurice M. Rapport ......................................................................... 32 Figura 17 – Localização Cromossômica ............................................................. 34 Figura 18 – Sequência de genes ........................................................................ 37 Figura 19 – Replicação do plasmídeo em cromossoma bacteriano ................... 38 Figura 20 – Esquema simplificado do plasmídeo pBR322 ................................. 39 Figura 21 – Esquema completo do plasmídeo pBR322 ...................................... 39 Figura 22 – Processo de replicação do DNA recombinante ............................... 40 Figura 23 – Cultura da E.coli com DNA recombinante ....................................... 40 Figura 24 – Situação normal ............................................................................... 44 Figura 25 – Situação anormal ............................................................................. 44 Figura 26 – Sintomatologia da Serotonina Baixa ................................................ 44 Figura 27 – Mistura de reação PCR ................................................................... 45 Figura 28 – Amplificação exponencial ................................................................ 46 Figura 29 – Eletroforese em gel da agarose ....................................................... 47 8 Prefácio O curso forma o profissional para atuar em laboratórios de análises clínicas com amostras biológicas. Além do conhecimento operacional das rotinas laboratoriais de pré e pós-análise, o aluno realiza atividades relativas a análises microbiológicas, morfológicas, químicas e físicas de fluidos e tecidos orgânicos, exames anatomopatológicos e auxílio à pesquisa. 9 Objetivo O objetivo principal deste trabalho visa a elaboração do TCC – Biologia Molecular cujo tema proposto foi “Proteína recombinante”, em que o assunto abordado e escolhido pela equipe foi a proteína neurotransmissora Serotonina. Será apresentado um breve histórico da Teoria Celular, Origem do DNA, James Watson (bioquímico) e Francis Crick (biologista molecular), Projeto Genoma e o Genoma Humano. Explanação sobre proteínas, como são formadas, funções na célula, histórico, importância, função, localização no organismo e no gene e por fim a justificativa da escolha desta proteína. 10 01 - Célula Célula – O que é ? Todos os seres vivos são constituídos de células. Cada um de nós tem cerca de 50 milhões de milhões de células – um número enorme que é difícil de imaginar. As células são os blocos de construção básicos de todos os seres vivos. O corpo humano é composto de trilhões de células. Eles fornecem a estrutura para o corpo, levar em nutrientes dos alimentos, converter os nutrientes em energia, e executar funções especializadas. As células também contêm material hereditário do corpo e pode fazer cópias de si mesmos. 01.01 – Teoria celular A descoberta foi feita por Robert Hooke (Figura 01) após analisar cortes de cortiça no microscópio porque até 1665, as pessoas não sabiam o que eram células e, tampouco, a função que elas desempenhavam. Essecientista percebeu que o material era formado por pequenas cavidades, o que denominou de célula (do latim cellula, que significa pequeno compartimento). Figura 01 11 Além disso descobriu que as células apresentam outros componentes observando um material biológico com células vegetais mortas, por isso, ele conseguiu observar apenas as paredes celulares. Após essa descoberta, diversos estudos foram realizados a fim de observar as células em outros seres vivos. Mathias Schleiden (1804-1881) e Theodor Schwann (1810-1882) propuseram de forma independente, após vários estudos, que todos os seres vivos eram formados por células. Essa ideia tornou-se a base da teoria celular. Figura 02 Após a aceitação de que os seres vivos eram constituídos por células, começou-se a estudar como essas estruturas surgiam. Segundo Rudolph Virchow (1821-1902), uma célula poderia apenas surgir de outra célula preexistente. Uma frase muito famosa desse pesquisador é: “Omnis cellula ex cellula”, que significa “Toda célula origina-se de outra célula”. Figura 02 A Teoria Celular é formada por ideias de Schleiden, Schwann e Virchow. Os dois primeiros propuseram a base dessa teoria. A Teoria celular pode ser dividida em três postulados: 1 º Postulado -Todos os seres vivos são formados por células e por estruturas delas derivadas. Assim sendo, as células são as unidades morfológicas dos seres vivos; 2º Postulado -Na célula são realizados processos que são fundamentais à vida. Isso significa, então, que as células são as unidades funcionais ou fisiológicas dos seres vivos; 12 3 º Postulado -Todas as células só se originam de outras células preexistentes. Com esse postulado, considera-se que as células realizam divisão celular. As células têm muitas partes, cada uma com uma função diferente. Algumas dessas peças, chamadas organelas, são estruturas especializadas que realizam determinadas tarefas dentro da célula. Na célula animal eucariótica existem três componentes básicos: membrana, citoplasma e núcleo. A existência de um núcleo bem diferenciado é a principal característica da célula eucariótica. As seguintes organelas estão presentes nos organismos eucariontes: 01.02 - Membrana plasmática A membrana plasmática é o revestimento exterior da célula. Ele separa a célula do seu meio ambiente e permite que os materiais para entrar e sair da célula. 01.03 - No Citoplasma Dentro das células, o citoplasma é constituído por um fluido gelatinoso (chamado o citosol) e de outras estruturas que rodeiam o núcleo. Delimitado externamente pela membrana plasmática e internamente pela carioteca é o constituinte celular mais volumoso. 01.04 – Citoesqueleto O citoesqueleto é uma rede de fibras longas que formam quadro estrutural da célula. O citoesqueleto tem várias funções críticas, incluindo determinar a forma da célula, que participam na divisão celular, e permitindo que as células se mover. Ele também fornece um sistema de pista, como que dirige o movimento de organelas e outras substâncias no interior das células. 01.05 - Retículo endoplasmático (RE) Esta organela ajuda moléculas do processo criado pela célula. O retículo endoplasmático também transporta essas moléculas para os seus destinos específicos, dentro ou fora da célula. O hialoplasma é percorrido por uma série de vesículas e canais que se intercomunicam formando o retículo endoplasmático. Trata-se de uma estrutura que auxilia a distribuição e armazenamento de substâncias e onde ocorrem reações bioquímicas. Existem dois tipos de Retículo endoplasmático. O RER (Retículo endoplasmático rugoso), é responsável pelo transporte de material dentro da célula e participa da síntese de proteínas. O REL (Retículo endoplasmático liso), também tem por função permitir o transporte de substâncias, síntese de esteroides, inativação de certos hormônios, inativação de substâncias nocivas. 13 01.06 - Os Ribossomos Os Ribossomos são organelas que processam instruções genéticas da célula para criar proteínas. São pequenos grânulos que são vistos livres mergulhados no citoplasma podendo também estarem agregados as membranas do retículo endoplasmático formando o retículo endoplasmático rugoso. Local de uma das mais importantes funções celulares a síntese de cadeias polipeptídicas e Proteínas. 01.07 - Complexo de Golgi É constituído por uma pilha de vesículas circulares e achatadas, servindo principalmente para o acúmulo de secreções para serem liberadas no momento certo pela membrana citoplasmática e síntese de açúcares. O complexo de Golgi empacota moléculas processados pelo retículo endoplasmático para ser transportado para fora da célula. 01.08 - Lisossomos e peroxissomos Estas organelas são o centro de reciclagem da célula. São pequenas bolsas formadas pelo complexo de Golgi, basicamente uma membrana que envolve enzimas. Estas enzimas digestivas intracelulares ajudam na eliminação de bactérias e corpos estranhos. Se rompido (isto não acontece devido a um revestimento glicoproteico na sua face interna, podem causar a destruição da célula (autólise). Os peroxissomos tem a função de degradação de água oxigenada e do álcool. 01.09 -Mitocôndrias Corpúsculos esféricos ou alongados, possui uma matriz limitada por duas membranas. Uma externa ou lisa e outra interna com expansões chamadas cristas. Nela ocorrem a respiração celular (ciclo de Krebs, cadeia de transporte de elétrons, dentre outros). As mitocôndrias são organelas complexas que convertem a energia do alimento em uma forma que a célula pode usar. Eles têm seu próprio material genético, separado do DNA no núcleo, e pode fazer cópias de si mesmos. 01.10 – Centríolos Pequeno cilindro situado próximo ao núcleo. Cada célula (excetuando os vegetais superiores onde estão ausentes) possui dois centríolos, perpendiculares entre si. Além de desempenharem papel importante no processo de divisão celular formando os polos, são responsáveis pela formação de cílios e flagelos. 14 02 - No Núcleo O núcleo controla todas as atividades celulares: representa assim o centro de coordenação celular. É no DNA (ácido desoxirribonucléico), material hereditário da célula que estão localizados a maioria dos genes, depositários da informação genética que são responsáveis pela atividade celular. Os Cromossomos são entidades portadoras da informação genética. Tais informações são transmitidas ao citoplasma através do RNA-mensageiro, que é sintetizado por uma série de enzimas tendo como molde o DNA (cromatina), onde irá regular através dos ribossomos toda a síntese de proteínas específicas (estruturais e enzimáticas), responsáveis pela arquitetura e fisiologia celulares. A maioria das células é uninucleada (apenas um núcleo), mas existem células binucleadas (dois núcleos), como as hepáticas e cartilaginosas, e plurinucleadas (mais de dois núcleos), como as musculares estriadas. 02.01 - Envoltório Nuclear ou Carioteca A membrana nuclear constitui um envoltório que engloba o suco nuclear, e onde estão imersos a cromatina e o nucléolo. Esta membrana é uma diferenciação local do retículo endoplasmático e se caracteriza pela alta quantidade de poros. Através dos poros são realizadas trocas entre o núcleo e o citoplasma. A quantidade de poros varia de acordo com o estágio funcional da célula. Observada ao microscópio eletrônico, a membrana apresenta-se constituída de duas lâminas: a interna, que envolve o nucleoplasma e a externa que vive em contato com o hialoplasma epossui ribossomos. Entre as duas membranas situa-se uma cavidade chamado espaço perinuclear. Quimicamente a carioteca possui a mesma composição do plasmalema e retículo endoplasmático que é basicamente proteínas e fosfolipídeos. 02.02 – Nucléolo Síntese de RNA-ribossômico, principal constituinte dos ribossomos. 02.03 – Nucleoplasma Líquido onde estão imersos o nucléolo e a cromatina e são acumulados produtos resultante da atividade nuclear, como RNA e Proteínas. 15 02.04 - De acordo com esta divisão temos as células: procarióticas e eucarióticas. As células procarióticas não possuem núcleo e o prefixo pro, significa anterior e karyon provém do grego noz ou amêndoa, que é semelhante à forma que um núcleo apresenta numa célula. As células eucarióticas apresentam núcleo, onde o prefixo eu- quer dizer verdadeiro, ou seja, células que apresentam um verdadeiro (eu) núcleo (karyon). As células procarióticas são relativamente simples (comparativamente às eucarióticas) e são as que se encontram nas bactérias e cianófitas (“algas” azuis ou cianobactérias). São organismos unicelulares constituídos por uma só célula. Figura 03 - Célula procariótica As células eucarióticas podem ser encontradas em seres unicelulares e pluricelulares. São células complexas que se encontram nos animais, plantas fungos. Figura 04 - Célula eucariótica animal 16 03 - Célula – DNA Há cerca de 3,5 bilhões de anos, a formação de moléculas capazes de servir de molde, com capacidade enzimática para efetuar cópias fiéis de si mesmas, possibilitou a origem dos organismos. O ácido ribonucleico (RNA) é uma delas. O DNA possui uma estrutura mais estável, em dupla fita, capaz de servir de molde para sua duplicação, mas sem capacidade enzimática. A função enzimática necessária para duplicação, transcrição e reparo é exercida por proteínas. A vida e a reprodução dependem da manutenção desses processos e da disponibilidade de energia e dos componentes necessários para isso. Em condições ambientais variáveis, a manutenção de microambientes relativamente constantes para permitir estes processos só foi possível através de membranas biológicas. As membranas têm composição fosfolipídicas e possuem proteínas associadas, cujas particularidades irão determinar o transporte seletivo de materiais. Algumas bactérias desenvolveram mecanismos de geração de energia associados à membrana celular. Cloroplastos e mitocôndrias são organelas provavelmente derivadas dessas bactérias. A divergência entre procariontes e eucariontes deve ter ocorrido após estabelecidos os mecanismos de replicação e transcrição do DNA, a tradução, o sistema de códons e o metabolismo energético e biossintético. Para os eucariontes, a compartimentalização de atividades celulares em organelas envolvidas por membranas fosfolipídicas foi importante. Mas do ponto de vista fisiológico, biossintético e reprodutivo, a célula é uma unidade funcional, mantida pela relação entre seus componentes. A célula é a unidade fundamental da vida, mas, mais que isso, seu estudo revela que a vida é um processo de auto-manutenção, onde a estrutura pode ser modificada, componentes podem ser substituídos, desde que sua organização seja mantida. Uma célula só sabe fazer-se a si mesma e, acoplada estruturalmente ao seu meio, pode sobreviver e se dividir e se diferenciar. Apesar da importância do genoma para a produção de proteínas estruturais e funcionais, vários componentes celulares são herdados a partir do citoplasma do óvulo, por exemplo, as mitocôndrias e a própria maquinaria enzimática para a transcrição e tradução. A organização das membranas também é herdada de forma não genética. 17 03.01 – Funções A membrana plasmática cumpre uma vasta gama de funções. A primeira, do ponto de vista da própria célula é que ela dá individualidade a cada célula, definindo meios intra e extracelular. Ela forma ambientes únicos e especializados, cuja composição e concentração molecular são consequência de sua permeabilidade seletiva e dos diversos meios de comunicação com o meio extracelular. Além de delimitar o ambiente celular, compartimentalizando moléculas, a membrana plasmática representa o primeiro elo de contato entre os meios intra e extracelular, transmitindo informações para o interior da célula e permitindo que ela responda a estímulos externos que podem, inclusive, influenciar no cumprimento de suas funções biológicas. Também nas interações célula-célula e célula-matriz extracelular a membrana plasmática participa de forma decisiva. É, por exemplo, através de componentes da membrana que células semelhantes podem se reconhecer para, agrupando-se, formar tecidos. A manutenção da individualidade celular, assim como o bom desempenho das outras funções da membrana, requerem uma combinação particular de características estruturais da membrana plasmática: ao mesmo tempo que a membrana precisa formar um limite “estável”, ela precisa também ser dinâmica e flexível. A combinação destas características é possível devido a sua composição química. 03.02 - Composição Química e Estrutura As membranas celulares consistem de uma dupla camada contínua de lipídeos, com a qual proteínas e carboidratos das mais diversas naturezas interagem das mais diversas maneiras. Justamente a bicamada lipídica é que confere estabilidade e flexibilidade, ao mesmo tempo, `a membrana. Pode-se dizer que os lipídeos são os componentes que compõem a estrutura básica da membrana. Existem três grandes classes de lipídeos que compõem a membrana plasmática: fosfolipídeos, esteróis e glicolipídeos, sendo que fosfolipídeos são os mais abundantes, via de regra. A molécula de lipídeos possui uma característica bioquímica essencial para formar uma bicamada estável, ainda que fluida. Ela possui uma região hidrofílica e caudas hidrofóbicas. Enquanto que a região hidrofílica interage bem com a água, altamente abundante nos meios intra e extracelular, a região hidrofóbica busca “esconder-se” da água. A intenção natural desta molécula anfipática, ou seja, composta por regiões hidrofóbica e hidrofílica, de atingir um estado que seja energeticamente estável e termodinamicamente favorável, faz com que elas arranjam- se na forma de uma bicamada. 18 A estabilidade é, então, dada pela necessidade termodinâmica do próprio lipídeos em manter suas regiões hidrofílica e hidrofóbica em posições adequadas em relação à água. Desta forma, se a bicamada lipídica sofre um dano, onde algumas moléculas são removidas, sua tendência natural é a de se regenerar. Os lipídeos distribuem-se assimetricamente nas duas monocamadas lipídicas e estão em constante movimentação. Eles movem-se ao longo do seu próprio eixo, num movimento chamado rotacional e movem-se lateralmente ao longo da extensão da camada. Estes dois movimentos não representam qualquer alteração `a termodinâmica natural da membrana e, portanto, ocorrem constantemente. Um outro movimento chamado flip-flop, que consiste em mudar de uma monocamada `a outra, é menos frequente, pois envolve a passagem da cabeça polar (hidrofílica) dentro da região apolar (hidrofóbica) da bicamada. A fluidez da membrana é controlada por diversos fatores físicos e químicos. A temperatura influencia na fluidez: quanto mais alta ou baixa, mais ou menos fluida será a membrana, respectivamente. O número de duplas ligações nas caudas hidrofóbicas dos lipídeos também influencia a fluidez: quanto maior o número de insaturações, mais fluida a membrana pois menor será a possibilidade de interação entre moléculas vizinhas.Também a concentração de colesterol influencia na fluidez: quanto mais colesterol, menos fluida. O colesterol, por ser menor e mais rígido, interage mais fortemente com os lipídeos adjacentes, diminuindo sua capacidade de movimentação. Se os lipídeos são as moléculas mais expressivas em termos de estrutura de membrana, as proteínas o são em termos de funções. Considerando-se sua interação com a bicamada lipídica, as proteínas podem ser classificadas como: ancoradas, periféricas ou transmembrana (integrais). Naturalmente que as proteínas também possuem características estruturais que as permitem interagir com a bicamada lipídica: algumas delas possuem regiões polares e apolares, sendo também anfipáticas. Inúmeras funções são desempenhadas pelas proteínas de membrana: elas comunicam célula e meio extracelular, servindo como poros e canais, controlam o transporte iônico, servem como transportadoras, realizam atividade enzimática e ainda podem ser antigênicas, elicitando respostas imunes. 19 Os carboidratos, que são exclusivamente encontrados na monocamada externa de membranas plasmáticas, interagem ora com proteínas (glicoproteínas), ora com lipídeos (glicolipídeos), formando uma estrutura denominada glicocálice. O glicocálice desempenha inúmeras funções e elas refletem, na verdade, funções desempenhadas por seus componentes. Por exemplo, a inibição do crescimento celular por contato depende de glicoproteínas do glicocálice. Se tais proteínas forem perdidas ou modificadas, como acontece em alguns tumores malignos, mesmo o glicocálice ainda existindo, esta função será comprometida. O glicocálice é importante na adesão e reconhecimento celular, na determinação de grupos sanguíneos, entre outras funções. 20 Tabela 01 – Funções da parte da célula Partes da Célula Organelas Funções Membrana Plasmática Protege a célula; Regula a entrada de substâncias necessárias a célula; Regula a saída de substâncias desnecessárias a célula. Citoplasma Mitocôndrias Responsável pela respiração celular. Complexo de Golgi Armazena as proteínas. Ribossomo Responsável pela produção de proteínas. Retículo Endoplasmático Facilita o transporte e a distribuição de substâncias armazenadas no complexo de Golgi. Lisossomos Contém a substância necessária para a digestão celular. Centríolos Participa da divisão celular orientando o deslocamento dos cromossomos. Núcleo Membrana Celular Separa o Núcleo do Citoplasma. Nucleoplasma Suco que preenche o Núcleo. Nucléolos Corpúsculos arredondados. Cromatina Filamentos longos e finos. 21 04 – Começando a entender as proteínas Você já deve ter ouvido falar de proteínas, certo? As proteínas são compostos orgânicos relacionados ao metabolismo de construção. Durante as fases de crescimento e desenvolvimento do indivíduo, há um aumento extraordinário do número de células, aliado a um intenso processo de diferenciação celular em que as células passam a exercer funções especializadas, gerando tecidos e órgãos. As proteínas possuem um papel fundamental no crescimento, já que muitas delas desempenham um papel estrutural nas células, isto é, são componentes da membrana plasmática, das organelas dotadas de membrana, do citoesqueleto, dos cromossomos, etc. E para produzir mais células é preciso mais proteína. Sem elas não há crescimento normal. A diferenciação e a realização de diversas reações químicas componentes do metabolismo celular dependem da participação de enzimas, uma categoria de proteínas. Sem proteínas, a diferenciação não acontece. O combate a microrganismos causadores de doenças no homem muitas vezes é feito a partir da produção de proteínas de defesa, chamadas anticorpos. Sem eles, nosso organismo fica extremamente vulnerável. Certos hormônios, substâncias reguladoras das atividades do nosso organismo, também são proteicos. 04.01 – Aminoácidos – A montagem de uma proteína As proteínas são macromoléculas formadas por uma sucessão de moléculas menores conhecidas como aminoácidos, que são os “bloquinhos” constituintes de uma molécula proteica. A maioria dos seres vivos, incluindo o homem, utiliza somente cerca de vinte tipos diferentes de aminoácidos para a construção de suas proteínas. Com eles, cada ser vivo é capaz de produzir centenas de proteínas diferentes de tamanho variável. Como é isso possível, a partir e um pequeno número de aminoácidos? Imagine um brinquedo formado por peças de plástico, encaixáveis umas nas outras, sendo as cores em número de vinte, diferentes entre si. Havendo muitas peças de cada cor, como você procederia para montar várias sequências de peças de maneira que cada sequência fosse diferente da anterior? Provavelmente, você repetiria as cores, alternaria muitas delas, enfim, certamente inúmeras seriam as sequencias e todas diferentes entre si. O mesmo raciocínio é valido para a formação das diferentes proteínas de um ser vivo, a partir de um conjunto de vinte aminoácidos. 22 04.02 – Olhando para cada aminoácido Cada aminoácido é diferente de outro. No entanto, todos possuem alguns componentes comuns. Todo aminoácido possui um átomo de carbono, ao qual estão ligados uma carboxila, uma amina e um hidrogênio. A quarta ligação é a porção variável, presentada por R, e pode ser ocupada por um hidrogênio, ou por um metil ou por outro radical (veja a Figura 05). Na Figura 06, damos o exemplo de dois dos vinte aminoácidos que utilizamos em nossa dieta: glicina e ácido glutâmico. Figura 05 Figura 06 04.03 – Unindo os aminoácidos pela ligação peptídica Os aminoácidos ligam-se uns aos outros, formando moléculas que chamamos de peptídios. A união de um aminoácido com outro se dá através da ligação peptídica. Essa ligação prende o grupo amina de um aminoácido ao grupo carboxila de outro com liberação de uma molécula de água (é uma desidratação intermolecular). O composto formado é um dipeptídio (veja a Figura 07 ). Figura -07 Se um terceiro aminoácido se ligar ao dipeptídio, forma-se um tripeptídio. Para simplificar, dizemos que os compostos formados por pequeno número de aminoácidos (até setenta) são chamados de polipeptídios. A partir daí falamos em proteínas. 23 04.04 – As várias proteínas formadas a partir dos aminoácidos Agora você pode entender de que maneira os seres vivos conseguem produzir diferentes tipos de proteínas com apenas vinte tipos diferentes de aminoácidos. É só imaginar que me cada proteína os aminoácidos estão montados em uma sequência diferente. Quando você come uma peixada, por exemplo, está ingerindo diferentes tipos de proteínas existentes na carne do peixe. O seu tubo digestivo terá que “desmontar” essas proteínas (lembre-se da hidrólise como participação das enzimas)., liberando os aminoácidos nelas existentes. Nas suas células, haverá a “montagem” desses aminoácidos em outra sequência, levando à produção das suas proteínas. Mais adiante você verá como essa “montagem” é executada e quem são os responsáveis pela determinação da ordem dos aminoácidos em uma sequência proteica. 04.05 – Os tipos de aminoácidos: Essenciais e Naturais Todos os seres vivos produzem proteínas. No entanto, nem todos produzem os vinte tipos de aminoácidos necessários para aconstrução das proteínas. O homem, por exemplo, é capaz de sintetizar apenas doze dos vinte tipos de aminoácidos. Esses doze aminoácidos são considerados naturais para a nossa espécie. Os outros oito tipos, os que não sintetizamos, são os essenciais e devem ser obtidos de quem os produz (plantas ou animais). É preciso lembrar que um determinado aminoácido pode ser essencial para uma espécie e ser natural para outra. 04.06 – A estrutura das proteínas As moléculas das proteínas podem ser globulares ou fibrosas. No primeiro caso, as moléculas se mostram enoveladas, como pequeníssimos glóbulos. As proteínas fibrosas tem moléculas longas e desenroladas, como delgadíssimo filamentos. Estas são insolúveis. Compare a hemoglobina com a fibrina, ambas ocorrentes no nosso sangue: a primeira é uma proteína globular e a segunda é uma proteína fibrosa. Na organização da célula, muitas proteínas tem função estrutural. Elas respondem pela arquitetura das membranas e orgânulos intracelulares. Outras tem atividade enzimática, dinamizando a química da célula. No que se refere à estrutura geral das proteínas, podemos distinguir quatro aspectos: a estrutura primária, a estrutura secundária, a estrutura terciária e a quaternária. 24 04.07 – Uma visão espacial da proteína Uma molécula de proteína tem, a grosso modo, o formato de um colar de contas. O fio fundamental da proteína, formado por uma sequência de aminoácidos, constitui a chamada estrutura primária da proteína. Cada proteína possui a sua estrutura primária decorrente, claro, da sequência de seus aminoácidos. Ocorre, porém, que o papel biológico de uma proteína depende de uma forma espacial muito mais elaborada. Assim, o fio fundamental é capaz de se enrolar sobre si mesmo, resultando um filamento espiralado que conduz à chamada estrutura secundária, mantida estável por ligações que surgem entre os aminoácidos. Novos dobramentos da espiral conduzem a uma nova forma, globosa, mantida estável graças à novas ligações que ocorrem entre os aminoácidos. Essa forma globosa representa a chamada estrutura terciária. Em certas proteínas, cadeias polipeptídicas em estrutura terciárias globosa unem- se, originando uma forma espacial muito mais complexa, determinante do papel bioquímico da proteína. Essa nova forma constitui a estrutura quaternária dessas proteínas. A Figura 08 ilustra essas quatro estruturas na hemoglobina , uma proteína muito importante no nosso organismo. A hemoglobina está presente dentro dos glóbulos vermelhos do sangue e seu papel biológico é ligar-se a moléculas de oxigênio, transportando-as aos nosso tecidos. Figura 08 25 04.08 – Forma e função: Um binômio inseparável A forma espiral de uma proteína é relacionada à função biológica que ela exerce. Como vimos, a manutenção das estruturas secundária e terciária deve-se a ligações que ocorrem entre os aminoácidos no interior da molécula proteica, determinando diferentes aspectos espaciais observados. 04.09 – As proteínas podem perder sua forma? O aquecimento de uma proteína a determinadas temperaturas promove a ruptura das ligações internas entre os aminoácidos, responsáveis pela manutenção das estruturas secundária e terciária. Os aminoácidos não se separam, não se rompem as ligações peptídicas, porém, a proteína fica “desmantelada”, perde a sua estrutura original. Dizemos que ocorreu uma desnaturação proteica, com perda da sua forma original (veja a Figura 09). Dessa maneira, a função biológica da proteína fica prejudicada. Figura 09 Nem sempre, porém, é a temperatura ou a alteração da acidez do meio que provoca a mudança na da forma da proteína. Muitas vezes, a substituição de um simples aminoácido pode provocar alteração da forma da proteína. Um exemplo importante é a substituição, na molécula de hemoglobina, do aminoácido chamado ácido glutâmico pelo aminoácido valina. Essa simples troca provoca uma profunda alteração na forma da molécula inteira de hemoglobina, interferindo diretamente na sua capacidade de transportar oxigênio Hemácias contendo a hemoglobina alterada adquirem o formato de foice, quando submetidas a certas condições, o que deu nome a essa anomalia: anemia falciforme. 26 04.10 – Uma classe especial de proteínas: As enzimas A vida depende da realização de inúmeras reações químicas que ocorrem no interior das células. Por outro lado, toda reação química depende, para sua realização, da existência de uma determinada enzima. As enzimas são substâncias do grupo das proteínas e atuam como catalisadores de reações químicas. Catalisador é uma substância que acelera a velocidade de ocorrência uma certa reação química. Para que as reações químicas vitais se processem, elas dependem da existência de enzimas. Para cada reação química que ocorre dentro de uma célula existe uma determinada enzima atuando. O mecanismo de atuação da enzima se inicia quando ela se liga ao reagente, mais propriamente conhecido como substrato. É formado de um complexo enzima-substrato, instável, que logo se desfaz, liberando o produto da reação e a enzima, que permanece intacta embora tenha participado da reação. Figura 10 04.11 – Fatores que levam à desnaturação das enzimas • Temperatura – valores altos de temperatura podem levar à desnaturação das enzimas e, portanto, à sua inativação. • Acidez do meio – cada enzima tem uma ação ótima dentro de determinada faixa de acidez do meio. • Concentração do substrato. 04.12 – Anticorpos: As proteínas de defesa Diariamente, nosso organismo é invadido por uma infinidade de partículas estranhas chamadas antígenos, provenientes do ar que respiramos, da água que bebemos e dos alimentos que comemos. Também somos invadidos, sem perceber, por bactérias, vírus, fungos e protozoários, muitos deles causadores de doenças e produtores de toxinas que podem prejudicar seriamente nosso organismo, e até causar a morte. 27 Qual é a reação do nosso organismo frente a essa ameaça proveniente do meio ambiente? Utilizamos nosso sistema imunológico que para combater os agentes estranhos ao nosso corpo e adquirir imunidade (o termo provém do latim immune, que significa livre de). Veja a Figura 11. Figura 11 04.13 – O que é um antígeno? Antígeno é qualquer substância reconhecido como estranha por um organismo, podendo ser uma molécula de proteína, de polissacarídeo e até mesmo um ácido nucléico. Nas bactérias, fungos e protozoários que invadem o homem, os antígenos são moléculas que existem nos envoltórios das células invasoras, ou nas toxinas por elas produzidas. Nos vírus, os antígenos estão localizados nas capas que os revestem. 04.14 – O que são anticorpos? Anticorpos são moléculas de proteínas produzidas por um organismo que se destinam, a combater os antígenos que o invadiram. Pertencem à categoria de proteínas conhecidas como imunoglobulinas, representadas pela sigla Ig. Para cada antígeno deve ser produzido um anticorpo específico. No homem, existem cinco tipos de imunoglobulinas. • IgG – Destinadas ao combate de vírus, bactérias e fungos. São de pequeno tamanho, atravessam as paredes dos capilares sanguíneos e agem nos tecidos. Estimula células fagocitárias a combater microrganismos. Constituem certa de 75% das imunoglobulinas produzidas pelo homem. • IgM – Destinadas ao combate devírus. A exemplo das IgG, estimulam as células fagocitárias a combater os vírus. • IgA – Anticorpos das secreções respiratórias, da parede do tubo digestivo e das secreções vaginais. São encontradas nas lágrimas, na saliva e no leite materno. • IgD – Anticorpos existentes nas membranas celulares dos linfócitos. Atuam como receptores de membrana. • IgE – Anticorpos que atuam nas respostas alérgicas. 28 04.15 – Quem participa da síntese de proteínas? O DNA orienta indiretamente a síntese de proteínas em uma célula. O material genético representado pelo DNA contém uma mensagem em código que precisa ser decifrado e traduzido em proteínas. A linguagem codificada do DNA precisa ser transformada em linguagem de proteínas. O DNA orienta a produção de RNA. O RNA que contém uma sequência de bases nitrogenadas transcritas do DNA é um RNA mensageiro. No citoplasma, ele será um dos participantes da síntese de proteínas, juntamente com outros dois tipos de RNA, todos de fita simples e produzidos segundo o mesmo processo descrito para o RNA mensageiro: • RNA ribossômico, RNAr. Associando-se proteínas, as fitas de RNAr formarão o ribossomo, orgânulo responsável pela leitura da mensagem contida no RNA mensageiro. • RNAs transportadores, assim chamados porque serão os responsáveis pelo transporte de aminoácidos até ao local onde se dará a síntese de proteínas junto aos ribossomos. São moléculas de RNA de fita simples, de pequeno tamanho, contendo, cada uma, cerca de 75 a 85 nucleotídeos. Cada fita de RNA transportador torce-se sobre si mesma, adquirindo o aspecto indicado na Figura 12. Figura 12 Duas regiões se destacam em cada transportador: uma é o local em que se ligará ao aminoácido a ser transportado e a outra corresponde ao trio de bases complementares (chamado anticódon) do RNA transportador, que se encaixará no códon correspondente do RNA mensageiro. 29 04.16 – A passagem para a linguagem das proteínas: A tradução Tradução é o nome utilizado para designar o processo de síntese de proteínas. Ocorre no citoplasma, com a participação, entre outros, dos RNAs ribossômico, transportador e mensageiro e de aminoácidos. É um processo no qual haverá a leitura da mensagem contida na molécula de RNAm pelos ribossomos, decodificando a linguagem de ácido nucléico para linguagem de proteína. Cada RNAt em solução liga-se a um determinado aminoácido. Forma-se uma molécula chamada de aminoacil-RNAt, que conterá, na extremidade correspondente ao anticódon, um trio de bases que se encaixará ao respectivo códon do RNAm. 05- Origem do DNA Figura 13 Definição - O DNA é um aglomerado de moléculas que contém material genético que determina o bom funcionamento dos seres vivos e da formação das características físicas. Ele contém as informações para que se produza proteínas e ARNs. Sua formação é, em grande parte, envolvida com a estrutura do DNA. Além disso, tem a parte genética, responsável por carregar essas informações necessárias para produção de proteínas e para a formação do ser vivo. Qualquer alteração nele, pode resultar em grandes mudanças, mutações, na própria formação de um ser vivo. Além disso, sua destruição leva à morte celular o que, em grandes proporções, pode levar à morte. Descoberta do DNA - A história do descobrimento do DNA começa no ano de 1869. Quem descobriu foi Johann Friedrich Miescher, bioquímico alemão. A descoberta aconteceu por meio da análise do núcleo de células vindas dos glóbulos brancos. O estudo era feito com pus de feridas. O uso desse material se justificava porque essas células tem núcleo maior e são mais fácil de isolar. Em meio as pesquisas, foi notada a presença de algo ácido e desconhecido. O tal material ácido tinha muito fósforo e nitrogênio, pobre em enxofre. Na época, Miescher chamou essa substância de nucléia. 30 No ano de 1889, Richard Altmann, comprovou que a nucléia era um ácido e lhe deu o nome de ácido nucleico. Em 1943, Oswald Avery, junto a sua equipe, fizeram uma experiência, alterando o DNA de uma bactéria. Notou-se que essas alterações poderiam fazer com que bactérias não infecciosas passassem a ser infecciosas. Essa mudança pôde comprovar que o DNA é responsável pela formação das características de ser. 05.01 – Watson & Creek James Watson e Francis Crick descobriram a estrutura do DNA( 7.03.1953). Com o tempo e com mais pesquisas se chegou no nome atual, ácido desoxirribonucleico. Francis Harry Compton Crick, nascido em 1916, em Northampton, na Inglaterra. Filho de um fabricante de sapatos, desde cedo mostrou ter certa tendência para assuntos da ciência. Formou-se em Física, em 1937, pela University Coll. James Dewey Watson nasceu em Chicago, EUA, em 1928. Ele era criança quando começou a interessar-se por pássaros, o que certamente o levou a seguir a carreira de naturalista. Bem mais tarde, já na Universidade de Chicago, James Dewey Watson nasceu em Chicago, EUA, em 1928. Ele era criança quando começou a interessar-se por pássaros, o que certamente o levou a seguir a carreira de naturalista. Bem mais tarde, já na Universidade de Chicago leu um livro (O que é a Vida?- Erwin Schrodinger) que despertou seu interesse na genética e no estudo dos vírus na Universidade de Indiana., Somente em 1951, em Nápoles, se conheceram, num congresso internacional dando início a uma parceira de estudos por 2 anos. Em 1953, foi apresentando compatível com os resultados experimentais A estratégia empregada por Watson e Crick foi construir um modelo molecular que levasse em conta o tamanho e a configuração espacial dos nucleotídeos. Segundo eles, a molécula de DNA é constituída por duas cadeias polinucleotídicas dispostas em hélice ao redor de um eixo imaginário, girando para a direita (uma hélice dupla). Apresenta a forma de uma escada de caracol onde analogicamente os “degraus” são bases de nitrogênio dos nucleotídeos e os corrimões são fosfato e açúcar, devido a essa forma diz-se que o DNa tem formato helicoidal. Figura 14. Figura 14 31 06 – Genoma humano Iniciado formalmente em 1990, O Projeto Genoma Humano foi coordenado por 13 anos pelo Departamento de Energia do Instituto Nacional de Saúde dos Estados Unidos. O projeto originalmente foi planejado para ser completado em 15 anos, mas o desenvolvimento da tecnologia acelerou seu final para 2003. As principais metas do Projeto Genoma Humano foram: • Identificar todos os genes humanos; • Determinar a sequência dos cerca de 3,2 bilhões de pares de bases que compõem o genoma do Homo sapiens; • Armazenar a informação em bancos de dados de forma livre; • Desenvolver ferramentas de análise dos dados; • Transferir a tecnologia relacionada ao Projeto para o setor privado; • Colocar em discussão os problemas éticos, legais e sociais que pudessem surgir com o Projeto. 07 – Serotonina A Serotonina ou 5-hidroxitriptamina (5-HT) é um neurotransmissor, também conhecida como hormônio, que atua no sistema nervoso, transmitindo sinais entre as células e regulando sua intensidade. Figura 15. Figura 15 - Molécula estrutural da serotonina Esta substância é derivada do aminoácido triptofano, que por sua vez não pode ser produzido pelo nosso organismo, ou seja, para ter acesso a este composto, devemos ter uma dieta rica em proteína. 07.01 – Histórico desta proteína A Serotonina foi descoberta em 1948 pelo Dr. Maurice M. Rapport (1919 à 2011), bioquímico americano, Figura16, que conseguiu isolar e identificar a estrutura molecular da serotonina, batizando a mesmo como 5-hidroxitriptamina. Tal descoberta, levou laboratórios comerciais a sintetizar e a estabelecer suas propriedades como a de um neurotransmissor, o que resultou no desenvolvimento de medicamentos psiquiátricos para gerenciar a depressão, bem como fármacos para tratar doenças cardiovasculares e gastrointestinais. 32 Figura 16 – Maurice M. Rapport 07.02 – Importância A serotonina desempenha importante papel em nosso organismo, atuando como reguladora de processos de sinapse nervosa e funções de cunho fisiológico, como programação plaquetária, por exemplo. Níveis muito baixos ou muito altos, podem estar correlacionados com vários tipos de doenças crônicas ou agudas, das quais podemos associar a atividade excessiva com crises de enxaquecas e náuseas, enquanto a atividade reduzida, pode ser associada a esquizofrenia, transtornos de bipolaridade, obesidade e comportamento violento, por isso, a importância da homeostase deste neurotransmissor no organismo, de modo que este possa endossar sua função de bem estar e prazer, com êxito, sem mais interferentes. Hoje, há diversos estudos que associam o gene desta proteína a doenças de cunho psiquiátricos, como a depressão, entretanto, ainda não há conclusões definitivas sobre o assunto, pois não se sabe se é a depressão que causa a diminuição de serotonina no organismo, ou a diminuição de serotonina que causa a depressão. 07.03 - Função Este neurotransmissor, possui diversas funções fisiológicas e psicológicas de nosso corpo, estando associada principalmente a regulagem do o humor, o apetite e o sono. Uma lista publicada pela Imprensa de Pesquisa Científica em 04/12/2016, no site da Clínica do Dr. Hong Jin Pai, médico especialista em Acupuntura define as seguintes funções da serotonina no organismo: 33 • Função do intestino: A maior parte da serotonina do organismo é encontrada no trato gastrointestinal onde regula a função intestinal e movimentos. Também desempenha um papel na redução do apetite ao mesmo tempo que consome uma refeição. • Humor: A serotonina é mais conhecida por seu papel no cérebro, onde atua efetivamente no humor, ansiedade e felicidade. Alterações ilícitas do humor, como o uso de drogas como o Ecstasy e o LSD causam um aumento nos níveis de serotonina. • Coagulação: Seu terceiro papel mais importante é a formação de coágulos sanguíneos. A serotonina é libertada pelas plaquetas quando há ferimento, e a vasoconstrição resultante reduz o fluxo de sangue e ajuda na formação de coágulos sanguíneos. • Náuseas: Se você comer algo que é tóxico ou irritante, o estômago irá produzir mais serotonina para aumentar o tempo de digestão e expulsar a substância irritante na forma de diarreia. Este aumento nos níveis de serotonina no sangue também pode provocar náuseas, já que estimula esta aérea do cérebro. • A densidade óssea: Estudos mostraram que um nível elevado persistente de serotonina nos ossos pode levar a um aumento em osteoporose. • A função sexual: Baixar os níveis de serotonina em pacientes que apresentam intoxicação do hormônio também pode contribuir para o aumento associado da libido, enquanto aqueles que tomam a medicação para aumentar os níveis de serotonina apresentam uma redução da libido sexual. Basicamente, o desiquilíbrio desta substância, pode afetar significativamente a vida do indivíduo, tanto em termos físicos quanto psicológicos. 07.04 – Localização no organismo A serotonina é produzida no Sistema Nervoso Central e intestino delgado, onde a concentração neste último, chega a ser de 80 a 90%. A quantidade produzida no Cérebro, não ultrapassa a barreira hemato- encefálica, utilizada para proteger o cérebro de toxinas, com isso, tudo o que é produzido por este, será utilizado e abrigado no mesmo, enquanto o que é produzido no intestino delgado, poderá ser encontrado nas demais partes do corpo atuando nas funções de outras células. Basicamente, poderemos encontrar concentrados de serotonina, no cérebro, mais precisamente no mesencéfalo e hipotálamo, intestino delgado e no sangue, mais precisamente nas plaquetas e mastócitos. 34 07.05 – Localização no gene Localizada citogenética dada pelo cromossomo braço longo do cromossomo 13, posição 14.2 (13q14.2). Localização Molecular: pares de bases 46,831,542 a 46,897,076 no cromossomo 13. Figura 17 - Localização Cromossômica 08 – Justificativa Escolher uma proteína apenas, para objeto de estudo, entre várias outras, que também desperta a curiosidade, foi uma tarefa um tanto árdua, entretanto, se for parar para pensar um pouco sobre o que mais afeta a população do século XXI, onde até mesmo nós somos, já fomos ou ainda seremos vítimas, foi a melhor opção a se escolher, desta forma, poderemos tirar um proveito integro de tal conhecimento, de modo que não só a teoria nos enriquecerá, mas também a prática nos favorecerá a conhecer o mais profundo eu de todos nós, compreender a fundo as complicações e alterações, bem como, possivelmente driblar e lidar de forma positiva com esse mal que hoje assombra cada um de nós, um mal, ou vários, sendo eles o estresse, dores de cabeças constantes, transtornos obsessivos, depressão, distúrbios do sono, ansiedade... Todos os dias, cada um de nós, buscamos no final do dia pela mesma coisa, um bom descanso, regado e controlado pela nossa querida; SEROTONINA. Essa, que até onde sabemos, é nossa mocinha, mas com estudos mais profundos, podemos dizer que o excesso pode fazer dela uma vilã. Como viver sem? E de onde vem? E como vem? E para que vem? Foram por todas estas razões e questões, que decidimos por unanimidade, escolher a Serotonina. 09 – Metodologia do DNA recombinante A Biotecnologia corresponde a técnicas que têm permitido ao ser humano utilizar organismos para obter produtos de interesse. Durante milênios os agricultores vêm cruzando diferentes espécies e variedades vegetais para obter plantas com determinadas características. Há cerca de 3 mil anos, por exemplo, lavradores chineses cultivaram uma leguminosa silvestre que produzia um feijão preto ou marrom: a soja. Atualmente há cerca de 7 mil 35 variedades de soja, o que ilustra a grande diversidade obtida por meio de técnicas convencionais de cultivo. A engenharia genética possibilita a manipulação de moléculas de DNA. Por meio dessas técnicas é possível gerar organismos transgênicos, mapear os genes nos cromossomos e saber exatamente em qual cromossomo e em que lugar dele um gene se localiza. É possível também realizar o chamado sequenciamento gênico, ou seja, determinar qual é a sequência de bases nitrogenadas de um gene. Essas informações têm permitido aprimoramentos nos serviços de aconselhamento genético, pois possibilitam informar a um indivíduo normal se ele é ou não portador de um alelo do gene que causa alguma doença (deletério) e que pode ser transmitido a seus descendentes. Além disso, esses conhecimentos ajudam a aprimorar as informações que podem ser obtidas em diagnóstico pré-natal sobre doenças genéticas em fetos. As técnicas de engenharia genética permitem ainda fazer a identificação de pessoas com base na análise do DNA, com um nível de certeza igual ao das impressões digitais. Por isso fala-se em “impressões digitais” genéticas ou DNA fingerprint (palavra inglesa que significa impressão digital.) Esses recursos têm sido empregados em testes de paternidade, para resolver casos de troca de crianças emmaternidades, além de problemas criminais como estupros, roubos e assassinatos. A engenharia genética está abrindo caminhos para a produção de hormônios de forma mais rápida e eficiente. A terapia gênica é outra área em expansão que envolve essas técnicas. 09.01 - A Descoberta das enzimas de restrição Na década de 1960, os cientistas perceberam que a recombinação de DNA ocorre no organismo em alguns casos, por exemplo, quando rupturas no DNA por radiação ultravioleta são reparadas. Começava então uma busca pela enzima capaz de promover esse “conserto”. Em 1967, o pesquisador de origem tcheca Martin Gellert (1929-) e outros três grupos de pesquisadores, independentemente, purificaram a enzima DNA-ligase. Em 1968, o microbiologista suíço Werner Arber (1929-), o químico estadunidense Daniel Nathans (1928-1999) e o médico estadunidense Hamilton Smith (1931-) descobrem as enzimas de restrição. Em 1973, os estadunidenses Stanley Cohen (1935) e Herbert Boyer (1936-) tentavam compreender como os plasmídeos podiam tornar as bactérias resistentes a antibióticos. Em conjunto com outros pesquisadores, eles se valem da enzima de restrição Eco R1 para cortar o DNA de dois plasmídeos, cada um capaz de conferir resistência a um antibiótico. Depois de unir os plasmídeos a outro DNA, com auxílio da DNA-ligase, introduzem a nova molécula na bactéria Escherichia coli e conseguem, com isso, uma bactéria resistente aos dois antibióticos. Estava aberta a porta para as pesquisas com DNA recombinante e para a produção da primeira proteína humana produzida por essa técnica, a insulina, em 36 1973.Em 1974, camundongos transgênicos foram produzidos e em 1994 começava a comercialização dos alimentos transgênicos. 09.02 - DNA Recombinante A técnica central na tecnologia do DNA recombinante é o isolamento de moléculas de DNA e sua inserção no DNA de outro organismo. Para isso é preciso isolar o trecho de DNA a ser inserido. Esse processo envolve a fragmentação do DNA dos cromossomos na interfase, o que é feito pela ação de enzimas especiais denominadas enzimas de restrição. A descoberta dessas enzimas permitiu grandes avanços na manipulação do DNA. Nas bactérias, essas enzimas fazem parte dos mecanismos de defesa desses procariontes contra os vírus, pois atuam como verdadeiras ” tesouras moleculares”, cortando o DNA viral em vários pedaços e tornando-o inativo. Hoje há inúmeras dessas enzimas de restrição identificadas, as quais são isoladas das bactérias e purificadas. Essas enzimas são comercializadas por grandes empresas da área de Biologia molecular e vendidas a especialistas que trabalham nessa área. Cada enzima de restrição corta o DNA somente quando encontra uma sequência específica de bases nitrogenadas. Dessa forma, esse corte não é feito em qualquer lugar. Os cientistas já sabem onde atua cada uma das enzimas de restrição conhecidas. Por exemplo, existe uma enzima chamada Eco R1, que corta o DNA toda vez que encontra as seguintes sequências pareadas: Regiões que serão cortadas por Eco R1: ...G||AATTC..... ...CTTAA||G..... Dois fragmentos resultantes: ...G||......... ||AATTC... ...CTTAA|| .........||G... Ao encontrar essa sequência, a Eco R1 sempre corta o DNA entre as bases G e A. Além dessas enzimas com capacidade de cortar o DNA em locais específicos, os cientistas têm conseguido inserir segmentos isolados em outra molécula de DNA, com o uso de enzimas chamadas DNA-ligases. Aproveitando-se dessas propriedades, os cientistas têm usado as enzimas de restrição para cortar moléculas de DNA de vários organismos, inclusive das próprias bactérias. Assim, tem-se conseguido trabalhar com trechos menores da molécula de DNA e isolar genes. Esses genes ou trechos de DNA isolados são unidos a moléculas de DNA de outro organismo. 37 A molécula de DNA associada ao novo trecho inserido é denominado DNA recombinante 09.03 - Sequência de Genes A sequência de genes presente no DNA de serotonina são representadas pelas bases respectivamente; 1 CCGCCGGGCTTCAATCTCGCTACAAGTTCTGGCTTAGACATGGATATT CTTTGTGAAGAA 61 AATACTTCTTTGAGCTCAACTACGAACTCCCTAATGCAATTAAATGAT GACACCAGGCTC 121 TACAGTAATGACTTTAACTCCGGAGAAGCTAACACTTCTGATGCATTT AACTGGACAGTC 181 GACTCTGAAAATCGAACCAACCTTTCCTGTGAAGGGTGCCTCTCA CCGTCGTGTCTCTCC 241 TTACTTCATCTCCAGGAAAAAAACTGGTCTGCTTTACTGACAGCCGTA GTGATTATTCTA 301 ACTATTGCTGGAAACATACTCGTCATCATGGCAGTGTCCCTAGAG AAAAAGCTGCAGAAT 361 GCCACCAACTATTTCCTGATGTCACTTGCAAAAAG O total de nucleotídeos desta proteína é de 395. Há algumas literaturas que apontam o cromossomo 17 como sítio da proteína de serotonina, enquanto que neste na verdade, está presente o gene que atua como mediador no transporte desta do meio intracelular para o extracelular e vice versa. 38 Figura 18 09.04 - Clonagem A clonagem consiste na difusão de moléculas de DNA idênticas e baseia-se na propagação natural de células ou indivíduos geneticamente idênticos ao inicial, no caso do sistema heterólogo, significa que vamos seguir uma clonagem em um sistema que não conheça ou produza o DNA em questão. Deste modo, vamos fazer a ligação do DNA a ser clonado em um vetor que fará a produção do mesmo, dentro de um meio que iremos propor. O vetor a ser utilizado para a produção desta molécula de DNA será o pBR322, que trata-se de um plasmídeo capaz de transportar uma sequência de DNA estranha, dando origem a um DNA híbrido ou recombinante, além de possuir locais de restrição único e fácil de purificar. Alguns tipos de plasmídeos são também capazes de se replicarem inserindo- se no cromossoma bacteriano. Estes plasmídeos integrativos ou epissomas podem ser mantidos de um modo estável nesta forma ao longo de numerosas divisões celulares, mas irão em algumas alturas existir como elementos independentes. Figura 19 - Replicação do plasmídeo em cromossoma bacteriano. 09.05- Vetor pBR322 e sistema para replicação O vetor escolhido para clonagem da proteína de serotonina foi o pBR322, que foi criando em 1977 por pesquisadores de origem mexicana, este vetor possui 4361 pares de bases. Contem uma região de replicação, genes de resistência à antibióticos, que no caso são a Ampicilina (amp) e Tetracilina (tet), além de mais de 40 sítios únicos para enzimas de restrição. 39 Figura 20 - Esquema simplificado do plasmídeo pBR322. Figura 21 – Esquema completo do plasmídeo pBR322. As enzimas de restrição ou endonucleases, como também são conhecidas, são enzimas que cortam a molécula de DNA através do reconhecimento de sequências nucleotídicas específicas. No caso do experimento, serão utilizados as enzimas EcoRI 40 (posição 4359) e a enzima Ahdl (3361), onde a última está localizada na zona de resistência ao antibiótico ampicilina. O inserto de DNA a ser recombinado será inserido no vetor, nas áreas demarcadas pelas enzimas, desta forma formamos uma quimera que será inserido em um sistema para replicação. Figura 22 – Processo de replicação do DNA recombinante. Neste caso, escolhemos a bactéria Escherichia coli, pois conseguimos um fácil crescimento com elevadas produções, vasto conhecimento da genética e fisiologia desta, diversidade de vetores de clonagem, fácil controle da expressão genica e secreção do produto por meio de cultura. Figura 23 – Cultura da E.coli com DNA recombinante. O meio de cultura para o crescimento da E.coli com o DNA recombinante será o de Ágar chocolate, meio comumpara o crescimento desta, entretanto, iremos acrescer neste meio, a substância que estimula a produção de serotonina, deste modo, será imprescindível que a bactéria produza a proteína em questão. 41 A substância em questão, será a mesma que estimula a produção de serotonina em nosso organismo, que é o triptofano. Meios para crescimento e isolamento Ágar chocolate Princípio Meio de Ágar Chocolate é amplamente utilizado para o cultivo de microrganismos exigentes, embora cresçam neste meio quase todos os tipos de microrganismos. À base do meio, é adicionado sangue de cavalo, carneiro ou coelho em temperatura alta, o que faz com que as hemácias lisem, liberando hemina e hematina, compostos fundamentais para o crescimento dos microrganismos exigentes. Observação: se utilizar sangue de carneiro ou coelho no lugar do sangue de cavalo, adicionar os suplementos a base de NAD (coenzima I) e cisteína após resfriar a base achocolatada à aproximadamente 50ºC. Utilidade Crescimento de microrganismos exigentes. Lembrar que é um meio rico e crescem vários tipos de microrganismos, portanto iremos utilizar este meio para a bactéria Escherichia coli, organismo, o qual será inoculado o gene da serotonina a ser produzido. Fórmula/Produto Meios comerciais: BHI Ágar *, Columbia Ágar Base, Blood Ágar Base, Mueller Hinton Ágar. Sangue de cavalo, carneiro ou coelho desfibrinado. Recomenda-se o uso da base de BHI Ágar, por apresentar melhor crescimento das cepas exigentes, principalmente cepas de Haemophilus spp. Procedimentos Pesar e hidratar o meio conforme instruções do fabricante; Esterilizar em autoclave; Esfriar a base à temperatura de aproximadamente 80ºC; Adicionar 5 ml de sangue desfibrinado de cavalo para cada 100 ml de base; Homogeneizar bem até lisar totalmente as hemácias e o meio apresentar uma cor castanho escuro (chocolate); Distribuir em placas de Petri de 90 mm de diâmetro. Controle de qualidade Crescimento bom a excelente. Conservação e validade Conservar de 4 a 10°C por 4 meses. Inoculação 42 Estriar a superfície do meio, usando a técnica de semeadura para isolamento; Incubar a 35ºC por 24 horas. Interpretação Cor original do meio: castanho escuro (chocolate). Colônias de tamanho pequeno a médio, com pigmento amarelo. Colônias pequenas e delicadas, com pigmento creme claro. Recomendações Não usar sangue de cavalo vencido. Por ser um meio rico, o crescimento a partir de materiais biológicos em geral costuma ser abundante. Sempre que necessário, isolar a colônia em estudo para os procedimentos de identificação, para não correr o risco de trabalhar com cepas misturadas. 09.06 – Elaboração do Primer Para elaboração do Primer desta proteína, iremos utilizar a seguinte sequencia de bases; DNA 5' GTAATGACTTTAACTCCGGAG 3' 3' CATTACTGAAATTGAGGCCTC 5' Região 5' GTAATGACTTTAACTCCGGAG 3' Região de Sense 3' CATTACTGAAATTGAGGCCTC 5' Região Anti-Sense 09.07 - Sequência complementar Primer Sense: 5’ CATTACTGAAATTGAGGCCTC 3’ Primer Anti-Sense: 3’ GTAATGACTTTAACTCCGGAG 5’ Reposicionamento do Primer Anti-Sense, para posição 5’ 3’: 5’ GAGGCCTCAATTTCAGTAATG 3’ 09.08 - Regulagem do termo ciclador (cálculo de Melting) 43 Para que possamos regular adequadamente o termo ciclador, será utilizado um cálculo de Melting, onde a formula consiste em: Tm = 2x (A+T) + 4x (C+G) Com isso, ficamos: A= 6 T = 6 C = 4 G = 5 Tm = 2x (6+6) + 4x (4+5) Tm = 2x (12) + 4x (9) Tm = 24 + 36 Tm = 60º 10 – Técnica de PCR PCR é reação em cadeia da polimerase, a técnica se basea na amplificação em vitro de uma sequencia unica de DNA especifico se replicando de uma quantidade minima de DNA alvo ou de RNA previamente convertido em cDNA, a técnica também é aplicado em diversos procedimentos em biologia molecula, pesquisa a análise forense e diagnostico médico. A reação em cadeia polimerase PCR foi descoberto em 1983 por Kary Mullis e dez anos depois ganhou o Prêmio Nobel da Química. Amplificação dos reagentes do DNA na técnica PCR, primeiramente deve ser extraido o material genético – DNA, aplicar a reação do PCR em um tubo com as substancias básicas. • DNA (dupla fita molde) • Primer • Nucleotídeo – dNTPs •Taq DNA Polimerase 44 Figura 27- Mistura de reação PCR Todas estas substancias são colocadas no termociclador o qual faz ciclos de temperatura pré estabelecidos em três passos: 1º Passo Desnaturação: a temperatura é elevado de 94-96 ºC para que haja a quebra das pontes de nitrogênio da dupla fita, tornando-se uma fita simples; 2º Passo Anelamento ou hibridização: a temperatura é reduzida de 30-60 ºC onde os primers se anelam em posições especificas; 3º Passo Extensao: temperatura é elevada a 72-75 ºC, esta temperatura é ideal para o Taq-polimerase, este auxilia na introduçao dos nucleotídeos da cadeia que esta sendo sentetizado. O ciclo é repetido em torno de trinta vezes, as fitas complementares de DNA são copiadas pela extesão dos primers que se anelam em posições opostas. Dessa forma cada fita de DNA recém amplificada é usada como molde no ciclo seguinte, resultando assim no acumulo exponencial do fragmento de DNA. 45 Figura 28 - Amplificação exponencial. 11 - Eletroforese em gel de agarose A eletroforese em gel de agarose é um método simples e eficiente que permite a separação, identificação e purificação das macromoléculas de DNA principalmente de ácidos nucleico e proteínas, visando a mobilidade dos fragmentos ao longo de um gel, de acordo com a aplicação de uma corrente elétrica, o DNA por ter carga nevativa migra ao longo do gel para o pólo eletro positivo da eletroforese, o protocolo padrão de gel de agarose permite separar fragmentos de DNA entre 0,5 e 25 kb, por tanto os fragmentos menores vão na frente e os fragmentos maiores vão atrás, o gel da eletroforese pode ser de dois tipos. Agarose (polisacarídeo natural) ou poliacrilamidia (matriz sintética). A adição de corante flourescente (brometo de etedio ou sybr) permite a entre as base de DNA, a vizualisação sob a luz ultravioleta. Figura 29 - Eletroforese em gel da agarose. 46 12 - Abordagem clínica Sabe-se dos inúmeros efeitos e benefícios da serotonina no organismo, onde sua baixa produção está diretamente relacionada a transtornos de ansiedade e depressão. Pacientes com estas doenças, normalmente, tem seus neurônios adaptados com maior número de receptores de serotonina, para que sua fraca produção, consiga suprir o máximo possível em seu organismo. Os médicos, afim de resolver o problema mais rapidamente, medicam os pacientes com mais de um tipo de droga para aumentar a produção de serotonina no organismo, tal fato, leva muitos pacientes a uma superdosagem de serotonina, causando a síndrome da serotonina, o que não é nada bom para o organismo. Os efeitos desta síndrome podemos listar: • Agitação • Alterações mentais, como confusão ou hipomania • Alterações na pressão sanguínea • Alucinações • Arrepios • Diarreia • Espasmos musculares (mioclonia) • Febre • Movimentos descoordenados (ataxia) • Náusea • Perda de coordenação • Reflexos neurológicos aumentados (hiperreflexia) • Ritmo cardíaco rápido e pressão sanguínea alta • Sudorese intensa sem que tenha havido qualquer atividade física exaustiva • Temperatura corporal aumentada • Tremores • Vômitos
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