Baixe o app para aproveitar ainda mais
Prévia do material em texto
Profra. Marcilei Buim e-mail.: marcilei@uninove.br Biologia Molecular AA aa Conteúdo: 13/8 – Estrutura dos Ácidos Nucléicos: DNA e RNA 20/8 – Organização Gênica dos Eucariontes e Procariontes 27/8 – Replicação 03/9 – Atividades (valor 1 ponto) 10/9 – Tradução 17/9 – Transcrição e Código Gênico 24/9 – Aula Prática – (extração de DNA) 01/10 – PCR – Eletroforese 08/10 – Aula Prática 15/10 – Mutação 22/10 – Reparo 29/10 – Sequenciamento 05/11 – DNA – Recombinante 12/11 – Seminário – (Valor 3 pontos) 19/11 – Marcadores Moleculares 26/11 – AV1 03/12 – Regulação de Expressão Gênica 10/12 – AV2 17/12 – AV3 Bibliografia: Antony Griffts – Introdução a Genética Arnaldo Lana – Biologia Molecular Bruce Albert – A célula Lo disa – Biologia Molecular Gene Gene DNA – Molécula responsável pela hereditariedade e funções do organismo / síntese. CROMOSSOMOS – Moléculas de DNA empacotadas com proteínas. GENE – Sequência determinada de bases que produz proteína e RNA. Cromossomo. (1) Cromatídeo. Cada um dos dois braços idênticos dum cromossomo depois da fase S. (2) Centrómero. O ponto de ligação de dois cromatídeos, onde se ligam os microtúbulos. (3) Braço curto. (4) Braço longo. PP -1 PP -2 PP -3 PP -4 Dogma da Biologia Os genes tem local e hora certa para se expressar. Expressão Genética – é igual a produção de proteínas Tarefa de Casa Quais são os átomos que estão presentes no DNA? - Carbono (C) - Hidrogênio (H) - Oxigênio (O) - Nitrogênio (N) - Fósforo (P) Humanos tem 25 mil genes com 100 mil proteínas Réplica Exercícios: 1 – O número de genes de um organismo reflete o grau de complexidade evolutiva? Por que? Não por causa da complexidade gênica que cada organismo carrega 2 – Conforme a figura 1, qual é o organismo com maior número de genes e qual o menos? Arroz é o maior – Bactéria é o menor Não possuem o maior tamanho de genoma, que pertence ao Camundongo / Homem. 3 – Como se explica o aumento da complexidade biológica? Pela quantidade de proteína e o papel que ela representa splicing alternativo DNA – Não codificado 4 – Segundo o artigo o que é gene e proteína? Gene é a sequência de DNA que são transcritos em moléculas de RNAs mensageiras e por consequência traduzidas em proteínas. Proteínas – diferentes papeis que elas representam como atividades enzimáticas estruturais e regeneradoras. Biologia Molecular é o estudo da biologia em nível molecular, com especial foco de estudo na estrutura e função do material genético e seus produtos de expressão, as proteínas. DNA – Ácido Desoxirribonucléico é uma molécula que é composta de genes, são responsável pela estrutura e função dos organismos vivos e permite a transmissão da informação genética de uma geração a outra. DNA Função do DNA – síntese de proteínas \ expressão genética) Proteínas São macromoléculas que realizam a maioria das funções celulares. As propriedades das células são determinadas quase que inteiramente pelas proteínas que elas produzem. Estrutura de Gene e Genoma O DNA é uma dupla hélice. É composto de duas fitas (cadeias, filamentos) de nucleotídeos lado a lado retorcido sob a forma de uma dupla hélice. Açúcar – Bases – Fosfato Nucleotídeo açúcar (pentose) – desoxirribose grupo fosfato 1 base nitrogenada A - Adenina C – Citosina T – Timina G – Guanina Existem +- 2 milhões de bases (nucleotídeos) que se organizam em dupla hélice. Composição do DNA Os componentes químicos do DNA são arranjados em nucleotídeos - Um Grupamento fosfato * Seminário – Depois do dia do Biólogo Anuros relacionados em Biomol. Extremidade 5´ Extremidade 5´ Extremidade 3´ Extremidade 3´ P P P P C5´ C5´ C5´ C5´ C5´ C5´ C4´ C4´ C4´ C4´ C4´ C4´ C3´ C3´ C3´ C3´ C3´ C3´ C2´ C2´ C2´ C2´ C2´ C2´ C1´ C1´ C1´ C1´ C1´ C1´ Base Base Base Base Base Base 2 Pontes de Hidrogênio 2 Pontes de Hidrogênio 3 Pontes de Hidrogênio Ligação fosfodiéster Ligação Glicosídica A A T T G C Composição do DNA Adenina e Guanina – possuem uma estrutura de anel duplo característica de um tipo de composto químico chamado purina. Citosina e Tiamina – possuem estrutura de anel de um tipo chamado pirimidina Adenina Guanina A T C G C T A C G T A T A G C G A T G C A T 5´ 5´ 3´ 3´ Desenhe a estrutura química da seguinte molécula de DNA: 5´ - ACT – 3´ 3´ - TGA – 5´ Estrutura do RNA Extremidade 5´ Extremidade 5´ Extremidade 3´ Extremidade 3´ P P P P C5´ C5´ C5´ C5´ C5´ C5´ C4´ C4´ C4´ C4´ C4´ C4´ C3´ C3´ C3´ C3´ C3´ C3´ C2´ C2´ C2´ C2´ C2´ C2´ C1´ C1´ C1´ C1´ C1´ C1´ Base Base Base Base Base Base 2 Pontes de Hidrogênio 2 Pontes de Hidrogênio 3 Pontes de Hidrogênio A A T T C G Fita Simples Ácidos Nucleicos Nucleotídeos Açúcar – (Pentose) Ribose Fosfato Bases Nitrogenadas (A,C,G,T, U) Uracila Nucleotídeos, em bioquímica, são os blocos construtores dos ácidos nucleicos, o DNA e o RNA. Os nucleotídeos são formados pela reação de esterificação entre o ácido fosfórico e os nucleosídeos, que entram na reação como o álcool, reagindo com a hidroxila na posição 3 ou 5. Os nucleosídeos são derivados de bases azotadas, tendo como bloco a purina ou a pirimidina, em que um grupo ribosil, desoxirribosil ou, mais raramente, outros derivados de açúcares, se liga a um grupo amina da base azotada. Ou seja, um nucleotídeo pode ser analiticamente considerado como tendo três partes: o ácido fosfórico, um açúcar (ribose, desoxirribose ou outros) e uma base azotada (principalmente citosina, adenina, guanina, timina ou uracila. Os nucleotídeos formam os ácidos nucléicos, o DNA e o RNA, que são polímeros dos nucleotídeos. A ligação entre os nucleotídeos do polímero é através do ácido fosfórico, ou seja, uma ligação diéster. Tipos de RNA RNA mensageiro (mRNA), RNA transportador (tRNA) RNA ribossômico (rRNA) ajudam na síntese de proteínas Transcrição T A G C G A T G C A T 5´ 3´ A U C G C U A C G U A RNA códon aa 1 aa 2 aa3 aa4 Ligação peptídica - tradução Organização do DNA de EucariotosEstrutura dos Cromossomos Nucleossomos – (primeira compactação) complexo de DNA (150 a 250pb) e proteínas chamadas histonas – octâmero de histomas. Semelhante a um colar de contas. Solenoides – (segunda compactação) forma helicoidizada dos nucleossomos pp – não histomas Alças de Solenóides – (terceira compactação) os solenoides se organizam em alças em uma matriz de um arcabouço que tem a forma de um espiral. * Tarefa – descreva as partes de um Gene Os Introns e os exons são partes dos genes. Os Exons codificam para proteínas, visto que os introns não fazem. Uma grande maneira de recordar isto é considerando introns como seqüências de intervenção e exons como seqüências expressadas. De acordo com pesquisadores, há uma média de 8,8 exons e 7,8 introns pelo gene humano. Que são exons? Os Exons são as partes do DNA que são convertidas no RNA mensageiro maduro (mRNA). (6) O processo por que o DNA é usado enquanto um molde para criar o mRNA é chamado transcrição. Este mRNA submete-se então a um processo mais adicional chamado a tradução onde o mRNA é usado para sintetizar proteínas, através de um outro tipo de RNA chamado molécula de transferência (tRNA). Que são introns? Os Introns são partes dos genes que não codificam directamente para proteínas. Os Introns podem variar em tamanho dos 10's de pares baixos a 1000's de pares baixos. Exon – produzir proteínas região não Intron – não produzir proteínas transcrita As Principais Regiões de um Gene Para a transcrição é necessário, regiões que são reguladoras na extremidade dos genes. Região Reguladora: é um seguimento do DNA com sequência específica de nucleotídeos que possibilita que ela receba sinais oriundos de outra parte do genoma e do meio ambiente e inicie o processo de transcrição. Procarionte ausência de introns Ácidos Nucléicos - Eucariontes e Procariontes Nas células procariontes o cromossomo é uma única molécula de DNA. Os cromossomos encontram-se imersos no próprio citoplasma formando uma estrutura denominada nucleóide. Nas células eucariotas, o cromossomo é formado por DNA. DNA Bacteriano – Procarionte - Dupla hélice - Circular - uma molécula de DNA Genoma de Procarionte Possuem DNA livre no citoplasma Uma única molécula de DNA no cromossomo de forma circular Em dupla hélice na maioria Introns são raros Haplóides Existência de unidades gênicas acessórias (plasmídeos) Plasmídeos – Moléculas acessórias de DNA que não fazem parte do genoma de organismos, presentes em muito procariontes. Contém genes necessários para a propagação DNA duplex circulares muito pequenos encontrados em procariontes São replicados junto com os cromossomos Elementos extra cromossomais com capacidade de replicação autônoma (replicons). Reguladora Promotora Exon Exon Exon Exon Exon Procarionte Eucarionte Plasmídeos Nucleóide Plasmídeos – São essenciais a operação básica das células bacterianas, produzem toxinas e resistência a antibióticos. São moléculas simbióticas que não podem viver fora das células. Genoma de Vírus Os vírus não podem ser considerados células verdadeiras. *Pesquisar – Exemplos de vírus com DNA e RNA ( 3 de cada ). Resfriado, Rubéola, Sarampo.....São causadas por vírus com RNA Varíola, Catapora, Herpes..........São causadas por vírus com DNA Eucariota Procariota Vírus Material Genético DNA DNA DNA / RNA Forma Dupla hélice Dupla hélice Dupla hélice Linear Circular Unifilamentar Linear / Circular Exon Exon / Introns Exon Exon Introns raros instrons raros instrons Genes Não acoplados Acoplados * Não acoplados cada gene tem uma região promotora * Acoplados vários genes com a mesma região promotora DNA Linear e Mitocondrial Tamanho estimado do genoma de diferentes organismos Propriedade dos Genomas A composição de Bases do DNA varia de uma espécie a outra DNA isolado de células diferentes do mesmo organismo tem a mesma composição de bases. Estrutura do DNA Apenas 5% dos 3 milhões de pares de nucleotídeos do genoma humano codificam proteínas. A maior parte do nosso material genético não possui função conhecida. Estrutura do DNA O DNA pode ser classificado como: DNA de cópia única (65%) As sequências deste DNA são vistas somente uma vez no genoma. Incluem os Genes que codificam proteínas 1 2 3 4 transposons DNA Repetitivo (45%) dispersos em tandem longas - satélites em tandem curtos - minisatélites muito curtas - microsatélites VNTR ( Variable Number of Tandem Repeats) – São minisatélites DNA Repetitivo em Tandem Sequências longas: satélites – mais de 500pb de repetições. Sequências curtas – minisatélites – repetições em tandem com 14 a 35pb (VNTRs – Variable Number of Tandem Repeats) Sequências muito curtas – microsatélites – repetições em tandem de 1 a 13pb (STRs – Short Tandem Repeats) Testes de Paternidades VNTRs - STRs Análise Microsatélites Os minisatélites e microsatélites são de especial interesse para a espécie humana, porque variam em comprimento entre indivíduos, os que os tornam úteis para o mapeamento genético. Síndrome do X Frágil A síndrome do X Frágil (também conhecida como síndrome de Martin & Bell) é a 2ª causa herdada mais comum de atraso mental, e é também a causa conhecida mais comum do autismo. É uma doença genética causada pela mutação do gene FMR1 (Estudos demostram que o gene FMR1 está ligado à formação dos dendritos nos neurônios) no cromossomo X, uma mutação encontrada em 1 de cada 2000 homens e 1 em cada 4000 mulheres. Normalmente, o gene FMR1 contém entre 6 e 53 repetições do codão CGG (repetições de trinucleotídeos). Em pessoas com a síndrome do X frágil, o alelo FMR1 tem mais de 230 repetições deste codão. Artigo: DNA Forense ( Artigo de Revisão ) Luciana Cresta Dolinsky Mitose Replicação Na fase G1 ocorre a produção de proteínas necessárias para a síntese do DNA Semi - Conservativa Replicação do DNA Teoria semiconservativa Cada fita de DNA é duplicada formando uma fita hibrida, isto é, a fita velha pareia com a fita nova formando um novo DNA. Cada DNA recém formado possui uma das cadeias da molécula mãe, por isso o nome semiconservativa.Experimento de Meselson e Stahl, 1958 comprovação: N15 (radioativo e pesado) Enzimas que atuam na replicação do DNA. - Helicase - DNA Polimerase III - DNA Polimerase I - Girase (topoisomerase) - Primase - Ligase Replicação As 2 fitas de DNA são duplicadas de maneira inversa. * Helicase – rompe as pontes de hidrogênio na dupla hélice ** DNA Polimerase III vai ler a fita molde e adicionar nucleotídeos complementares na fita nova. * Síntese de Nucleotídeos Primase – 8 a 12 bases Sintetiza uma pequena molécula de RNA Prime é necessário para DNA polimerase III iniciar o processo de replicação. DNA Polimerase I tem a função exonucleotidica e endonucleotidica (remove todo o prime do processo e vai anexar novas bases de nucleotídeos. Girase Desenrolar o DNA atrás da forquilha para romper o super enrolamento. Ligase Faz a ligação fosfodiese ligando os fragmentos de Okasaki. * Na replicação de bactérias ocorre apenas um ponto de origem de replicação chamado (ORI C). Já nos eucariotos existem vários pontos de origem de replicação. Girase Ligase Tarefa de Casa: Pesquisar sobre a replicação nos finais dos cromossomos (Telômeros) Replicação nas Extremidades Cromossômicas A replicação do DNA é realizada, nas células eucarióticas, por várias enzimas, das quais a mais importante é a DNA polimerase III, que produz fitas duplas de DNA a partir de DNAs de fita simples e de um iniciador (primer), composto de RNA. Esse primer é formado pela enzima primase e contém normalmente de 8- 12 nucleotídeos. As enzimas DNA polimerases funcionam adicionando nucleotídeos complementares à fita molde na extremidade 3' do primer. Portanto, uma das fitas de DNA é sintetizada de forma contínua (fita leading) e a outra é sintetizada de forma descontínua (fita lagging). Nessa última, a síntese ocorre através da ligação de fragmentos, chamados fragmentos de Okasaki. Para a síntese de cada um dos fragmentos é necessário um primer de RNA, o que faz com que a molécula resultante seja híbrida. A DNA polimerase I corrige o "erro", retirando os nucleotídeos e colocando os desoxiribonucleotídeos corretos. Então, a enzima DNA ligase liga esses fragmentos, proporcionando uma síntese correta. Entretanto, nas extremidades cromossômicas, uma das fitas é copiada até o fim, enquanto, na outra, sempre sobra uma pequena região onde a primase não consegue se ligar para formar o primer. Mesmo se fosse possível que o último primer iniciador estivesse na extremidade final da fita lagging, ele deveria ser substituído por DNA pela DNA polimerase I, mas não há extremidade 3’ livre para que a enzima haja. Assim, a cada replicação do DNA, os telômeros tendem a ficar mais curtos e algo deve ser feito para que isso não ocorra. Artigo: Telômeros, Telomerase e Câncer (Henrique A. Parsons) * Pesquisar Rã e Biologia Molecular Termino da Replicação * A replicação no filamento contínuo ocorre até a ponta do molde * A replicação no filamento descontínuo quer prime a frente do processo Quando o último prime é removido, resta uma ponta unicelular. * Telomerase As células desenvolveram um sistema especializado, para evitar a perda de telômeros. Adição de múltiplas cópias de uma sequência simples não codificadas do DNA nas pontas do cromossomo. São repetições em Tandem da sequência células germinativas células embrionárias telomerase células tronco 5` 5` 3` 3` Contínuo Descontínuo Prime Transcrição Processo que converte o DNA em RNA ocorre no núcleo Enzimas: RNApolimerase, fatores de transcrição A síntese dos diferentes tipos de RNA a partir de molde de DNA usando as regras de complementaridade, é um processo denominado transcrição do DNA. Bolha de Transcrição Comparando os Processos Replicação Transcrição DNA – DNA DNA – RNA DNA polimerase RNA Polimerase Ocorre no Núcleo Ocorre no Núcleo Simétrica Ásimétrica Fita Nova 5` 3` Fita Nova 5` 3` Fita Molde 3` 5` Fita Molde 3` 5` 3 etapas da transcrição - Iniciação - Alongamento - Término O promotor contém sequências específicas de bases, que são sítios de localização para enzimas RNA polimerase. A A T T C C G G DNA U A G C RNA T A C G A T T C 5´ 3´ A T G C T A T G 3´ 5´ A U G C U A T G 3´ 5´ Molde Não molde codificadora ou complemento RNA Iniciação de Transcrição A posição das bases são numeradas nos dois sentidos, a partir do ponto de início, ao qual se atribui o valor +1. Os valores aumentam (valor positivo) à jusante e diminuem (valor negativo) a montante. Alongamento da Transcrição A RNApolimerase se move ao longo da fita de DNA, mantendo uma bolha de transcrição, para manter os filamentos separados e expor o filamento molde. A RNApolimerase adiciona os ribonucleotídios lineares com base no molde de DNA 3`---- 5`. Finalização da Transcrição A RNApolimerase reconhece a sequência específica de nucleotídeos. O DNA atua como sinal para a finalização da cadeia. As sequências finalizadoras consistem em cerca de 40pb. A Estrutura Gênica do Eucarioto Transcrição do Eucarioto O produto imediato da transcrição nos eucariotos, o transcrito primário não é necessariamente, uma atitude funcional em eucariotos. Precisa ser processado para ser funcional. A Estrutura Gênica de Procarioto Transcrição fenômeno acoplado a tradução Transcrição em Procariotos A ausência de compatibilização do genoma em procariotos permite que o processo de transcrição e tradução sejam acoplados, de forma que, antes mesmo de terminar a transcrição a tradução já se inicia. Uma das sequências disto é que, em geral, os mRNAs de procariotos não sofreriam modificações. Processamento pós Transcricional nos Eucariotos Excitação de Introns Mecanismo de Splicing Síntese de Proteína ou Tradução - Processamento Pós - Transcricional - Cap - adiciona calda de poliA - retirada dos introns Estrutura Protéica Proteínas são polímeros compostos de monômeros chamados de aminoácidos. * É também uma cadeia de aminoácidos, chamadas de polipeptídeos. Os aa são amidos por ligações covalentes chamadas ligações peptídicas * 64 combinações de trinca de bases 64 codons código genético = p/todos os seres vivos Tradução Pela sequência de nucleotídeos dos genes Que é transcrito na sequência de mRNA Cada trio de bases (códon) do RNAm é um código para o aa A unidade básica do código para um aa consiste em uma sequência de três pares de bases nucleotídicas (códon). Cada tRNA é específico para apenas um aminoácido.Fazendo Tradução 1 – Iniciação 2 – Alongamento 3 – Término 1 – Iniciação A subunidade menor do ribossomo se move ao longo do mRNA até encontrar a sequência de inicio da tradução – AUG Começando na extremidade 5` Em Eucarioto O pareamento baseia-se o reconhecimento de CAP em 5`pelo ribossomo Códon Iniciação AUG 2 – Etapa Alongamento – adição dos aminoácidos Após a inserção do aminoacil (tRNA+aa) de iniciação, o ribossomo move-se 3 bases (códon)adiante da sequência, e novos RNA + chegarão trazendo mais aa. A U G 5` 3` Eucarioto 5` 3` A U G A G G A G G Procarioto RNAm raramente GUG ou UUG 3 – Etapa Terminação e Liberação Término da cadeia é sinalizada por um códon de terminação (UAA ou UAG) DNA Códon do RNAm Anti-Códon Aminoácido AGG UCC AGG Serina CAA GUU CAA Valina TTA AAU UUA Asparagina CCG GGC CCG Glicina TAG AUC UAG Metianina ATT UAA AUU Stop ACT UGA ACU Stop TTC AAG UUC Lisina Código Genético Características Universal Degenerado Não Ambiguidade Exercícios: 1 – A partir do seqüenciamento de DNA descrito abaixo de um organismo eucarioto: 3` TAA AAT TAC GCG TAC CAT ctg cta atc AGT AGG TCT ATT GCC 5` Faça a transcrição completa em RNAm maduro. 5`AUU UUA AUG CGC AUG GUA UCA UCC AGA UAA CGG 3` Faça a tradução indique os códons e seus respectivos aminoácidos DNA Códon do RNAm Anti-Códon Aminoácido TAA AUU UAA Stop AAT UUA AAU Asparagina TAC AUG UAC Tirosina GCG CGC GCG Alanina TAC AUG UAC Tirosina CAT GUA CAU Histidina AGT UCA AGU Serina AGG UCC AGG Arginina TCT AGA UCU Serina ATT UAA AUU Isolencina GCC CGG GCC Alanina 2 – Considere o seguimento de fita de DNA abaixo: 3` AAA TAC GAA CGA TGA TTT CGG ATT 5` a) Qual a sequência? 3` UUU AUG CUU GCU ACU AAA GCC UAA 5` b) Quantos códons? 8 c) UAC GAA CGA UGA UUU CGG D) Met. Leu. Ala. Gli. Ser. Arg. Gli. Stop Mutação DNA não é estático Constantemente exposto a agentes naturais ou artificiais que provocam modificações. Mutações Modificações na informação genética (no DNAs) que resultam em células ou indivíduos com alterações fenotípicas. Mutações cromossômicas ou aberrações cromossômicas (numéricas ou estruturais). Mutações Gênicas (substituição, transições e transversão, adição e deleção Mutante Todo organismo que exibe uma forma diferente de seus ancestrais a qual é resultado da presença de uma mutação. Mutação Qualquer modificação obtida hereditariamente do conjunto gênico de um organismo, que não é explicável pela recombinação genética pré existente. ou gene selvagem ou gene que teve mutação Mutante Classificação das Mutações Quanto a localização Somáticas Germinativas Quanto a Origem Espontânea Induzidas Quanto a Expressão Fenópitica Substituição Silenciosa Sentido trocado ou sentido errado Sem sentido Mutações Espontâneas Taxas de Mutação O DNA polimerase é extremamente fiel (1 erro a cada 3 bilhões de bases) As taxas de mutações espontâneas são extremamente baixas em todos os organismos estudados. Essas taxas variam consideravelmente dependendo do organismo. Na mesma espécie essas taxas variam de gene para gene. A taxa média de mutação espontânea é de 10 -5 As modificações geralmente ocorrem durante a mutação. Mutação que ocorre no gene é chamada mutação de ponto. Mutação Gênica Tipos de Mutação Gênica - Substituição de Base (transições e transversão) - Adição (Insersão de Bases) - Deleção de Bases Substituição de Bases (Nucleotídeos) Transições: substituição de pirimidina por pirimidina ou purina por purina Purina Pirimidina A por G C por T G por A T por C Transversão: substituição de Pirimidina por Purina ou vice-versa Pirimidina por Purina C por A T por A C por G T por G Purina por Pirimidina A por C G por C A por T G por T transição Purina Adenina Guanina transversão transversão Pirimidina Timina Citosina transição Quais são as consequências funcionais destes tipo de mutações gênicas? Substituição Tipos de Mutação Deleção Adição Fenótipos que as mutações causam Quanto as alterações (fenópticas) causada por gene Mutação Pontual (um nucleotídeo) Mutação: Silenciosa / Sinônimas Sentido Trocado / não sinônimas Sem Sentido (non sense) Por deslocamento do quadro de leitura Mutação – Efeito sobre Fenótipo Mutação Silenciosa / Sinônimas não há troca de aa A mutação muda um códon para um aa, por outro códon para o mesmo aa AGC AGU (ambos codificam Serina) Mutação Silenciosa Não há alteração na sequência de aa Mutação de efeito trocado Mutação Sentido Trocado / Não sinônimas Um códon para um aa é substituído por um códon para outro aa. AAA AGA (muda Licina para Arginina) Mutação Sem sentido (non sense) O códon de um aa é substituído por um códon de término (fim) * Levará o término prematuro da tradução Tem grande efeito no funcionamento da proteína, geralmente as mutações sem sentido produzem pb totalmente inativo. CAG UAG (mudança de códon de Glutamina para Stop) Mudança do Quadro de Leitura As adições e deleções de base têm consequências na sequência de polipeptídio que vão bem além da mutação. A deleção ou adição de um único par de bases de DNA mudará a matriz de leitura. Pode exibir uma perde completa da estrutura e da função da proteína normal. Mudança no quadro de leitura Adição de Base DNA 3` ATG CGA TAT TCA 5` 5` UAC GCU AUA AGA 3` Tir. Ala. Ile. Arg. Adicione uma citosina depois da 5 a base do DNA 3` ATG CGC ATA TTC A 5` 5` UAC GCG UAU AAG U 3` Tir. Ala. Tir. Lis. Expansão de Repetição – Amplificação Super expressão gênica: É o aumento da função de um gene, aumento na quantidade deproteínas produzidas. Ex.: Super expressão do gene HER2 (câncer de mama). * Polimorfismo – É uma mutação que foi fixada na população (pelo menos 1% da população apresenta essa mutação). SNPS (Single Nucleotide Polymorphism) Polimorfismo de Base Única Exercícios: 1) O que é mutação? R.: São modificações na informação genética (DNAs) que resultam em células ou indivíduos com alterações fenópiticas. 3) Quais podem ser as origens das mutações? R.: Espontânea ou induzida 5) De modo geral, como as mutações podem ser classificadas? R.: Podem ser classificadas quanto a localização, quanto a origem, quanto a expressão fenópitica. 7) Qual o tipo de mutação mais freqüente? R.: Mutação Induzida 9) As mutações gênicas podem ser de 3 tipos. Identifique nos seguimentos de DNA relacionados abaixo. ATG CTA ATC GGT ACG TAC GAT TAG CCA TGC ATG CTA ATC AGT ACG TAC GAT TAG TCA TGC ATG CTA TCG GTA CG TAC GAT AGC CAT GC ATG CTA ATC GGT TGA ACG TAC GAT TAG CCA ACT TGC R.: Substituição, Deleção e Adição 10) O que pode acontecer se uma mutação de ponto ocorre em regiões codificadoras de DNA? R.: Pode alterar a sequência de aa podendo provocar o deslocamento do módulo de leitura. 12) A inserção ou deleção de pares de bases pode provocar o deslocamento do módulo de leitura. Qual dos casos abaixo é mais perigoso? Por quê? Inserção ou deleção de 2pb Inserção ou deleção de 6pb R.: A inserção ou deleção de 2pb, por poder alterar o aa em códon específico. 13) Qual a consequência de mutações em células somáticas? E em células germinativas? R.: As mutações em células somáticas, não são transmitidas aos descendentes, já as mutações em células germinativas são transmitidas. normal Eletroforese A eletroforese é uma técnica analítica utilizada na análise de macromoléculas como proteínas e ácidos nucléicos. Essa técnica foi descoberta e empregada pela primeira vez em 1937 por Arne Tisélius um bioquímico sueco. O efeito eletroforético tem como base a teoria de Debye-Hückel-Onsager, onde esta teoria de dissociação eletrolítica aceita o fato de as partículas carregadas moverem-se sob a influência de forças eletrostáticas para um eletrodo de carga oposta quando é aplicada uma diferença de potencial em uma solução contendo eletrólitos. A eletroforese é a migração de uma molécula carregada sob a influência de um campo elétrico. A mobilidade eletroforética é dada por: μ= v/E = Z/f Onde: A mobilidade eletroforética (μ) é a razão entre a velocidade(v) da macromolécula e o potencial elétrico(E) que move a macromolécula ou a razão entre a carga líquida(Z) e o coeficiente de atrito(f). Suportes para eletroforese Os suportes para eletroforese comumente empregados são os géis de poliacrilamida para proteínas e agarose para os ácidos nucléicos, em virtude de estes polímeros funcionarem como uma peneira molecular, ou seja, separar as espécies em função de sua massa e tamanho molecular, respectivamente, inibe a propagação do calor em virtude do atrito causado pela migração e pela aplicação do campo elétrico. Os géis de poliacrilamida são comumente utilizados na separação de proteínas em virtude de ser quimicamente inertes, facilidade de coloração com nitrato de prata e corante azul de Coomassie(corantes como esses coram totalmente a agarose impossibilitando a identificação das espécies no eletroforetograma), os poros são facilemente ajustáveis através do controle de acrilamida e bis- acrilamida que são os polímeros que formam o gel. Os géis de agarose são utilizados para macmoléculas com massa molecular a superior a 200 kD visto que os ácidos nucléicos apresentam massas moleculares extremamente grande. A coloração do eletroforetograma de ácidos nucléicos é realizada como brometo de etídio, em fução dos outros corantes provocarem a coração total do gel de agrose impossibilitando a identificação dos ácidos nucléicos. Estrutura Quimica da agarose Eletroforese de macromoléculas em Gel de SDS A amostra de interesse deve ser preparada com o rompimento da matriz em que encontra-se o composto de interesse, nesse caso é uma célula que é rompida por métodos, físicos ou químicos onde os métodos físicos incluem destruição mecânica ou maceração e métodos químicos funcionam através do rompimento por meio da adição de compostos químicos que não afetem as características físico-químicas, do composto de interesse. Após a essa preparação a amostra é colocada em uma solução chamada de tampão de amostra que contém em sua composição agentes químicos redutores, desnaturantes e tamponantes. Em seguida essa solução é aquecida a 90ºC por um períodos de 5 a 10 minutos para desnaturação da macromolécula. Um exemplo desses agentes são: SDS ou dodecilsulfato de sódio: é uma molécula anfifílica usada como desnaturante, ou seja, é um detergente que é adicionado a solução com o objetivo de proporcionar uma carga liquida negativa para a biomolécula de interesse, de modo que ele agrega-se ao redor desta. Agentes redutores: os agentes redutores comumente utilizados são β- mercaptoetanol o DTT (ditiotreitol), que agem causando a redução das pontes dissulfeto que são responsáveis pela estrutura nativa da proteína. Resumidamente o procedimento para eletroforese de macromoléculas é o seguinte: As macromoléculas são colocadas em uma solução chamada tampão de amostra contendo SDS, Azul de Bromo-fenol e DTT; A solução tampão de amostra contendo as proteínas é aquecida a 90ºC de 5 a 10 minutos; Após o aquecimento das proteínas são desnaturadas, suas ligações dissulfeto são quebradas, e o SDS agrega-se ao redor das proteínas proporcionando uma carga líquida negativa. Mecanismo da eletroforese Abaixo é descrito o mecanismo da eletroforese. 1 – a amostra contendo as macromoléculas devidamente desnaturadas e reduzidas é distribuída ao nos poços ou cavidades do gel de suporte; 2 - após a distribuição o equipamento é fechado e o campo elétrico é aplicado no gel, através de um dispositivo diferencial de energia elétrica e as macromoléculas vão sendo distribuídas pela extensão do gel e são separadas em função de sua massa e tamanho molecular que são os principais fatores que determinam a mobilidade eletroforética de acordo com o esquema: Equipamento de eletroforese em gel. Quando a diferença de potencial é aplicada as moléculas migram do cátodo eletrodo negativo em direção ao anodo eletrodo positivo. No topo do gel existe uma mistura de macromoléculas de variados tamanhos e massas moleculares de modo que quando o campo elétrico é aplicado as moléculas menores migram primeiro, pela malha formada pelo gel. Ao passo que durante a distribuição o gel funciona como uma peneira molecular e as moléculas com massa molecular mais elevada vão sendo retidas ao longo do processo pelas malhas gel o que permite que as macromoléculas sejam analisadas pela sua massa molecular. No final do processo quando todas as macromoléculas estão ditribuidas o gel é mergulhado em uma solução corante. Para proteínas são usadas solução de nitrato de prata que detecta proteínas mesmo que a concentração seja muito baixa. Ou o gel é mergulhado em uma solução ácida e alcoólica de corante azul de coomassie. Um período de tempo é aguardo e em seguida observa-se o eletroforetograma que nada mais é doque o gel corado. Para analise de ácidos nucléicos (DNA e RNA) são usados corantes como brometo de etidio, laranja de acridina e profalvina que são corantes com estrutura aromática, quando sob a luz utravioleta apresentam fluorescência. Focalização Isoelétrica de proteínas em gel de SDS Uma técnica muito poderosa para analise de proteínas que proporciona alta resolução é chamada Focalização Isoelétrica onde as proteínas são separadas, através de seu ponto isoelétrico. A focalização isoelétrica consiste na neutralização das cargas das proteínas onde um gel contendo anfólitos (íons que se comportam como ácido e base ao mesmo tempo), é submetido a um campo elétrico de modo que no momento em que os anfólitos migram em direção aos pólos negativos e positivos de acordo com sua carga elétrica e distribuem-se pelo gel cilíndrico, estabelecendo assim um gradiente de pH estável onde as proteínas irão migrar para um local onde seu ponto isoelétrico seja igual o do anfólito. A focalização isoelétrica se processa da seguinte maneira: No primeiro gel os anfólitos adicionados são distribuídos com a aplicação do campo elétrico. No segundo gel é adicionada a solução de proteínas. No terceiro gel é aplicado o campo novamente e as proteínas migram em direção a seu ponto isoelétrico. O processo de migração termina por que as cargas se igualam, ou seja, pI = pH as cargas se anulam de modo que na equação inicial Z=0, e a proteína é focalizada ou seja ela para exatamente no ponto conhecido. Eletroforese Bidimensional ou 2D Essa técnica oferece uma resolução melhor, ou seja, um grau maior de detalhes no eletroforetograma final por que combina a focalização isoelétrica e a eletroforese em gel SDS. De acordo com o esquema abaixo: Eletroforese 2D corado com Nitrato de prata. Na eletroforese bidimensional o gel da focalização isoelétrica é colocado horizontalmente sobre um gel de sds, o campo elétrico é aplicado e as macromoléculas protéicas são separadas de acrodo com o ponto isoelétrico e em função de sua massa molecular, fornecendo um eletroforetograma que possibilita a visualização e identificação de várias proteínas de uma só vez. Princípio da Eletroforese A separação de DNA pela carga total negativa da molécula (dados pelos grupamentos fosfato) podem ser separados pela aplicação de uma voltagem. Ao final do processo as moléculas de DNA estarão próximas do pólo positivo. A molécula de menor peso terá mais facilidade de migrar pelo gel do que as de maior e percorrer uma maior distância, ficando mais próxima do pólo positivo. Equipamentos e reagentes para “Gel Agarose”: Uma cuba de eletroforese e uma fonte de força Bandejas de gel, em diferentes tamanhos de plástico transparente Mutação Mecanismo de Reparo Substituição Deleção Adição Em Biologia, mutações são mudanças na sequência dos nucleotídeos do material genético de um organismo. Mutações podem ser causadas por erros de copia do material durante a divisão celular, por exposição a radiação ultravioleta ou ionizante, mutagênicos químicos, ou vírus. A célula pode também causar mutações deliberadamente Conseqüências Fenotípicas: Mutação Silenciosa “ Sentido trocado “ S/ Sentido “ no Quadro de Leitura Como ocorrem as mutações? As mutações gênicas podem ocorrer espontaneamente em decorrência da própria dinâmica das moléculas orgânicas que constituem o DNA, ou podem Tipos de Mutação ser induzidas por agentes externos como por exemplo irradiação ionizante ou certas substâncias. Mutação Espontânea – Taxas de Mutação podem surgir por: - Erros na replicação (Tautômeros) lesões espontâneas (Depurinação – Desaminação) - Elementos Genéticos de transposição Erros na Replicação As bases nitrogenadas podem assumir formas diferentes chamadas “TAUTÔMEROS”. Purinas e Pirimidinas no DNA podem existir sob várias formas alternativas ou tautômeros. Diferem nas posições e ligações dos átomos de hidrogênio. formas ceto-normais de guanina e timina “ amino-normais de adenina e citosina Mutações Taltoméricas (A) pode parecer com (C) (T) pode parecer com (G) Mutações espontânea – tipo de lesões Espontâneas Depurinação – Erro na replicação formando sítios sem a presença da purina Desaminação – Alteração nas bases do DNA Citosina Uracil = A Adenina Hypoxantina = G Guanina Xantina = G 5-methylcytosina Tiamina = A Transposons São seguimentos lineares do DNA capaz de mudar de posição dentro do genoma de uma célula. Neste processo eles podem causar mutações, aumentar ou diminuir a quantidade de DNA no genoma. São também chamados de genes saltadores Em bactérias, alguns transposons carregam – além do gene para a Transposase – genes para uma ou mais proteínas que conferem Resistência a antibióticos. Quando tal transposon é incorporado num Plasmídio, ele pode deixar a célula hospedeira e se mover para Outra. Mutações Induzidas Fatores que causam mutações - Fatores físicos - Fatores Químicos Radiações Mutagênicos (reagem com o DNA) - Fatores Biológicos Vírus – Bactérias Os agentes mutagênicos atuam por pelo menos 3 mecanismos diferentes: - Substituição de Bases - Alteração de Bases (Alquilantes, Intercalantes) - Danos nas Bases (Radiações, Aflotoxinas) Substituição de Bases por Análogos Agentes químicos análogos de Bases Agente mutagênico 5-Bromouracil (5-bru) é um análogo da Timina e ao invés de parear com Adenina se pareia com Guanina. Alguns mutagenos não são incorporados ao DNA, causando mau pareamento de bases, podem causar inserção ou deleção de base. Podem ser dos tipos: - Alquilante (Nitrosamina e gás mostarda) - Intercalantes Danos nas bases - Danos Radioinduzidos na molécula de DNA Efeitos da Radiação Radiações não ionizantes (luz ultravioleta) não possui energia suficiente para induzir ionizações. * são absorvidas por purina e pirimidina, tornando-se mais reativas (formação de Dímeros de Pirimidina) - multicelulares atinge camadas de células superficiais - unicelulares potente agente mutagênico A reação entre a taxa de mutação e a dose de UV, é muito variável, dependendo do tipo de mutação do organismo e das condições empregadas. Aflatoxina Poderoso carcinógeno isolado de um fungo presente no amendoim, milho e outros alimentos. O processo de duplicação do DNA é interrompido. Mecanismo de Reparo DNA tratamento com agente físico ou químico DNA lesado Restaurado Existem Várias Reparo Fotorradiação Fotólise pela Luz Visível Agentes Alquilantes ( nitrosaminas e metil nitrosoguanidina) Reparo direto na lesão (Danos) Reparo das bases aquiladas Reparo por excisão “ por“ de bases “ por “ de nucleotídeos. As enzimas chave formarão um complexo exição: ABC Gene: UVrA, UVrB, UVrC Reparo por Replicação “ por Recombinação Reparo sujeito a erros - Em certos casos – Dano no DNA é tão extremo que não há como o mecanismo celular de reparo corrigir de forma precisa a molécula. Estudar Para AV2 e AV3 - REPLICAÇÃO - TELÔMEROS - TRANSCRIÇÃO DE RETROVIRUS - TRANSPOSONS - ENZIMAS DE RESTRIÇÃO - CLONAGEM - PCR - MUTAÇÃO – TIPOS PCR – Também pode detectar o gene transgênico Aplicação - 100 pb – 1 - 50 pb – 2 - 10 pb – 3 Teste de Paternidade mínimo de 16 regiões de STR – microsatélites M F P1 P2 300 250 150 100 50 1 2 3 marcador de peso molecular DNA fago Ÿ digerido pelaenzima de restrição HIND III 50 x 50 x 100 x 20 x 20 x 100 x 100 x A C A C Tecnologia do DNA recombinante enzima produzida por bactérias * Fazendo um DNA recombinante O organismo em estudo que será usado para doar o DNA para análise é chamado de organismo doador. Procedimento Básico * Extrair e cortar o DNA de um genoma doador em fragmentos contendo um gene * Inserir o fragmento do gene exógeno (inserto) em pequenas moléculas de DNA que replicam autonomamente (ex.: plasmídeo de bactérias)- chamadas vetores * As moléculas de vetores com o gene exógeno inserido são chamadas DNA RECOMBINANTES. Plasmídio é DNA circular de bactérias (moléculas acessórias das bactérias) O gene que será transfectado para outro organismo é chamado de inserto ou transgênio. Isolamento do Gene de Interesse c/enzima de restrição Inserção da sequência em Vetor geralmente 1 plasmídeo Liberação do Vetor Incorporação do gene de interesse Inserção do Organismo Alvo OGM Genes de Interesse são colocados em organismos alvo, formando assim OGM – Organismo Geneticamente Modificado. Os seguimentos de DNA são unidos aos plasmídeos pela enzima DNAligase. A mesma enzima para cortar o DNA abre o plasmídeo Enzimas de Restrição Também chamadas de endonuclease de restrição - Produzidas por bactérias - Isolada a enzima de restrição de bactérias - São protetoras contra infecção viral Enzimas cortam o DNA viral em fragmentos Agem como uma tesoura, cortando o DNA estranho na bactéria em sequência, reconhecidas especificadamente, inativando-as. DNA de Bactérias protegido por CH 3 – Metil Marcas Importantes de um Plasmídeo Promotor Transposons Ou elementos de transposições Elementos de DNA linear que são inseridos e capaz de mudar o DNA ( se movem dentro do genoma ) Elementos genéticos que mudaram de posição no genoma, alterando a função dos genes onde se inseriam, que resultavam em alterações de cores e composição dos grãos de milho. - Participam do processo evolutivo - Os transposons são semelhantes entre homens e primatas Mutação Espontânea - Regulação gênica pode ser broqueadas por transposons Efeitos Evolutivos - Mutação – Ativam genes que estavam inativos - Dão origem a mecanismos que podem ter grande efeito na evolução - Importante papel no processo de especiação (mal pareamento do Cr hibrido) - Alteração na relação gênica ou esterilidade na forma híbrida. Transposons em Eucariotos Classificação: - Retrotransposons – Classe I (Animais, Plantas, homens - Transposon classe II (bactérias (gene resistentes a antibióticos) LTR (Long Terminal Repeat) Retrotransposons LINE (Sistema Longo Intercalante) SINE (Elemento Intercalado Curto) Modo de Ação via RNA SINE (tem mais de 10% no genoma humano) Transpóson, é uma sequência de ácido desoxirribonucleico capaz de se movimentar de uma região para outra em um genoma de uma célula. Este fenômeno, chamado transposição, foi descoberto por Barbara McClintock nos anos 1950, o que lhe valeu o Prêmio Nobel de Medicina em 1983. Devido ao seu carácter dinâmico, os transposons têm uma enorme influência na evolução e composição de genomas de plantas e animais. A possibilidade de se inserirem dentro de genes do próprio organismo pode causar diversas doenças, bem como ser fonte de nova informação genética * A grande Maioria estão imóveis Transposons produzem enzimas (Trasnporase) Mecanismo de Transposição Mecanismo de Ação 1) Clivagem do DNA no sítio alvo de inserção e nas extremidades do transposon 2) Ligação das extremidades do transposon as fitas simples do DNA alvo 3) Preenchimento das lacunas formadas Transposons – Modo de Ação Via DNA 1) Direto 2) Replicativa Transposição via RNA * transcriptase reversa * Retrovírus Contém RNA no material Genético Retrovírus 02/04/2012 - Juliana, Grupo Escolar O retrovírus, ou RNA, é um tipo de vírus conhecido pelos cientistas há mais de 50 anos. Este vírus se repete numa célula hospedeira utilizando a enzima transcriptase. Uma vez na célula do hospedeiro, as cadeias de RNA são integradas ao genoma. Assim, a informação contida num gene retroviral é usado para gerar a proteína correspondente através da sequência: RNA - DNA - RNA proteína. A membrana do retrovírus se une à membrana da célula hospedeira, e o capsídio viral penetra no citoplasma. As células infectadas pelo retrovírus produzem partícuIas virais durante toda a sua vida. Os retrovírus podem causar câncer, por meio dos oncogenes, que induzem as células hospedeiras a se dividirem descontroladamente. O HIV também apresenta características de retrovírus. Nesse caso, o vírus atinge os linfócitos T do sangue e é o agente causador da síndrome da imunodeficiência. *Tem a mesma forma de ação do Transposons via RNA Efeitos transformação * Mutação por Inserção * Mutação por Deleção * Mutação por Inversão * Fusões Cromossômicas
Compartilhar