GD1 2017 MQ

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BIOLOGIA MOLECULAR – CURSO FARMÁCIA E BIOMEDICINA NOTURNO
DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA E IMUNOLOGIA
PROFESSORAS: MARIANA QUEZADO E BARBARA FIGUEIREDO
GD 1 – ESTRUTURA DO DNA, RNA E CROMATINA; REPLICAÇÃO E REPARO DO DNA
1. Quais são os componentes básicos dos nucleotídeos? Quais as diferenças estruturais entre o RNA e o DNA?
2. O DNA apresenta estrutura de dupla hélice. 
Caracterize a estrutura do DNA (quanto a arcabouço, porção interna, número de bases por volta, padrão de pareamento de bases, etc.)
Que interações estabilizam a dupla hélice?
Qual a importância da dupla fita para a replicação e reparo do DNA? 
3. Quimicamente o RNA é menos estável que o DNA. Explique porque. 
4. Qual a constituição de um nucleossomo?
5. Além de sua importância para a compactação DNA, a cromatina tem um importante papel regulatório na expressão gênica. Explique o que é o código de histonas e como este está relacionado a expressão gênica. 
6. Uma molécula de ácido nucleico tem a composição de bases abaixo. O que você pode afirmar sobre esta molécula?
C = 24,1% G = 18,5% T = 24,6% A = 32,8%
7. Comparação entre as DNA Polimerase e as RNA polimerases com relação à: 
Reação de polimerização catalisada
Substratos necessários 
Presença de atividade exonucleásica
8. Por que as duas fitas do DNA não podem ser replicadas pelo crescimento no mesmo sentido (como mostra a figura abaixo)? Como a célula supera o problema? Esquematize a formação da ligação fosfodiester durante a replicação a partir do nucleotídeo trifosfato livre, mostrando o grupo fosfato que é incorporado.
 
9. Na replicação do DNA, qual o papel das seguintes proteínas:
Helicases
Topoisomerases
DNA primase
DNA ligase
Telomerase 
10. Examine a dupla fita de DNA com a seqüência abaixo e responda: 
5’ CAC AAG ATG CTA AAA 3’
3’ GTG TTC TAC GGT TTT 5’
Qual mutação pode ser detectada? Como ela pode ter ocorrido?
Qual via de reparo que reconhece esse erro (indicado em “a”) e como ele é corrigido?
Explique como o sistema de reparo de E. coli discrimina qual das fitas contendo um erro de pareamento deve ser reparada após a replicação. Como esta discriminação é feita em eucariotos?
Escreva o RNA que seria transcrito a partir desta fita (utilizando como molde a fita superior). 
11. As DNA polimerases I e III apresentam funções muito distintas em E. coli. Quais são estas funções e que diferenças nas propriedades destas enzimas permitem dizer que cada uma é mais adequada para sua respectiva função?
12. A replicação do DNA ocorre de forma extremamente fiel, com apenas 1 erro a cada 109 nucleotídeos replicados. Explique quais são os mecanismos que garantem esta fidelidade e sua respectiva precisão. 
13. A técnica de PCR (polymerase chain reaction) é utilizada para obter grandes quantidades de DNA a partir de amostras contendo quantidades ínfimas de DNA.
a. Descreva os passos envolvidos nesta técnica.
b. Quais as características da DNA polimerase utilizada? Porque essas características são fundamentais ao desenvolvimento dessa técnica?
Que tipos de lesão o DNA pode sofrer? Quais são os principais mecanismos de reparo?
Reações de desaminação geram nucleotídeos não fisiológicos.
Como este fato contribui para os mecanismos de reparo?
Evolutivamente a molécula de RNA surgiu antes do DNA. Enquanto o RNA contém uracila, esta base é substituída por timina no DNA. Qual a importância desta substituição para o armazenamento da informação genética? 
 
Ao contrário das DNA polimerases, as RNA polimerases não apresentam atividade exonucleásica. Quais as consequências dessa diferença para os respectivos processos catalisados?