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GENÉTICA DE POPULAÇÕES GENÉTICA DE POPULAÇÕES Distribuição dos genes nas populações e nas famílias Espécie humana- 5 milhões de membros subpopulações Pools gênicos Grupos étnicos Frequência dos alelos- variabilidade em grupos populacionais - Associados à doenças genéticas: baixa frequência populacional - marcadores genéticos: grupos sanguíneos/ polimorfismos de DNA ESTRUTURA GENÉTICA DE UMA POPULAÇÃO POPULAÇÃO MENDELIANA GRUPO DE INDIVÍDUOS COM ACASALAMENTO OU POTENCIAL DE ACASALAMENTO TRANSMISSÃO DE GENES DE UMA GERAÇÃO A OUTRA FREQUENCIA GÊNICA: proporção dos diferentes alelos na população Não depende de dominância e recessividade CONJUNTO GÊNICO- “POOL GENICO”: soma de genes nos gametas de uma população reprodutiva CONSERVAÇÃO DA FREQUENCIA GÊNICA Estrutura genética • Freqüências genotípicas • Freqüências alélicas rr = branca Rr = rosa RR = vermelha Estrutura genética • Freqüências genotípicas • Freqüências alélicas 200 = branca 500 = rosa 300 = vermelha Total = 1000 flores Freqüências genotípicas 200/1000 = 0.2 rr 500/1000 = 0.5 Rr 300/1000 = 0.3 RR Estrutura genética • Freqüências genotípicas • Freqüências alélicas 200 rr = 400 r 500 Rr = 500 R 500 r 300 RR = 600 R Total = 2000 alelos Freqüências alélicas 900/2000 = 0.45 r 1100/2000 = 0.55 R 100 GG 160 Gg 140 gg Para uma população com genótipos: Calcular: Freqüência genotípica: Freqüência fenotípica Freqüência alélica 100 GG 160 Gg 140 gg Para uma população com genótipos: Calcular: 100/400 = 0.25 GG 160/400 = 0.40 Gg 140/400 = 0.35 gg 260/400 = 0.65 verde 140/400 = 0.35 amarelo 360/800 = 0.45 G 440/800 = 0.55 g 0.65 260 Freqüência genotípica: Freqüência fenotípica Freqüência alélica FREQUÊNCIA GÊNICA Incidência de uma doença ou caracter hereditário possibilita calcular a frequência de alelos FENÓTIPOS MONOGÊNICOS Segregam-se nas famílias, ocorrem em proporções fixas e previsíveis FENÓTIPO GENÓTIPO N° PESSOAS FREQUÊNCIA M M/M 392 0,276 N N/N 320 0,226 MN M/N 707 0,498 total 1419 1,0 2838 alelos M= (2 X 397 + 707) = 0,53 1419 X2 N= (2X 320 + 707) = 0,47 1419 X 2 FREQUÊNCIA GÊNICA : p²+2pq+q²= 1 PROPORÇÕES GENÉTICAS – DISTRIBUIÇÃO BINOMIAL ALBINISMO 1:20.000 q2= 0,00005 q= 0,007 p= 0,993 Frequencia de heterozigotos: 2x(0,993x0,007)= 0,014 Gene ligado ao X p2 AA 2pq Aa q2 aa p A p3 2p2q pq2 q a p2q 2pq2 q3 A genética de populações estuda a origem da variação, a transmissão das variantes dos genitores para a prole na geração seguinte, e as mudanças temporais que ocorrem em uma população devido a forças evolutivas sistemáticas e aleatórias. - Porque alelos da hemofilia são raros em todas as populações humanas enquanto o alelo que causa anemia falciforme é tão comum em algumas populações africanas? - Que mudanças esperar na freqüência de anemia falciforme em uma população que recebe migrantes africanos? - Que mudanças ocorrem em populações de insetos sujeitas à inseticida geração após geração? RESPONDA: LEI DE HARDY- WEINBERG- EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG 1- a população é grande e as reproduções são aleatórias com relação ao locus em questão 2- as frequências alélicas permanecem constantes com o tempo porque: A- não há uma taxa apreciável de mutação B- os indivíduos com todos os genótipos são igualmente capazes de se reproduzir e transmitir seus genes, ou seja, não há seleção contra nenhum genótipo em particular C- não houve imigração significativa de indivíduos de uma população com frequências alélicas muito diferentes da população endógena Lei ou Equilíbrio de Hardy-Weinberg “Em uma população grande, que se reproduz ao acaso, onde não há mutação, seleção ou migração, em que todos os indivíduos são igualmente férteis e viáveis, tanto as freqüências alélicas como as freqüências genotípicas se mantêm constantes de geração a geração.” Se p for a freqüência de um alelo na população, q a de um segundo e r a de um terceiro, as combinações de alelos, dois a dois para locos autossômicos, serão: p2 + 2pq + 2pr + q2 + 2qr + r2= 1 p q r p p2 pq pr q qp q2 qr r rp rq r2 PRINCÍPIO DE HARDY- WEINBERG PARA TRÊS ALELOS: CÁLCULO DAS FREQÜÊNCIAS ALÉLICAS ( 3 alelos co-dominantes) sendo p = alelo 10; q = alelo 11 e r = alelo 12 ; sendo p2 = 10-10, 2pq = 10-11, 2pr = 10-12, q2 = 11-11, 2qr = 11-12, r2 = 12-12; se p2 + 2pq + 2pr + q2 + 2qr + r2 = 1 e p + q + r = 1; assim p (10) = [2 p2 + 2pq + 2pr] / 2n; q (11) = [2 q2 + 2pq + 2qr] / 2n; r (12) = [2 r2 + 2pr + 2qr] / 2n Exemplificando: Loco TH01; alelos 10, 11 e 12; onde n = 100 e [10-10]= 16; [10-11]= 28; [10-12]= 11; [11-11] = 14; [11-12]= 24 e [12-12]= 7 p (alelo 10) = [ 2. 16 + 28 + 11] / 2. 100 = 0,355 q (alelo 11) = [ 2. 14 +28 + 24] / 2. 100 = 0,400 r (alelo 12) = [ 2. 7+ 11 + 24] / 2. 100 = 0,245 GRUPO O GRUPO A GRUPO B Incidência, frequência dos genes e frequência de heterozigotos de alguns disturbios autossômicos recessivos DISTÚRBIO POPULAÇÃO INCIDÊNCIA (q²) FREQUÊNCIA DO GENE (q) FREQUÊNCIA DE HETEROZIGOTOS (2pq) HETEROZIGOTOS/ HOMOZIGOTOS (2pq/q²) Deficiência de alfa1-antitripsina Dinamarquese Negros americanos 1 em 2000 1 em 100.000 0,023 0,004 1 em 22 1 em 125 90 Doença de Tay- sachs Asquenazim EUA Brancos não asquenazim EUA 1 em 3.900 1 em 112.000 0,016 0,003 1 em 30 1 em 370 130 660 Fenilcetonúria Escoceses Finlandeses, japoneses, asquenazim 1 em 5.300 1 em 200.000 0,014 0,002 1 em 30 1 em 250 175 800 Fibrose cística Brancos EUA 1 em 2.000 0,023 1 em 22 90 Hiperplasia adrenal congênita Asquenazim Europeus não asquenazim 1 em 28 1 em 1.000 0,19 0,036 1 em 3 1 em 14 1,7 70 Incidência e frequência dos genes de alguns distúrbios autossômicos dominantes DISTÚRBIO INCIDÊNCIA (2pq+ q²) FREQUÊNCIA DO GENE (q) HETEROZIGOTOS/ HOMOZIGOTOS (2pq/q2) ACONDROPLASIA 1/20.000 0,000025 80.000 DOENÇA DE HUNTINGTON 1/10.000 0,00005 40.000 HIPERCOLESTEROLEMIA FAMILIAR 1/500 0,001 2.000 NEUROFIBROMATOSE, TIPO 1 1/3.000 0,000017 12.000 Frequências genotípicas para o alelo CCR5 normal e o alelo deletado ΔCCR5 GENÓTIPO N° DE PESSOAS FREQUÊNCIA GENOTÍPICA RELATIVA OBSERVADA ALELO FREQUÊNCIAS ALÉLICAS DERIVADAS CCR5/ CCR5 647 0,821 CCR5 0,906 CCR5/ Δ CCR5 134 0,1682 Δ CCR5/ Δ CCR5 7 0,0108 ΔCCR5 0,094 TOTAL 788 1,000 Porquê a variação genética é importante? Como a estrutura genética muda? O que é Genética de populações? Freqüência genotípica Freqüência alélica AGRICULTORES CAÇADORES COLETORES EM AMBIENTES ÁRIDOS CONSUMO DE AMIDO AMILASE- hidrolise Variabilidade no número de cópias-> nível de produção da amilase salivar relação positiva com padrão alimentar Amilase- AMY1A CNV- Variabilidade no número de cópias FORÇAS EXTERNAS- MUDANÇA NAS FREQUÊNCIAS Variação genética no espaço e tempo Freqüência dos alelos Mdh-1 em colônias de caramujos Variação genética no espaço e tempo Mudanças na freqüência do alelo F no locus Lap em populações de ratos dapradaria em 20 gerações Variação genética no espaço e tempo Porquê a variação genética é importante? Potencial para mudanças na estrutura genética • Adaptação à mudanças ambientais • Conservação ambiental • Divergências entre populações • Biodiversidade Porquê a variação genética é importante? variação não variação EXTINÇÃO!! Aquecimento global Sobrevivência Porquê a variação genética é importante? variação não variação norte sul norte sul Porquê a variação genética é importante? variação não variação norte sul norte sul divergência NÃO DIVERGÊNCIA!! Como a estrutura genética muda? Mudanças nas freqüências alélicas e/ ou freqüências genotípicas através do tempo • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferncial Como a estrutura genética muda? • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferencial Mudanças no DNA • Cria novos alelos • Fonte final de toda variação genética Mutação: Alguns “genes verdes” sofrem mutações aleatoriamente de “genes verdes” para “genes marrons” (embora, uma vez que, qualquer mutação em particular é rara, esse processo por si só não pode representar uma grande mudança na frequência de alelos em uma geração). Como a estrutura genética muda? • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferencial Movimento de indivíduos entre populações • Introduz novos alelos “Fluxo gênico” Como a estrutura genética muda? • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferencial Certos genótipos deixam mais descendentes • Diferenças na sobrevivência ou reprodução diferenças no “fitness” • Leva à adaptação Seleção Natural Resistência à sabão bactericida 1ª geração: 1,00 não resistente 0,00 resistente Seleção Natural Resistência à sabão bactericida 1ª geração: 1,00 não resistente 0,00 resistente Seleção Natural Resistência à sabão bactericida 1ª geração: 1,00 não resistente 0,00 resistente mutação! 2ª geração: 0,96 não resistente 0,04 resistente Seleção Natural Resistência à sabão bactericida 1ª geração: 1,00 não resistente 0,00 resistente 2ª geração: 0,96 não resistente 0,04 resistente 3ª geração: 0,76 não resistente 0,24 resistente Seleção Natural Resistência à sabão bactericida 1ª geração: 1,00 não resistente 0,00 resistente 2ª geração: 0,96 não resistente 0,04 resistente 3ª geração: 0,76 não resistente 0,24 resistente 4ª geração: 0,12 não resistente 0,88 resistente Seleção Natural pode causar divergência em populações divergência norte sul Seleção sobre os alelos da anemia falciforme aa – ß hemoglobina anormal Anemia falciforme Baixo fitness Médio fitness Alto fitness Aa – Ambas ß hemoglobinas resistente à malária AA – ß hemoglobina normal Vulnerável à malária A seleção favorece os heterozigotos (Aa) Ambos alelos são mantidos na população (a em baixa freqüência) Como a estrutura genética muda? • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferencial Mudança genética simplesmente ao acaso • Erros de amostragem • Sub-representação • Populações pequenas Deriva Genética 8 RR 8 rr 2 RR 6 rr 0.50 R 0.50 r 0.25 R 0.75 r Antes: Depois: Como a estrutura genética muda? • mutação • migração • seleção natural • deriva genética • Casamento preferencial Causa mudanças nas freqüências alélicas Para qualquer loco gênico, as freqüências relativas dos genótipos, em populações de cruzamentos ao acaso (panmíticas), permanecem constantes, de geração a geração, a menos que certos fatores perturbem este equilíbrio. Esses fatores são os chamados fatores evolutivos: ¬ mutação, ¬ seleção, ¬ deriva genética (ou oscilação genética) e ¬ migração (ou fluxo gênico). LEI DE HARDY-WEINBERG Para qualquer loco gênico, as fr equências relativas dos genótipos em populações de cruzamentos ao acaso (panmíticas), permanecem constantes de geração a geração, a menos que sofram a ação dos fatores evolutivos. •organismos da mesma espécie, com reprodução sexuada, que residem dentro de limites geográficos definidos, que permitem intercruzamento (população mendeliana) •população relativamente grande para permitir cruzamentos ao acaso •proporção sexual em torno de 1 : 1 Variação Genética Sem variação genética, alguns dos mecanismos básicos de mudanças evolutivas não funcionariam. Existem três fontes primárias de variação genética, sobre as quais vamos aprender mais: Mutações são alterações no DNA. Uma única mutação pode ter um amplo efeito, mas em muitos casos, alteração evolutiva é baseada na acumulação de mutações. Fluxo Gênico é qualquer movimento de genes de uma população para outra e é uma importante fonte de variação genética. Sexo pode introduzir novas combinações de genes em uma população. Essa mistura genética é outra importante fonte de variação genética. Beber leite ~9000 anos- domesticação animais Perda da capacidade de digerir o leite na idade adulta enzima Lactase INTOLERANCIA A LACTOSE As boas novas é que você não tem o mal da vaca louca. A má notícia é que você é intolerante a lactose No passado (>9000 anos atrás), os h u m a n o s , c o m o t o d o s o s mamíferos, perdiam a habilidade de digerir lactose após a lactação. O gene da lactase, é desligado, e tornam-se intolerantes a lactose Certas populações humanas/ culturas possuem mutações que acarretam a persistência da lactase, ou seja mutações que permitem que a enzima permaneça ligada Esta mutação é considerada adaptativa DOMESTICAÇÃO DO GADO E PERSISTÊNCIA DA LACTASE Evolução convergênte As mutações apareceram independentemente na África e Europa Gene lactase lactose= glicose + galactose LCT: DEFICIÊNCIA CONGENITA DA LACTASE- condição autossômica recessiva que causa doença gastrointestinal grave caracterizada por diarreias aquosas em crianças alimentadas com leite materno ou fórmulas contendo lactose. Falta de atividade de LCT em biopsia jejunal HIPOLACTASIA DO ADULTO (INTOLERÂNCIA A LACTOSE): deficiência enzimática mais comum Diminuição da atividade durante a infância e puberdade NORMAL E FISIOLÓGICA PERSISTÊNCIA DA LACTASE- mantém atividade e a habilidade de digerir a lactose Nível transcricional associado com variabilidade no gene MCM6 vizinho de LCT Populações pastoris- mutação lactase 90%- norte Europa 50%- sul da Europa 5%- áfrica ocidental 1%- china Figure 2. The global distribution of G6PDd. Howes RE, Piel FB, Patil AP, Nyangiri OA, et al. (2012) G6PD Deficiency Prevalence and Estimates of Affected Populations in Malaria Endemic Countries: A Geostatistical Model-Based Map. PLoS Med 9(11): e1001339. doi:10.1371/journal.pmed. 1001339 http://www.plosmedicine.org/article/info:doi/10.1371/journal.pmed.1001339
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