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Técnicas em Engenharia Genética Vera Lucia MacieL SiLVa São Luís 2014 Edição Universidade estadUal do Maranhão - UeMa núcleo de tecnologias para edUcação - UeManet Coordenadora do UemaNet profª. ilka Márcia ribeiro de soUsa serra Coordenadora de Designer Educacional profª. ilka Márcia ribeiro de soUsa serra Coordenadora do Curso de Especialização em Ensino de Genética profª. ligia tchaicka Professora Conteudista profª. vera lUcia Maciel silva Designer Educacional clecia assUnção silva liMa Revisoras de Linguagem lêda Maria soUsa tôrres de oliveira lUcirene ferreira lopes Diagramadores JosiMar de JesUs costa alMeida lUis Macartney sereJo dos santos tonho leMos Martins Designers Gráficos annik azevedo helayny farias rôMUlo santos coelho Responsável pela Impressão Gráfica cristiane costa peixoto Governadora do Estado do Maranhão roseana sarney MUrad Reitor da UEMa prof. José aUgUsto silva oliveira Vice-reitor da UEMa prof. gUstavo pereira da costa Pró-reitor de administração prof. Walter canales sant’ana Pró-reitora de Extensão e assuntos Estudantis profª. vânia loUrdes Martins ferreira Pró-reitora de Graduação profª. Maria aUxiliadora gonçalves cUnha Pró-reitor de Pesquisa e Pós-graduação prof. porfírio candanedo gUerra Pró-reitor de Planejamento prof. antonio pereira e silva Diretora do Centro de Ciências agrárias - CCa profª. francisca neide costa Maciel-Silva, Vera Lúcia. Técnicas em engenharia genética / Vera Lúcia Maciel Silva. – São Luis: UemaNet, 2014. 69 p. 1. Genética. 2. Engenharia genética. 3. Técnicas. I. Título CDU: 575 uniVerSidade eStaduaL do Maranhão Núcleo de Tecnologias para Educação - UemaNet Campus Universitário Paulo VI - São Luís - Ma Fone-fax: (98) 2106-8970 http://www.uema.br http://www.uemanet.uema.br Proibida a reprodução desta publicação, no todo ou em parte, sem a prévia autorização desta instituição. ATIVIDADES GLOSSÁRIO DICA DE SITE ÍConEs orientação para estudo ao longo deste fascículo serão encontrados alguns ícones utilizados para facilitar a comunicação com você. Saiba o que cada um signifi ca. SAIBA MAIS SUGESTÃO DE LEITURA ATENÇÃO ATIVIDADES GLOSSÁRIO DICA DE SITE AprEsEnTAção ................................................................................................. 7 UnIDADE 1 - Fundamentos da Biologia Molecular ............................. 9 1 Introdução .............................................................................................. 9 2 Ácidos nucleicos .................................................................................. 9 2.1 Tipos e características dos ácidos nucleicos ............................ 10 2.1.1 Estrutura do DNa .................................................................................... 11 2.1.2 a estrutura do RNa ................................................................................ 15 3 replicação ............................................................................................... 17 3.1 Experimento de Meselson-stahl .................................................. 18 3.2 Mecanismo da replicação ................................................................ 19 4 Transcrição .............................................................................................. 23 4.1 Dogma Central da Biologia ............................................................. 23 4.2 processo da transcrição .................................................................... 24 4.2.1 Componentes da transcrição ............................................................. 25 4.2.2 Etapas da transcrição ............................................................................ 25 4.3 Splicing ou processamento do rnA ............................................. 28 5 síntese de proteínas ........................................................................... 30 5.1 Código Genético ................................................................................... 30 5.1.1 Universalidade do Código genético ................................................ 32 5.2 o processo de Tradução .................................................................... 33 5.2.1 Etapas da tradução ................................................................................ 33 referências ............................................................................................. 36 UnIDADE 2 - Técnicas Básicas da Engenharia Genética ..................... 37 1 Introdução .............................................................................................. 37 2 Extração de DnA ................................................................................... 37 2.1 Etapas da extração de DnA ............................................................. 38 2.2 Aplicações da técnica de extração de DnA .............................. 39 3 Eletroforese ............................................................................................ 43 3.1 Eletroforese de DnA ........................................................................... 44 3.1.1 Eletroforese de DNa em gel de agarose ......................................... 44 3.2 Aplicações da técnica de eletroforese ........................................ 46 4 Endonucleases de restrição (ou Enzimas de restrição) ..... 48 4.1 Aplicações das enzimas de restrição .......................................... 51 4.2 Componentes da pCr ......................................................................... 52 4.3 Etapas da pCr ........................................................................................ 53 4.4 pCr em Tempo real ............................................................................. 54 4.5 Aplicações da técnica da pCr ......................................................... 55 5 sequenciamento de DnA ................................................................. 57 5.1 Método sanger ..................................................................................... 57 5.2 o processo do sequenciamento .................................................... 58 5.3 Tecnologias de sequenciamento de nova Geração (nGs) ..... 60 5.4 projeto Genoma Humano (pGH) ................................................... 61 5.5 Aplicações do sequenciamento de DnA ................................... 61 referências ............................................................................................. 66 Currículo da professora-autora ..................................................... 69 Caro estudante, Este material tem o propósito de oferecer conhecimentos sobre as principais técnicas da Engenharia Genética. É válido ressaltar que engenharia genética é um termo usado para descrever técnicas modernas em Biologia Molecular, sendo então definida como um conjunto de técnicas referentes à manipulação do DNA. Entretanto, para falarmos dessas técnicas há necessidade também de revermos alguns conceitos básicos de Biologia Molecular, tais como ácidos nucleicos, o DNA e sua estrutura, replicação, transcrição e tradução que serão apresentados no primeiro capítulo. Após essa fundamentação, iremos abordar as principais técnicas utilizadas em Biologia Molecular, como extração de DNA; PCR, sequenciamento do DNA. Bom estudo! U n id a d e FUnDAMEnTos DA BIoloGIA MolECUlAr 1 Introdução Nessa primeira parte do fascículo serão abordados os princípios básicos da Biologia Molecular, veremos os ácidos nucleicos, DNa eRNa, sendo o DNa nosso material genético; o processo pelo qual o DNa se duplica, dando origem a novas moléculas, conhecido como replicação; a forma como a informação contida no DNa é passada para o RNa, isto é, a transcrição e finalizaremos com a síntese proteica, que é a produção de proteínas a partir do RNa mensageiro. Ressaltamos que essas informações apresentadas são fundamentais para o entendimento das técnicas de engenharia genética, o assunto da próxima parte do nosso fascículo. 2 Ácidos nucleicos Os ácidos nucleicos foram descobertos em 1869, por Johann Friedrich Miescher, que isolou, do núcleo de leucócitos, uma substância composta de hidrogênio, oxigênio, nitrogênio e fósforo e a denominou nucleína. Em 1889, Richard altmann, aluno de Miescher, descobriu que a nucleína era ácida, e mudou o nome para ácido nucleico. No entanto, o papel dos ácidos nucleicos na • Compreender a estrutura dos ácidos nucleicos (DNa e RNa), suas propriedades e suas funções biológicas; • Reconhecer os processos moleculares de armazenamento, transmissão e expressão da informação genética; • Compreender o dogma central da Biologia molecular. objetivos GENÉTICA10 hereditariedade e no controle da atividade celular só começou a ser esclarecido no século XX (MaIa; LaNNES, sd). 2.1 Tipos e características dos ácidos nucleicos Existe na natureza dois tipos de ácidos nucleicos: DNa (ácido desoxiribonucleico) e RNa (ácido ribonucleico). Os ácidos nucleicos são macromoléculas poliméricas, formadas por unidades menores denominadas nucleotídeos, estes, por sua vez, são formados por três partes: um açúcar com 5 carbonos (pentose); um grupo fosfato e uma base nitrogenada (Figura 1). Figura 1 - Estrutura básica de um nucleotídeo e sua composição: uma base nitrogenada, uma pentose (açúcar) e um grupo fosfato Fonte: Modificado de http://scienceaid.co.uk/biology/genetics/dna.html Nas moléculas de DNa a pentose é uma desoxirribose, enquanto que nas moléculas de RNa a pentose é uma ribose (Figura 2). Figura 2 - Estrutura das bases púricas (a) e das bases pirimídicas (b) Fonte: http://www.facom.ufms.br/~tmcomparisons/genetica.htm Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 11 as bases nitrogenadas, também conhecidas como orgânicas, estão classificadas em dois grupos: o das purinas, composto poradenina (a), guanina (G), citosina (C) e o grupo das pirimidinas que incluem timina (T) e uracila (U) (Figura 3). No DNa são encontradas as bases a, G, C e T e no RNa a T é substituída por U. Figura 3 - Pentose dos ácidos nucleicos Fonte: http://www.facom.ufms.br/~tmcomparisons/genetica.htm 2.1.1 Estrutura do DNa O DNa é um composto orgânico cujas moléculas contêm as instruções genéticas necessárias para coordenar o desenvolvimento e funcionamento de todos os seres vivos. a estrutura da molécula de DNa foi descoberta em 1953, por dois cientistas, James Watson e Francis Crick (Figura 4), eles se basearam em parte nos resultados da difração de raios X, obtidos por Rosalin Franklin. Por esta descoberta, Watson e Crick receberam o Prêmio Nobel de Medicina em 1962, juntamente com Maurice Wilkins. a descoberta da estrutura do DNa, com todas as suas implicações, é considerada um dos maiores acontecimentos científicos do século XX (SILVa, 2010). Figura 4 - Francis Crick e James Watson e o modelo da estrutura de DNa, construída com fios e placa de metal Fonte: http://nitro.biosci.arizona.edu/courses/EEB195/Lecture04/ Lecture04.html GENÉTICa12 Figura 5 - Cristalografia de raios-X do DNa Fonte: http://www.nndb.com/people/559/000160079/ a famosa cristalografia de raios-X do DNa produzida por Rosalind Franklin. as manchas formando uma cruz no centro da figura são um indicativo de estrutura helicoidal. Figura 6 - Rosalind Franklin Fonte: http://www.nndb.com/people/559/000160079/ Rosalind Franklin, pesquisadora britânica que contribuiu na descoberta da estrutura do DNa com pesquisas sobre difração de Raios-X do DNa, é considerada por muitos, como injustiçada por não ter ganho também o prêmio Nobel de medicina de 1962 (SILVa, 2010). Leia e analise o artigo sobre a descoberta da dupla hélice do DNa no endereço: <http:// www1.folha.uol.com. br/folha/ciencia/ ult306u8694.shtml> Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 13 a molécula de DNa é composta de polinucleotídios enrolados, ao longo de um mesmo eixo formando uma dupla hélice, onde os grupos fosfatos e as desoxirriboses estão localizados na parte externa da dupla hélice formando o esqueleto e as bases nitrogenadas fi cam na parte interna (Figura 7). Figura 7 - Estrutura helicoidal do DNa, destacando os fosfatos e as riboses localizados na parte externa formando o esqueleto da dupla hélice e as bases nitrogenadas na parte interna Fonte: Modifi cado de http://www.genome.gov/glossary/index.cfm?id=53 as bases nitrogenadas dispõem-se em forma de pares, sendo esse pareamento muito específi co, a adenina pareia somente com a Timina, enquanto que Guanina pareia com Citosina, desta forma o número de bases a tem que ser igual ao de T, enquanto o número de bases C será sempre igual ao de G, essa condição é denominada regra de Chargaff . Como consequência, a sequência de bases de uma fi ta é complementar a outra. Os pares de bases aT são mantidos por duas pontes de hidrogênio, e os pares GC por três destas pontes, conforme observado na fi gura 8 (PIERCE, 2004). Para saber mais sobre difração de raios X do DNa veja a animação no endereço: <http:// www.moodle.ufba.br/ file.php/10702/aulas/ aula_03_a_05/06_ BMOL_04_05_06_Cris- talografia%20de%20 raio%20x_ka_mari_v_ Nivea_REVISaDO.swf> GENÉTICa14 Para a formação da molécula de DNa é necessário que os nucleotídeos se unam em longas cadeias por meio de ligações fosfodiéster, formando entre si pontes de fosfato, como pode ser observado na fi gura 8. a ligação fosfodiester ocorre entre o grupamento fosfato do carbono 5 da pentose de um nucleotídeo e a hidroxila do carbono 3 da pentose do nucleotídeo seguinte. Uma série de nucleotídeos ligados desta forma constitui um fi lamento polinucleotídico (PIERCE, 2004). O fi lamento polinucleotídico apresenta um sentido ou polaridade, ou seja, em uma ponta deste há um grupamento fosfato ligado ao carbono 5’ do açúcar do nucleotídeo, denominado extremidade 5´. a outra ponta do fi lamento tem uma hidroxila ligada ao carbono 3´, sendo portanto denominada extremidade 3´. No caso do DNa, os dois fi lamentos “correm” em sentidos opostos, a extremidade 5’ de um fi lamento é oposta à extremidade 3’ do outro, ou seja, eles têm polaridade inversa, como pode ser observado na Figura 8. a orientação oposta dos dois fi lamentos polinicleotidicos é uma propriedade do DNa chamada antiparalelismo. Figura 8 - Segmento de DNa mostrando a ligação fosfodiéster e a polaridade inversa Fonte: Modifi cado de: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. 790p. Sugestão de aula prática sobre a construção dos ácidos nucleicos no endereço abaixo. http://geneticanaescola. com.br/wp-home/ wpcontent/ uploads/2012/10/ Genetica-na-Escola-61- artigo-05.pdf. Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 15 Veja animação sobre a estrutura dos ácidos nucleicos http://www.moodle. ufba.br/file.php/10702/ aulas/aula_03_a_05/ BMOL_03_04_05_ nucleotideos_ nucleosideos.swf 2.1.2 a estrutura do RNa O RNa é uma molécula intermediária na síntese de proteínas, ele faz a intermediação entre o DNa e as proteínas, é sintetizado a partir de sequências de bases de DNa. assim como o DNa, o RNa também é formado por umacadeia de polinucleotídeos, os ribonucleotídeos, no entanto, cada um apresenta suas particularidades (Figura 9). Essas diferenças, embora consideradas sutis, fazem com que o primeiro seja mais estável que o segundo. Figura 9 - Esquema apresentando as diferenças entre DNa e RNa Fonte: Modifi cado de: http://www.gate2biotech.com/protein-p-plays-three-cancer-fi ghting-roles/ Esses ribonucleotídeos, assim como os desoxorribonucleotídeos, são ligados entre si através de uma ligação fosfodiéster entre a hidroxila do carbono 3' da ribose do nucleotídeo e o fosfato do carbono 5' do nucleotídeo de seguinte. GENÉTICA16 Os principais tipos de RNa são os RNas mensageiros (mRNas), os transportadores (tRNas) e os ribossômicos (rRNa), estando todos envolvidos na síntese de proteínas, porém cada classe tem uma função específica, que será vista mais adiante. EXErCITAnDo 1. Quais são os componentes de um nucleotídeo? 2. Faça uma representação esquemática de um nucleotídeo 3. O que diferencia o DNa do RNa? 4. O que significa dizer que as fitas de DNa apresentam polaridade inversa? resumo Existem dois tipos de ácidos nucleicos: o ácido desoxirribonucleico (DNa) e ácido ribonucleico (RNa), ambos são formados por nucleotídeos, sendo estes por sua vez constituídos por três partes: açúcar (pentose), base nitrogenada e fosfato. Os nucleotídeos do DNa são formados por uma desoxirribose, uma base nitrogenada e um grupamento fosfato. Já os do RNa consistem de uma ribose, uma base nitrogenada e um grupamento fosfato. as bases mais comumente encontradas nos ribonucleotídeos são as purínicas, adenina e guanina, e as pirimidínicas, citosina e uracila. Já nos desoxirribonucleotídeos, são as purínicas, adenina e guanina, e as pirimidínicas, citosina e timina. Os nucleotídeos são unidos por ligações fosfodiéster formando um filamento polinucleotídico. Cada filamento polinucleotídico tem um fosfato na extremidade 5´ e na extremidade 3´uma hidroxila. a estrutura do DNa consiste em 2 filamentos polinucleotídicos dispostos em forma de dupla hélice. Os açúcares e fosfatos estão localizados na parte externa da hélice e as bases empilhadas no lado interno. Os dois filamentos têm polaridade inversa e são complementares. Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 17 3 replicação Quando Watson e Crick descobriram a estrutura do DNa, estes em virtude da natureza complementar das duas fitas de DNa, sugeriram um mecanismo de duplicação, no qual cada fita serviria de molde para a síntese de um novo filamento. assim com a especificidade no pareamento de bases (a-T e C-G) significaria que apenas uma sequência de bases pode ser especificada por molde, resultando assim que as duas moléculas novas seriam idênticas as duas fitas moldes. Esse processo foi denominado de replicação semiconservativa, pois cada um dos filamentos originais de polinucleotídeos da dupla fita de DNa permanece conservado nas novas moléculas de DNa (Figura 10) (GRIFFITHS et al., 2013; PIERCE,2004). O modelo de replicação semiconservativo não foi o único proposto, tendo sido igualmente apresentados outros dois mecanismos (PIERCE, 2004): - mecanismo conservativo: toda a dupla fita do DNa serve como molde para toda molécula nova de DNa, desta forma a molécula original é totalmente conservada durante a replicação; - mecanismo dispersivo: os dois filamentos de nucleotídeos se fragmentam, e estes servem de moldes para a síntese de novos fragmentos de DNa, que se reúnem em duas moléculas completas de DNa. Por esse mecanismo cada molécula resultante é intercalada de fragmentos novos e velhos. Figura 10 - Modelos de replicação do DNa Fonte: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. GENÉTICa18 3.1 Experimento de Meselson-stahl O mecanismo de replicação semiconservativa do DNa foi comprovado por Meselson e Stahl em 1958 em um experimento com a bactéria E. coli (Figura 11). Eles cultivaram as bactérias em um meio de cultura contendo nitrogênio pesado 15N, de densidade superior ao nitrogênio14N, usual nas moléculas de DNa. Eles imaginaram que, se no processo da duplicação as duas fi tas do DNa fossem marcadas por 15N, seria possível prever o que ocorreria com elas nas próximas gerações em um meio contendo o 14N. assim, após uma duplicação, as duas fi tas fi lhas estariam marcadas e cada uma delas teria metade da marcação da fi ta parental. E, após duas duplicações, metade das moléculas estaria marcada e a outra metade não (PIERCE, 2004). Figura 11 - Experimento de Meselson e Stahl Fonte: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. Esse mecanismo de replicação é encontrado em todos os organismos, eucariontes ou procariontes. Mas há diferenças, por exemplo nos segundos como existe apenas uma molécula de DNa e seu comprimento é muito menor que o do DNa eucarionte, a replicação inicia-se num único ponto da cadeia de nucleotídeos e contínua até o término desta, Veja animação do experimento de MeselsonStahl no endereço abaixo http://www.moodle. ufba.br/file.php/10702/ aulas/aula_09/exp_ meselsom.swf Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 19 já nos eucariontes a replicação inicia em múltiplos pontos ao longo da dupla fita de DNa, como a molécula de DNa é muito comprida, os vários pontos de início possibilitam uma replicação mais rápida. 3.2 Mecanismo da replicação Os componentes básicos para o processo da replicação podem ser agrupados em 3 grupos: um molde de DNa unifilamentar; os trifosfatos de desoxirribonucleosídeos (dNTPs), que são as matérias primas, a serem utilizadas na síntese do novo filamento polinucleotídeo; e a as enzimas. Na síntese de DNa, os novos nucleotídeos são adicionados ao grupo ao grupo 3´-OH do filamento crescente de polinucleotídios. O grupo 3´-OH do último nucleotídeo no filamento liga-se ao grupo 5´-fosfato do dNTP que chega (Figura 12b). Nesse processo ocorre uma ligação fosfodiéster entre os dois nucleotídeos (Figura 12c) (PIERCE, 2004). Figura 12 - Na replicação, o novo filamento de DNa é sintetizado a partir de dNTPs Fonte: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. a) b) c) GENÉTICA20 O ponto no qual ocorre a replicação do DNa se assemelha a uma bifurcação, sendo que a parte aberta da dupla hélice é denominada forquilha de replicação (Figura 13). Figura 13 - Os dois filamentos de DNa são sintetizados em sentidos opostos Fonte: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. No mecanismo da replicação as enzimas que sintetizam o DNa, denominadas DNa polimerases, só podem adicionar nucleotídeos à ponta 3´do filamento crescente, de tal forma que novos filamentos de DNa sempre crescem na mesma direção 5´para 3´(5´à3´). Uma vez que os dois filamentos moldes são de polaridade inversa e a fita de DNa sempre cresce no sentido 5à3´, se a síntese em um molde for da direita para a esquerda, no outro molde será no sentido oposto, da esquerda para a direita, conforme observado na Figura 13 (PIERCE, 2004). Para que a replicação seja realizada, é necessária a ação de uma série de enzimas que seguem os passos listados abaixo (PIERCE, 2004 e LEWIS, 2004), que podem ser acompanhados na Figura 14. 1. Para que o processo se inicie, a dupla hélice de DNa precisa girar e desenrolar-se. as DnA-topoisomerases (girases) são capazes de “fazer o DNa girar”. após essa etapa, entram em ação as helicases que promovem a abertura da hélice de DNa, separando-o em dois filamentos simples para que possa ocorrer a replicação.2. Para prevenir a degradação dos filamentos que ficam abertas e expostas atuam as ssBs, proteínas que se ligam aos filamentos simples de DNa, evitando a formação de pontes de hidrogênio. Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 21 3. a primase, enzima que sintetiza pequenas sequências de nucleotídeos de RNa, chamadas primers de RNa,no começo de cada segmento de DNa a ser duplicado. O primer de RNa é necessário porque as DNa polimerases precisam de nucleotídeo com grupo 3´-OH livre, ao qual será adicionado um novo nucleotídeo. Portanto, esses fragmentos iniciadores serão o local de início da nova fi ta. 4. as DnA polimerases, enzimas que sintetizam o DNa, partindo dos fragmentos depositados pela primase, vão adicionando nucleotídeos e construindo dois novos fi lamentos ou cadeias, cada uma complementar a um fi lamento antigo, lembrando que as DNa polimerases só trabalham no sentido 5’ para 3’ da cadeia nascente, pois necessitam de uma hidroxila livre para poderem adicionar os nucleotídeos. Como essas enzimas atuam em ambos os lados da origem de replicação, existirão duas direções de duplicação. Um fi lamento é sintetizado de modo contínuo, fi lamento ou cadeia leading ou líder e na outra fi ta molde a direção da replicação é contrária à direção da síntese, sendo esta sintetizada descontinuamente, denominado cadeia lagging ou atrasada precisando que a primase sintetize vários primers ao longo da fi ta. Os fragmentos formados pela síntese descontínua são chamados de fragmentos de Okazaki. a DNa polimerase também atua como “revisora” a medida que avança, retirando bases pareadas erroneamente e inserindo as corretas. Há ainda a atividade de exonuclease desempenhada por outra DNa polimerase, que retira os fragmentos inciadores (primers) e sintetiza fragmentos de DNa nos espaços deixados por eles que são posteriormente selados pela ação da ligase. Figura 14 - Representação da forquilha de replicação, onde estão mostradas as principais enzimas que formam o complexo de replicação Fonte: Modifi cado de:http://www.vanderbilt.edu/vicb/images/discoveries%20 images%22011/dnareplication_ipond_fi g1.jpg Veja animação sobre replicação do DNa no endereço: <http:// www.moodle.ufba.br/ file.php/10702/aulas/ aula_09/introducao.swf> GENÉTICA22 resumo a replicação, isto é, a síntese de novos filamentos de DNa dupla hélice, ocorre de forma semiconservativa, nesse mecanismo os dois filamentos de nucleotídeos se separam e cada um serve como molde a partir do qual é sintetizado um novo filamento. a síntese de DNa ocorre no sentido 5´à 3´, ou seja, vai do grupo fosfato ligado ao carbono 5’ do açúcar de um nucleotídeo para o grupo hidroxila ligado ao carbono 3’ do açúcar de outro nucleotídeo. Em virtude da polaridade inversa dos filamentos de DNa, a replicação ocorre de modo contínuo em um filamento, chamado filamento líder e descontínuo no oposto, o filamento atrasado. a fita retardada é formada aos poucos, e cada fragmento formado é denominado fragmento de Okazaki. O primeiro passo da replicação é a quebra das pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas dos nucleotídeos, pela enzima helicase, permitindo a separação em dois filamentos. a primase sintetiza primers curtos de RNa, fornecendo assim um grupo 3´-OH, ao qual as DNa polimerases adicionaram nucleotídeos de DNa, obedecendo às regras de pareamento entre as bases nitrogenadas, a ponta 3´ do filamento crescente. as DNa polimerases possuem também uma atividade revisora, na qual verificam se ocorreram erros e os corrige, e uma atividade exonuclease, pela qual retira os ribonucleotídeos dos primers e adiciona nucleotídeos de DNa que são unidos pela ligase, criando o novo filamento. EXErCITAnDo 1. O que é replicação? 2. Quais enzimas participam deste processo? Cite suas funções. 3. Por que no processo da replicação, a síntese da nova fita de DNa não ocorre de forma contínua nas duas fitas do DNa molde? Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 23 4 Transcrição Como já comentado, a informação genética que especifica as proteínas está contida no DNa, no entanto este não é o molde direto da síntese de proteínas. O DNa localiza-se no núcleo e a produção de proteínas ocorre nos ribossomos, localizados no citoplasma. Há, portanto a necessidade das informações contidas na sequência nucleotídica do DNa sejam transferidas para o citoplasma. Esse processo ocorre por meio do RNa, que é a molécula intermediária entre o código genético e o produto gênico. 4.1 Dogma Central da Biologia O Dogma Central da Biologia Molecular, descrito em 1958 por Francis Crick, objetivou relacionar o DNa, o RNa e as proteínas, de forma unidirecional. O DNa se duplica, originando a novas moléculas de DNa, ele também pode ser transcrito em RNa, e este por sua vez traduz o código genético em proteínas (polipeptídeo) (WaTSON, 2006) (Figura 15). Figura 15 – Dogma central da Biologia Molecular Fonte: Elaborada pela autora Uma exceção a esta regra é a dos retrovírus, cujo material hereditário é RNa em vez de DNa. Eles apresentam uma enzima denominada transcriptase reversa, que permite transcrever a informação no sentido GENÉTICA24 RNa para DNa e depois novamente RNa e por fim proteína (Figura 16). assim, a transferência de informação de ácido nucleico para outro ácido nucleico e deste para proteína pode ser possível, mas não acontece de proteína para proteína ou desta para o ácido nucleico. Figura 16 – Dogma central da Biologia Molecular modificado Fonte: Elaborada pela autora 4.2 processo da transcrição a transcrição se processa no interior do núcleo das células e consiste na síntese de uma molécula de RNa a partir da leitura da informação contida numa molécula de DNa. a maior parte dos RNas pode ser agrupada em três grandes grupos, que apesar de apresentarem funções particulares, estão todos envolvidos no processo de tradução, isto é, síntese de proteínas de acordo com as instruções do RNa mensageiro (GRIFFITHS et al., 2013; PIERCE, 2004). RNa mensageiros (mRNas): são moléculas que atuam como intermediários transportando a informação genética do DNa para a proteína no citosol, são eles que codificam as proteínas e têm seus códons lidos durante a tradução. RNa ribossômicos (rRNas): são moléculas que fazem parte da estrutura dos ribossomos (máquinas complexas que traduzem sequências de nucleotídeos de RNam em sequências de aminoácidos). RNa transportadores (tRNas): são moléculas responsáveis pelo transporte de aminoácidos corretos para o mRNa, onde ocorrerá a síntese de proteínas junto aos ribossomos, ou seja, fazem a conexão códon-aminoácido. Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 25 4.2.1 Componentes da transcrição São necessários três componentes principais para ocorrer a transcrição: molde de DNa; ribonucleotídeos trifosfatados e o aparelho de transcrição (WaTSON, 2006; PIERCE,2004 e LEWIS, 2004). 1 - Molde de DNa: o RNa é sintetizado sobre um dos filamentos da dupla hélice de DNa. ao contrário da replicação, a transcrição geralmente ocorre em apenas um dos filamentos de nucleotídeos de DNa, seguindo as mesmas regras de complementaridade e antiparalelismo da duplicação, exceto pelo pareamento de adenina (a) com uracila (U), em vez de timina (T). 2 – Ribonucleotídeos trifosfatados: são os substratos necessários para construir uma molécula de RNa, constituem a matéria-prima da transcrição. Os novos nucleotídeos são adicionados um de cada vez ao grupo 3´-OH da molécula nascente de RNa. O sentido da transcrição é o mesmo da síntese de DNa durante a duplicação, ou seja, 5´à 3´. 3 - aparelhode transcrição: formado pela enzima RNa polimerase e várias proteínas acessórias que auxiliam e regulam o processo da transcrição. a transcrição em eucariotos é mais complexa que em procariotos, mas no geral segue o mesmo padrão da transcrição em procariotos. Mas, há detalhes próprios como o fato que a RNa polimerase nos procariotos ser única, enquanto nos eucariontes existem três. 4.2.2 Etapas da transcrição São três as etapas de transcrição: iniciação, alongamento e término (GRIFFITHS et al., 2013; PIERCE, 2004 e LEWIS, 2004), que podem ser observadas na Figura 17. GENÉTICA26 1 Iniciação a síntese do RNa tem seu início em regiões do DNa chamadas de regiões promotoras, que são sequências de bases específicas reconhecidas pela RNa polimerase e que direcionam a transcrição de genes, em outras palavras que indicam o começo do gene. Em eucariotos para que a RNa polimerase identifique a região promotora é necessário que um fator de transcrição esteja ligado aos elementos da região promotora. Fatores de transcrição são proteínas que controlam, quando, onde e como os genes serão transcritos, sendo a base para o controle da expressão gênica. a RNa polimerase se liga a dupla fita do DNa na região promotora, desenrolando a dupla-hélice e separando os filamentos. a RNa polimerase ligada à região denominada promotora inicia o processo de transcrição, adicionando os primeiros nucleotídeos da sequência de RNa. 2 Alongamento após a produção dos primeiros nucleotídeos, a RNa polimerase passa a se deslocar pela molécula de DNa, desenrolando sua hélice e produzindo uma molécula de RNa, cada vez mais alongada. O DNa já transcrito volta a ser enrolado, quase que imediatamente, recompondo a sua dupla-hélice. 3 Término a transcrição finaliza quando a RNa polimerase encontra a sequência de parada, o RNa então para de ser transcrito. Neste momento, o Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 27 aparelho de transcrição se desprende, liberando uma molécula de RNa e imediatamente a molécula de DNa se enrola completamente. Figura 17 - Esquema simplifi cado das etapas da transcrição Fonte: Modifi cado de: LEWIS, Ricki. Genética Humana. Conceitos e aplicações. 5. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. Em procariotos, a síntese do RNa e a síntese da proteína a partir dele pode ocorrer, simultaneamente, ou seja, à medida que um RNa é sintetizado, a síntese proteica pode ser iniciada nessa molécula. Já em eucariotos, a síntese do RNa intermediário ocorre no núcleo e a utilização desse RNa, como molde para a síntese proteica, ocorre no citoplasma. Os RNas sintetizados no processo de transcrição são chamados de transcritos primários, RNas precursores ou ainda pré-RNas. Na maioria das vezes, esses transcritos primários não representam uma molécula de RNa madura, aquela cuja sequência e estrutura correspondem à forma fi nal do RNa funcional. Tais transcritos primários precisam sofrer uma série de modifi cações, chamadas de splicing ou processamento de RNa. assim, quando se olha o DNa, percebe-se que este possui mais nucleotídeos do que aqueles encontrados no RNa maduro. Veja animação no endereço abaixo http://www.johnkyrk. com/DNatranscription. pt.html - Veja animação da transcrição em procariotos no endereço a abaixo http://www.moodle. ufba.br/file.php/10702/ aulas/aula_20/inicio_ transcricao.swf Veja animação da transcrição em eucariotos no endereço a abaixo http://www.moodle. ufba.br/file.php/10702/ aulas/aula_21/ transcricao.swf GENÉTICa28 4.3 Splicing ou processamento do rnA No ano de 1977, pesquisadores descobriram que a estrutura dos genes em organismos eucarióticos não é contínua, mas apresenta interrupções (WaIZBORT e SOLHa, 2007). Os genes de organismos eucariontes são divididos em porções chamadas de íntrons, regiões sem sentido, ou seja, partes do DNa que não são expressas em RNa ou em proteínas, e pelas regiões da sequência do DNa que são convertidas em produtos funcionais, os exons. Em procariotos os transcritos, geralmente, passam por pouca ou nenhuma alteração, após sua síntese, sendo em geral traduzidos ainda durante sua produção. Desta forma, splicing é um tipo de processamento de um pré-RNa no qual determinadas sequências, introns, são removidas, enquanto as sequências que persistem, exons, são unidas formando assim um RNa maduro (Figura 18) (PIERCE, 2004). Esse processamento inclui alterações do tipo adição, deleção ou modifi cação de nucleotídeos (GRIFFITHS et al., 2013; PIERCE, 2004). Figura 18 - Esquema simplifi cado demonstrando o processamento do RNa Fonte: Elaborada pela autora No processamento conhecido por splicing alternativo (Figura 19), diferentes exons de um mesmo pré-RNa podem ser utilizados na produção de diferentes RNas maduros, podendo assim sintetizar proteínas distintas a partir de um único gene. a partir desse processo, Veja nos endereços abaixo animações de um processamento de RNa. <http://www.moodle. ufba.br/file.php/10702/ aulas/aula_21/edicao. swf> <http://www.dnalc.org/ resources/animations/ rna-splicing.html> Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 29 o splicing alternativo proporciona um grande aumento na variedade de proteínas, sendo considerado a base para explicar a discrepância que existe entre o número de genes que codifi cam proteínas no genoma e a quantidade de proteínas geradas a partir destes. Figura 19 - Esquema simplifi cado demonstrando o splicing alternativo produzindo diferentes RNam maduros Fonte: Elaborada pela autora resumo Transcrição é o processo de síntese de uma molécula de RNa a partir do DNa. O dogma central da biologia molecular estabelece que a informação fl ui em uma única direção, do DNa para o RNa para a proteína. No entanto, há exceções onde a direção é RNa àDNa voltando para RNa à proteína. a RNa Polimerase se liga a uma sequência de nucleotídeos denominada região promotora do gene, separando os dois fi lamentos do DNa. O molde para a síntese de RNa é unifi lamentar. a RNa polimerase se desloca ao longo do fi lamento encaixando os ribonucleotídeos. a medida que o RNa vai sendo formado, vai se separando do DNa que vai se pareando novamente e se fechando. a síntese fi naliza quando a RNa polimerase encontra a sequência de parada, ocorre então a liberação da molécula de RNa. O fi lamento transcrito, denominado transcrito primário, passa por um processamento pós-transcricional no qual partes da molécula são removidas, denominadas íntrons, e as sequências de nucleotídeos que permanecem são chamadas éxons. Para saber mais sobre splicing, leia o texto no endereço: <http://www. educacaopublica.rj.gov. br/oficinas/ed_ciencias/ genetica/roxa/splicing. pdf> GENÉTICA30 EXErCITADo 1. O que é transcrição? 2. Comente sobre o dogma central da Biologia Molecular. 3. Quais as fases do processo de transcrição de RNa? Comente cada uma delas. 4. O que é splicing? 5 síntese de proteínas as proteínas são as moléculas orgânicas mais abundantes e importantes nas células, praticamente todos os processos vitais dependem desta classe de moléculas. apresentam uma incrível diversidade de funções. Ressalta-se ainda que a maior parte da informação genética é expressa em proteínas. a síntese proteica é o mais complexo dos mecanismos biossintéticos que ocorre nos organismos, se desenvolvendo no interior das células. Este processo tem duas fases, a transcrição (já apresentada) e a tradução, que será vista nessa parte. 5.1 Código Genético O código genético é o conjunto de regras pelas quais a informação armazenada no materialgenético é traduzida em proteínas. Este sistema permite que sequências de nucleotídeos sejam convertidas numa sequência de aminoácidos que formarão as proteínas. Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 31 Na tradução sequências de 3 nucleotídeos de uma molécula de mRNa, denominada códons ou trincas, são traduzidas numa sequência apropriada de aminoácidos de acordo com as determinações do código genético. Combinando os 4 nucleotídeos (a, U, C e G), existem 64 trincas possíveis, sendo que três, Uaa, UGa e UaG, indicam o fim de um gene, e são conhecidas como códons finalizadores (ou de término) porque designam o término da tradução do mRNa neste ponto. as outras 61 trincas especificam aminoácidos, destas um (aUG) além de codificar a metionina, sinaliza o início da tradução (GRIFFITHS et al., 2010) (Quadro 1). Quadro 1 - Código genetico 2ª BaSE U C a G 1ª B a SE U UUU - Fen UUC - Fen UUa - Leu UUG – Leu UCU - Ser UCC - Ser UCa - Ser UCG – Ser UaU - Tir UaC - Tir Uaa - Término UaG - Término UGU - Cis UGC - Cis UGa - Término UGG - Trp U C a G 3ª Ba SE C CUU - Leu CUC - Leu CUa - Leu CUG – Leu CCU - Pro CCC - Pro CCa - Pro CCG – Pro CaU - His CaC - His Caa - Gln CaG - Gln CGU - arg CGC - arg CGa - arg CGG - arg U C a G a aUU - Ile aUC - Ile aUa - Ile aUG - MetInício aCU - Tre aCC - Tre aCa - Tre aCG – Ter aaU - asn aaC - asn aaa - Lis aaG - Lis aGU - Ser aGC - Ser aGa - arg aGG - arg U C a G G GUU - Val GUC - Val GUa - Val GUG – Val GCU - ala GCC - ala GCa - ala GCG – ala GaU - asp GaC - asp Gaa - Glu GaG - Glu GGU - Gli GGC - Gli GGa - Gli GGG - Gli U C a Fonte: Elaborado pela autora Como existem apenas 20 aminoácidos essenciais, há aminoácidos que são especificados por mais de um códon como por exemplo, a leucina e a arginina que são especificadas por seis códons. a metionina e o triptofano, por outro lado, são especificados por um único códon, cada um deles. Desta forma, o código genético é dito “redundante” (ou GENÉTICa32 degenerado). No entanto, embora um determinado aminoácido possa ser especifi cado por mais de um códon, nenhum códon indica mais de um aminoácido. O código genético é lido pelos tRNas, sendo que cada tRNa se liga, em uma de suas extremidades, a um aminoácido específi co, apresentando em sua extremidade uma sequência também específi ca de três nucleotídeos, denominada anticódon, que o permite reconhecer, via pareamento de bases, um códon no mRNa (Figura 20). Figura 20 - Estrutura do tRNa, mostrando o anticódon ligando-se ao códon complementar no mRNa Fonte: http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/structure/tRNa/trna_intro.htm 5.1.1 Universalidade do Código genético Quando o código genético foi completado em 1966, supunha-se que ele era universal, signifi cando que cada códon especifi ca o mesmo aminoácido em todos os seres vivos. No entanto, já se sabe que o código genético é quase universal. Foram encontradas algumas raras exceções, a maioria em genes mitocondriais, também já foram constatadas em genes nucleares de protozoários e no DNa de bactérias. a universalidade do código genético é considerada uma evidência de que toda a vida compartilha uma origem única, ou seja, todos somos parentes em maior ou menor grau (RIDLEY, 2006). Fundamentos da Biologia Molecular | UNIDaDE 1 33 5.2 o processo de Tradução a tradução ocorre no citoplasma, mais precisamente nos ribossomos, e consiste na leitura das mensagens do RNa mensageiro, resultando na produção de uma sequência de aminoácidos, que constituem a proteína. O processo da tradução compreende três etapas: iniciação, alongamento e fi nalização, detalhadas abaixo (GRIFFITHS et al., 2013; PIERCE, 2004), conforme observado na Figura 21. 5.2.1 Etapas da tradução Iniciação O início da síntese de proteínas envolve a reunião dos seguintes componentes para formar o complexo de iniciação: RNam a ser traduzido; as subunidades maior e menor do ribossomo; o RNa transportador iniciador (códon aUG); os fatores de iniciação (IF) que facilitam a montagem deste complexo; e trifosfato de guanosina (GTP), que fornece energia ao processo. a subunidade menor do ribossomo liga-se à extremidade 5’ do mRNa, se desloca ao longo da molécula do mRNa até encontrar o códon de iniciação (aUG) na mensagem, se ligando ao sítio P do ribossomo. O tRNa transporta o aminoácido metionina em seu sítio de ligação, esta então se liga ao códon de iniciação por complementaridade. a subunidade maior liga-se à subunidade menor do ribossomo. Alongamento Nesta fase, os aminoácidos são unidos para formar a cadeia polipeptídica. O alongamento requer os ribossomos, os RNa transportadores com seus respectivos aminoácidos e vários fatores de alongamento. Um segundo tRNa leva um aminoácido específi co de acordo com o códon. Estabelece-se uma ligação peptídica entre o aminoácido recém chegado e a metionina. O ribossomo avança três bases ao longo O artigo abaixo apresenta o entendimento de alunos do ensino médio sobre o termo código genético. http://geneticanaescola. com.br/wphome/ wpcontent/ uploads/2014/03/ VersPress/ RevtaGenEsc_9_01_ art02_Press.pdf GENÉTICa34 do mRNa no sentido 5’ → 3’. Os tRNas que já se ligaram inicialmente, desprendem-se do mRNa sucessivamente. No decorrer do processo, as moléculas de tRNa ligam-se numa primeira fase ao sítio a, sendo depois deslocadas para o sítio P e, fi nalmente para o E. Este processo de adição de aminoácido se repete várias vezes, até que a cadeia completa se forme. Terminação Essa sequência de eventos ocorre até que o ribossomo encontre um dos três códons de terminação: UaG, Uaa ou UGa. Para cada um dos referidos códons não existe correspondência para nenhum dos aminoácidos e, portanto, a síntese proteica é bloqueada. a terminação requer um fator proteico de dissociação (RF), que se liga ao ribossomo. O polipeptídeo é liberado do ribossomo, as subunidades maior e menor dissociam-se e há liberação do RNam. Figura 21 - Etapas do processo de tradução proteica Fonte: Modifi cado de PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. R. Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. 790p. Sugestões de atividades práticas - Jogo código genético degenerado http://geneticanaescola. com.br/wp-home/ wpcontent/ uploads/2012/10/ Genetica-na-Escola-62- artigo-11.pdf - Jogo da síntese proteica. http://portaldoprofessor. mec.gov.br/ fichaTecnicaaula. html?aula=904 - Construção de modelos que permitem representar a replicação da informação genética (DNa–DNa) assim como o seu fluxo em duas etapas: a transcrição (DNa-RNa) e a tradução (RNa-peptídeo). http://www.bteduc.bio. br/guias/115_DNa_ RNa_e_informacao.pdf http://geneticanaescola. com.br/wp-home/ wpcontent/ uploads/2012/10/ Genetica-na-Escola-62- artigo-02.pdf Fundamentos da Biologia Molecular | unidade 1 35 resumo O código genético do DNa se expressa por trincas de nucleotídeos, os códons, cada um correspondendo a um determinado aminoácido. Há alguns códons que não codificam aminoácidos - três códons que determinam o término da síntese proteica (Uaa, UaG e UGa) e um códon que determina, além da metionina, o início da tradução (aUG). O código genético é dito degenerado porque vários aminoácidos podem ser codificados por mais de uma trinca de bases nitrogenadas, também é considerado universal. a tradução é formada de três etapas: iniciação, alongamento e finalização. Na iniciação o ribossomo se une a uma molécula de mRNa. Quandoo ribossomo encontra o códon de início de tradução, uma molécula de RNa transportador, carregando a metionina, liga-se ao códon. No alongamento os ribossomos deslocam-se ao longo do filamento de mRNa mensageiro. a cada códon, uma molécula de tRNa, carregando um aminoácido, liga-se momentaneamente, se houver pareamento o ribossomo encaixa o tRNa, que traz o aminoácido. O ribossomo continua fazendo esse processo, e estabelecendo ligações peptídicas entre os aminoácidos até encontrar um dos 3 códons de término, quando então o polipeptídeo é liberado finalizando o processo. EXErCITAnDo 1. O que significa dizer que o código é redundante? 2. O que são códons e anticódons? 3. O que é síntese proteica? GENÉTICA36 referências aLBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 4. ed. Porto alegre:artmed, 2004. aZEVEDO, M. O. et al. Técnicas básicas em biologia molecular. Brasília, DF: Editora Universidade de Brasília, 2003. GRIFFITHS aJF; WESSLER SR; CaRROLL SB; DOEBLEY J..Introdução à Genética. 10. ed. Guanabara Koogan, 2013. LEWIS, Ricki. Genética Humana. Conceitos e aplicações. 5. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. MaIa, C.e LaNNES, D. Genética e Biologia Molecular para o Ensino Médio e Fundamental: Curso de Extensão na Área de Biologia Para Professores do Ensino Médio e Fundamental. Disponível em: <http:// www.educacaopublica.rj.gov.br/oficinas/ed_ciencias/genetica/arqs/ apostila_biomol.pdf>. acesso em: 20 jul. 2014. PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. RIDLEY, Mark. Evolução. 3. ed. Porto alegre, artmed, 2006. SILVa, M. as controvérsias a respeito da participação de Rosalind Franklin na construção do modelo da dupla hélice. scientiaestudia, São Paulo, v. 8, n. 1, p. 69-92, 2010. Disponível em: <http://www.scielo.br/scielo. php?pid=S1678-31662010000100004&script=sci_arttext>. acesso em: 20 jun. 2014. THIEMaNN, Otávio Henrique. a descoberta da estrutura do DNa: de Mendel a Watson e Crick. Química nova na Escola, São Paulo, n. 17, p. 13-19, Maio 2003. ISSN: 0104-8899. Disponível em: <http://qnesc.sbq. org.br/online/qnesc17/17-a04.pdf>. acesso em: 20 jun. 2014. WaIZBORT, R. e SOLHa, G. C. Os genes interrompidos: o impacto da descoberta dos íntrons sobre a definição de gene molecular clássico. rEVIsTA DA sBHC, Rio de Janeiro, v. 5, n. 1, p. 63-84, jan./jul. 2007. WaTSON, JD. Biologia molecular do gene. 5. ed. Porto alegre, artmed, 2006. U ni d a d e objetivo TÉCnICAs BÁsICAs DA EnGEnHArIA GEnÉTICA • Compreender as técnicas básicas da Engenharia Genética e suas aplicabilidades. 1 Introdução Existem muitas técnicas na engenharia genética e com amplas aplicações, nesta unidade apresentaremos as técnicas básicas e mais comuns nos laboratórios de pesquisas e de diagnósticos, tais como: a extração de DNa, que pode ser considerada a base para as demais técnicas; a eletroforese que consiste na migração e separação de partículas em um suporte; a amplificação do DNa pelo processo da reação em cadeia da polimerase (PCR), considerada uma das técnicas mais importantes usadas na biologia molecular; e a técnica do sequenciamento do DNa cujo resultado mais conhecido é o Projeto Genoma Humano. 2 Extração de DnA a extração de DNa inclui, basicamente, os procedimentos de líse das células (citólise) e a purificação do DNa, separando este de macromoléculas contaminantes, tais como proteínas e RNa, por digestão enzimática e/ou processos físico-químicos. Existem muitos tipos de protocolos e kits comerciais para a extração de DNa que se adaptam a diversos tipos de amostras. Os GENÉTICA38 kits comerciais embora considerados práticos e eficientes têm gastos relativamente elevados o que geralmente dificulta sua aquisição (OLIVEIRa et al., 2007). 2.1 Etapas da extração de DnA primeira etapa – líse Celular a primeira etapa é a extração propriamente dita e consiste no rompimento das membranas celulares e nucleares. as células são então submetidas a um tampão de extração, contendo algum detergente, visando a solubilização de membranas lipoproteicas e desnaturação de proteínas. O detergente também inativa as nucleases (enzimas que degradam nucleotídeos) deixando o DNa protegido. segunda etapa – purificação do DnA Nessa fase será separado o DNa dos constituintes celulares (polissacarídeos, lipídios e proteínas). Existem vários métodos descritos, a escolha depende da relação praticidade, qualidade requerida e a finalidade de uso do DNa. Pode ser extração com um solvente orgânico (por exemplo clorofórmio-álcool isoamílico); extração inorgânica com sal (NaCl) ou utilizando kits comerciais. alguns protocolos incorporam proteases (proteinase K) para facilitar a separação do DNa das proteínas da cromatina. Terceira etapa - precipitação do DnA a precipitação do DNa é feita com o uso de etanol ou isopropanol, que atua levando as moléculas do ácido nucleico se agregarem, com posterior precipitação. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UNIDaDE 2 39 Quarta etapa – reidratação do DnA O precipitado de DNa/RNa é ressuspendido em um tampão TrisEDTa (ou água ultra pura), em alguns protocolos usa-se RNase para degradar o RNa, restando apenas o DNa desejado. a suspensão pode ser acondicionada em freezer até sua utilização. 2.2 Aplicações da técnica de extração de DnA a técnica de extração de DNa é a base de quase todas as outras técnicas aqui apresentadas. Para podermos trabalhar com o material genético dos seres vivos, seja ele qual for, o primeiro passo é extrair e purifi car o DNa. após a obtenção, este pode ter diversas utilizações, por exemplo: nos estudos e diagnósticos de várias doenças, tais como o câncer; em estudos de processos evolutivos, para se saber o grau de parentesco entre espécies e entre grupos; no conhecimento de genomas; em investigações forenses e de paternidade, entre outros. sugestões de atividades práticas EXTrAção DE DnA DE MUCosA BUCAl objetivos Extrair DNa das células da mucosa bucal, compreendendo os procedimentos utilizados Material Copo descartável Espátula de madeira ou palito de sorvete Tubo de ensaio GENÉTICA40 Álcool etílico gelado (álcool comum 90 G.L.) Estantes para tubos de ensaio açúcar Sal Detergente Filtro Papel de filtro procedimento: 1. higienizar a boca fazendo bochechos com água pura; 2. colocar aproximadamente 15mL de água com açúcar na boca (1 colher de chá de açúcar em meio copo de água); 3. bochechar vigorosamente por 30 segundos; 4. recolher o volume obtido do bochecho num copo descartável; 5. delicadamente raspar a mucosa bucal com uma espátula de madeira (para obter uma quantidade maior de células); 6.mergulhar a espátula usada na raspagem da mucosa no volume obtido do bochecho; 7. adicionar 5ml de detergente (duas colheres de café); 8. adicionar uma colher de café de sal; 9. homogeneizar e aguardar cerca de 10 minutos; 10. filtrar a mistura; 11. transferir cerca de 5 ml do volume filtrado; 12. adicionar álcool gelado (absoluto se possível) pelas bordas do tubo lentamente, até que se alcance pelo menos 1cm de espessura. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 41 obs.: o DNa surgirá como uma massa esbranquiçada, formando um aglomerado. EXTrAção DE DnA Do ToMATE Material Tomate Tubo de ensaio Álcool etílico gelado (álcool comum 90 G.L.) Estantes para tubos de ensaio Sal Detergente Saco plástico Filtro Papel de filtro procedimento: Solução de lise Em um béquer ou copo de vidro colocar 50 mL de água + 1 colher de sopa de detergente +1 colher de café de sal de cozinha. passos: 1. cortarum tomate em fatias e colocar em um saco de plástico e amassar bem até obter uma solução liquefeita; 2. acrescentar ao saco plástico a solução de lise; GENÉTICA42 3. misturar durante cerca de 10 minutos; 4. filtrar 5 ml da mistura diretamente no tubo de ensaio; 5. acrescentar lentamente o álcool gelado, até pelo menos 1cm do tubo de ensaio. obs.: Na extração de DNa de vegetais alguns materiais podem não ser a melhor escolha devido apresentarem alta concentração de pectinas, um açúcar que é extraído juntamente com o DNa e fica misturado a ele, sendo geralmente confundido com essa molécula (FURLaN et al., 2011). Dica para conseguir diferenciar DNa de pectina: na camada de pectina há formação de bolhas, além disso ela apresenta consistência de geleia quando retirada com um bastão de vidro ou palito de madeira; já o DNa forma filamentos muito finos, semelhantes a fios de algodão. resumo a extração de DNa inclui os seguintes passos básicos: a quebra ou líse das células (citólise); a purificação do DNa, separando este dos componentes celulares, proteínas e restos celulares; a concentração de DNa, que é feita pela precipitação do mesmo com álcool; e a reidratação, que é a solubilização do DNa. Em pesquisa e na medicina, os usos da extração de DNa incluem sequenciamento de DNa, detecção de vírus e bactérias e a investigação de doenças de origem genética; identificação de indivíduos, entre outros. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 43 EXErCITAnDo 1. Descreva os passos da técnica de extração de DNa. 2. Qual a função do detergente na extração do DNa? 3 Eletroforese a Eletroforese, uma das técnicas fundamentais nos laboratórios de pesquisa e diagnósticos, consiste na migração de moléculas de acordo com suas cargas elétricas e massas em campo elétrico. Moléculas com carga negativa migram para o polo positivo (ânodo) e moléculas com carga positiva migram para o polo negativo (cátodo). Em alguns casos, o formato também influi, pois algumas terão maior facilidade para migrar pelo gel. a velocidade da migração no gel depende do tamanho da molécula, quanto maior a molécula menor a velocidade de deslocamento ao longo do gel e vice-versa. Por isso, em um dado momento da eletroforese moléculas de tamanhos distintos se encontram em diferentes pontos da matriz. a eletroforese pode ser usada para separar, identificar e purificar moléculas de proteínas e ácidos nucleicos (DNa e RNa). Os suportes (matriz) para eletroforese mais utilizados são os géis (materiais porosos e inertes semelhantes a gelatina) de agarose ou de poliacrilamida. as duas substâncias formam tramas de poros de tamanhos variáveis, possibilitando a separação dos fragmentos, que terá sua eficiência dependente da concentração do polímero e da intensidade da voltagem. O gel de agarose é utilizado para os ácidos nucleicos e o gel de poliacrilamida é empregado tanto para proteínas como ácidos nucleicos. GENÉTICA44 3.1 Eletroforese de DnA O princípio da eletroforese de DNa se baseia na carga negativa global de uma fita de DNa. Portanto, moléculas de DNa ou fragmentos de DNa em uma solução podem ser separados aplicando-se certa voltagem. ao final do processo as cadeias de DNa estarão próximas ao polo positivo que atrai, devido à polaridade, as moléculas de carga negativa. Na eletroforese de DNa a escolha do tipo de matriz (agarose ou poliacrilamida) vai depender do tamanho dos fragmentos de DNa que se pretende separar e visualizar. Geralmente utiliza-se o gel de agarose para a separação de fragmentos com tamanhos variando de 0,2 kb a 50 kb e o gel de poliacrilamida para separação de fragmentos pequenos, de até 1kb. O gel de poliacrilamida, mesmo sendo o gel mais efetivo para separar fragmentos pequenos, apresenta algumas desvantagens, tais como: a poliacrilamida ser neurotóxica quando em solução, a preparação ser mais trabalhosa e cuidadosa, levar mais tempo para polimerizar. Já a agarose, não apresenta toxidade, o seu preparo é mais simples e pode ser reutilizada, sendo por essas vantagens o gel normalmente mais utilizado. 3.1.1 Eletroforese de DNa em gel de agarose Eletroforese em gel de agarose é o método mais escolhido para separação, purificação e identificação de DNa e RNa, pelas vantagens já descritas. O DNa ou o RNa podem ser facilmente visualizados pela coloração com brometo de etídio (EthB) em baixas concentrações. O brometo de etídio é um corante fluorescente, excitado por luz ultravioleta, que se intercala Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 45 entre as fitas da dupla hélice de DNa ou de segmentos antiparalelos complementares dentro de uma mesma molécula de RNa (que é fita simples). Para realização de uma eletroforese, prepara-se o gel de agarose (o pó de agarose é dissolvido em água fervente e gelifica quando esfria, semelhante a gelatina,) acrescentando-se brometo de etídio, cuja função é revelar os ácidos nucleicos ao ser exposto a luz ultravioleta. É importante ressaltar que o brometo de etídio é um corante mutagênico e que atualmente há outros corantes alternativos não mutagênicos, como por exemplo o GelRed e o SYBR Green. ainda sobre a preparação do gel um detalhe, é a colocação do pente no gel durante o endurecimento, para formar os poços que serão utilizados para a colocação das amostras (Figura 1). Figura 1 - Preparação do gel de agarose Fonte: Modificado de: http://www.nslc.wustl.edu/courses/Bio2960/labs/07DNa/Gel/ após o endurecimento do gel as amostras de DNa são então colocadas nos poços e, uma corrente elétrica é aplicada através do gel. Relembrando: como o DNa tem carga negativa, ele é atraído pelo eletrodo positivo e para chegar ao eletrodo positivo deve migrar através do gel. assim, os fragmentos de DNa menores migram através do gel mais rapidamente que os fragmentos maiores. após a eletroforese o gel é levado ao transiluminador, aparelho com luz ultravioleta, para visualização das bandas (Figura 2). GENÉTICA46 Figura 2 - Esquema demonstrando o processo da realização de uma eletroforese Fonte: PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. 3.2 Aplicações da técnica de eletroforese a eletroforese é uma técnica com variadas aplicações que também é realizada em associação com outras técnicas, como a extração de DNa, o uso de enzimas de restrição, PCR, sequenciamento. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UNIDaDE 2 47 Entre as diversas aplicações cita-se: testes de paternidade, comparando o DNa do suposto pai, da mãe e do fi lho; a identifi cação de criminosos; a síntese de novos antibióticos e também a determinação da sensibilidade bacteriana aos antibióticos; a análise, purifi cação e processamento de vacinas; determinação do peso molecular de proteínas; estudos da relação patógeno-hospedeiro; caracterização de moléculas de ácidos nucleicos; estudos de resistências a doenças; entre outros. resumo Eletroforese é uma técnica que consiste na migração e separação de moléculas ionizadas em um determinado gel, de acordo com suas cargas e massas quando submetidos a uma corrente elétrica. Moléculas com carga negativa migram para o polo positivo (ânodo) e moléculas com carga positiva migram para o polo negativo (cátodo). a eletroforese é utilizada para separação de proteínas, RNa e DNa. O princípio da eletroforese utilizada para separação de DNa se baseia na carga negativa global de uma fi ta de DNa. O campo elétrico faz com que as moléculas de DNa se movam em direção ao polo positivo de modo a se separem e serem distinguidas umas das outras. a eletroforese é utilizadaem: testes de paternidade, comparando o DNa do suposto pai, da mãe e do fi lho; a identifi cação de criminosos; a síntese de novos antibióticos; a análise, purifi cação e processamento de vacinas; entre outros. EXErCITAnDo 1. O que é eletroforese? 2. No que se baseia a técnica da eletroforese? 3. Por que na eletroforese de DNa, a amostra migra pra o lado positivo do gel? sugestões de atividades práticas Sugestão de aula prática sobre eletroforese em gel no endereço: http://educar.sc.usp. br/licenciatura/2003/ siteprojeto/2003/6_ eletroforese_gel_rot_ prof.pdf GENÉTICa48 4 Endonucleases de restrição (ou Enzimas de restrição) No fi nal da década de 60 foram descobertas bactérias que produzem enzimas capazes de degradar DNa viral, fragmentando-o em partes inofensivas, denominadas enzimas de restrição (Figura 3). O nome dessas enzimas refere-se à sua função, uma vez que elas restringem a multiplicação do vírus que poderia interferir no funcionamento da bactéria. O DNa da bactéria invadida não é atacado porque os sítios vulneráveis as suas próprias enzimas são protegidos por um processo denominado metilação do DNa. Figura 3 - Esquema demonstrando a ação das enzimas de restrição em bactérias Fonte: Modifi cado de: http://bcs.whfreeman.com/thelifewire8e/content/cat_020/16020-01.htm?v=cha pter&i=16020.01&s=16000&n=00020&o=%7C16000%7C as enzimas de restrição ou endonucleases de restrição são enzimas que atuam como tesouras moleculares, reconhecendo sequências de pares de bases específi cas em moléculas de DNa, cortando-as nesses pontos. Existem centenas de enzimas de restrição, produzidas por muitas bactérias diferentes. Cada enzima é designada de acordo com o organismo do qual é derivada. a Eco R1, por exemplo, é uma enzima obtida de Escherichia coli cepa R e foi a primeira enzima desse tipo isolada (PIERCE, 2004). a primeira enzima de restrição foi isolada por Werner arber, Hamilton Smith, e Daniel Nathans, nos Estados Unidos. Em 1978 os três receberam juntos o prêmio Nobel. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 49 a maioria das enzimas de restrição reconhece sequências específicas de 4, 5 ou 6 nucleotídeos, clivando em seguida as duas cadeias de DNa nesse mesmo ponto; essas sequências conhecidas como sítio de restrição, são normalmente palindrômicas, isto é, a sequência do sítio de restrição é a mesma em ambas as cadeias quando estas são “lidas” no sentido 5’ – 3’. as diferentes enzimas de restrição apresentam especificidade para diferentes sequências. Muitas enzimas de restrição, como a Eco R1 produzem cortes em ziguezague nos sítios de restrição das cadeias de DNa, originando fragmentos com extremidades coesivas (Figura 4). Essas extremidades de ambos os lados, são complementares às de todos os outros fragmentos gerados pela mesma enzima de restrição. Figura 4 - Clivagem de DNa pela EcoRI. Esta enzima de restrição proveniente da E. colicliva o DNa na sequência palindrômica GaaTTC (6pb), originando fragmentos com extremidades coesivas Fonte: Elaborada pela autora Outras enzimas de restrição, como a Alu1 e Sma1, clivam ambas as cadeias de DNa no mesmo ponto do sítio de restrição, originando extremidades abruptas (Figura 5), nas quais todos os nucleotídeos das extremidades do fragmento se encontram emparelhados. GENÉTICa50 Figura 5 - Clivagem de DNa pela SmaI. Esta enzima de restrição proveniente da Serratiamarcescens cliva o DNa na sequência palindrômica CCCGGG (6pb), originando fragmentos com extremidades abruptas Fonte: Elaborada pela autora Já foram isoladas diversas enzimas de restrição, conforme pode ser observado na Tabela 1. Tabela 1 - Listas de enzimas de restrição e seus sítios e as bactérias de onde foram isoladas Fonte: Modifi cado de PIERCE, B. a. Genética: um enfoque conceitual. 1. ed. R. Janeiro: Guanabara Koogan, 2004. Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 51 4.1 Aplicações das enzimas de restrição as enzimas de restrição são consideradas ferramentas indispensáveis na manipulação do DNa. Podemos citar como exemplos em que estas são utilizadas o desenvolvimento de organismos transgênicos; a clonagem molecular, as identificações de indivíduos utilizando fragmentos de DNa (gerados pelo uso das enzimas de restrição) como nos casos de identificação de criminosos ou de testes de paternidades; nos diagnósticos de doenças genéticas como por exemplo a anemia falciforme; nas análises de divergências genéticas entre genomas (CORDEIRO, 2003; LIMa, 2008). resumo Enzimas de restrição são enzimas que clivam uma sequência curta e específica de nucleotídeos ao longo da molécula de DNa, chamados sítios de restrição. as enzimas de restrição são produzidas por bactérias atuando como um sistema defesa contra DNa de vírus de bactérias, funcionando como “tesouras” cortando-o e inativando-o. Entre as aplicações das enzimas de restrição pode-se citar a utilização destas no desenvolvimento de organismos transgênicos e na clonagem molecular. EXErCITAnDo 1. Por que as enzimas de restrição são conhecidas como tesouras moleculares? 2. O que são sítios de restrição? GENÉTICa52 4 pCr a Polymerase Chain Reaction (PCR), em português, reação em cadeia da polimerase, foi desenvolvida pelo americano Kary Mullis em 1983, prêmio Nobel em 1993 (SaIKI et al., 1985in Cox et al., 2012). Mullis desenvolveu um processo pelo qual o DNa poderia ser multiplicado artifi cialmente através de uma reação de ciclos repetidos de duplicação catalisada pela enzima DNa polimerase. Esta reação corresponderia a uma imitação do processo da replicação do DNa. PCR é uma metodologia in vitro que possibilita a reprodução de milhares de cópias de um determinado fragmento de DNa, resolvendo o problema da baixa quantidade de DNa que difi cultava ou mesmo impossibilitava que este fosse detectado e manuseado, revolucionando as pesquisas em biologia molecular, pois até então demorava-se muito tempo para a amplifi cação do DNa. Uma vez que a molécula de DNa apresenta dois fi lamentos de nucleotídeos e cada um destes pode ser um molde para produção de nova fi ta, a quantidade de DNa duplica a cada ciclo (PIERCE, 2004). 4.2 Componentes da pCr Para realizar uma PCR faz-se uma solução que inclui: o DNa de interesse (a ser amplifi cado), um tampão, uma enzima especial resistente ao calor, chamada Taq polimerase, que promove a síntese de DNa; íons de magnésio, os quais estimulam a Taq polimerase; primers, que são pequenos segmentos de DNa de fi ta simples e complementares a cada uma das extremidades da sequência do DNa de interesse, e os quatro trifosfatos de desoxinucleótideos (dNTPs). Essa mistura é colocada em tubo de reação e levada a um aparelho denominado termociclador, no qual é submetida a vários ciclos de amplifi cação que consistem em 3 etapas básicas (Figura 6). Em 1957 Kornberg e Littauer realizaram a primeira síntese in vitro de DNa. Eles utilizaram a enzima polimerase isolada da bactéria Escherichia coli (LITTaUER; KOMBERG, 1957). a Taq polimerase utilizada no processo de PCR foi isolada em 1980 da bactéria extremofi la Thermusaquaticus, que vive em águas quentes de gêiseres e vulcões submersos. Essa enzima resiste a impressionantes temperaturas, se mantendo estável em temperaturas próximas a 117ºC e tem como temperatura ótima 72ºC(PIERCE, 2004). Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 53 4.3 Etapas da pCr Etapa 1 Desnaturação do DNa pela alta temperatura (1 minuto a 94-96ºC), que leva ao rompimento das pontes de hidrogênio que unem as duas fitas, permitindo o anelamento dos primers. Etapa2 anelamento dos primers em posições específicas.do DNa alvo. Essa reação ocorre em temperatura mais brandas, variando entre 50 e 65ºC de acordo com composição do primer, durante 1 minuto. Etapa 3 Extensão da sequência a ser amplificada pela ação da Taq polimerase, normalmente durante 1minuto a 72ºC. Nessa etapa ocorre a adição de nucleotídeos utilizando como molde a sequência-alvo. Figura 6 - Etapas básicas da técnica de PCR Fonte: http://users.ugent.be/~avierstr/principles/pcr.html GENÉTICA54 a cada ciclo, as fitas complementares de DNa são copiadas pela extensão dos primers que se anelam em posições opostas. Desta forma, cada fita de DNa, recém amplificada, é usada como molde no ciclo seguinte, resultando no acúmulo exponencial do fragmento de DNa flanqueado pelos dois primers. ao final de 30 ciclos de amplificação existem mais de 1 bilhão de cópias do segmento de DNa de interesse para cada molécula molde original da amostra inicial (Figura 7). Figura 7 - amplificação exponencial do DNa pela técnica da PCR Fonte: http://users.ugent.be/~avierstr/principles/pcr.html 4.4 pCr em Tempo real a PCR em tempo real (PCR RT) é uma outra técnica que permite detectar e quantificar, em tempo real, os ácidos nucleicos produzidos a cada ciclo da PCR (NOVaIS, 2004). a PCR RT associa a metodologia da PCR convencional a um sistema de detecção e quantificação de fluorescência produzida durante os ciclos de amplificação. Essa metodologia possibilita amplificar, detectar e quantificar o DNa numa única etapa, sendo considerada mais precisa e rápida na obtenção de resultados, uma vez que não mais requer a detecção em gel de eletroforese Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 55 Para realizar a PCR em tempo real, utiliza-se um termociclador associado a um detector de fluorescência capaz de medir a luz fluorescente proveniente de uma reação de amplificação. Na PCR em tempo real existem dois métodos de quantificação: a detecção não-específica e a específica. O Syber Green é o exemplo mais utilizado de detecção não-específica, no qual fluoróforos (moléculas que absorvem e emitem luz em um comprimento de onda específico) se ligam à fita-dupla de DNa e emitem uma fluorescência verde. Quanto ao segundo, existem o TaqMan e o Molecular Beacon, que são sondas (fragmentos de DNa marcado usados para hibridizar outras moléculas de DNa) altamente específicas a sequência alvo, liberando fluorescência apenas na presença do produto de PCR de interesse (MaCIEL e PEREIRa, 2004; NOVaIS et al., 2004). a PCR em tempo real apresenta uma série de vantagens, tais como: requer concentrações de DNa 1000 vezes menor que a técnica convencional; tem um tempo de reação reduzido; apresenta maior reprodutibilidade, sensibilidade e precisão. Como desvantagem pode- se citar o alto custo do equipamento. 4.5 Aplicações da técnica da pCr a PCR é geralmente utilizada na detecção de polimorfismos, mutações pontuais e infecção por micro-organismos bacterianos ou virais, devido à sua capacidade em detectar agentes infecciosos com maior sensibilidade e especificidade, sem necessidade de encontrar parasitas na amostra biológica (PaIVa-CaVaLCaNTI, 2008). a identificação de pessoas com a doenças de Chagas pode ser realizada de forma mais eficiente pela PCR, por meio da amplificação de sequências específicas de Tripanosoma cruzi. Devido a sua alta sensibilidade e por levar menos tempo que a cultura, a PCR também é utilizada para pesquisar a presença de Mycobacterium tuberculosis, bacilo causador da tuberculose (CaMaRGO; SILVa, sd; PaIVa-CaVaLCaNTI, 2008). GENÉTICa56 No caso de patologias causadas por vírus, onde pode-se destacar o caso da aIDS, uma vez que pela PCR consegue-se detectar o vírus HIV nas primeiras semanas após a infecção e mais rapidamente do que o método normalmente utilizado, o teste ELISa. O diagnóstico e tipagem de vírus da dengue, do HPV (CaMaRGO; SILVa, sd). Também é utilizada em diagnósticos de doenças genéticas como: distrofi a muscular de Duchenne; doença de Huntington; anemia falciforme, além da detecção de aberrações cromossómicas, como a síndrome de Down (trissomia do cromossomo 21) Há ainda a aplicação da PCR em investigação de paternidade e em específi co na área criminalista, onde a possibilidade de amplifi car um pequeno trecho de DNa milhões de vezes permite amplifi car uma pequena amostra biológica (mancha de sangue, bulbo de cabelo, fragmentos de pele) em DNa sufi ciente para uma análise (KOCH; aNDRaDE, 2008). a técnica da PCR também permite a detecção de organismos geneticamente modifi cados (OGM) (CONCEIÇÃO et al., 2006). resumo a PCR é uma técnica que é permite que um fragmento específi co da molécula de DNa seja amplifi cado milhões de vezes. PCR apresenta três etapas básicas, estimuladas pelo calor, que são repetidas por várias vezes, em ciclos: a abertura da fi ta de DNa que servirá de molde, por desnaturação térmica; o pareamento de oligonucleotídeos sintéticos, que funcionam como os iniciadores da reação de polimerização; e a amplifi cação por meio da enzima Taq polimerase, das novas fi tas de DNa a partir de cada um dos iniciadores. a cada ciclo a quantidade de DNa dobra. a PCR em tempo real é uma variante da PCR convencional que possibilita quantifi car o número de moléculas produzidas a cada ciclo, sendo considerada mais precisa e rápida na obtenção de resultados. Sugestão de aula prática de simulação da PCR no endereço abaixo: http://geneticanaescola. com.br/wp-home/ wpcontent/ uploads/2012/10/ Genetica-na-Escola-12- artigo-07.pdf Para melhor entendimento da PCR, acesse as animações abaixo: <http://www.dnalc.org/ resources/animations/ pcr.html> <http://highered. mcgraw-hill.com/ sites/0072552980/ student_view0/ chapter10/animation_ quiz_2.html> Técnicas Básicas da Engenharia Genética | UnidadE 2 57 a partir da técnica da PCR, quantidades mínimas de material genético podem ser multiplicadas, permitindo a detecção rápida de marcadores genéticos de doenças infecciosas, doenças genéticas e de identificação de indivíduos. EXErCITAnDo 1. Compare as etapas da PCR e a replicação do DNa na célula. 2. Qual importância da desnaturação do DNa pelo aumento da temperatura? 5 sequenciamento de DnA Sequenciamento de DNa é uma técnica utilizada para determinar a ordem das bases nitrogenadas adenina, guanina, citosina etimina da molécula de DNa. Quando se fala que determinado genoma foi sequenciado, significa que foi determinada a ordem que os genes estão no genoma. No final da década de 70 foram desenvolvidos dois métodos de determinação da sequência de nucleotídeos da DNa: o método de Maxam e Gilbert ou de degradação química e o método de Sanger - método enzimático, dideoxi ou de término da cadeia, sendo este o mais utilizado. 5.1 Método sanger O método desenvolvido por Frederick Sanger, em 1977, é baseado na incorporação de deoxinucleotídeos (dNTPs) e de dideoxinucleotídeos (ddNTPs) marcados a uma cadeia de DNa em crescimento. Sua estratégia GENÉTICa58 consiste em identifi car, continua e sequencialmente, durante o processo, o último nucleotídeo incorporado na extremidade de alongamento da cadeia. Lembrando que deoxinucleotídeo é o precursor normal da síntese de DNa apresentando uma hidroxila na posição 3´, sendo que é a partir desta que a fi ta crescente é estendida. Já o dideoxinucleotídeos não tem esta hidroxila, portanto ao ser incorporado a uma fi ta de DNa, interrompe a extensão desta (ZaROS; SILVa; NINOV, 2008; CaRVaLHO e SILVa, 2010) (Figura 8). Figura 8 - Princípio da interrupção da cadeia crescente de DNa pela incorporação
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