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Sistema Respiratório
- Rinite
Consiste na inflamação da mucosa nasal. Sua principal característica é a produção de secreção causada pelo acúmulo de histamina. A ocorrência de rinite pressupõe desequilíbrio na flora microbiana normal da cavidade nasal. Há uma perturbação do mecanismo protetor que pode ser causado por vírus, bactérias, fungos, gases irritantes, mudanças ambientais, imunossupressão, traumatismo local, estresse ou terapia antibacteriana prolongada. Existem cinco tipos de rinite:
Rinite Serosa: é a forma mais suave e é caracterizada por hiperemia e pela produção aumentada de um fluído claro produzido localmente. Influenza causa essa rinite. 
Rinite catarral: é um processo ligeiramente mais grave e apresenta além das secreções serosas, aumento da produção de muco pelas células caliciformes.
Rinite purulenta (supurativa): é caracterizada por exsudato neutrofílico e ocorre quando a mucosa nasal sofre uma lesão mais grave geralmente acompanhada de necrose da mucosa ou alguma infecção bacteriana secundária. Geralmente causada por bactérias piogênicas.
Rinite Fibrinosa: ocorre quando a lesão nasal causa aumento acentuado da permeabilidade vascular, resultando na exsudação abundante do fibrinogênio que coagula em fibrina. E pode ser classificado em diftérico/fibronecrótico (se o exsudato fibrinoso não puder ser removido, lesionando a mucosa) ou pseudodiftérico/cruposa (facilmente removida da mucosa). Geralmente causada por bactérias que causam lesão vascular.
Rinite Granulomatosa: ocorre na mucosa e na submucosa e é caracterizado pela infiltração de macrófagos ativados com linfócitos e plasmócitos. Pode ser causada por tuberculose ou fungos. 
- Rinotraqueíte infecciosa bovina
É causada pelo herpesvírus bovino-1 (BHV-1). Acompanhada de Mannheimia haemolytica pode produzir pneumonia. É uma doença transitória, aguda e febril. O vírus BHV-1 causa necrose e com infecções bacterianas secundárias podem se formar camadas de material fibronecrótico (diftérico) nas vias aéreas. 
			A sequela mais importante é pneumonia, que é causada pela aspiração direta do exsudato das vias aéreas, predispondo o animal à infecção bacteriana secundária, mais frequentemente por Mannheimia haemolytica. 
- Rinite atrófica
É uma doença que acomete suínos, caracterizada pela inflamação e atrofia das conchas nasais (cornetos). Em casos graves esta doença pode causar deformidade facial devido ao desvio do septo e ossos nasais. Causada pelos agentes Bordetella bronchiseptica e Pasteurella multocida principalmente. A bactéria Bordetella bronchiseptica promove a colonização de Pasteurella multocida e esta bactéria produz citotoxinas que inibem a atividade de osteoblastos e promovem a reabsorção óssea pelos osteoclastos. Tem um grande impacto na produção porque os animais comem menos e tem pior conversão alimentar. O animal apresenta dificuldade respiratória e, com o passar do tempo uma deformidade do focinho. A transmissão da doença ocorre por contato, de suíno para suíno ou através de aerossóis, por via aerógena. Matrizes, cronicamente infectadas, transmitem a doença às suas leitegadas, por contato nasal, durante o período de amamentação. Essas bactérias aderem fortemente às células da mucosa nasal, multiplicam-se e produzem a toxina capaz de causar perda parcial dos ossos das conchas nasais. 
- Rinite com Corpúsculos de Inclusão
Doença de suínos jovens, que é causada por um citomegalovírus suíno (herpesvírus) e é uma rinite suave. Microscopicamente é caracterizada por corpúsculos de inclusão basofílicos intranucleares. Causa inflamação seromucosa, e porcas gestantes podem apresentar mumificação fetal e natimorto. 
- Garrotilho
É causado por Streptococcus equi e é caracterizada por rinite e linfadenite (mandibular e retrofaríngea) supurativas. Os linfonodos ficam aumentados e contêm exsudato purulento espesso. As sequelas mais comuns são a broncopneumonia por aspiração do exsudato e hemiplegia laríngea resultado da compressão dos nervos laríngeos recorrentes. O animal apresenta tosse, febre, descarga purulenta nasal e otites por extensão. Pode apresentar dificuldade respiratória e intolerância a exercícios quando o quadro chega a evoluir para uma hemiplegia laríngea. Geralmente ela acomete os equídeos no inverno e é transmitida pela via inalatória e/ou oral através de secreções e aerossóis de animais acometidos. Diferencial: Influenza e Mormo.
- Mormo
É uma doença infectocontagiosa que acomete equídeos e tem como agente etiológico a bactéria Burkholderia mallei. As lesões na cavidade nasal começam como nódulos piogranulomatosos na submucosa e depois acabam ulcerando, liberando exsudato. Podem-se verificar lesões cutâneas, chamadas de ‘farcino equino’ que são o resultado da linfangite supurativa acentuada na região do abdômen ventral e das pernas. Diferencial: Influenza e garrotilho.
- Influenza
A influenza é contraída através da inalação, sendo extremamente contagiosa. O vírus infecta as células epiteliais que envolvem as vias aéreas inferiores e superiores. A hemaglutinina é um componente-chave do vírus, pois permite às partículas virais se fixarem no epitélio e penetrarem na célula. A infecção do epitélio ciliar provoca perda dos cílios num período de 3-4 dias de infecção, o que compromete o mecanismo de depuração mucociliar. Isso predispõe as vias aéreas comprometidas à infecção bacteriana secundária.
- Rinotraqueíte viral felina
É causada pelo herpesvírus felino (FHV-1) e o vírus causa prejuízo aos mecanismos de defesa pulmonares, predispondo os gatos à pneumonia bacteriana secundária. A maioria dos gatos que se recuperam de rinotraqueíte tornam-se portadores. Os sinais clínicos da infecção são caracterizados por letargia, corrimentos oculonasais, rinite e conjuntivite graves.
Obs.: Um nódulo na laringe pode ser um carcinoma de células escamosas. 
- Broncopneumonia
Tem sua distribuição crânio ventral e é causada pela inalação de bactérias, micoplasmas e aspiração de alimentos. Possui duas formas, a supurativa (que é lobar), e a fibrinosa (que é lobular). O pulmão fica com uma consistência firme e pode-se observar uma substância mucopurulenta nos brônquios doa animal.