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* UNIVERSIDADE FEDERAL DE SANTA MARIA CENTRO DE CIÊNCIAS NATURAIS E EXATAS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA SETOR DE BIOQUÍMICA A Estrutura Tridimensional das Proteínas Adaptada da aula da professora Roberta Schmatz * * Estrutura Tridimensional das Proteínas * Cinco temas são importantes para enfatizar a estrutura tridimensional das proteínas: A estrutura tridimensional de uma proteína é determinada por sua sequencia de aminoácidos. A função de uma proteína depende de sua estrutura. Uma proteína isolada usualmente existe em uma ou em um pequeno número de formas estruturais estáveis. Há padrões estruturais comuns que ajudam a organizar o entendimento da arquitetura protéica. INTRODUÇÃO * CONFORMAÇÃO arranjo espacial dos átomos em uma proteína. Conformações possíveis Qualquer estado estrutural que possa ser alcançado sem quebrar as ligações covalentes Ex.: rotação sobre ligações simples Uma ou poucas conformações possíveis predominam sobre as condições biológicas São termodinamicamente mais estáveis menor energia livre de Gibbs(G). Conformação * Conformação Em termos de estrutura protéica, estabilidade é a tendência a manter uma conformação nativa Proteína em qualquer uma das suas conformações funcionais e enoveladas estado nativo As forças que estabilizam a conformação nativa incluem: Pontes dissulfeto (covalente) e interações fracas (não-covalentes) como as pontes de hidrogênio, interações hidrofóbicas e iônicas. * Ligações covalentes como as pontes dissulfeto (S—S) unem parte separadas de uma cadeia polipeptídica são mais fortes que as interações fracas. Interações fracas predominam como força estabilizadora na estrutura protéica. Contudo + + Conformação e estabilidade A conformação protéica com menor energia livre(mais estável) é aquela com número máximo de interações fracas. * Grupos polares dos aa podem formar pontes de hidrogênio com a água e, portanto, são solúveis na água, podendo permanecer na superfície externa da proteína. Cadeias laterais de aa hidrofóbicos tendem a se agrupar no interior da proteína longe da água. Alifáticos: Ala, Val, Leu, Ile, Pro, Met Aromáticos: Phe,Trp, Tyr Interações hidrofóbicasformam-se entre cadeias laterais de resíduos de aa não-polares. O interior da proteína é geralmente um núcleo densamente empacotado dos grupos R dos aa hidrofóbicos. Conformação e estabilidade * Quaisquer grupos polares ou carregados no interior da proteína devem ter parceiros adequados para formar pontes de hidrogênio ou interações iônicas. A presença de pontes de hidrogênio ou interações iônicas sem parceiros no núcleo hidrofóbico da proteína, pode ser muito desestabilizadora, que conformações contendo esses grupos, são termodinamicamente insustentáveis. A formação de uma PH facilita a formação de PH adicionais Ocorrem no interior e exterior da proteína. Aparecem com cadeias laterais dos aminoácidos carregados: Glu, Asp, His, Lys, Arg; Aparecem com cadeias laterais dos aminoácidos polares: Ser, Thr, Cys, Asn, Gln Conformação e estabilidade * A interação de grupos de cargas opostas que formam pares iônicos pode também ter um efeito estabilizante em uma ou mais conformações nativas de algumas proteínas. As Interações iônicas ocorrem entre moléculas que têm uma ou mais unidades de carga positiva ou negativa Ex.: COO- e NH3+ 2 cadeias laterais de aminoácidos carregados: Negativos (Glu, Asp); Positivos (Lys, Arg, His). Interações iônicas * São formadas entre os resíduos de cisteínas: CysSH + HSCys CysSSCys São catalisadas por enzimas especificas, e agente oxidantes; Restringem a flexibilidade da proteína. Ligações dissulfeto (intracadeias e intercadeias) * ligação dissulfeto ligação iônica ligação de hidrogênio “esqueleto” polipeptídico interações de van der Waals e hidrofóbicas Interações fracas que contribuem para a estabilidade da estrutura da proteína * Ligação peptídica é rígida e planar O oxigênio da carbonila possui uma carga parcial (-) , e o N da amida, uma carga parcial (+) formando um pequeno dipolo elétrico. Cada ligação peptídica possui um caráter parcial de dupla ligação devido a ressonância e não consegue rodar. * Ligações peptídicas rígidas limitam a extensão das conformações que podem ser assumidas. Ângulos Φ (N – Cα) e Ψ (Cα – C) podem girar -1800 e +1800 Muitos valores são proibidos por interferência estérica entre os atomos no esqueleto polipeptídico e as cadeias laterais. Ligação peptídica * * É o arranjo espacial dos resíduos de aa que estão adjacentes na cadeia polipeptídica. Conformação local de alguma parte de um polipeptídio. Foca os padrões de enovelamento mais estáveis do esqueleto polipeptídico. Existem estruturas mais estáveis: -HÉLICES CONFORMAÇÃO β Ocorrem amplamente nas proteínas Estrutura Secundária * -HÉLICE Estrutura Secundária comum nas Proteínas O arranjo mais simples que a cadeia polipeptídica pode assumir com suas ligações peptídicas rígidas é uma estrutura helicoidal. O esqueleto polipeptídico é fortemente enovelado em torno de um eixo imaginário onde os grupos R dos resíduos de aminoácidos se projetam para fora do esqueleto. Cada volta helicoidal inclui 3,6 aa. A torção é para a direita Predominante nas - queratinas. -Hélice * ¼ de todos os aa são encontrados nas - hélices, e a fração exata varia de uma proteína para outra. Uma -hélice faz uso máximo das pontes de hidrogênio (PH) internas. A estrutura é estabilizada por uma PH entre o H ligado ao N de uma ligação peptídica e o O da carbonila do 4° aa do terminal amino daquela ligação. Cada lig. Peptídica participa nas PH. Cada volta da - hélices é presa às voltas adjacentes por 3 ou 4 PH. -Hélice -HÉLICE * -Hélice * Nem todos os polipeptídios podem formar uma -hélice estável. Interações entre os grupos R podem estabilizar ou desestabilizar essa estrutura. Ex.: Um grande bloco de Glu grupo R carregado negativamente. Muitos resíduos de Lys e/ou Arg adjacentes grupos R carregado positivamente. -Hélice * O volume e a forma da Asn, Ser, Thr e resíduos de Cys podem também desestabilizar uma -Hélice se estiverem muito próximos na cadeia. Aa carregados positivamente freqüentemente são separados por 3 aa carregados negativamente Formam PAR IÔNICO 2 aa aromáticos são espaçados INTERAÇÃO HIDROFÓBICA. -Hélice * Presença de Prolina ou Glicina restringem a formação de uma -Hélice -Hélice N é parte de um anel rígido, e a rotação N—C não é possível Torção na -hélice. N da Pro na ligação peptídica não possui H para participar das pontes de H com outros resíduos. Possui maior flexibilidade de conformação que os outros aa. Polímeros de glicina tendem a formar uma estruturas espiralada bem diferentes de uma -hélice. * Um pequeno dipolo elétrico existe em cada ligação peptídica são conectados por PH da hélice dipolo ao longo da - hélice As cargas positivas e negativas parciais do dipolo da hélice situam-se nos grupos amino e carbonila próximo as extremidades amino (+) e carboxiterminais (-) da hélice. Aa com carga (-) ficam na extremidade aminoterminal (+) estabilizam as cargas + do dipolo da hélice. Aa com carga (+) ficam na extremidade carboxiterminal (-) estabilizam as cargas - do dipolo da hélice. -Hélice aa com carga (-) aa com carga (+) * Restrições que afetam a estabilidade de uma - hélice: Repulsão eletrostática entre aa sucessivos com grupos R carregados; O volume dos grupos R adjacentes; Interações entre os grupos R espaçando 3 aa entre si; Ocorrência de Pro e Gly; Interações entre os aa nas extremidades e o dipolo elétrico inerente de uma - hélice;-Hélice A tendência de uma cadeia polipeptídica se enovelar como uma - hélice depende da IDENTIDADE E DA SEQUENCIA dos aa. * Conformação β Organiza a cadeia polipeptídica em folhas. Conformação mais estendida. Cadeia polipeptídica em ziguezague; Pode estar lado a lado formando as FOLHAS β. PH formadas entre segmentos adjacentes. Os grupos R de aa adjacentes projetam-se da estrutura em ziguezague em direções opostas, criando padrões alternativos. + R é perpendicular Conformação β * A estrutura polipeptídica adjacente pode ser: Paralela (mesma orientação amino e carboxila). Antiparalela (diferente orientação na direção amino e carboxila). Conformação β As estruturas são semelhantes, embora os padrões das pontes de hidrogênio sejam diferentes. * OBSERVAÇÕES Quando duas ou mais folhas β são assentadas juntas, os grupos R dos resíduos de aa nas superfícies que se tocam devem ser pequenos. Conteúdo muito alto de Glicina e Alanina. A fibroína de seda e a fibroína das teias de aranha alternam glicina e alanina em grande parte da sequencia. Conformação β * Dobras β comum nas proteínas São elementos de conexão que unem corridas sucessivas de - hélice ou conformação β. Nas proteínas globulares que tem uma estrutura enovelada compacta, quase 1/3 dos aa estão em dobras ou alças onde a cadeia polipeptídica reverte a sua direção. Dobras β que conectam a extremidades de dois segmentos adjacentes de uma folha β antiparalela são bem comuns. Dobras β * Glicina e prolina frequentemente ocorrem em dobras β. Dobras β Aa pequeno e flexível -As ligações peptídicas envolvendo o N imino da prolina facilmente assumem a configuração cis. * Dobras β Alguns aminoácido são acomodados melhores que outros em diferentes tipos de estruturas secundárias. * Estrutura terciária é o arranjo tridimensional geral de todos os átomos em uma proteína. Inclui a organização (enovelamento) da cadeia polipeptídica. AA que estão muito distantes na cadeia e que residem em tipos diferentes de estrutura secundária podem interagir dentro de uma proteína completamente enovelada. Estrutura terciária * Estrutura terciária Estrutura terciária da ribonuclease A localização de curvaturas e a direção e o ângulo dessas curvaturas são determinados pelo nº e localização de resíduos que produzem curvaturas específicas Pro, Thr, Ser, Gly. * Segmentos das cadeias polipeptídicas são mantidos nas suas posições terciárias características, por diferentes espécies de interações de LIGAÇÕES FRACAS entre os segmentos. Algumas ligações covalentesligações cruzadas dissulfeto. ligação dissulfeto ligação iônica ligação de hidrogênio “esqueleto” polipeptídico interações de van der Waals e hidrofóbicas Estrutura terciária * * Estrutura terciária Interações FRACAS estabilizam a estrutura terciária. * Estrutura Primaria até Quaternária * Estrutura Quaternária Arranjo de duas ou mais cadeias polipeptídicas, que podem ser idênticas ou diferentes em complexos tridimensionais. Considerando a estrutura terciária e a quaternária: Proteínas Fibrosas cadeias polipeptídicas arranjadas em longas fitas ou folhas. Proteínas globulares cadeias polipeptídicas enoveladas em uma forma esférica ou globular. Estrutura quaternária * Proteína globulares Contém vários tipos de estruturas secundárias; Maior parte das enzimas e proteínas reguladoras. Proteínas fibrosas Consistem de um único tipo de estrutura secundária que se repete; Estruturas que fornecem apoio, forma e proteção externa aos vertebrados; São adaptadas para a função estrutural; -queratina, colágeno e fibroína de seda; Dão forma e flexibilidade às estruturas onde ocorrem; Proteínas fibrosas e globulares * Proteínas fibrosas Proteínas fibrosas Insolúveis em água alta [ ] aa hidrofóbicos tanto no interior quanto na sua superfície. Superfícies hidrofóbicas encobertas por muitas cadeias polipeptídicas semelhantes empacotadas juntas formando complexos supramoleculares. * -QUERATINAS resistência Constituem quase todo o peso seco do cabelo, lã, unhas, penas, espinhos, chifres, cascos e a maior parte da camada externa da pele. Proteínas fibrosas * Proteínas fibrosas Duas fitas de -queratina são embrulhadas uma a outra para formar uma expiral supertorcida a supertorção amplifica a resistência da estrutura global. No sentido da mão esquerda oposto ao da -hélice(direita) -As superfícies onde as 2 - hélices se tocam, são ricas em aa hidrofóbicos, os grupos R se misturam em um padrão regular permitindo um forte empacotamento das cadeias polipeptídicas. Duas cadeias espiraladas * -queratina é rica em resíduos de aa hidrofóbicos: alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina e fenilanina. Proteínas fibrosas Um polipeptídio individual na espiral da -queratina estrutura terciária dominado pela estrutura secundária -helicoidal. O entrelaçamento de 2 polipeptídios -helicoidais estrutura quaternária A resistência é aumentada por ligações covalentes cruzadas entre as cadeias polipeptídicas dentro das cordas multi-helicoidais e entre as cadeias adjacentes PONTES DISSULFETO. Duas cadeias espiraladas * Calor úmido estica o fio, isso leva as hélices α até chegarem a uma conformação β estendida. Com o resfriamento volta-se ao normal Já na ondulação: O cabelo num molde é tratado com um agente redutor que rompe as S-S, depois novamente essas ligações são formadas mas não da mesma forma, agora são transversais, ocasionando uma maior torção no cabelo. A ondulação permanente dos cabelos é uma engenharia bioquímica * COLÁGENO evoluiu para fornecer resistência Tecido conjuntivo: cartilagens, matriz orgânica dos ossos e a córnea do olho. Tem 3 resíduos por volta - É um espiral: 3 cadeias que são entrelaçadas entre si. Superentrelaçamento no sentido da mão direita, oposto ao sentido das hélices das cadeias de sentindo da mão esquerda. Tipicamente o colágeno contém: Proteínas fibrosas 35% de Gly, 11% de Ala e 21% de Pro e 4-Hyp * Proteínas fibrosas Sequencia de aa no colágeno Repetições de Gly-X-Y X: Pro; Y: 4-Hyp Gly se acomoda nas junções apertadas entre as cadeias estão em contato. Pro e 4-Hyp permitem uma torção brusca na hélice do colágeno. O forte entrelaçamento das cadeias na hélice tripla do colágeno fornece a força de tenção maior do que a de um fio de aço de igual secção cruzada * Defeitos genéticos na estrutura do colágeno: Osteogênese imperfeita Formação anormal dos ossos nas crianças Síndrome Ehlers-Danlos Juntas frouxas Proteínas fibrosas * Fibroína da seda Proteína da seda, produzida por insetos e aranhas. Conformação β Rica em aa Ala e Gly permitindo um empacotamento intímo das folhas β e pela otimização das interações de van der Walls entre as folhas. Estabilizada por extensas pontes de H entre todas as lig peptídicas de cada folha. Não se estica Conformação β já é altamente estendida. Flexível porque as dobras são mantidas juntas por numerosas interações fracas. Proteínas fibrosas Fitas de fibroína (em azul) emergem das fiandeiras de uma aranha. * Proteínas globulares Segmentos diferentes de uma cadeia ou múltiplas cadeias polipeptídicas enovelam-se entre si. Contém vários tipos de estruturas secundárias. O enovelamento gera uma forma compacta e fornece diversidade estrutural para as proteínas desempenharem um amplo conjunto de funções biológicas. Enzimas Proteínas de transporte Proteínas motoras Proteínas reguladoras Imunoglobulinas Proteínas globulares * Soroalbumina Humana- 585 resíduos em uma única cadeia. A cadeia polipeptídica deve estar muito compactamente enoveladapara se adequar a essas dimensões. Proteínas globulares * MIOGLOBULINA Proteína ligadora de oxigênio das células musculares. Única cadeia polipeptídica (153 aa) e um grupo heme. 70% dos aa estão em 8 segmentos de -hélices (+ curta 7 e + longa 23) interrompidos por curvaturas- dobras β. Grupos R dos AA hidrofóbicos no interior da molécula. Todos grupos R polares, estão localizados na superfície externa e todos estão hidratados. Muito compacta, só cabem 4 moléculas de água no seu interior. Molécula do heme se encontra numa fenda. Proteínas globulares * Nesse ambiente empacotado, as interações fracas e reforçam-se entre si. As cadeias laterais não polares estão tão próximas que as interações de van der Walls de curta duração fazem uma contribuição significante para estabilizar as interações hidrofóbicas. 3 dos 4 resíduos de Prolina são encontrados em curvaturas. Outras curvaturas contém resíduos de Ser, Thr e Asnaa volumosos incompatíveis com a estrutura helicoidal se estiverem em íntima proximidade na seqüencia de aa. Proteínas globulares * Essas proteínas possuem diferentes sequências de aminoácidos e estruturas terciárias refletindo as diferentes funções. A estrutura tridimensional de uma proteína globular típica pode ser considerada uma montagem de segmentos polipeptídicos nas conformações de α-hélice e da folha β unidas por segmentos conectantes. Proteínas globulares Proteínas globulares possuem uma variedade de estruturas terciárias * Proteínas globulares Cada proteína possui uma estrutura distinta, adaptada para sua função biológica particular, mas compartilham várias propriedades importantes: Cada uma é enovelada compactadamente, e as cadeias laterais dos aa hidrofóbicos são orientadas para o interior e as cadeias laterais hidrofílicas estão na superfície. As estruturas são estabilizadas por uma multidão de pontes de hidrogênio e algumas interações iônicas. * As proteínas se enovelam em estruturas globulares e excluem H2O de seu interior. Em geral: Aminoácidos não-polares no interior Val, Leu, Ile, Met, Phe Aminoácidos carregados na superfície Arg, Lys, His, Asp, Glu Aminoácidos polares não-carregados na superfície ou interior Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Trp Proteínas globulares * A estrutura tridimensional de uma proteína globular pode ser considerada uma montagem de segmentos polipeptídicos nas conformações α- hélice e folhas β unidas por segmentos conectantes. Arranjos particularmente estáveis de vários elementos de estrutura secundária e as conexões entre eles MOTIVOS, DOBRAS OU ESTRUTURAS SUPERSECUNDÁRIAS. Proteínas globulares * A proteína pode ser feita de um único motivo. O espiral enrolado da α-queratina é um motivo. DOMÍNIOS Polipeptídios com mais de uma centena de resíduos de aa frequentemente se enovelam em duas ou mais unidades globulares estáveis chamadas de domínios. Proteínas grandes podem ter muitos domínios. Proteínas pequenas usualmente possuem apenas um domínio ( o domínio é a proteína) Proteínas globulares Figura 15: domínios estruturais no polipeptídio troponina C. * Classificação estrutural das proteínas: Níveis hierárquicos da estrutura – 4 classes: toda α toda β α/β (intercaladas) α+β (separadas) Alguns desses são bem comuns outros foram encontrados apenas uma proteína. Proteínas globulares * A comparação entre estruturas pode indicar indícios da evolução de espécies. Família de proteínas – proteínas com semelhança significante na estrutura primária e/ou com estrutura e função semelhantes Superfamílias – duas ou mais famílias com pouca semelhança na sequência primária fazem uso do mesmo motivo estrutural e possuem semelhanças funcionais Proteínas globulares * Proteínas globulares * Proteínas globulares * Proteínas globulares * Proteínas globulares * Estruturas quaternárias das proteínas variam de simples dímeros a grandes complexos Muitas proteínas apresentam múltiplas subunidades polipeptídicas : MULTÍMERO proteína com subunidades múltiplas ( de duas a centenas de subunidades). OLIGÔMERO multímero com poucas subunidades. PROTÔMERO unidade estrutural de repetição em uma proteína multimérica ( duas subunidades idênticas). Ex.: Hemoglobina- proteína oligomérica ( 2 cadeias e 2 cadeias β)- Tetrâmero ou dímero de protômeros β Estrutura quaternária * Estrutura quaternária * Desnaturação das proteínas Perda da estrutura tridimensional, suficiente para causar a perda da função. Condições diferentes daquelas nas células podem resultar em grandes ou pequenas alterações estruturais da proteína que podem resultar em perda da função. Depende do meio. A maior parte das proteínas pode ser desnaturada pelo CALOR, que afeta as interações fracas , principalmente as pontes de H. Desnaturação * Se a T for aumentada lentamente, uma conformação da proteína permanece intacta até que uma perda brusca da estrutura e da função ocorre com uma variação estreita da temperatura. O desenovelamento é um processo cooperativo A perda da estrutura em uma parte da proteína desestabiliza as outras partes . Desnaturação * Fatores que promovem a desnaturação: Calor Extremos de pH Certos solventes orgânicos miscíveis como o álcool ou a acetona Certos solutos como uréia e cloreto de guanidina Detergentes Desnaturação * Certas proteínas globulares quando desnaturadas pelo calor, extremos de pH ou reagentes desnaturantes recuperam sua estrutura nativa e a atividade biológica se retornarem as condições onde a conformação nativa é estável. RENATURAÇÃO Ex.: Ribonulease-desnaturação -renaturação Desnaturação * Os 8 resíduos de Cys poderiam recombinar-se ao acaso para formar até 4 pontes dissulfeto de 105 maneiras diferentes. Uma distribuição essencialmente ao acaso das pontes dissulfeto é obtida quando os dissullfetos são permitidos a se formarem novamente na presença do desnaturante, indicando que as interações das ligações fracas são requeridas para o posicionamento correto das pontes dissulfeto e a adoção da conformação nativa. A sequencia de aa de uma cadeia polipeptídica contém toda a informação requerida para enovelar a acdeia na sua estrutura tridimensional nativa. Desnaturação * Revisando! Os grupos carboxila carregados negativamente dos resíduos de Glu adjacentes repelem-se uns aos outro tão fortemente que Eles impedem a formação de alfa-helice * * * Estrutura secundária refere-se ao arranjo espacial dos resíduos de aa que estão adjacentes na estrutura primária. Aa que são muito distantes na estrutura secundária e que residem em tipos diferentes de estr. secundária podem interagir dentro da estrutura * Algumas proteínas contém duas ou mais cadeias polipeptídicas que podem ser iguais ou diferentes * Compartilham propriedades que dão * * Exatamente como os fios são torcidos para fazer uma corda mais forte * /8uitas espirais de -queratina podem montar-se em grandes complexos supramoleculares,para formar o filamento intermediário do cabelo.nas alfa queratinas mais rígidas até 18% dos resíduos são císteínas envolvidas nas pontes dissulfeto. * O produto alimentar gelatina é derivado do colágeno; Ele tem pouco valor nutricional como uma proteína, porque o colageno é extremamente pobre em muitos aa que são essenciais a dieta humana * unidade tripeptidica repetitiva * Ela serve tanto para armazenar oxigenio como para facilitar a difusão do oxigenio nas células musculares Grupo heme encontrado na hemoglobina , proteína de ligação do oxigenio dos eritrocitos e é responsável pela cior vermelha escura tanto da mioglobina como da hemoglobina a distribuição de oxigenio e armazenamento permite a esses animais permanecerem submergidos por longos peíodos. Eles esta presnete em grande concentrações nos m´suculosde mamiferos mergulhadores, baeias , foca, botos cujos musculos são tão ricos nessa proteína que são marrons. * * * Se a atemperatura for aumentada lentamente , uma conformação da proteína geralmente permanece intacta até uma perda brusac da estrutura * A ribobnuclease ela pode ser completamente desnaturada na presença de um agente redutor como a uréia e o mercaptol O agente redutor cliva as 4 pontes dissulfetos para produzir oito resíduos de cisteina e a uréia rompe as interações hidrofóbica que estabilizam a proteína , liberando dessa forma o polipeptideo inteiro da sua forma enovelada . A desnaturação da ribonuclease é acompanhada por perda completa da atividade catalitica Quando a uréia e o mercaptol são removidos as espirais desnaturadas ao acaso se reenovelam espontaneamente na sua estrutura trisimensional correta , com restauração completa da sua atividade. O reenovelamento é tão perfeito que as quatro pontes dissulfeto intracadeias são formadas novamente nas mesma posição na molécula renaturada como a ribonuclease nativas *
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