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Genética AULA 29 REPLISSOMO 1 Sumário Introdução .................................................................................................................................... 2 Objetivo......................................................................................................................................... 2 1. Replicação requer enzimas e fatores protéicos .................................................................. 2 1.1. Organização da replicação em procariotos:................................................................ 6 Exercícios ...................................................................................................................................... 6 Gabarito ........................................................................................................................................ 7 Resumo ......................................................................................................................................... 8 2 Introdução Nesse tópico vamos aprender sobre um assunto pouco discutido, porém de suma importância para o entendimento do processo de replicação, a formação do replissomo, que nada mais é do que um complexo multienzimático, que desloca a forquilha de replicação. Você encontrará termos que ajudarão a entender o processo de autoduplicação do DNA. Vamos juntos nesse caminho que nos leva ao conhecimento. Objetivo • Descrever o complexo nucleoprotéico que orienta as atividades na forquilha de replicação 1. Replicação requer enzimas e fatores protéicos Você sabia que o processo de replicação do DNA “força” a ocorrência de um grande complexo cooperativo? A replicação necessita de uma gama de proteínas e enzimas diferentes para ocorrer, além das conhecidas polimerases. Grande parte dessas proteínas trabalha de maneira associada formando um complexo chamado replissomo, que nada mais é do que uma associação multienzimática, composta principalmente por duas polimerases III e um complexo enzimático chamado de primossomo. O replissomo se desloca junto com a forquilha de replicação. Mas vamos por partes, explicando algumas definições que precisam ser entendidas antes de prosseguirmos. Durante o processo de replicação, duas fitas novas de DNA são produzidas. A cadeia que é produzida continuamente e no mesmo sentido em que se desloca a forquilha de replicação é chamada de cadeia leading, ou seja, cadeia líder. Entretanto, temos uma cadeia que cresce de forma descontinuada e em sentido oposto à forquilha de replicação, sendo chamada de cadeia lagging ou cadeia tardia, como podemos ver na figura abaixo. 3 Cadeia leading (cadeia líder ou contínua) e cadeia lagging (cadeia atrasada ou descontínua). Extraído de Apostila do Instituto de Biociências da USP A polimerase III está associada a uma proteína denominada grampo deslizante. A função desse grampo é formar um anel ao redor da cadeia molde, deslizar livremente pelo molde de DNA enquanto a polimerase sintetiza continuamente a fita complementar. A associação formada pela polimerase III e o grampo deslizante é de grande valia na eficiência na replicação, uma vez que dá a DNA polimerase III alta processividade, isto é, produz de maneira contínua e eficiente até encontrar um bloqueio. A parada da polimerase III funciona como um sinal para que o grampo deslizante se solte da cadeia de DNA. A figura abaixo mostra esquematicamente como funciona a associação entre a polimerase III e o grampo deslizante. Representação da união da polimerase III do DNA (verde) com a proteína em anel (grampo deslizante- em azul). Extraído de Apostila do Instituto de Biociências da USP 4 O primossomo é composto de enzimas, dentre elas encontramos as helicases, que como o nome sugere, tem alguma atividade que envolve a dupla hélice do DNA. A helicase desliza sobre a cadeia líder para abrir a hélice do DNA logo à sua frente, já na cadeia descontinuada, a helicase tem o auxílio das proteínas SSB. As proteínas responsáveis pela síntese da cadeia lagging ou tardia se mantêm na forquilha de replicação, como parte integrante do replissomo, graças a uma dobra (ou alça) que a cadeia molde faz para trás. Sendo assim, as duas cadeias vão sendo sintetizadas na forquilha de replicação e ficam com a mesma polaridade. Quando a polimerase III do DNA, que é responsável pela síntese da cadeia lagging, encontra um primer de RNA ligado a um fragmento de Okazaki, ela se solta da cadeia molde e se move no sentido da forquilha de replicação até encontrar o primer de RNA seguinte. Atualmente são representadas três polimerases do DNA III fazendo parte do replissomo, e acredita-se que duas polimerases do DNA se revezam na síntese dos fragmentos de Okazaki da cadeia lagging, enquanto uma única polimerase III sintetiza a continuamente a cadeia leading. Toda essa estrutura de replissomo inclui uma proteína responsável por “carregar” a proteína do grampo deslizante e outras proteínas vão ajudando na movimentação entre diversas estruturas do replissomo. Com isso, as polimerases III do DNA atuantes na forquilha de replicação, mesmo semelhantes, são ligeiramente diferentes: uma delas possui alta processividade, nunca se soltando da cadeia molde, sendo ela que sintetiza a cadeia líder e outras, que sintetizam a cadeia tardia que podem se soltar da cadeia molde quando encontram a extremidade 5’ de um primer em seu caminho, reiniciando a síntese na extremidade 3’-OH do primer seguinte. Você sabe o que são replicons? Simples, aquele segmento de DNA que se replica a partir de uma origem de replicação é denominado replicon. Assim, o cromossomo das bactérias contém um único replicon, enquanto os cromossomos dos organismos eucarióticos contêm vários. Etapas da formação do replissomo: Para formar um replissomo, a proteína iniciadora bacteriana DnaA precisa se ligar ao DNA na região das sequências repetidas de nove nucleotídeos mas também precisam interagir com o DNA nas regiões repetidas de treze nucleotídeos. Esse complexo formado pela interação do DNA com as proteínas DnaA faz com que a hélice de DNA ligeiramente se abra em uma região adjacente ao complexo. Com isso, a exposição de cadeias simples de DNA fornece um molde para que as demais proteínas 5 de replicação possam agir. Além disso, a DnaA recruta proteínas de replicação adicionais para o DNA de fita simples, incluindo a DNA helicase (DnaB) e a proteína carregadora da helicase (Dna C). As cadeias são mantidas separadas pela interação com proteínas SSB. Um segundo conjunto das proteínas DnaB e DnaC se liga à extremidade oposta da região aberta da hélice, dando origem a um segundo complexo de início de replicação. As interações proteína-proteína entre a helicase e os componentes da forquilha de replicação promovem a organização do que restou da maquinaria de replicação, com outras proteínas, se juntando a cada um dos dois complexos. A helicase recruta a DNA primase, que vai interagir com cada uma das cadeias do DNA e sintetizar o primer das cadeias leadings das forquilhas de replicação opostas. Com isso, a cada primossomo se juntam duas polimerases III do DNA e cada uma delas interagem com uma das cadeias moldes na forquilha de replicação. A montagem dos dois replissomos é então finalizada e eles passam a se mover a partir da origem de replicação,em sentidos opostos. A replicação é chamada de bidirecional, pois a partir de uma mesma origem, a molécula de DNA se replica nos dois sentidos. Forquilha de replicação em atividade. Adaptado de Alberts 6 O replissomo promove a síntese rápida do DNA, adicionando em torno de mil nucleotídeos por segundo em cada fita. Assim que o fragmento de Okazaki estiver completado, seu RNA iniciador é removido e a DNA pol I adiciona DNA no local, e o que sobra, é selado pela DNA ligase. 1.1. Organização da replicação em procariotos: A replicação de um cromossomo bacteriano circular é altamente organizada. Assim que a replicação bidirecional é iniciada na origem, os dois replissomos não se separam um do outro ao longo do DNA. Ao contrário, os replissomos estão ligados juntos á um ponto da membrana interna bacteriana e o substrato DNA é oferecido para essa “fábrica de replicação”. Assim que a replicação é terminada, a célula se divide, e os cromossomos sequestrados nas duas metades da célula original são acuradamente separados entre as células-filhas. Quando a replicação começa nas células-filhas, a origem da replicação é sequestrada em novas fábricas de replicação formadas em um ponto da membrana no centro da célula, e o processo inteiro é repetido. Exercícios 1. (Fiocruz, 2010) A enzima DNA polimerase é responsável pela replicação do DNA, no entanto ela não atua sozinha durante este processo. Assinale abaixo a afirmativa que indica um componente que não atua na replicação do DNA. a) Enzima primase. b) Enzima helicase. c) Enzima girase. d) As proteínas de ligação ao DNA unifilamentar. e) A enzima RNA polimerase II. 2. (Autora, 2019) Dentre as opções abaixo, marque aquela que não condiz com informações acerca dos replissomos. a) Seu deslocamento é realizado junto com a forquilha de replicação. b) Promovem uma síntese rápida. c) DnaA precisa se ligar ao DNA em regiões onde não há repetições de nucleotídeos. d) Durante a replicação os dois replissomos não se separam um do outro ao longo do DNA. 3. (Ufrgs 2013) Sabe-se que a replicação do DNA é semiconservativa. Com base nesse mecanismo de replicação, assinale com V (verdadeiro) ou F (falso) as afirmações abaixo. 7 ( ) O DNA original atua como molde, e cada novo DNA possui uma fita antiga e outra nova. ( ) Os quatro ribonucleosídeos trifosfatados, dATP, dGTP, dCTP e dUTP, devem estar presentes. ( ) O DNA deve ser desnaturado (desenrolado) para tornar-se acessível ao pareamento das novas bases. ( ) A enzima DNA polimerase adiciona nucleotídeos novos de acordo com o molde de DNA. A sequência correta de preenchimento dos parênteses, de cima para baixo, é a) V – V – F – F. b) F – V – V – V. c) V – F – V – V. d) F – V – F – F. e) F – F – F – V. Gabarito 1. Letra E. Processo de replicação não tem participação de RNA polimerase 2. Letra C. A proteína iniciadora bacteriana DnaA precisa se ligar ao DNA na região das sequências repetidas de nove nucleotídeos e também precisam interagir com o DNA nas regiões repetidas de treze nucleotídeos. 3. Letra C. Os quatro ribonucleosídeos não são trifosfatados. 8 Resumo Os replissomos são associações multienzimáticas compostas por polimerases e um complexo enzimático conhecido por primossomo. Uma das funções do replissomo é se deslocar junto com a forquilha de replicação. O DNA é sintetizado na direção 5’ em direção a 3’ pelas DNA polimerases. Na forquilha de replicação, a fita líder é sintetizada continuamente na mesma direção da movimentação da forquilha; a fita atrasada é sintetizada descontinuamente como fragmentos de Okazaki, que são subsequentemente ligados pela DNA ligase. Para formar um replissomo é preciso uma proteína iniciadora bacteriana que se ligue ao DNA em uma região de sequências repetidas. Depois de montados, os replissomos passam a se mover a partir da origem de replicação, em sentidos opostos. De certa forma, o replissomo ajuda a promover uma maior velocidade na síntese do DNA. 9 Referências bibliográficas ALBERTS, Bruce. et al. Biologia Molecular da Célula. Tradução: Ana Letícia Vans, et al, 5 ed.,2010. ISBN 978-85- 363-2170-7 A Replicação do DNA, Apostila de Biologia Molecular, Instituto de Biociências da USP. NELSON, David L. e COX, Michael M. Princípios de bioquímica de Lehninger. Tradução: Arnaldo Antônio Simões. 4 ed. 2006.